# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.006 0.037 0.071 0.159 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.043 0.092 0.242 0.241 0.001 2 M 0.006 0.006 0.031 0.016 0.542 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.109 0.064 0.035 0.051 0.077 0.001 3 E 0.013 0.013 0.495 0.282 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.003 0.005 0.009 0.044 0.042 0.001 4 I 0.014 0.019 0.002 0.002 0.869 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.065 0.002 0.006 0.005 0.002 0.003 5 L 0.076 0.061 0.523 0.172 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.002 0.138 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 6 Q 0.179 0.264 0.003 0.010 0.387 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.032 0.010 0.004 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 7 V 0.371 0.343 0.037 0.034 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.034 0.068 0.012 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 8 A 0.344 0.348 0.026 0.046 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.024 0.094 0.019 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 9 L 0.419 0.296 0.011 0.019 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.037 0.052 0.006 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 H 0.203 0.173 0.119 0.233 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.087 0.021 0.070 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 11 K 0.102 0.095 0.021 0.065 0.536 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.022 0.003 0.015 0.067 0.005 0.006 0.013 0.023 0.004 12 R 0.030 0.027 0.175 0.229 0.094 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.145 0.015 0.027 0.017 0.068 0.147 0.001 13 D 0.010 0.006 0.064 0.071 0.177 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.011 0.265 0.016 0.065 0.273 0.001 14 S 0.006 0.006 0.034 0.032 0.136 0.005 0.369 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.212 0.041 0.031 0.087 0.001 15 G 0.009 0.011 0.082 0.060 0.107 0.003 0.341 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.072 0.143 0.053 0.063 0.001 16 E 0.034 0.034 0.233 0.216 0.088 0.008 0.035 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.016 0.004 0.121 0.021 0.053 0.102 0.001 17 Q 0.051 0.083 0.029 0.086 0.492 0.005 0.077 0.004 0.009 0.010 0.006 0.003 0.010 0.002 0.006 0.007 0.058 0.028 0.020 0.012 0.004 18 L 0.192 0.256 0.128 0.106 0.100 0.001 0.080 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.003 0.033 0.017 0.013 0.008 0.010 0.020 0.006 19 G 0.165 0.346 0.088 0.084 0.120 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.027 0.014 0.039 0.014 0.004 0.021 0.009 0.008 0.031 20 I 0.287 0.238 0.037 0.030 0.137 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.037 0.080 0.024 0.011 0.025 0.001 0.001 0.008 0.006 0.042 21 K 0.245 0.249 0.182 0.088 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.023 0.042 0.019 0.076 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 22 L 0.192 0.155 0.013 0.037 0.240 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.044 0.101 0.038 0.018 0.063 0.002 0.002 0.006 0.003 0.034 23 V 0.103 0.101 0.123 0.185 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.045 0.049 0.220 0.023 0.008 0.003 0.014 0.019 0.006 24 R 0.035 0.039 0.027 0.074 0.383 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.019 0.011 0.051 0.143 0.052 0.024 0.032 0.070 0.004 25 R 0.018 0.015 0.110 0.124 0.133 0.004 0.050 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.078 0.018 0.069 0.056 0.117 0.189 0.001 26 T 0.005 0.004 0.062 0.057 0.131 0.003 0.091 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.030 0.196 0.066 0.104 0.209 0.001 27 D 0.005 0.005 0.067 0.050 0.123 0.003 0.149 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.018 0.124 0.094 0.113 0.196 0.001 28 E 0.006 0.006 0.089 0.101 0.095 0.001 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.016 0.064 0.047 0.210 0.304 0.001 29 P 0.013 0.015 0.060 0.035 0.194 0.001 0.046 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.061 0.049 0.294 0.024 0.040 0.148 0.003 30 G 0.053 0.100 0.097 0.094 0.103 0.003 0.149 0.005 0.001 0.001 0.013 0.009 0.030 0.041 0.086 0.036 0.026 0.056 0.035 0.041 0.024 31 V 0.163 0.143 0.082 0.041 0.125 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.032 0.030 0.065 0.085 0.054 0.083 0.006 0.011 0.026 0.017 0.027 32 F 0.163 0.199 0.107 0.049 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.027 0.092 0.122 0.114 0.013 0.002 0.001 0.004 0.003 0.037 33 I 0.204 0.178 0.012 0.026 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.068 0.115 0.155 0.029 0.032 0.002 0.001 0.004 0.002 0.037 34 L 0.192 0.267 0.037 0.038 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.078 0.134 0.131 0.022 0.004 0.001 0.001 0.002 0.014 35 D 0.133 0.185 0.021 0.091 0.098 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.042 0.035 0.111 0.112 0.025 0.075 0.004 0.010 0.014 0.013 0.017 36 L 0.076 0.087 0.026 0.030 0.247 0.001 0.011 0.004 0.002 0.001 0.009 0.014 0.038 0.080 0.141 0.115 0.035 0.023 0.026 0.027 0.008 37 L 0.029 0.026 0.148 0.139 0.029 0.002 0.020 0.007 0.004 0.001 0.006 0.005 0.015 0.027 0.201 0.041 0.040 0.017 0.090 0.149 0.003 38 E 0.008 0.008 0.017 0.019 0.204 0.002 0.043 0.007 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.041 0.056 0.378 0.045 0.033 0.117 0.002 39 G 0.005 0.006 0.038 0.041 0.042 0.007 0.359 0.020 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.055 0.024 0.086 0.095 0.077 0.128 0.001 40 G 0.009 0.013 0.071 0.036 0.133 0.005 0.026 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.030 0.074 0.086 0.113 0.333 0.001 41 L 0.015 0.015 0.049 0.059 0.110 0.024 0.032 0.177 0.003 0.001 0.004 0.002 0.006 0.002 0.029 0.012 0.298 0.034 0.070 0.053 0.004 42 A 0.018 0.030 0.037 0.039 0.057 0.022 0.117 0.503 0.006 0.003 0.005 0.003 0.005 0.002 0.020 0.005 0.068 0.019 0.016 0.021 0.002 43 A 0.023 0.034 0.068 0.138 0.056 0.025 0.127 0.263 0.030 0.020 0.006 0.003 0.006 0.001 0.016 0.007 0.059 0.027 0.063 0.028 0.002 44 Q 0.008 0.008 0.016 0.053 0.158 0.013 0.113 0.025 0.045 0.046 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.006 0.412 0.034 0.025 0.025 0.001 45 D 0.002 0.004 0.009 0.025 0.041 0.004 0.688 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 0.044 0.042 0.095 0.001 46 G 0.001 0.002 0.012 0.006 0.234 0.001 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.020 0.492 0.065 0.061 0.001 47 R 0.002 0.001 0.199 0.105 0.029 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.014 0.035 0.369 0.193 0.001 48 L 0.002 0.002 0.017 0.010 0.551 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.054 0.032 0.024 0.132 0.140 0.001 49 S 0.001 0.001 0.161 0.119 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.007 0.003 0.002 0.217 0.419 0.001 50 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.136 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.045 0.743 0.005 0.006 0.041 0.001 51 N 0.001 0.002 0.010 0.015 0.009 0.002 0.889 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.008 0.018 0.006 0.006 0.001 52 D 0.041 0.051 0.111 0.079 0.215 0.001 0.060 0.013 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.011 0.028 0.070 0.014 0.118 0.083 0.080 0.004 53 R 0.170 0.200 0.192 0.083 0.147 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.013 0.009 0.025 0.008 0.064 0.018 0.017 0.005 0.013 0.013 0.011 54 V 0.304 0.333 0.028 0.054 0.113 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.023 0.017 0.054 0.016 0.016 0.008 0.002 0.002 0.002 0.001 0.018 55 L 0.323 0.508 0.026 0.028 0.031 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.009 0.026 0.006 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 56 A 0.238 0.477 0.020 0.065 0.040 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.031 0.018 0.054 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 57 I 0.356 0.266 0.024 0.062 0.105 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.029 0.021 0.078 0.012 0.011 0.008 0.003 0.001 0.004 0.002 0.011 58 N 0.179 0.275 0.107 0.174 0.076 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.008 0.011 0.023 0.007 0.060 0.008 0.014 0.004 0.009 0.019 0.009 59 G 0.047 0.066 0.014 0.023 0.582 0.001 0.040 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.009 0.004 0.021 0.064 0.032 0.042 0.014 0.019 0.006 60 H 0.027 0.024 0.355 0.259 0.027 0.005 0.028 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.002 0.077 0.005 0.021 0.028 0.042 0.074 0.002 61 D 0.009 0.012 0.014 0.017 0.516 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.007 0.046 0.022 0.058 0.131 0.136 0.003 62 L 0.006 0.004 0.138 0.152 0.030 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.227 0.015 0.098 0.018 0.164 0.114 0.001 63 K 0.004 0.005 0.021 0.034 0.123 0.007 0.089 0.015 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.023 0.028 0.444 0.037 0.043 0.110 0.002 64 Y 0.002 0.003 0.019 0.025 0.037 0.013 0.481 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.017 0.025 0.075 0.131 0.070 0.073 0.001 65 G 0.001 0.001 0.020 0.014 0.030 0.001 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.021 0.201 0.173 0.148 0.308 0.001 66 T 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.007 0.152 0.796 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.968 0.001 0.002 0.006 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.107 0.744 0.087 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.385 0.082 0.236 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.046 0.005 0.005 0.001 77 S 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.002 0.385 0.015 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.121 0.129 0.094 0.207 0.001 78 G 0.001 0.001 0.005 0.003 0.045 0.001 0.090 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.153 0.440 0.127 0.111 0.001 79 E 0.006 0.007 0.163 0.065 0.033 0.010 0.068 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.044 0.065 0.064 0.206 0.212 0.002 80 R 0.025 0.036 0.062 0.034 0.429 0.001 0.027 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.009 0.049 0.095 0.044 0.045 0.065 0.042 0.014 81 V 0.106 0.099 0.165 0.097 0.074 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.032 0.023 0.054 0.031 0.138 0.077 0.004 0.008 0.022 0.009 0.036 82 N 0.188 0.240 0.059 0.054 0.095 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.032 0.067 0.051 0.056 0.063 0.001 0.005 0.003 0.003 0.041 83 L 0.251 0.286 0.022 0.032 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.051 0.100 0.037 0.020 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 84 T 0.252 0.231 0.041 0.054 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.034 0.157 0.059 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 85 I 0.271 0.276 0.028 0.061 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.040 0.086 0.033 0.033 0.034 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 86 A 0.134 0.142 0.052 0.113 0.123 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.041 0.048 0.215 0.055 0.008 0.005 0.008 0.011 0.009 87 R 0.042 0.041 0.092 0.224 0.134 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.021 0.013 0.053 0.041 0.028 0.008 0.078 0.201 0.003 88 P 0.007 0.007 0.029 0.030 0.251 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.043 0.039 0.274 0.030 0.047 0.176 0.001 89 G 0.002 0.002 0.038 0.038 0.072 0.002 0.291 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.023 0.060 0.103 0.115 0.211 0.001 90 K 0.001 0.001 0.049 0.031 0.035 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.053 0.038 0.250 0.503 0.001 91 P 0.001 0.001 0.030 0.020 0.133 0.001 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.019 0.231 0.035 0.127 0.351 0.001 92 E 0.002 0.002 0.039 0.046 0.093 0.003 0.222 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.022 0.113 0.082 0.153 0.166 0.001 93 I 0.003 0.003 0.046 0.041 0.097 0.002 0.125 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.025 0.166 0.082 0.137 0.209 0.001 94 E 0.004 0.005 0.047 0.052 0.133 0.005 0.144 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.027 0.129 0.080 0.123 0.176 0.001 95 L 0.007 0.008 0.041 0.051 0.160 0.004 0.127 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.042 0.029 0.157 0.084 0.109 0.128 0.001