# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.500 0.202 0.146 0.070 0.045 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.176 0.121 0.127 0.173 0.166 0.104 0.060 0.038 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 3 E 0.229 0.211 0.159 0.144 0.115 0.060 0.037 0.021 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 4 I 0.039 0.052 0.072 0.121 0.162 0.156 0.137 0.109 0.067 0.049 0.022 0.009 0.004 0.002 5 L 0.015 0.016 0.028 0.062 0.093 0.122 0.151 0.157 0.120 0.113 0.070 0.032 0.014 0.008 6 Q 0.005 0.010 0.019 0.041 0.080 0.087 0.100 0.160 0.136 0.147 0.107 0.060 0.027 0.019 7 V 0.003 0.001 0.002 0.003 0.006 0.015 0.028 0.060 0.105 0.188 0.203 0.228 0.118 0.041 8 A 0.004 0.006 0.013 0.038 0.056 0.061 0.103 0.188 0.173 0.142 0.097 0.068 0.030 0.022 9 L 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.026 0.040 0.117 0.133 0.217 0.224 0.141 0.066 0.018 10 H 0.011 0.024 0.046 0.095 0.136 0.146 0.147 0.162 0.109 0.067 0.032 0.015 0.006 0.004 11 K 0.043 0.063 0.083 0.145 0.179 0.135 0.099 0.086 0.073 0.053 0.027 0.010 0.002 0.002 12 R 0.119 0.128 0.162 0.176 0.164 0.119 0.052 0.033 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 13 D 0.316 0.252 0.140 0.153 0.079 0.027 0.012 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.473 0.310 0.130 0.056 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.494 0.281 0.140 0.043 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.213 0.250 0.190 0.140 0.105 0.049 0.030 0.012 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.179 0.196 0.161 0.100 0.113 0.095 0.077 0.033 0.022 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 18 L 0.004 0.006 0.016 0.039 0.095 0.120 0.133 0.163 0.124 0.131 0.097 0.039 0.021 0.010 19 G 0.002 0.005 0.007 0.022 0.039 0.056 0.096 0.146 0.139 0.138 0.139 0.137 0.043 0.030 20 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.023 0.070 0.121 0.210 0.227 0.217 0.082 0.030 21 K 0.001 0.003 0.005 0.011 0.020 0.030 0.054 0.181 0.182 0.162 0.159 0.112 0.050 0.031 22 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.018 0.027 0.078 0.114 0.200 0.212 0.200 0.101 0.037 23 V 0.006 0.014 0.027 0.060 0.102 0.117 0.137 0.175 0.150 0.118 0.047 0.028 0.011 0.009 24 R 0.031 0.055 0.077 0.133 0.174 0.134 0.104 0.091 0.090 0.055 0.035 0.013 0.004 0.004 25 R 0.084 0.129 0.154 0.194 0.155 0.115 0.068 0.042 0.037 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 26 T 0.239 0.253 0.164 0.138 0.085 0.050 0.028 0.020 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 27 D 0.313 0.282 0.182 0.102 0.056 0.030 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.310 0.271 0.188 0.084 0.064 0.039 0.022 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 29 P 0.074 0.103 0.130 0.140 0.212 0.133 0.095 0.049 0.030 0.017 0.012 0.003 0.002 0.001 30 G 0.022 0.033 0.051 0.086 0.160 0.168 0.178 0.097 0.073 0.056 0.042 0.018 0.008 0.007 31 V 0.009 0.007 0.011 0.025 0.041 0.074 0.103 0.111 0.151 0.141 0.160 0.097 0.045 0.026 32 F 0.004 0.004 0.007 0.018 0.026 0.045 0.069 0.122 0.158 0.151 0.164 0.131 0.064 0.037 33 I 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.033 0.102 0.151 0.171 0.187 0.198 0.098 0.030 34 L 0.007 0.010 0.015 0.029 0.037 0.056 0.080 0.186 0.144 0.156 0.140 0.068 0.052 0.019 35 D 0.023 0.041 0.055 0.080 0.119 0.108 0.111 0.093 0.117 0.091 0.077 0.051 0.015 0.020 36 L 0.007 0.008 0.016 0.038 0.069 0.116 0.158 0.195 0.161 0.126 0.065 0.027 0.010 0.005 37 L 0.024 0.060 0.094 0.128 0.156 0.180 0.135 0.100 0.071 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 38 E 0.124 0.128 0.147 0.137 0.161 0.100 0.075 0.063 0.032 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 39 G 0.098 0.143 0.155 0.151 0.172 0.097 0.069 0.054 0.033 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 40 G 0.116 0.099 0.107 0.145 0.159 0.144 0.092 0.059 0.039 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 41 L 0.092 0.088 0.104 0.152 0.193 0.148 0.094 0.054 0.041 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 42 A 0.158 0.074 0.083 0.132 0.136 0.147 0.109 0.051 0.045 0.029 0.022 0.009 0.004 0.001 43 A 0.266 0.226 0.162 0.131 0.084 0.055 0.038 0.018 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.243 0.133 0.142 0.125 0.130 0.092 0.054 0.033 0.023 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 45 D 0.259 0.170 0.168 0.146 0.116 0.057 0.039 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.441 0.152 0.110 0.089 0.075 0.057 0.031 0.021 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 47 R 0.160 0.136 0.158 0.191 0.184 0.080 0.043 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 48 L 0.064 0.040 0.057 0.122 0.161 0.182 0.151 0.103 0.056 0.042 0.012 0.006 0.003 0.001 49 S 0.104 0.133 0.142 0.172 0.162 0.119 0.077 0.047 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 50 S 0.105 0.077 0.110 0.136 0.157 0.138 0.093 0.071 0.043 0.034 0.022 0.008 0.003 0.002 51 N 0.068 0.081 0.093 0.148 0.182 0.140 0.097 0.057 0.056 0.038 0.023 0.011 0.004 0.003 52 D 0.029 0.027 0.043 0.080 0.093 0.110 0.142 0.150 0.136 0.091 0.053 0.027 0.013 0.006 53 R 0.012 0.015 0.025 0.051 0.079 0.113 0.124 0.220 0.143 0.106 0.062 0.026 0.016 0.009 54 V 0.008 0.006 0.008 0.015 0.036 0.056 0.064 0.091 0.135 0.158 0.159 0.140 0.086 0.039 55 L 0.017 0.013 0.020 0.049 0.053 0.071 0.119 0.114 0.136 0.140 0.123 0.080 0.042 0.023 56 A 0.030 0.038 0.056 0.084 0.097 0.116 0.138 0.111 0.128 0.065 0.080 0.033 0.012 0.013 57 I 0.011 0.009 0.015 0.027 0.056 0.104 0.115 0.180 0.158 0.127 0.107 0.048 0.032 0.008 58 N 0.051 0.081 0.094 0.147 0.164 0.130 0.114 0.092 0.054 0.035 0.021 0.010 0.004 0.002 59 G 0.118 0.108 0.138 0.140 0.173 0.107 0.077 0.047 0.044 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 60 H 0.120 0.104 0.114 0.154 0.157 0.126 0.081 0.062 0.042 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 61 D 0.192 0.182 0.135 0.151 0.124 0.082 0.058 0.036 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 62 L 0.058 0.048 0.075 0.112 0.159 0.185 0.147 0.099 0.059 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 63 K 0.222 0.156 0.159 0.148 0.134 0.088 0.046 0.024 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.333 0.158 0.151 0.116 0.105 0.056 0.036 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 65 G 0.242 0.153 0.120 0.163 0.132 0.086 0.048 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 66 T 0.221 0.170 0.162 0.141 0.113 0.085 0.050 0.027 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 67 P 0.062 0.059 0.093 0.162 0.192 0.181 0.121 0.066 0.039 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 68 E 0.417 0.308 0.160 0.056 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.094 0.182 0.206 0.201 0.167 0.080 0.037 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.005 0.006 0.013 0.046 0.101 0.172 0.286 0.265 0.084 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 71 A 0.014 0.040 0.098 0.185 0.223 0.194 0.135 0.063 0.029 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.515 0.325 0.113 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.011 0.029 0.080 0.181 0.243 0.213 0.151 0.070 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 74 I 0.006 0.008 0.025 0.076 0.176 0.213 0.249 0.143 0.079 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.241 0.271 0.197 0.156 0.081 0.034 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.353 0.233 0.172 0.122 0.066 0.030 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.036 0.052 0.087 0.216 0.239 0.180 0.101 0.053 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 78 G 0.139 0.221 0.208 0.161 0.118 0.071 0.046 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.210 0.160 0.172 0.142 0.133 0.085 0.051 0.021 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 80 R 0.028 0.050 0.077 0.153 0.214 0.183 0.131 0.057 0.047 0.030 0.019 0.006 0.003 0.003 81 V 0.005 0.003 0.009 0.017 0.039 0.075 0.121 0.128 0.165 0.161 0.126 0.090 0.043 0.019 82 N 0.003 0.007 0.011 0.037 0.063 0.076 0.115 0.222 0.149 0.122 0.093 0.055 0.029 0.019 83 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.016 0.041 0.089 0.157 0.255 0.259 0.121 0.044 84 T 0.003 0.004 0.007 0.018 0.031 0.041 0.079 0.191 0.195 0.180 0.108 0.082 0.037 0.025 85 I 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.026 0.043 0.117 0.145 0.193 0.215 0.142 0.071 0.025 86 A 0.010 0.018 0.034 0.065 0.098 0.143 0.163 0.172 0.132 0.080 0.046 0.023 0.010 0.007 87 R 0.041 0.065 0.076 0.123 0.163 0.131 0.113 0.086 0.081 0.062 0.039 0.013 0.004 0.003 88 P 0.120 0.140 0.165 0.151 0.145 0.110 0.070 0.041 0.036 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 89 G 0.293 0.196 0.143 0.125 0.099 0.059 0.036 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 90 K 0.368 0.212 0.176 0.103 0.074 0.031 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.421 0.152 0.138 0.099 0.085 0.052 0.027 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 E 0.360 0.160 0.143 0.115 0.111 0.049 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 93 I 0.273 0.107 0.093 0.136 0.135 0.103 0.062 0.046 0.019 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 94 E 0.356 0.189 0.130 0.120 0.095 0.047 0.027 0.015 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 95 L 0.137 0.066 0.091 0.129 0.140 0.147 0.106 0.078 0.046 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001