# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.818 0.154 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 2 M 0.746 0.177 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 3 E 0.715 0.224 0.047 0.011 0.002 0.001 0.001 4 I 0.359 0.315 0.217 0.086 0.019 0.003 0.001 5 L 0.123 0.180 0.266 0.269 0.135 0.025 0.001 6 Q 0.173 0.373 0.242 0.138 0.056 0.017 0.001 7 V 0.030 0.061 0.121 0.253 0.342 0.183 0.010 8 A 0.062 0.246 0.306 0.231 0.123 0.031 0.001 9 L 0.023 0.058 0.131 0.257 0.347 0.177 0.008 10 H 0.080 0.234 0.345 0.219 0.101 0.020 0.001 11 K 0.121 0.211 0.314 0.254 0.087 0.013 0.001 12 R 0.488 0.348 0.120 0.035 0.009 0.001 0.001 13 D 0.643 0.270 0.061 0.022 0.004 0.001 0.001 14 S 0.778 0.194 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 15 G 0.578 0.308 0.085 0.024 0.004 0.001 0.001 16 E 0.422 0.350 0.164 0.051 0.011 0.001 0.001 17 Q 0.199 0.475 0.226 0.074 0.023 0.003 0.001 18 L 0.005 0.032 0.105 0.305 0.393 0.154 0.007 19 G 0.003 0.030 0.149 0.333 0.307 0.170 0.009 20 I 0.001 0.003 0.008 0.020 0.130 0.683 0.155 21 K 0.002 0.031 0.184 0.428 0.271 0.076 0.008 22 L 0.001 0.006 0.012 0.044 0.250 0.616 0.072 23 V 0.005 0.059 0.251 0.386 0.235 0.062 0.001 24 R 0.110 0.304 0.284 0.204 0.079 0.020 0.001 25 R 0.129 0.240 0.379 0.198 0.047 0.006 0.001 26 T 0.378 0.293 0.180 0.107 0.036 0.005 0.001 27 D 0.599 0.328 0.052 0.015 0.005 0.001 0.001 28 E 0.465 0.412 0.084 0.028 0.009 0.001 0.001 29 P 0.152 0.329 0.223 0.181 0.094 0.019 0.001 30 G 0.015 0.102 0.261 0.337 0.214 0.068 0.003 31 V 0.005 0.018 0.065 0.131 0.330 0.381 0.070 32 F 0.002 0.015 0.077 0.157 0.259 0.372 0.118 33 I 0.001 0.006 0.014 0.049 0.173 0.519 0.238 34 L 0.003 0.040 0.154 0.313 0.309 0.167 0.014 35 D 0.011 0.113 0.204 0.319 0.250 0.097 0.007 36 L 0.003 0.010 0.041 0.174 0.401 0.345 0.026 37 L 0.028 0.121 0.217 0.336 0.230 0.065 0.003 38 E 0.281 0.426 0.178 0.076 0.029 0.010 0.001 39 G 0.220 0.300 0.259 0.173 0.037 0.010 0.001 40 G 0.136 0.137 0.173 0.235 0.213 0.097 0.007 41 L 0.135 0.210 0.238 0.209 0.140 0.062 0.006 42 A 0.146 0.142 0.182 0.213 0.205 0.100 0.013 43 A 0.291 0.325 0.194 0.114 0.056 0.018 0.002 44 Q 0.289 0.272 0.197 0.142 0.070 0.027 0.004 45 D 0.327 0.235 0.190 0.146 0.071 0.028 0.004 46 G 0.424 0.267 0.151 0.099 0.041 0.016 0.002 47 R 0.286 0.291 0.203 0.128 0.061 0.027 0.005 48 L 0.117 0.090 0.135 0.242 0.259 0.138 0.020 49 S 0.216 0.278 0.227 0.153 0.087 0.036 0.004 50 S 0.234 0.255 0.189 0.157 0.103 0.053 0.009 51 N 0.202 0.242 0.185 0.168 0.122 0.065 0.015 52 D 0.086 0.123 0.173 0.226 0.222 0.140 0.029 53 R 0.065 0.135 0.211 0.234 0.197 0.125 0.033 54 V 0.034 0.042 0.062 0.122 0.225 0.366 0.149 55 L 0.021 0.046 0.090 0.172 0.292 0.308 0.071 56 A 0.078 0.212 0.240 0.225 0.158 0.075 0.012 57 I 0.029 0.065 0.124 0.230 0.316 0.205 0.031 58 N 0.095 0.192 0.219 0.235 0.178 0.074 0.007 59 G 0.267 0.311 0.217 0.131 0.055 0.017 0.001 60 H 0.291 0.304 0.226 0.133 0.038 0.009 0.001 61 D 0.219 0.314 0.238 0.152 0.061 0.016 0.001 62 L 0.098 0.082 0.162 0.283 0.269 0.099 0.007 63 K 0.362 0.388 0.154 0.065 0.027 0.005 0.001 64 Y 0.405 0.382 0.150 0.048 0.012 0.002 0.001 65 G 0.171 0.241 0.268 0.229 0.081 0.010 0.001 66 T 0.247 0.320 0.214 0.127 0.073 0.018 0.001 67 P 0.057 0.116 0.240 0.314 0.204 0.066 0.004 68 E 0.453 0.414 0.097 0.026 0.008 0.001 0.001 69 L 0.074 0.247 0.350 0.249 0.069 0.010 0.001 70 A 0.004 0.011 0.020 0.055 0.295 0.525 0.090 71 A 0.003 0.036 0.150 0.396 0.284 0.126 0.005 72 Q 0.049 0.289 0.311 0.227 0.090 0.032 0.002 73 I 0.003 0.018 0.112 0.301 0.395 0.164 0.007 74 I 0.003 0.011 0.028 0.072 0.329 0.515 0.042 75 Q 0.060 0.327 0.375 0.179 0.054 0.006 0.001 76 A 0.204 0.464 0.196 0.106 0.026 0.004 0.001 77 S 0.147 0.216 0.267 0.245 0.106 0.019 0.001 78 G 0.373 0.349 0.173 0.076 0.025 0.004 0.001 79 E 0.429 0.426 0.106 0.033 0.006 0.001 0.001 80 R 0.057 0.298 0.375 0.203 0.057 0.010 0.001 81 V 0.006 0.020 0.049 0.172 0.460 0.272 0.021 82 N 0.004 0.077 0.268 0.444 0.161 0.044 0.002 83 L 0.002 0.010 0.017 0.057 0.248 0.601 0.066 84 T 0.002 0.038 0.201 0.432 0.248 0.076 0.003 85 I 0.003 0.014 0.035 0.115 0.340 0.457 0.035 86 A 0.023 0.140 0.332 0.283 0.177 0.043 0.002 87 R 0.130 0.256 0.250 0.239 0.103 0.021 0.001 88 P 0.441 0.349 0.138 0.052 0.018 0.003 0.001 89 G 0.573 0.254 0.103 0.053 0.015 0.002 0.001 90 K 0.735 0.208 0.042 0.011 0.003 0.001 0.001 91 P 0.694 0.230 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 92 E 0.626 0.241 0.090 0.032 0.009 0.002 0.001 93 I 0.545 0.223 0.143 0.067 0.018 0.004 0.001 94 E 0.720 0.195 0.060 0.018 0.005 0.001 0.001 95 L 0.496 0.190 0.151 0.108 0.041 0.013 0.001