# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.111 0.007 0.001 0.011 0.020 0.041 0.111 0.004 0.001 0.034 0.659 2 M 0.028 0.002 0.001 0.012 0.028 0.048 0.156 0.001 0.001 0.020 0.703 3 E 0.007 0.002 0.001 0.034 0.120 0.287 0.102 0.001 0.001 0.023 0.423 4 I 0.004 0.001 0.001 0.041 0.119 0.277 0.076 0.001 0.001 0.044 0.437 5 L 0.001 0.001 0.001 0.067 0.320 0.473 0.020 0.001 0.001 0.023 0.095 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.088 0.238 0.487 0.011 0.001 0.001 0.057 0.118 7 V 0.001 0.001 0.001 0.055 0.522 0.365 0.004 0.001 0.001 0.017 0.037 8 A 0.001 0.001 0.001 0.119 0.352 0.442 0.005 0.001 0.001 0.037 0.043 9 L 0.001 0.001 0.001 0.059 0.499 0.377 0.006 0.001 0.001 0.017 0.041 10 H 0.001 0.001 0.001 0.082 0.362 0.413 0.016 0.001 0.001 0.031 0.093 11 K 0.025 0.002 0.002 0.039 0.151 0.218 0.079 0.003 0.002 0.074 0.406 12 R 0.318 0.003 0.001 0.014 0.025 0.025 0.070 0.008 0.001 0.074 0.462 13 D 0.141 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.067 0.002 0.001 0.025 0.748 14 S 0.012 0.002 0.001 0.004 0.004 0.010 0.093 0.001 0.001 0.011 0.863 15 G 0.027 0.002 0.002 0.012 0.027 0.032 0.110 0.001 0.001 0.043 0.743 16 E 0.030 0.002 0.001 0.047 0.137 0.116 0.140 0.001 0.001 0.058 0.467 17 Q 0.007 0.001 0.001 0.075 0.027 0.104 0.090 0.001 0.001 0.083 0.611 18 L 0.004 0.001 0.001 0.150 0.228 0.213 0.075 0.001 0.001 0.067 0.261 19 G 0.001 0.001 0.001 0.357 0.095 0.268 0.029 0.001 0.001 0.067 0.182 20 I 0.001 0.001 0.001 0.290 0.310 0.200 0.018 0.001 0.001 0.051 0.129 21 K 0.001 0.001 0.001 0.517 0.161 0.214 0.013 0.001 0.001 0.039 0.052 22 L 0.009 0.001 0.001 0.300 0.161 0.196 0.042 0.001 0.001 0.071 0.216 23 V 0.014 0.002 0.002 0.236 0.110 0.196 0.081 0.003 0.002 0.072 0.283 24 R 0.057 0.002 0.001 0.036 0.030 0.068 0.133 0.004 0.001 0.058 0.610 25 R 0.259 0.001 0.001 0.020 0.017 0.030 0.121 0.003 0.001 0.100 0.445 26 T 0.008 0.001 0.001 0.016 0.007 0.018 0.135 0.001 0.001 0.021 0.791 27 D 0.043 0.002 0.001 0.018 0.009 0.022 0.151 0.001 0.001 0.035 0.718 28 E 0.056 0.002 0.001 0.026 0.038 0.032 0.155 0.002 0.001 0.110 0.577 29 P 0.004 0.002 0.001 0.080 0.026 0.060 0.156 0.001 0.001 0.051 0.620 30 G 0.002 0.002 0.001 0.193 0.090 0.315 0.060 0.001 0.001 0.062 0.275 31 V 0.002 0.002 0.001 0.252 0.300 0.216 0.029 0.001 0.001 0.049 0.150 32 F 0.004 0.004 0.001 0.426 0.197 0.228 0.016 0.001 0.001 0.052 0.072 33 I 0.019 0.007 0.001 0.328 0.140 0.187 0.043 0.005 0.001 0.078 0.193 34 L 0.008 0.004 0.001 0.396 0.146 0.227 0.041 0.001 0.001 0.036 0.140 35 D 0.020 0.006 0.007 0.123 0.077 0.206 0.113 0.002 0.005 0.091 0.350 36 L 0.041 0.007 0.002 0.115 0.038 0.068 0.159 0.005 0.001 0.075 0.489 37 L 0.657 0.009 0.001 0.020 0.013 0.014 0.051 0.005 0.001 0.042 0.188 38 E 0.013 0.010 0.001 0.015 0.003 0.012 0.129 0.001 0.001 0.012 0.803 39 G 0.012 0.063 0.001 0.008 0.007 0.013 0.087 0.003 0.001 0.018 0.789 40 G 0.110 0.412 0.003 0.018 0.096 0.062 0.053 0.018 0.001 0.061 0.166 41 L 0.183 0.250 0.004 0.020 0.018 0.022 0.099 0.010 0.002 0.105 0.286 42 A 0.103 0.095 0.104 0.028 0.049 0.074 0.074 0.017 0.038 0.111 0.307 43 A 0.436 0.039 0.003 0.019 0.013 0.034 0.066 0.011 0.002 0.036 0.342 44 Q 0.443 0.038 0.002 0.012 0.011 0.021 0.052 0.012 0.001 0.038 0.369 45 D 0.010 0.017 0.001 0.019 0.010 0.026 0.114 0.002 0.001 0.020 0.782 46 G 0.014 0.010 0.001 0.043 0.033 0.116 0.093 0.001 0.001 0.132 0.558 47 R 0.014 0.004 0.002 0.015 0.247 0.133 0.093 0.001 0.001 0.122 0.368 48 L 0.032 0.004 0.002 0.048 0.057 0.049 0.090 0.002 0.001 0.038 0.677 49 S 0.614 0.006 0.002 0.009 0.022 0.031 0.047 0.004 0.001 0.049 0.216 50 S 0.015 0.003 0.001 0.011 0.009 0.036 0.136 0.001 0.001 0.019 0.769 51 N 0.004 0.006 0.001 0.023 0.029 0.194 0.113 0.002 0.001 0.019 0.610 52 D 0.005 0.010 0.001 0.024 0.333 0.241 0.047 0.001 0.001 0.072 0.264 53 R 0.002 0.006 0.001 0.050 0.281 0.490 0.026 0.001 0.001 0.037 0.107 54 V 0.012 0.007 0.001 0.075 0.273 0.292 0.026 0.001 0.001 0.046 0.268 55 L 0.001 0.001 0.007 0.060 0.367 0.509 0.007 0.001 0.005 0.017 0.028 56 A 0.040 0.003 0.001 0.090 0.143 0.336 0.041 0.002 0.001 0.056 0.289 57 I 0.728 0.001 0.001 0.022 0.039 0.036 0.020 0.005 0.001 0.058 0.090 58 N 0.004 0.002 0.001 0.045 0.020 0.038 0.084 0.001 0.001 0.010 0.795 59 G 0.007 0.009 0.001 0.015 0.006 0.040 0.080 0.001 0.001 0.018 0.823 60 H 0.015 0.007 0.001 0.021 0.556 0.060 0.050 0.002 0.001 0.032 0.255 61 D 0.105 0.023 0.005 0.119 0.046 0.072 0.078 0.007 0.002 0.076 0.467 62 L 0.349 0.013 0.002 0.017 0.023 0.044 0.073 0.009 0.001 0.083 0.386 63 K 0.077 0.006 0.001 0.037 0.015 0.035 0.099 0.002 0.001 0.034 0.694 64 Y 0.004 0.005 0.001 0.020 0.007 0.027 0.109 0.001 0.001 0.011 0.817 65 G 0.003 0.037 0.001 0.023 0.027 0.014 0.099 0.001 0.001 0.011 0.784 66 T 0.044 0.888 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.010 0.001 0.027 0.021 67 P 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.005 68 E 0.003 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.014 69 L 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 70 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.002 71 A 0.003 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.013 72 Q 0.006 0.900 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.029 0.049 73 I 0.036 0.286 0.016 0.003 0.002 0.004 0.034 0.013 0.003 0.552 0.049 74 I 0.030 0.026 0.132 0.005 0.004 0.005 0.063 0.012 0.093 0.574 0.055 75 Q 0.252 0.020 0.009 0.004 0.006 0.009 0.074 0.007 0.010 0.049 0.562 76 A 0.029 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.008 0.902 77 S 0.063 0.001 0.005 0.003 0.005 0.007 0.144 0.002 0.001 0.009 0.761 78 G 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.125 0.001 0.001 0.008 0.842 79 E 0.003 0.001 0.001 0.024 0.064 0.108 0.119 0.001 0.001 0.011 0.670 80 R 0.001 0.001 0.001 0.225 0.052 0.210 0.047 0.001 0.001 0.069 0.394 81 V 0.001 0.001 0.001 0.225 0.292 0.219 0.023 0.001 0.001 0.065 0.175 82 N 0.001 0.001 0.001 0.609 0.116 0.146 0.006 0.001 0.001 0.056 0.066 83 L 0.001 0.001 0.001 0.158 0.470 0.298 0.004 0.001 0.001 0.029 0.041 84 T 0.001 0.001 0.001 0.223 0.373 0.312 0.005 0.001 0.001 0.042 0.045 85 I 0.001 0.001 0.001 0.135 0.440 0.291 0.013 0.001 0.001 0.032 0.086 86 A 0.011 0.001 0.001 0.183 0.188 0.221 0.051 0.002 0.001 0.048 0.293 87 R 0.350 0.001 0.001 0.022 0.027 0.037 0.089 0.003 0.001 0.083 0.386 88 P 0.006 0.001 0.001 0.010 0.005 0.011 0.130 0.001 0.001 0.023 0.812 89 G 0.010 0.003 0.001 0.005 0.005 0.010 0.096 0.001 0.001 0.012 0.858 90 K 0.151 0.014 0.002 0.009 0.044 0.022 0.127 0.008 0.001 0.072 0.549 91 P 0.058 0.012 0.001 0.010 0.016 0.019 0.117 0.004 0.001 0.031 0.730 92 E 0.146 0.015 0.002 0.013 0.019 0.036 0.095 0.004 0.001 0.048 0.622 93 I 0.059 0.009 0.001 0.023 0.028 0.034 0.132 0.002 0.001 0.040 0.671 94 E 0.048 0.015 0.001 0.027 0.016 0.030 0.115 0.003 0.001 0.039 0.705 95 L 0.043 0.016 0.001 0.027 0.035 0.034 0.118 0.003 0.001 0.045 0.678