# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.002 0.005 0.009 0.015 0.035 0.003 0.922 2 M 0.022 0.005 0.014 0.038 0.051 0.051 0.006 0.812 3 E 0.059 0.003 0.021 0.074 0.077 0.141 0.015 0.608 4 I 0.011 0.001 0.008 0.018 0.021 0.027 0.002 0.912 5 L 0.036 0.002 0.073 0.378 0.397 0.049 0.003 0.063 6 Q 0.019 0.001 0.037 0.170 0.305 0.042 0.002 0.425 7 V 0.002 0.001 0.080 0.444 0.451 0.005 0.001 0.017 8 A 0.003 0.001 0.061 0.416 0.450 0.007 0.001 0.062 9 L 0.001 0.001 0.050 0.359 0.513 0.006 0.001 0.071 10 H 0.001 0.001 0.083 0.305 0.551 0.014 0.001 0.045 11 K 0.003 0.001 0.055 0.288 0.439 0.033 0.001 0.180 12 R 0.006 0.001 0.046 0.109 0.357 0.077 0.002 0.402 13 D 0.015 0.002 0.012 0.025 0.059 0.135 0.005 0.748 14 S 0.046 0.003 0.007 0.015 0.019 0.147 0.014 0.750 15 G 0.159 0.007 0.014 0.020 0.022 0.213 0.049 0.516 16 E 0.192 0.011 0.044 0.038 0.043 0.284 0.032 0.357 17 Q 0.032 0.007 0.029 0.037 0.056 0.134 0.008 0.696 18 L 0.059 0.009 0.050 0.148 0.257 0.131 0.006 0.339 19 G 0.089 0.003 0.074 0.211 0.383 0.099 0.008 0.133 20 I 0.026 0.003 0.082 0.308 0.364 0.030 0.002 0.185 21 K 0.003 0.001 0.108 0.422 0.418 0.008 0.001 0.038 22 L 0.005 0.001 0.036 0.191 0.487 0.026 0.001 0.252 23 V 0.002 0.001 0.142 0.329 0.450 0.019 0.001 0.056 24 R 0.006 0.003 0.049 0.189 0.243 0.063 0.003 0.444 25 R 0.034 0.003 0.060 0.077 0.184 0.102 0.008 0.532 26 T 0.036 0.002 0.024 0.040 0.067 0.205 0.007 0.619 27 D 0.030 0.003 0.016 0.028 0.045 0.121 0.022 0.735 28 E 0.071 0.003 0.018 0.025 0.033 0.219 0.011 0.620 29 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.989 30 G 0.049 0.001 0.051 0.082 0.151 0.148 0.010 0.508 31 V 0.073 0.001 0.229 0.196 0.185 0.048 0.004 0.263 32 F 0.007 0.001 0.142 0.255 0.368 0.032 0.001 0.194 33 I 0.005 0.001 0.132 0.201 0.526 0.024 0.001 0.111 34 L 0.002 0.001 0.207 0.336 0.402 0.013 0.001 0.038 35 D 0.005 0.003 0.141 0.270 0.340 0.027 0.003 0.211 36 L 0.015 0.003 0.323 0.123 0.276 0.032 0.006 0.224 37 L 0.012 0.010 0.153 0.173 0.284 0.128 0.004 0.237 38 E 0.004 0.004 0.021 0.016 0.055 0.053 0.004 0.843 39 G 0.047 0.020 0.030 0.030 0.045 0.082 0.031 0.716 40 G 0.404 0.006 0.015 0.010 0.009 0.083 0.034 0.438 41 L 0.028 0.008 0.042 0.024 0.028 0.073 0.004 0.793 42 A 0.057 0.039 0.019 0.084 0.297 0.122 0.004 0.378 43 A 0.114 0.084 0.029 0.100 0.319 0.105 0.009 0.240 44 Q 0.135 0.219 0.023 0.071 0.113 0.102 0.025 0.311 45 D 0.217 0.270 0.035 0.063 0.054 0.056 0.055 0.250 46 G 0.589 0.039 0.012 0.070 0.021 0.008 0.158 0.103 47 R 0.462 0.006 0.105 0.039 0.097 0.118 0.018 0.156 48 L 0.025 0.006 0.052 0.171 0.279 0.059 0.005 0.402 49 S 0.028 0.006 0.031 0.150 0.317 0.283 0.006 0.180 50 S 0.003 0.001 0.010 0.027 0.025 0.021 0.001 0.910 51 N 0.013 0.007 0.078 0.138 0.165 0.168 0.015 0.417 52 D 0.431 0.001 0.024 0.051 0.070 0.239 0.021 0.163 53 R 0.070 0.003 0.228 0.254 0.253 0.121 0.004 0.066 54 V 0.007 0.001 0.047 0.286 0.609 0.025 0.001 0.024 55 L 0.003 0.001 0.213 0.332 0.428 0.007 0.001 0.016 56 A 0.002 0.002 0.125 0.388 0.428 0.010 0.001 0.044 57 I 0.002 0.003 0.171 0.269 0.458 0.016 0.002 0.080 58 N 0.003 0.003 0.100 0.140 0.334 0.082 0.004 0.333 59 G 0.020 0.005 0.096 0.092 0.187 0.093 0.018 0.489 60 H 0.192 0.003 0.083 0.051 0.090 0.250 0.011 0.319 61 D 0.015 0.004 0.034 0.031 0.041 0.107 0.005 0.762 62 L 0.075 0.023 0.104 0.100 0.187 0.079 0.008 0.424 63 K 0.050 0.012 0.053 0.041 0.067 0.504 0.012 0.262 64 Y 0.290 0.011 0.018 0.021 0.040 0.136 0.022 0.463 65 G 0.220 0.034 0.075 0.032 0.038 0.164 0.013 0.424 66 T 0.024 0.012 0.014 0.014 0.022 0.383 0.005 0.526 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 68 E 0.003 0.010 0.002 0.002 0.010 0.337 0.001 0.637 69 L 0.036 0.033 0.001 0.001 0.001 0.606 0.002 0.321 70 A 0.011 0.911 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.071 71 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 72 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 73 I 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 74 I 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 Q 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 76 A 0.035 0.909 0.002 0.003 0.002 0.002 0.027 0.021 77 S 0.212 0.544 0.008 0.006 0.004 0.005 0.153 0.068 78 G 0.328 0.112 0.024 0.015 0.006 0.013 0.330 0.172 79 E 0.128 0.022 0.197 0.054 0.030 0.121 0.094 0.354 80 R 0.032 0.002 0.064 0.061 0.067 0.091 0.011 0.671 81 V 0.051 0.001 0.129 0.249 0.413 0.088 0.003 0.067 82 N 0.007 0.001 0.170 0.349 0.354 0.027 0.001 0.091 83 L 0.001 0.001 0.163 0.477 0.338 0.003 0.001 0.018 84 T 0.001 0.001 0.108 0.361 0.496 0.003 0.001 0.031 85 I 0.001 0.001 0.163 0.336 0.457 0.005 0.001 0.038 86 A 0.001 0.001 0.166 0.205 0.544 0.016 0.001 0.067 87 R 0.002 0.001 0.081 0.213 0.393 0.049 0.001 0.260 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 89 G 0.011 0.001 0.010 0.016 0.048 0.106 0.008 0.801 90 K 0.389 0.001 0.006 0.008 0.007 0.080 0.009 0.501 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 92 E 0.019 0.002 0.013 0.022 0.080 0.135 0.002 0.727 93 I 0.187 0.008 0.030 0.020 0.030 0.077 0.005 0.645 94 E 0.068 0.028 0.016 0.031 0.051 0.130 0.005 0.672 95 L 0.150 0.050 0.032 0.032 0.067 0.096 0.006 0.567