# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.432 0.343 0.044 0.087 0.046 0.017 0.015 0.007 0.004 0.003 0.001 2 M 0.308 0.107 0.026 0.089 0.102 0.108 0.103 0.072 0.042 0.025 0.017 3 E 0.535 0.293 0.051 0.078 0.029 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 I 0.110 0.082 0.045 0.176 0.159 0.145 0.133 0.069 0.045 0.024 0.013 5 L 0.021 0.035 0.033 0.085 0.118 0.165 0.204 0.125 0.109 0.069 0.037 6 Q 0.033 0.108 0.127 0.335 0.207 0.099 0.057 0.017 0.011 0.006 0.002 7 V 0.003 0.006 0.019 0.019 0.028 0.054 0.141 0.207 0.221 0.179 0.123 8 A 0.036 0.082 0.109 0.312 0.246 0.077 0.069 0.027 0.022 0.016 0.005 9 L 0.003 0.005 0.019 0.025 0.026 0.043 0.117 0.145 0.228 0.220 0.168 10 H 0.029 0.072 0.135 0.257 0.221 0.084 0.098 0.038 0.036 0.022 0.008 11 K 0.011 0.028 0.040 0.071 0.083 0.131 0.241 0.138 0.126 0.088 0.043 12 R 0.095 0.092 0.094 0.249 0.215 0.096 0.085 0.036 0.020 0.012 0.006 13 D 0.469 0.208 0.072 0.085 0.055 0.036 0.037 0.018 0.011 0.006 0.004 14 S 0.372 0.292 0.043 0.127 0.078 0.033 0.029 0.012 0.007 0.004 0.003 15 G 0.568 0.130 0.025 0.061 0.061 0.040 0.048 0.030 0.020 0.010 0.009 16 E 0.123 0.191 0.064 0.213 0.156 0.118 0.076 0.027 0.018 0.009 0.004 17 Q 0.182 0.165 0.071 0.209 0.142 0.104 0.072 0.028 0.015 0.007 0.004 18 L 0.003 0.005 0.004 0.012 0.024 0.057 0.136 0.274 0.202 0.159 0.123 19 G 0.026 0.067 0.054 0.195 0.167 0.150 0.129 0.070 0.058 0.054 0.030 20 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.027 0.108 0.187 0.326 0.337 21 K 0.025 0.065 0.069 0.239 0.214 0.112 0.108 0.065 0.050 0.038 0.017 22 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.008 0.030 0.068 0.184 0.328 0.367 23 V 0.025 0.044 0.025 0.142 0.143 0.147 0.173 0.101 0.097 0.060 0.043 24 R 0.078 0.087 0.052 0.125 0.105 0.107 0.134 0.089 0.099 0.075 0.048 25 R 0.118 0.127 0.036 0.149 0.143 0.129 0.129 0.064 0.049 0.032 0.023 26 T 0.290 0.186 0.043 0.129 0.105 0.058 0.069 0.045 0.033 0.025 0.017 27 D 0.418 0.199 0.033 0.116 0.074 0.048 0.046 0.027 0.019 0.012 0.009 28 E 0.315 0.239 0.047 0.137 0.099 0.054 0.046 0.026 0.018 0.013 0.007 29 P 0.195 0.127 0.031 0.123 0.119 0.122 0.125 0.070 0.047 0.025 0.016 30 G 0.078 0.074 0.033 0.166 0.160 0.191 0.143 0.063 0.047 0.029 0.017 31 V 0.010 0.016 0.019 0.039 0.052 0.071 0.150 0.198 0.172 0.160 0.112 32 F 0.007 0.027 0.027 0.084 0.103 0.100 0.169 0.199 0.131 0.096 0.056 33 I 0.001 0.002 0.006 0.009 0.008 0.015 0.043 0.074 0.185 0.321 0.335 34 L 0.012 0.022 0.050 0.170 0.186 0.170 0.178 0.073 0.069 0.045 0.025 35 D 0.033 0.090 0.090 0.203 0.195 0.124 0.119 0.058 0.047 0.028 0.015 36 L 0.002 0.003 0.004 0.009 0.010 0.019 0.064 0.145 0.202 0.253 0.288 37 L 0.030 0.058 0.046 0.126 0.122 0.143 0.177 0.116 0.085 0.068 0.031 38 E 0.219 0.328 0.162 0.164 0.063 0.025 0.017 0.009 0.006 0.005 0.002 39 G 0.226 0.095 0.038 0.158 0.149 0.139 0.107 0.045 0.024 0.013 0.006 40 G 0.071 0.047 0.026 0.068 0.078 0.078 0.148 0.132 0.152 0.126 0.073 41 L 0.021 0.074 0.055 0.157 0.162 0.130 0.167 0.095 0.075 0.042 0.023 42 A 0.007 0.012 0.044 0.036 0.036 0.057 0.142 0.140 0.188 0.182 0.155 43 A 0.035 0.054 0.113 0.247 0.204 0.104 0.103 0.051 0.040 0.036 0.013 44 Q 0.052 0.157 0.100 0.165 0.119 0.131 0.127 0.059 0.045 0.028 0.018 45 D 0.138 0.134 0.042 0.205 0.159 0.132 0.103 0.044 0.023 0.013 0.008 46 G 0.700 0.084 0.038 0.047 0.031 0.021 0.032 0.017 0.015 0.010 0.005 47 R 0.113 0.223 0.058 0.263 0.219 0.061 0.035 0.015 0.008 0.003 0.002 48 L 0.006 0.004 0.007 0.014 0.008 0.025 0.070 0.064 0.211 0.234 0.356 49 S 0.047 0.127 0.055 0.277 0.303 0.081 0.062 0.023 0.014 0.007 0.005 50 S 0.127 0.446 0.101 0.127 0.087 0.044 0.030 0.015 0.013 0.006 0.004 51 N 0.300 0.093 0.039 0.174 0.138 0.102 0.078 0.028 0.024 0.016 0.008 52 D 0.007 0.011 0.011 0.032 0.048 0.068 0.153 0.236 0.192 0.144 0.097 53 R 0.005 0.036 0.040 0.228 0.249 0.148 0.149 0.089 0.034 0.016 0.005 54 V 0.001 0.001 0.007 0.006 0.006 0.014 0.057 0.075 0.214 0.320 0.299 55 L 0.002 0.005 0.017 0.043 0.053 0.093 0.197 0.172 0.193 0.121 0.103 56 A 0.006 0.021 0.113 0.216 0.238 0.117 0.121 0.065 0.050 0.037 0.016 57 I 0.001 0.003 0.006 0.008 0.011 0.033 0.097 0.194 0.200 0.249 0.199 58 N 0.031 0.072 0.063 0.121 0.093 0.124 0.180 0.121 0.087 0.076 0.032 59 G 0.423 0.189 0.078 0.151 0.059 0.035 0.026 0.017 0.011 0.008 0.004 60 H 0.246 0.122 0.053 0.133 0.150 0.105 0.092 0.041 0.028 0.019 0.011 61 D 0.256 0.274 0.034 0.180 0.137 0.038 0.037 0.020 0.014 0.007 0.004 62 L 0.003 0.004 0.003 0.008 0.006 0.022 0.060 0.065 0.239 0.254 0.337 63 K 0.090 0.271 0.105 0.260 0.176 0.051 0.028 0.009 0.005 0.003 0.001 64 Y 0.248 0.188 0.079 0.177 0.115 0.058 0.062 0.029 0.022 0.014 0.009 65 G 0.165 0.073 0.026 0.102 0.122 0.105 0.133 0.091 0.076 0.059 0.048 66 T 0.063 0.543 0.051 0.113 0.075 0.042 0.058 0.023 0.018 0.010 0.004 67 P 0.054 0.042 0.025 0.086 0.135 0.164 0.223 0.163 0.064 0.030 0.016 68 E 0.792 0.065 0.081 0.046 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.005 0.017 0.024 0.227 0.221 0.239 0.182 0.060 0.017 0.006 0.002 70 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.028 0.076 0.219 0.305 0.363 71 A 0.001 0.002 0.029 0.059 0.116 0.332 0.299 0.070 0.050 0.031 0.012 72 Q 0.002 0.007 0.817 0.115 0.040 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.007 0.008 0.016 0.079 0.345 0.265 0.156 0.080 0.044 74 I 0.001 0.002 0.010 0.005 0.005 0.008 0.047 0.076 0.219 0.336 0.292 75 Q 0.002 0.005 0.138 0.148 0.310 0.169 0.148 0.044 0.020 0.013 0.004 76 A 0.019 0.058 0.494 0.163 0.126 0.074 0.045 0.012 0.006 0.004 0.001 77 S 0.016 0.021 0.020 0.031 0.034 0.086 0.254 0.207 0.151 0.116 0.064 78 G 0.520 0.248 0.028 0.051 0.035 0.028 0.033 0.025 0.015 0.010 0.006 79 E 0.492 0.266 0.084 0.086 0.034 0.016 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 80 R 0.151 0.188 0.046 0.243 0.189 0.106 0.045 0.018 0.009 0.003 0.002 81 V 0.003 0.003 0.003 0.006 0.008 0.023 0.073 0.117 0.219 0.265 0.281 82 N 0.018 0.111 0.061 0.373 0.304 0.083 0.033 0.009 0.005 0.002 0.001 83 L 0.001 0.002 0.005 0.005 0.005 0.010 0.029 0.075 0.211 0.290 0.368 84 T 0.025 0.064 0.053 0.338 0.300 0.086 0.071 0.024 0.021 0.013 0.005 85 I 0.003 0.006 0.009 0.013 0.010 0.019 0.058 0.111 0.223 0.271 0.277 86 A 0.029 0.054 0.053 0.247 0.227 0.127 0.113 0.054 0.046 0.033 0.016 87 R 0.072 0.118 0.069 0.127 0.100 0.105 0.148 0.089 0.082 0.058 0.032 88 P 0.313 0.234 0.049 0.163 0.106 0.053 0.038 0.021 0.012 0.008 0.004 89 G 0.598 0.147 0.029 0.064 0.048 0.032 0.035 0.021 0.014 0.009 0.004 90 K 0.232 0.245 0.046 0.151 0.112 0.068 0.059 0.036 0.026 0.017 0.008 91 P 0.274 0.158 0.049 0.098 0.092 0.086 0.107 0.065 0.038 0.021 0.013 92 E 0.360 0.245 0.072 0.128 0.083 0.041 0.034 0.019 0.010 0.007 0.003 93 I 0.149 0.084 0.046 0.102 0.104 0.143 0.148 0.098 0.065 0.039 0.023 94 E 0.445 0.232 0.083 0.129 0.057 0.023 0.015 0.007 0.004 0.003 0.001 95 L 0.126 0.055 0.046 0.100 0.107 0.151 0.164 0.111 0.073 0.044 0.023