# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.039 0.093 0.749 2 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.013 0.132 0.807 3 E 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.009 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.531 0.048 0.060 0.322 4 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.011 0.002 0.005 0.002 0.005 0.002 0.163 0.029 0.090 0.677 5 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.014 0.007 0.003 0.850 0.018 0.017 0.081 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.023 0.012 0.748 0.042 0.018 0.140 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.927 0.017 0.004 0.031 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.856 0.022 0.008 0.071 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.112 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.679 0.021 0.020 0.111 10 H 0.005 0.001 0.001 0.001 0.060 0.248 0.128 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.039 0.026 0.130 11 K 0.033 0.003 0.002 0.001 0.103 0.043 0.051 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.081 0.086 0.418 12 R 0.174 0.009 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.074 0.104 0.559 13 D 0.272 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.083 0.090 0.508 14 S 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.096 0.820 15 G 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.062 0.115 0.707 16 E 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.114 0.090 0.010 0.012 0.004 0.002 0.001 0.058 0.042 0.125 0.433 17 Q 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.037 0.008 0.039 0.009 0.006 0.002 0.187 0.041 0.115 0.525 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.009 0.088 0.073 0.033 0.006 0.201 0.037 0.113 0.394 19 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.022 0.025 0.011 0.728 0.064 0.028 0.106 20 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.035 0.011 0.670 0.070 0.037 0.162 21 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.862 0.029 0.015 0.052 22 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.060 0.045 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.549 0.050 0.042 0.225 23 V 0.016 0.001 0.001 0.001 0.068 0.093 0.087 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.423 0.116 0.051 0.126 24 R 0.035 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.034 0.117 0.602 25 R 0.243 0.009 0.001 0.001 0.009 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.150 0.128 0.395 26 T 0.010 0.001 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.025 0.132 0.752 27 D 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.029 0.105 0.784 28 E 0.194 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.013 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.060 0.145 0.499 29 P 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.011 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.084 0.021 0.185 0.668 30 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.074 0.005 0.033 0.007 0.011 0.003 0.390 0.066 0.072 0.319 31 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.037 0.021 0.009 0.020 0.046 0.064 0.005 0.412 0.062 0.065 0.218 32 F 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.008 0.017 0.006 0.821 0.039 0.017 0.064 33 I 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.035 0.035 0.013 0.523 0.099 0.037 0.192 34 L 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.005 0.633 0.059 0.049 0.191 35 D 0.011 0.009 0.002 0.001 0.019 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.484 0.081 0.079 0.279 36 L 0.026 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.270 0.057 0.149 0.485 37 L 0.420 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.085 0.071 0.272 38 E 0.011 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.017 0.106 0.793 39 G 0.014 0.201 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.019 0.075 0.650 40 G 0.226 0.524 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.064 0.028 0.120 41 L 0.193 0.278 0.026 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.149 0.060 0.240 42 A 0.121 0.047 0.120 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.030 0.198 0.068 0.379 43 A 0.474 0.007 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.028 0.035 0.055 0.377 44 Q 0.103 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.072 0.776 45 D 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.012 0.105 0.819 46 G 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.021 0.136 0.764 47 R 0.007 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.030 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.036 0.122 0.655 48 L 0.015 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.031 0.118 0.698 49 S 0.384 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.004 0.001 0.075 0.078 0.066 0.294 50 S 0.095 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.108 0.071 0.138 0.503 51 N 0.009 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.549 0.052 0.078 0.264 52 D 0.004 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.491 0.064 0.085 0.313 53 R 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.852 0.054 0.013 0.049 54 V 0.011 0.017 0.002 0.002 0.002 0.046 0.017 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.006 0.556 0.127 0.018 0.169 55 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.674 0.037 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.180 0.048 0.003 0.015 56 A 0.013 0.001 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.633 0.037 0.036 0.253 57 I 0.757 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.123 0.012 0.052 58 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.005 0.110 0.794 59 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.016 0.098 0.824 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.872 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.010 0.019 0.055 61 D 0.048 0.010 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.015 0.085 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.084 0.073 0.508 62 L 0.097 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.291 0.024 0.006 0.002 0.042 0.075 0.059 0.380 63 K 0.081 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.244 0.037 0.005 0.105 0.062 0.062 0.373 64 Y 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.094 0.807 65 G 0.002 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.023 0.141 0.674 66 T 0.031 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.007 67 P 0.023 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 68 E 0.003 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.003 0.027 69 L 0.003 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.008 70 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 71 A 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.011 72 Q 0.023 0.897 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 0.035 73 I 0.033 0.257 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.586 0.035 0.060 74 I 0.062 0.048 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.634 0.045 0.081 75 Q 0.215 0.006 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.057 0.668 76 A 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.031 0.897 77 S 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.116 0.823 78 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.010 0.139 0.826 79 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.056 0.098 0.608 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.101 0.056 0.346 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.855 0.062 0.011 0.061 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.012 0.005 0.850 0.053 0.010 0.054 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.949 0.016 0.004 0.022 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.019 0.010 0.049 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.028 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.665 0.031 0.045 0.175 86 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.456 0.041 0.092 0.395 87 R 0.282 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.144 0.068 0.407 88 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.071 0.884 89 G 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.076 0.876 90 K 0.053 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.051 0.101 0.657 91 P 0.054 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.041 0.109 0.680 92 E 0.071 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.022 0.010 0.007 0.002 0.029 0.042 0.099 0.683 93 I 0.050 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.040 0.031 0.008 0.080 0.034 0.120 0.604 94 E 0.028 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.077 0.029 0.119 0.714 95 L 0.038 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.118 0.037 0.120 0.660