# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.081 0.002 0.004 0.011 0.030 0.059 0.025 0.787 2 M 0.014 0.001 0.013 0.013 0.043 0.111 0.019 0.786 3 E 0.024 0.002 0.054 0.130 0.339 0.091 0.037 0.322 4 I 0.003 0.001 0.044 0.093 0.154 0.051 0.028 0.627 5 L 0.001 0.001 0.217 0.242 0.389 0.027 0.012 0.111 6 Q 0.001 0.001 0.144 0.240 0.431 0.014 0.031 0.138 7 V 0.002 0.001 0.152 0.456 0.259 0.012 0.017 0.101 8 A 0.003 0.001 0.240 0.270 0.405 0.010 0.013 0.059 9 L 0.005 0.001 0.081 0.351 0.354 0.024 0.019 0.165 10 H 0.008 0.001 0.116 0.302 0.293 0.040 0.042 0.198 11 K 0.029 0.002 0.034 0.131 0.171 0.091 0.042 0.500 12 R 0.272 0.006 0.012 0.029 0.037 0.093 0.037 0.514 13 D 0.217 0.006 0.008 0.020 0.018 0.076 0.021 0.634 14 S 0.059 0.009 0.006 0.013 0.043 0.111 0.020 0.740 15 G 0.022 0.004 0.023 0.025 0.069 0.099 0.045 0.713 16 E 0.128 0.005 0.021 0.166 0.162 0.095 0.040 0.383 17 Q 0.052 0.002 0.023 0.064 0.078 0.075 0.047 0.659 18 L 0.003 0.001 0.073 0.085 0.265 0.115 0.012 0.446 19 G 0.002 0.001 0.134 0.117 0.525 0.038 0.026 0.157 20 I 0.002 0.001 0.088 0.358 0.319 0.029 0.027 0.176 21 K 0.003 0.001 0.234 0.311 0.386 0.011 0.022 0.033 22 L 0.010 0.001 0.090 0.305 0.347 0.026 0.057 0.163 23 V 0.008 0.001 0.243 0.238 0.232 0.041 0.047 0.189 24 R 0.046 0.001 0.079 0.092 0.141 0.076 0.035 0.530 25 R 0.107 0.002 0.026 0.053 0.067 0.114 0.054 0.575 26 T 0.010 0.001 0.017 0.012 0.023 0.106 0.019 0.812 27 D 0.086 0.002 0.014 0.012 0.027 0.120 0.039 0.701 28 E 0.115 0.005 0.019 0.034 0.028 0.138 0.081 0.579 29 P 0.008 0.005 0.055 0.035 0.092 0.130 0.024 0.653 30 G 0.004 0.004 0.137 0.070 0.333 0.065 0.046 0.341 31 V 0.002 0.002 0.160 0.299 0.313 0.031 0.043 0.150 32 F 0.006 0.005 0.285 0.278 0.292 0.019 0.030 0.084 33 I 0.010 0.010 0.195 0.250 0.312 0.030 0.034 0.157 34 L 0.024 0.013 0.241 0.172 0.209 0.052 0.051 0.239 35 D 0.016 0.008 0.246 0.177 0.222 0.056 0.074 0.202 36 L 0.055 0.008 0.066 0.073 0.099 0.089 0.026 0.584 37 L 0.758 0.012 0.021 0.027 0.023 0.031 0.023 0.107 38 E 0.027 0.024 0.005 0.008 0.020 0.094 0.006 0.816 39 G 0.005 0.025 0.004 0.002 0.008 0.036 0.002 0.917 40 G 0.147 0.389 0.018 0.097 0.029 0.062 0.049 0.208 41 L 0.241 0.248 0.058 0.066 0.035 0.065 0.080 0.207 42 A 0.362 0.062 0.072 0.032 0.043 0.046 0.086 0.296 43 A 0.664 0.009 0.014 0.009 0.013 0.033 0.035 0.222 44 Q 0.166 0.006 0.002 0.005 0.008 0.038 0.017 0.759 45 D 0.005 0.001 0.005 0.007 0.032 0.085 0.007 0.857 46 G 0.010 0.002 0.029 0.065 0.161 0.118 0.057 0.558 47 R 0.006 0.002 0.028 0.250 0.181 0.097 0.056 0.381 48 L 0.019 0.001 0.060 0.049 0.061 0.085 0.028 0.697 49 S 0.448 0.008 0.031 0.055 0.039 0.070 0.072 0.278 50 S 0.103 0.011 0.020 0.009 0.016 0.072 0.020 0.750 51 N 0.021 0.014 0.036 0.020 0.119 0.153 0.040 0.597 52 D 0.005 0.006 0.055 0.123 0.366 0.087 0.072 0.285 53 R 0.002 0.002 0.084 0.442 0.372 0.015 0.024 0.059 54 V 0.003 0.002 0.102 0.277 0.395 0.022 0.040 0.159 55 L 0.001 0.001 0.179 0.376 0.366 0.011 0.027 0.040 56 A 0.019 0.001 0.134 0.242 0.386 0.032 0.026 0.160 57 I 0.296 0.003 0.052 0.162 0.129 0.059 0.081 0.218 58 N 0.025 0.003 0.018 0.026 0.066 0.131 0.011 0.720 59 G 0.013 0.002 0.014 0.008 0.036 0.087 0.012 0.828 60 H 0.024 0.005 0.048 0.130 0.099 0.144 0.083 0.468 61 D 0.103 0.009 0.044 0.073 0.092 0.101 0.071 0.507 62 L 0.170 0.004 0.034 0.068 0.072 0.064 0.071 0.516 63 K 0.025 0.005 0.041 0.041 0.061 0.102 0.043 0.681 64 Y 0.006 0.008 0.012 0.013 0.035 0.090 0.014 0.824 65 G 0.008 0.030 0.017 0.028 0.021 0.109 0.015 0.772 66 T 0.053 0.869 0.002 0.004 0.003 0.009 0.022 0.039 67 P 0.014 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 68 E 0.003 0.958 0.002 0.002 0.002 0.003 0.016 0.015 69 L 0.001 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.003 70 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 71 A 0.003 0.958 0.003 0.002 0.002 0.001 0.030 0.003 72 Q 0.008 0.923 0.005 0.008 0.006 0.003 0.030 0.018 73 I 0.096 0.224 0.043 0.022 0.019 0.022 0.505 0.070 74 I 0.090 0.030 0.055 0.064 0.025 0.027 0.604 0.104 75 Q 0.315 0.005 0.007 0.006 0.010 0.030 0.052 0.574 76 A 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.010 0.888 77 S 0.039 0.001 0.005 0.004 0.009 0.119 0.010 0.812 78 G 0.009 0.001 0.007 0.003 0.011 0.081 0.009 0.879 79 E 0.004 0.001 0.105 0.080 0.177 0.120 0.025 0.488 80 R 0.001 0.001 0.256 0.109 0.180 0.037 0.044 0.373 81 V 0.001 0.001 0.202 0.416 0.243 0.013 0.020 0.106 82 N 0.001 0.001 0.383 0.239 0.289 0.006 0.017 0.065 83 L 0.001 0.001 0.238 0.332 0.335 0.008 0.010 0.077 84 T 0.002 0.001 0.255 0.372 0.317 0.006 0.014 0.035 85 I 0.002 0.001 0.122 0.326 0.346 0.021 0.023 0.159 86 A 0.018 0.001 0.121 0.228 0.288 0.041 0.024 0.280 87 R 0.189 0.002 0.028 0.133 0.119 0.075 0.047 0.408 88 P 0.018 0.002 0.011 0.018 0.030 0.107 0.015 0.798 89 G 0.024 0.004 0.007 0.010 0.023 0.079 0.011 0.841 90 K 0.114 0.017 0.014 0.042 0.033 0.114 0.063 0.604 91 P 0.088 0.028 0.014 0.033 0.036 0.093 0.043 0.665 92 E 0.134 0.020 0.019 0.032 0.057 0.085 0.066 0.588 93 I 0.062 0.012 0.017 0.044 0.054 0.101 0.053 0.657 94 E 0.043 0.013 0.016 0.033 0.061 0.091 0.049 0.693 95 L 0.032 0.013 0.017 0.037 0.069 0.107 0.040 0.685