# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.061 0.889 2 M 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.007 0.039 0.895 3 E 0.110 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.284 0.017 0.200 0.369 4 I 0.028 0.001 0.004 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.002 0.040 0.820 5 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.001 0.011 0.025 6 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.001 0.037 0.476 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.001 0.008 0.057 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.889 0.001 0.009 0.082 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.036 0.010 0.817 0.001 0.020 0.099 10 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.051 0.105 0.075 0.017 0.688 0.001 0.021 0.031 11 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.032 0.007 0.041 0.041 0.023 0.007 0.325 0.001 0.053 0.453 12 R 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.110 0.097 0.014 0.032 0.017 0.008 0.006 0.219 0.003 0.104 0.304 13 D 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.009 0.014 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.082 0.004 0.136 0.704 14 S 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.274 0.645 15 G 0.241 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.100 0.109 0.490 16 E 0.228 0.011 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 0.279 0.415 17 Q 0.030 0.009 0.005 0.005 0.098 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.012 0.126 0.610 18 L 0.043 0.006 0.002 0.002 0.062 0.214 0.056 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.016 0.068 0.258 19 G 0.037 0.003 0.003 0.003 0.027 0.068 0.083 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.420 0.007 0.100 0.216 20 I 0.007 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.768 0.002 0.033 0.135 21 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.008 0.007 0.882 0.001 0.028 0.032 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.033 0.058 0.023 0.680 0.001 0.022 0.145 23 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.016 0.026 0.021 0.012 0.853 0.001 0.022 0.036 24 R 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.012 0.012 0.014 0.030 0.060 0.029 0.356 0.004 0.111 0.321 25 R 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.013 0.017 0.021 0.046 0.011 0.005 0.223 0.009 0.097 0.493 26 T 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.049 0.004 0.154 0.745 27 D 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.046 0.870 28 E 0.055 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.199 0.681 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.993 30 G 0.055 0.005 0.001 0.002 0.027 0.028 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.267 0.021 0.140 0.435 31 V 0.440 0.012 0.004 0.001 0.004 0.009 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.022 0.066 0.270 32 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.027 0.011 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.853 0.001 0.026 0.059 33 I 0.002 0.004 0.002 0.001 0.036 0.035 0.014 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.619 0.001 0.034 0.215 34 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.945 0.001 0.009 0.028 35 D 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.017 0.016 0.005 0.587 0.005 0.049 0.274 36 L 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.698 0.005 0.033 0.223 37 L 0.021 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.589 0.007 0.115 0.179 38 E 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.006 0.064 0.794 39 G 0.026 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.018 0.137 0.579 40 G 0.502 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.030 0.090 0.289 41 L 0.018 0.036 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.084 0.805 42 A 0.043 0.066 0.004 0.001 0.034 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.018 0.005 0.002 0.001 0.083 0.009 0.145 0.557 43 A 0.234 0.185 0.003 0.001 0.002 0.021 0.005 0.003 0.004 0.039 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.056 0.012 0.145 0.282 44 Q 0.197 0.452 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.013 0.028 0.200 45 D 0.140 0.569 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.040 0.028 0.156 46 G 0.496 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.191 0.022 0.168 47 R 0.123 0.010 0.602 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.123 0.113 48 L 0.013 0.016 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.389 0.008 0.067 0.464 49 S 0.014 0.006 0.003 0.002 0.018 0.018 0.014 0.002 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.005 0.567 0.273 50 S 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.001 0.053 0.732 51 N 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.003 0.521 0.098 52 D 0.460 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.099 0.140 0.163 53 R 0.168 0.060 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.482 0.008 0.099 0.112 54 V 0.005 0.024 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.779 0.002 0.062 0.107 55 L 0.002 0.010 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.273 0.278 0.019 0.007 0.363 0.002 0.004 0.014 56 A 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.922 0.001 0.006 0.023 57 I 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.783 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.141 0.002 0.006 0.016 58 N 0.005 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.504 0.013 0.066 0.324 59 G 0.066 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.143 0.113 0.515 60 H 0.416 0.001 0.337 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.017 0.146 0.050 61 D 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.001 0.139 0.672 62 L 0.004 0.001 0.003 0.001 0.721 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 0.044 0.159 63 K 0.016 0.009 0.001 0.001 0.009 0.121 0.044 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.003 0.313 0.274 64 Y 0.124 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.064 0.012 0.081 0.690 65 G 0.183 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.007 0.136 0.412 66 T 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.536 0.432 67 P 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.032 0.928 68 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.347 0.643 69 L 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.881 0.086 70 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 71 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 Q 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 73 I 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 74 I 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.015 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 76 A 0.047 0.876 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.019 77 S 0.198 0.642 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.107 0.001 0.037 78 G 0.244 0.072 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.137 0.020 0.493 79 E 0.058 0.002 0.256 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.145 0.509 80 R 0.025 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.002 0.047 0.748 81 V 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.820 0.001 0.048 0.112 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.006 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.753 0.001 0.032 0.146 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.851 0.001 0.013 0.115 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.962 0.001 0.015 0.013 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.048 0.006 0.732 0.001 0.015 0.175 86 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.963 0.001 0.007 0.022 87 R 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.011 0.013 0.006 0.006 0.009 0.009 0.006 0.319 0.001 0.115 0.427 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.022 0.907 89 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.082 0.865 90 K 0.225 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 0.084 0.632 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.989 92 E 0.015 0.002 0.001 0.001 0.079 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.004 0.069 0.774 93 I 0.139 0.012 0.001 0.001 0.005 0.025 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.006 0.068 0.623 94 E 0.062 0.019 0.001 0.001 0.009 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.100 0.005 0.080 0.701 95 L 0.102 0.026 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.166 0.009 0.075 0.589