# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.239 0.119 0.077 0.046 0.218 0.025 0.038 0.040 0.046 0.086 0.067 2 M 0.103 0.259 0.132 0.024 0.211 0.032 0.027 0.037 0.060 0.075 0.041 3 E 0.129 0.265 0.063 0.008 0.385 0.013 0.053 0.024 0.017 0.022 0.022 4 I 0.542 0.046 0.003 0.001 0.358 0.002 0.004 0.004 0.004 0.005 0.031 5 L 0.100 0.151 0.011 0.007 0.568 0.052 0.072 0.010 0.005 0.007 0.018 6 Q 0.420 0.016 0.001 0.001 0.550 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 7 V 0.228 0.065 0.005 0.002 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 8 A 0.267 0.053 0.002 0.001 0.646 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 9 L 0.402 0.061 0.006 0.002 0.451 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.074 10 H 0.170 0.212 0.046 0.023 0.436 0.017 0.012 0.003 0.002 0.011 0.068 11 K 0.203 0.184 0.079 0.042 0.295 0.027 0.028 0.012 0.015 0.040 0.074 12 R 0.059 0.223 0.315 0.117 0.107 0.044 0.030 0.028 0.020 0.032 0.026 13 D 0.047 0.073 0.137 0.135 0.067 0.086 0.090 0.140 0.113 0.075 0.037 14 S 0.026 0.142 0.096 0.133 0.044 0.080 0.122 0.132 0.136 0.069 0.019 15 G 0.040 0.031 0.071 0.165 0.028 0.067 0.022 0.039 0.053 0.388 0.095 16 E 0.046 0.237 0.170 0.037 0.141 0.023 0.057 0.082 0.075 0.094 0.037 17 Q 0.264 0.123 0.046 0.023 0.178 0.025 0.033 0.027 0.033 0.110 0.138 18 L 0.112 0.241 0.055 0.036 0.353 0.054 0.058 0.012 0.014 0.030 0.035 19 G 0.346 0.079 0.011 0.009 0.459 0.011 0.030 0.004 0.004 0.011 0.036 20 I 0.245 0.063 0.006 0.001 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 21 K 0.167 0.086 0.004 0.001 0.722 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 22 L 0.510 0.039 0.005 0.002 0.255 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.177 23 V 0.095 0.118 0.068 0.177 0.168 0.127 0.087 0.019 0.013 0.059 0.069 24 R 0.055 0.149 0.179 0.265 0.084 0.055 0.042 0.030 0.044 0.069 0.028 25 R 0.060 0.137 0.188 0.124 0.121 0.043 0.019 0.040 0.056 0.155 0.056 26 T 0.062 0.285 0.136 0.035 0.137 0.034 0.064 0.088 0.101 0.040 0.019 27 D 0.066 0.056 0.097 0.046 0.046 0.066 0.095 0.059 0.084 0.288 0.097 28 E 0.069 0.264 0.353 0.063 0.148 0.023 0.019 0.009 0.011 0.025 0.017 29 P 0.040 0.068 0.049 0.195 0.044 0.164 0.149 0.066 0.111 0.079 0.035 30 G 0.061 0.072 0.045 0.150 0.053 0.037 0.065 0.029 0.043 0.297 0.148 31 V 0.122 0.231 0.024 0.002 0.599 0.002 0.003 0.003 0.002 0.004 0.008 32 F 0.200 0.073 0.003 0.001 0.705 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 33 I 0.599 0.026 0.003 0.002 0.178 0.003 0.002 0.006 0.005 0.005 0.171 34 L 0.095 0.154 0.093 0.046 0.231 0.154 0.077 0.038 0.023 0.035 0.053 35 D 0.240 0.137 0.030 0.007 0.500 0.003 0.007 0.011 0.007 0.032 0.027 36 L 0.239 0.149 0.019 0.010 0.378 0.008 0.011 0.021 0.028 0.046 0.089 37 L 0.074 0.176 0.408 0.047 0.162 0.046 0.037 0.021 0.008 0.007 0.015 38 E 0.028 0.087 0.060 0.038 0.039 0.052 0.174 0.322 0.164 0.022 0.014 39 G 0.015 0.028 0.028 0.089 0.017 0.046 0.046 0.095 0.082 0.529 0.025 40 G 0.035 0.187 0.145 0.075 0.082 0.018 0.013 0.208 0.093 0.101 0.043 41 L 0.052 0.067 0.026 0.008 0.090 0.007 0.021 0.389 0.198 0.094 0.049 42 A 0.047 0.052 0.012 0.006 0.086 0.018 0.038 0.456 0.221 0.046 0.017 43 A 0.039 0.069 0.043 0.011 0.054 0.017 0.063 0.480 0.161 0.047 0.016 44 Q 0.034 0.018 0.027 0.015 0.030 0.036 0.117 0.407 0.139 0.138 0.039 45 D 0.022 0.601 0.172 0.034 0.059 0.017 0.037 0.022 0.015 0.015 0.007 46 G 0.025 0.023 0.053 0.101 0.020 0.027 0.015 0.030 0.037 0.416 0.252 47 R 0.062 0.406 0.085 0.011 0.280 0.004 0.015 0.039 0.026 0.055 0.017 48 L 0.181 0.218 0.036 0.013 0.385 0.024 0.017 0.020 0.019 0.033 0.053 49 S 0.052 0.105 0.646 0.068 0.084 0.018 0.006 0.006 0.003 0.004 0.009 50 S 0.006 0.026 0.020 0.011 0.016 0.018 0.138 0.467 0.288 0.006 0.005 51 N 0.022 0.023 0.025 0.023 0.012 0.021 0.022 0.037 0.044 0.715 0.057 52 D 0.052 0.435 0.064 0.007 0.267 0.008 0.015 0.018 0.016 0.074 0.044 53 R 0.263 0.055 0.004 0.001 0.631 0.004 0.011 0.008 0.005 0.005 0.013 54 V 0.327 0.082 0.006 0.006 0.494 0.005 0.006 0.006 0.005 0.004 0.060 55 L 0.210 0.146 0.020 0.004 0.570 0.008 0.010 0.004 0.002 0.004 0.022 56 A 0.320 0.109 0.019 0.003 0.489 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 0.045 57 I 0.272 0.104 0.027 0.067 0.168 0.050 0.020 0.011 0.010 0.035 0.233 58 N 0.016 0.086 0.073 0.350 0.036 0.246 0.151 0.012 0.009 0.013 0.007 59 G 0.058 0.015 0.028 0.109 0.026 0.013 0.006 0.006 0.015 0.532 0.192 60 H 0.035 0.490 0.197 0.010 0.213 0.008 0.006 0.009 0.011 0.013 0.009 61 D 0.185 0.258 0.059 0.006 0.352 0.011 0.015 0.015 0.017 0.021 0.062 62 L 0.303 0.111 0.028 0.017 0.191 0.015 0.017 0.052 0.113 0.031 0.122 63 K 0.024 0.063 0.045 0.062 0.055 0.183 0.227 0.163 0.113 0.048 0.018 64 Y 0.080 0.111 0.092 0.036 0.112 0.018 0.042 0.104 0.096 0.249 0.061 65 G 0.035 0.211 0.151 0.035 0.094 0.027 0.039 0.043 0.058 0.277 0.029 66 T 0.019 0.570 0.328 0.002 0.068 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 67 P 0.002 0.011 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.684 0.286 0.004 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.901 0.090 0.002 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.024 0.010 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.980 0.014 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.894 0.095 0.004 0.001 75 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.808 0.157 0.003 0.001 76 A 0.008 0.004 0.007 0.003 0.005 0.015 0.279 0.427 0.110 0.126 0.015 77 S 0.037 0.539 0.146 0.017 0.094 0.015 0.094 0.016 0.010 0.022 0.008 78 G 0.049 0.006 0.006 0.039 0.010 0.031 0.015 0.015 0.026 0.450 0.354 79 E 0.049 0.321 0.104 0.025 0.209 0.017 0.061 0.036 0.042 0.101 0.034 80 R 0.302 0.057 0.003 0.001 0.601 0.003 0.008 0.003 0.003 0.005 0.015 81 V 0.203 0.042 0.002 0.001 0.730 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 82 N 0.324 0.031 0.002 0.001 0.613 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 83 L 0.267 0.056 0.005 0.001 0.664 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 T 0.160 0.059 0.002 0.001 0.761 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 85 I 0.375 0.064 0.003 0.001 0.392 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.161 86 A 0.177 0.175 0.062 0.037 0.272 0.034 0.035 0.004 0.006 0.048 0.150 87 R 0.058 0.280 0.392 0.061 0.165 0.014 0.008 0.003 0.004 0.005 0.011 88 P 0.033 0.149 0.096 0.146 0.057 0.087 0.113 0.082 0.175 0.042 0.021 89 G 0.028 0.085 0.117 0.140 0.045 0.046 0.075 0.040 0.086 0.291 0.047 90 K 0.066 0.364 0.230 0.018 0.196 0.006 0.007 0.013 0.020 0.043 0.035 91 P 0.062 0.373 0.142 0.012 0.190 0.015 0.025 0.057 0.064 0.031 0.030 92 E 0.168 0.204 0.070 0.015 0.225 0.012 0.032 0.089 0.081 0.047 0.056 93 I 0.080 0.255 0.087 0.018 0.183 0.028 0.046 0.135 0.085 0.048 0.035 94 E 0.165 0.183 0.076 0.015 0.259 0.014 0.030 0.111 0.041 0.054 0.053 95 L 0.141 0.175 0.048 0.015 0.221 0.019 0.030 0.161 0.084 0.060 0.047