# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.126 0.153 0.287 0.129 0.079 0.053 0.098 0.019 0.035 0.017 0.003 2 M 0.132 0.206 0.345 0.101 0.088 0.026 0.045 0.018 0.023 0.013 0.002 3 E 0.059 0.333 0.395 0.067 0.047 0.032 0.030 0.004 0.028 0.002 0.003 4 I 0.037 0.293 0.577 0.030 0.023 0.019 0.004 0.001 0.013 0.001 0.003 5 L 0.028 0.638 0.244 0.019 0.048 0.009 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 6 Q 0.008 0.637 0.248 0.013 0.040 0.021 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 7 V 0.001 0.946 0.022 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 A 0.003 0.670 0.245 0.001 0.028 0.028 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 9 L 0.011 0.534 0.357 0.006 0.027 0.039 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 10 H 0.028 0.599 0.213 0.017 0.067 0.039 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 11 K 0.049 0.481 0.293 0.033 0.076 0.037 0.005 0.001 0.021 0.002 0.001 12 R 0.099 0.232 0.397 0.060 0.091 0.035 0.019 0.006 0.044 0.015 0.001 13 D 0.314 0.094 0.275 0.170 0.035 0.044 0.028 0.008 0.021 0.008 0.003 14 S 0.205 0.053 0.152 0.356 0.044 0.017 0.123 0.022 0.013 0.015 0.001 15 G 0.049 0.008 0.035 0.018 0.060 0.007 0.059 0.484 0.004 0.277 0.001 16 E 0.244 0.155 0.366 0.139 0.031 0.019 0.020 0.002 0.015 0.007 0.002 17 Q 0.137 0.157 0.241 0.168 0.065 0.054 0.083 0.040 0.034 0.017 0.002 18 L 0.100 0.197 0.318 0.297 0.039 0.009 0.026 0.002 0.008 0.001 0.002 19 G 0.014 0.068 0.093 0.026 0.179 0.012 0.141 0.384 0.013 0.071 0.001 20 I 0.002 0.829 0.120 0.003 0.035 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 21 K 0.001 0.868 0.088 0.001 0.027 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 22 L 0.011 0.474 0.391 0.005 0.027 0.067 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 23 V 0.038 0.688 0.118 0.027 0.079 0.021 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 24 R 0.061 0.166 0.245 0.077 0.205 0.049 0.094 0.033 0.033 0.036 0.001 25 R 0.095 0.171 0.200 0.102 0.155 0.034 0.080 0.090 0.025 0.047 0.001 26 T 0.158 0.319 0.303 0.122 0.044 0.019 0.013 0.002 0.013 0.005 0.002 27 D 0.131 0.122 0.233 0.237 0.055 0.071 0.067 0.030 0.032 0.019 0.003 28 E 0.016 0.293 0.360 0.007 0.083 0.011 0.009 0.001 0.213 0.007 0.001 29 P 0.166 0.002 0.710 0.025 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.087 30 G 0.027 0.037 0.063 0.026 0.071 0.008 0.099 0.631 0.013 0.025 0.001 31 V 0.015 0.619 0.289 0.010 0.037 0.009 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 32 F 0.019 0.618 0.279 0.007 0.021 0.043 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 33 I 0.041 0.515 0.326 0.013 0.020 0.058 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 34 L 0.183 0.425 0.183 0.056 0.087 0.026 0.004 0.001 0.033 0.001 0.002 35 D 0.093 0.359 0.184 0.064 0.106 0.085 0.055 0.008 0.042 0.003 0.001 36 L 0.073 0.338 0.453 0.056 0.014 0.043 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 37 L 0.067 0.406 0.356 0.017 0.046 0.024 0.004 0.001 0.076 0.003 0.001 38 E 0.214 0.018 0.582 0.096 0.013 0.027 0.021 0.001 0.009 0.003 0.015 39 G 0.016 0.001 0.016 0.016 0.027 0.004 0.061 0.660 0.002 0.198 0.001 40 G 0.083 0.047 0.477 0.031 0.140 0.018 0.013 0.011 0.021 0.160 0.001 41 L 0.746 0.016 0.161 0.035 0.008 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 42 A 0.686 0.054 0.073 0.120 0.022 0.020 0.010 0.004 0.006 0.004 0.001 43 A 0.783 0.041 0.068 0.081 0.008 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 44 Q 0.757 0.064 0.039 0.099 0.010 0.009 0.011 0.002 0.007 0.001 0.001 45 D 0.088 0.036 0.079 0.611 0.014 0.014 0.135 0.005 0.016 0.001 0.001 46 G 0.007 0.003 0.010 0.007 0.035 0.002 0.127 0.723 0.001 0.085 0.001 47 R 0.065 0.378 0.430 0.037 0.029 0.027 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 48 L 0.044 0.276 0.545 0.043 0.011 0.057 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 49 S 0.024 0.601 0.210 0.014 0.103 0.018 0.002 0.001 0.026 0.002 0.001 50 S 0.215 0.072 0.543 0.067 0.034 0.029 0.008 0.002 0.008 0.005 0.017 51 N 0.078 0.041 0.064 0.156 0.069 0.023 0.266 0.237 0.026 0.040 0.001 52 D 0.092 0.231 0.354 0.131 0.065 0.029 0.049 0.013 0.030 0.004 0.002 53 R 0.104 0.515 0.272 0.040 0.028 0.023 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 54 V 0.082 0.530 0.317 0.015 0.018 0.016 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 55 L 0.088 0.534 0.251 0.025 0.050 0.031 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 56 A 0.081 0.536 0.244 0.024 0.043 0.038 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 57 I 0.076 0.550 0.284 0.026 0.020 0.015 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 58 N 0.097 0.099 0.298 0.223 0.031 0.068 0.146 0.007 0.025 0.002 0.004 59 G 0.009 0.005 0.009 0.018 0.033 0.010 0.237 0.632 0.003 0.044 0.001 60 H 0.073 0.498 0.283 0.064 0.038 0.012 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 61 D 0.086 0.159 0.381 0.054 0.023 0.231 0.017 0.002 0.038 0.002 0.006 62 L 0.294 0.303 0.192 0.088 0.058 0.046 0.005 0.001 0.009 0.004 0.001 63 K 0.402 0.282 0.086 0.146 0.055 0.011 0.004 0.001 0.010 0.003 0.001 64 Y 0.072 0.064 0.123 0.214 0.107 0.038 0.303 0.024 0.037 0.018 0.001 65 G 0.053 0.021 0.132 0.059 0.109 0.023 0.073 0.265 0.009 0.256 0.001 66 T 0.044 0.113 0.743 0.015 0.033 0.022 0.001 0.001 0.024 0.005 0.001 67 P 0.972 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 68 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.956 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.780 0.004 0.007 0.194 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 77 S 0.159 0.008 0.051 0.726 0.002 0.003 0.046 0.002 0.003 0.001 0.001 78 G 0.012 0.001 0.007 0.010 0.019 0.001 0.169 0.635 0.001 0.146 0.001 79 E 0.096 0.155 0.495 0.152 0.041 0.012 0.027 0.007 0.009 0.005 0.001 80 R 0.031 0.303 0.477 0.086 0.029 0.031 0.015 0.004 0.020 0.001 0.003 81 V 0.003 0.836 0.113 0.004 0.033 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 82 N 0.005 0.672 0.252 0.004 0.026 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 83 L 0.003 0.687 0.227 0.003 0.040 0.016 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 84 T 0.005 0.769 0.153 0.003 0.033 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 85 I 0.009 0.484 0.418 0.006 0.015 0.044 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 86 A 0.041 0.497 0.308 0.028 0.042 0.044 0.003 0.001 0.033 0.001 0.002 87 R 0.006 0.262 0.345 0.002 0.077 0.012 0.002 0.001 0.289 0.004 0.001 88 P 0.088 0.002 0.793 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 89 G 0.062 0.018 0.083 0.041 0.059 0.013 0.051 0.578 0.011 0.085 0.001 90 K 0.019 0.154 0.678 0.012 0.040 0.013 0.002 0.001 0.078 0.002 0.002 91 P 0.104 0.010 0.794 0.015 0.002 0.017 0.003 0.001 0.003 0.001 0.051 92 E 0.210 0.184 0.423 0.079 0.033 0.032 0.008 0.006 0.022 0.002 0.002 93 I 0.220 0.260 0.359 0.064 0.035 0.030 0.004 0.002 0.024 0.001 0.002 94 E 0.204 0.192 0.367 0.084 0.038 0.058 0.021 0.004 0.026 0.003 0.004 95 L 0.268 0.237 0.278 0.101 0.037 0.037 0.012 0.003 0.023 0.003 0.002