# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.010 0.676 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.141 0.033 0.063 0.058 2 M 0.005 0.015 0.572 0.018 0.018 0.002 0.001 0.001 0.007 0.121 0.074 0.022 0.146 3 E 0.012 0.006 0.230 0.019 0.018 0.002 0.001 0.001 0.008 0.076 0.042 0.539 0.046 4 I 0.044 0.002 0.069 0.019 0.007 0.001 0.002 0.001 0.006 0.010 0.019 0.009 0.811 5 L 0.083 0.001 0.025 0.025 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.004 0.003 0.827 0.022 6 Q 0.317 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 0.644 7 V 0.667 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.028 0.001 0.005 0.001 0.001 0.238 0.050 8 A 0.689 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.041 0.001 0.005 0.001 0.001 0.122 0.134 9 L 0.627 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.079 0.251 10 H 0.455 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.009 0.002 0.001 0.322 0.165 11 K 0.215 0.005 0.037 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.014 0.011 0.129 0.561 12 R 0.030 0.011 0.303 0.021 0.005 0.002 0.003 0.001 0.006 0.092 0.085 0.233 0.208 13 D 0.005 0.009 0.148 0.009 0.029 0.006 0.001 0.001 0.002 0.223 0.463 0.052 0.053 14 S 0.001 0.007 0.033 0.003 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.134 0.776 0.010 0.011 15 G 0.004 0.025 0.177 0.004 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.349 0.342 0.031 0.031 16 E 0.012 0.043 0.376 0.020 0.027 0.005 0.001 0.001 0.003 0.238 0.084 0.105 0.086 17 Q 0.043 0.030 0.222 0.027 0.017 0.004 0.002 0.001 0.007 0.100 0.123 0.114 0.310 18 L 0.166 0.009 0.161 0.173 0.013 0.005 0.006 0.002 0.010 0.049 0.100 0.119 0.188 19 G 0.429 0.004 0.048 0.026 0.003 0.002 0.022 0.002 0.007 0.016 0.028 0.302 0.111 20 I 0.660 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.034 0.003 0.004 0.001 0.001 0.021 0.259 21 K 0.452 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.035 0.004 0.006 0.001 0.001 0.467 0.020 22 L 0.398 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.056 0.007 0.006 0.002 0.001 0.026 0.487 23 V 0.398 0.005 0.034 0.074 0.003 0.004 0.025 0.007 0.017 0.014 0.014 0.323 0.082 24 R 0.157 0.011 0.117 0.022 0.008 0.005 0.007 0.003 0.022 0.107 0.120 0.112 0.307 25 R 0.020 0.014 0.281 0.014 0.024 0.006 0.003 0.001 0.006 0.185 0.229 0.083 0.134 26 T 0.005 0.017 0.186 0.011 0.045 0.010 0.001 0.001 0.007 0.199 0.433 0.042 0.044 27 D 0.003 0.019 0.187 0.008 0.024 0.004 0.001 0.001 0.003 0.355 0.348 0.018 0.028 28 E 0.003 0.012 0.336 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.500 0.083 0.027 0.015 29 P 0.003 0.011 0.273 0.063 0.015 0.006 0.001 0.001 0.008 0.272 0.306 0.011 0.033 30 G 0.029 0.017 0.239 0.072 0.017 0.009 0.012 0.003 0.020 0.159 0.261 0.078 0.085 31 V 0.451 0.007 0.109 0.009 0.003 0.003 0.040 0.033 0.076 0.011 0.003 0.044 0.211 32 F 0.435 0.004 0.016 0.004 0.001 0.003 0.117 0.066 0.101 0.002 0.001 0.199 0.052 33 I 0.255 0.005 0.024 0.036 0.002 0.008 0.300 0.072 0.044 0.004 0.003 0.045 0.203 34 L 0.149 0.006 0.052 0.216 0.006 0.017 0.127 0.054 0.094 0.026 0.009 0.162 0.084 35 D 0.321 0.007 0.054 0.010 0.007 0.023 0.030 0.022 0.143 0.032 0.015 0.124 0.213 36 L 0.168 0.050 0.171 0.013 0.022 0.071 0.025 0.023 0.085 0.040 0.035 0.055 0.241 37 L 0.045 0.014 0.406 0.031 0.046 0.063 0.007 0.004 0.017 0.052 0.057 0.191 0.068 38 E 0.002 0.002 0.048 0.011 0.073 0.176 0.001 0.001 0.004 0.057 0.604 0.004 0.019 39 G 0.001 0.003 0.048 0.005 0.034 0.104 0.001 0.001 0.002 0.159 0.637 0.004 0.003 40 G 0.005 0.015 0.368 0.002 0.036 0.101 0.001 0.001 0.004 0.369 0.038 0.024 0.037 41 L 0.007 0.025 0.318 0.007 0.045 0.291 0.001 0.001 0.009 0.063 0.094 0.014 0.126 42 A 0.012 0.028 0.132 0.014 0.177 0.338 0.001 0.001 0.009 0.031 0.154 0.045 0.059 43 A 0.026 0.022 0.164 0.021 0.162 0.250 0.003 0.002 0.007 0.046 0.121 0.047 0.131 44 Q 0.031 0.016 0.113 0.018 0.077 0.240 0.005 0.002 0.013 0.083 0.257 0.097 0.047 45 D 0.009 0.008 0.087 0.016 0.031 0.043 0.002 0.001 0.005 0.117 0.631 0.022 0.028 46 G 0.013 0.015 0.250 0.009 0.017 0.012 0.001 0.001 0.004 0.325 0.262 0.059 0.033 47 R 0.022 0.045 0.458 0.004 0.006 0.008 0.004 0.001 0.016 0.082 0.032 0.156 0.165 48 L 0.015 0.165 0.440 0.005 0.005 0.006 0.005 0.003 0.030 0.071 0.014 0.036 0.205 49 S 0.002 0.004 0.749 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.007 0.157 0.027 50 S 0.002 0.005 0.045 0.015 0.074 0.014 0.001 0.001 0.002 0.127 0.657 0.007 0.052 51 N 0.001 0.001 0.017 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.060 0.892 0.006 0.002 52 D 0.034 0.007 0.467 0.013 0.034 0.018 0.001 0.001 0.005 0.108 0.030 0.027 0.257 53 R 0.247 0.017 0.077 0.018 0.006 0.029 0.014 0.001 0.019 0.017 0.007 0.323 0.226 54 V 0.544 0.004 0.004 0.004 0.001 0.010 0.026 0.002 0.005 0.001 0.002 0.092 0.305 55 L 0.751 0.002 0.002 0.031 0.001 0.010 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.124 0.054 56 A 0.651 0.004 0.003 0.005 0.001 0.008 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.127 0.174 57 I 0.764 0.002 0.005 0.007 0.002 0.015 0.007 0.002 0.002 0.003 0.007 0.107 0.078 58 N 0.117 0.003 0.036 0.098 0.005 0.025 0.003 0.001 0.005 0.032 0.480 0.118 0.080 59 G 0.021 0.002 0.058 0.028 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.095 0.716 0.018 0.047 60 H 0.017 0.013 0.265 0.007 0.007 0.011 0.002 0.001 0.005 0.137 0.017 0.461 0.057 61 D 0.016 0.034 0.209 0.003 0.008 0.022 0.006 0.001 0.020 0.050 0.010 0.035 0.586 62 L 0.014 0.026 0.326 0.046 0.129 0.070 0.005 0.002 0.022 0.054 0.081 0.162 0.063 63 K 0.005 0.008 0.160 0.012 0.156 0.054 0.003 0.001 0.015 0.100 0.391 0.036 0.060 64 Y 0.004 0.013 0.211 0.002 0.045 0.026 0.001 0.001 0.009 0.181 0.429 0.015 0.062 65 G 0.001 0.040 0.504 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.006 0.353 0.036 0.029 0.007 66 T 0.001 0.003 0.909 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.002 0.012 67 P 0.001 0.001 0.037 0.001 0.021 0.912 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.843 0.001 0.001 0.001 0.005 0.127 0.001 0.003 77 S 0.001 0.002 0.084 0.001 0.008 0.196 0.001 0.001 0.001 0.087 0.607 0.007 0.006 78 G 0.001 0.001 0.186 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.093 0.686 0.005 0.006 79 E 0.002 0.003 0.393 0.010 0.013 0.007 0.001 0.001 0.008 0.219 0.294 0.031 0.020 80 R 0.030 0.006 0.370 0.021 0.009 0.002 0.004 0.003 0.046 0.069 0.073 0.039 0.326 81 V 0.226 0.003 0.099 0.033 0.002 0.001 0.028 0.019 0.157 0.014 0.006 0.288 0.124 82 N 0.358 0.001 0.024 0.021 0.001 0.001 0.157 0.030 0.085 0.003 0.002 0.091 0.228 83 L 0.544 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.180 0.027 0.041 0.001 0.001 0.089 0.104 84 T 0.663 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.084 0.021 0.049 0.001 0.001 0.100 0.073 85 I 0.372 0.002 0.012 0.010 0.001 0.001 0.112 0.014 0.043 0.002 0.001 0.104 0.328 86 A 0.223 0.008 0.151 0.039 0.001 0.001 0.030 0.007 0.093 0.027 0.008 0.181 0.230 87 R 0.014 0.006 0.439 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.025 0.176 0.042 0.172 0.107 88 P 0.001 0.014 0.250 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.317 0.325 0.019 0.050 89 G 0.001 0.031 0.259 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.463 0.198 0.019 0.008 90 K 0.001 0.024 0.642 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.003 0.251 0.021 0.019 0.018 91 P 0.001 0.039 0.601 0.003 0.058 0.013 0.001 0.001 0.004 0.123 0.085 0.009 0.064 92 E 0.002 0.062 0.421 0.015 0.144 0.039 0.001 0.001 0.010 0.092 0.117 0.047 0.049 93 I 0.006 0.050 0.415 0.011 0.102 0.041 0.002 0.001 0.013 0.141 0.073 0.055 0.093 94 E 0.003 0.025 0.622 0.006 0.034 0.031 0.001 0.001 0.010 0.102 0.042 0.037 0.087 95 L 0.002 0.018 0.656 0.007 0.043 0.046 0.001 0.001 0.009 0.100 0.044 0.027 0.048