# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.020 0.002 0.001 0.010 0.018 0.025 0.040 0.001 0.001 0.002 0.882 2 M 0.008 0.001 0.001 0.005 0.009 0.017 0.036 0.001 0.001 0.001 0.922 3 E 0.039 0.001 0.001 0.061 0.080 0.082 0.145 0.001 0.001 0.004 0.587 4 I 0.006 0.001 0.001 0.006 0.007 0.011 0.024 0.001 0.001 0.001 0.945 5 L 0.010 0.001 0.001 0.112 0.370 0.468 0.008 0.001 0.001 0.001 0.030 6 Q 0.009 0.001 0.001 0.065 0.088 0.120 0.049 0.001 0.001 0.001 0.668 7 V 0.003 0.001 0.001 0.066 0.413 0.494 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 8 A 0.002 0.001 0.001 0.094 0.295 0.511 0.015 0.001 0.001 0.001 0.081 9 L 0.001 0.001 0.001 0.054 0.376 0.514 0.009 0.001 0.001 0.001 0.044 10 H 0.002 0.001 0.001 0.047 0.368 0.516 0.012 0.001 0.001 0.001 0.053 11 K 0.003 0.001 0.001 0.021 0.285 0.439 0.036 0.001 0.001 0.001 0.214 12 R 0.008 0.001 0.001 0.017 0.175 0.423 0.086 0.001 0.001 0.002 0.289 13 D 0.027 0.001 0.001 0.009 0.033 0.069 0.151 0.001 0.001 0.005 0.705 14 S 0.019 0.001 0.001 0.007 0.017 0.026 0.277 0.001 0.001 0.013 0.639 15 G 0.136 0.002 0.002 0.011 0.021 0.034 0.223 0.001 0.001 0.044 0.526 16 E 0.286 0.004 0.005 0.020 0.035 0.037 0.214 0.001 0.001 0.012 0.386 17 Q 0.041 0.003 0.002 0.027 0.068 0.074 0.148 0.001 0.001 0.005 0.630 18 L 0.041 0.003 0.002 0.044 0.233 0.461 0.035 0.001 0.001 0.002 0.178 19 G 0.040 0.002 0.001 0.122 0.213 0.382 0.056 0.001 0.001 0.005 0.179 20 I 0.017 0.002 0.003 0.091 0.307 0.315 0.040 0.001 0.001 0.002 0.224 21 K 0.004 0.001 0.001 0.149 0.305 0.505 0.009 0.001 0.001 0.001 0.027 22 L 0.002 0.001 0.001 0.098 0.231 0.283 0.051 0.001 0.001 0.001 0.333 23 V 0.003 0.001 0.001 0.219 0.242 0.454 0.017 0.001 0.001 0.004 0.061 24 R 0.006 0.002 0.001 0.072 0.141 0.207 0.098 0.001 0.001 0.003 0.470 25 R 0.017 0.004 0.001 0.072 0.087 0.170 0.126 0.001 0.001 0.005 0.519 26 T 0.062 0.003 0.001 0.038 0.046 0.080 0.153 0.001 0.001 0.009 0.607 27 D 0.037 0.002 0.001 0.013 0.018 0.029 0.109 0.001 0.001 0.010 0.779 28 E 0.104 0.001 0.001 0.014 0.019 0.026 0.168 0.001 0.001 0.005 0.660 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.978 30 G 0.042 0.001 0.001 0.125 0.189 0.300 0.073 0.001 0.001 0.006 0.263 31 V 0.109 0.002 0.002 0.209 0.192 0.168 0.031 0.001 0.001 0.004 0.282 32 F 0.005 0.001 0.001 0.353 0.265 0.307 0.026 0.001 0.001 0.002 0.040 33 I 0.008 0.002 0.001 0.503 0.127 0.246 0.015 0.001 0.001 0.003 0.094 34 L 0.001 0.003 0.001 0.399 0.219 0.340 0.010 0.001 0.001 0.002 0.026 35 D 0.004 0.005 0.001 0.212 0.141 0.225 0.158 0.001 0.001 0.004 0.249 36 L 0.021 0.011 0.001 0.303 0.107 0.254 0.054 0.001 0.001 0.008 0.240 37 L 0.022 0.021 0.002 0.120 0.140 0.161 0.296 0.001 0.001 0.013 0.222 38 E 0.008 0.011 0.001 0.012 0.028 0.036 0.117 0.002 0.001 0.008 0.776 39 G 0.082 0.030 0.006 0.025 0.037 0.104 0.080 0.006 0.001 0.059 0.572 40 G 0.638 0.007 0.044 0.010 0.008 0.012 0.101 0.002 0.001 0.010 0.168 41 L 0.057 0.012 0.007 0.012 0.034 0.055 0.086 0.001 0.001 0.004 0.733 42 A 0.027 0.029 0.003 0.032 0.060 0.165 0.126 0.002 0.001 0.003 0.552 43 A 0.096 0.075 0.001 0.033 0.192 0.200 0.114 0.003 0.001 0.004 0.280 44 Q 0.105 0.217 0.001 0.025 0.157 0.201 0.107 0.011 0.001 0.004 0.170 45 D 0.137 0.219 0.008 0.024 0.064 0.109 0.188 0.009 0.001 0.011 0.231 46 G 0.265 0.062 0.006 0.039 0.099 0.101 0.022 0.013 0.001 0.173 0.220 47 R 0.101 0.009 0.272 0.020 0.014 0.013 0.302 0.006 0.001 0.006 0.257 48 L 0.078 0.010 0.018 0.119 0.084 0.132 0.165 0.002 0.001 0.010 0.382 49 S 0.045 0.015 0.004 0.088 0.156 0.366 0.124 0.001 0.001 0.003 0.199 50 S 0.002 0.001 0.001 0.011 0.008 0.012 0.042 0.001 0.001 0.001 0.921 51 N 0.018 0.003 0.001 0.058 0.124 0.275 0.181 0.001 0.001 0.007 0.332 52 D 0.484 0.007 0.004 0.047 0.060 0.101 0.101 0.001 0.001 0.016 0.180 53 R 0.066 0.016 0.003 0.139 0.327 0.227 0.118 0.001 0.001 0.009 0.094 54 V 0.006 0.018 0.002 0.149 0.346 0.358 0.043 0.001 0.001 0.003 0.074 55 L 0.002 0.014 0.001 0.315 0.182 0.450 0.006 0.001 0.001 0.002 0.027 56 A 0.007 0.018 0.001 0.106 0.305 0.499 0.009 0.001 0.001 0.001 0.054 57 I 0.006 0.064 0.002 0.160 0.387 0.254 0.020 0.003 0.001 0.002 0.102 58 N 0.009 0.038 0.001 0.070 0.215 0.364 0.088 0.003 0.001 0.004 0.207 59 G 0.157 0.013 0.005 0.054 0.037 0.093 0.097 0.011 0.001 0.055 0.478 60 H 0.215 0.006 0.078 0.032 0.032 0.025 0.328 0.002 0.001 0.011 0.271 61 D 0.006 0.001 0.001 0.009 0.010 0.013 0.078 0.001 0.001 0.004 0.879 62 L 0.043 0.006 0.008 0.053 0.071 0.208 0.060 0.001 0.001 0.004 0.547 63 K 0.032 0.014 0.001 0.056 0.096 0.090 0.310 0.001 0.001 0.006 0.394 64 Y 0.276 0.018 0.001 0.024 0.023 0.047 0.165 0.004 0.001 0.007 0.434 65 G 0.587 0.048 0.012 0.050 0.032 0.058 0.040 0.002 0.001 0.006 0.165 66 T 0.019 0.005 0.007 0.013 0.008 0.013 0.505 0.001 0.001 0.002 0.428 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 68 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.419 0.001 0.001 0.002 0.566 69 L 0.071 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.779 0.001 0.001 0.007 0.119 70 A 0.017 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 71 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 72 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 73 I 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 I 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 76 A 0.044 0.869 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.011 77 S 0.188 0.599 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.160 0.001 0.001 0.028 78 G 0.317 0.151 0.065 0.014 0.005 0.005 0.004 0.140 0.001 0.015 0.284 79 E 0.053 0.006 0.670 0.011 0.004 0.002 0.052 0.009 0.001 0.002 0.192 80 R 0.024 0.001 0.007 0.031 0.007 0.005 0.085 0.002 0.001 0.001 0.838 81 V 0.022 0.003 0.006 0.133 0.227 0.267 0.069 0.001 0.001 0.001 0.271 82 N 0.014 0.001 0.001 0.274 0.206 0.369 0.031 0.001 0.001 0.001 0.103 83 L 0.007 0.001 0.001 0.165 0.313 0.368 0.015 0.001 0.001 0.001 0.130 84 T 0.002 0.001 0.001 0.202 0.352 0.421 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 85 I 0.001 0.001 0.001 0.090 0.257 0.426 0.026 0.001 0.001 0.001 0.199 86 A 0.002 0.001 0.001 0.199 0.238 0.494 0.012 0.001 0.001 0.004 0.052 87 R 0.004 0.001 0.001 0.053 0.121 0.137 0.093 0.001 0.001 0.002 0.588 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.977 89 G 0.009 0.001 0.001 0.014 0.017 0.053 0.108 0.001 0.001 0.004 0.794 90 K 0.306 0.001 0.001 0.010 0.009 0.014 0.067 0.001 0.001 0.005 0.587 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.985 92 E 0.022 0.002 0.001 0.009 0.018 0.041 0.122 0.001 0.001 0.001 0.784 93 I 0.135 0.014 0.001 0.015 0.025 0.047 0.090 0.001 0.001 0.005 0.668 94 E 0.074 0.028 0.001 0.015 0.033 0.046 0.120 0.001 0.001 0.005 0.676 95 L 0.081 0.047 0.002 0.020 0.042 0.064 0.085 0.001 0.001 0.003 0.654