# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.095 0.152 0.257 0.189 0.012 0.068 0.015 0.031 0.040 0.009 0.031 0.028 0.030 0.003 0.017 0.023 2 M 0.045 0.126 0.157 0.537 0.002 0.020 0.003 0.016 0.021 0.003 0.025 0.014 0.013 0.001 0.004 0.014 3 E 0.038 0.097 0.238 0.589 0.001 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 4 I 0.024 0.017 0.231 0.594 0.001 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 5 L 0.001 0.176 0.053 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.001 0.002 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.001 0.002 0.125 0.871 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.004 0.001 0.972 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.001 0.031 0.002 0.866 0.033 0.058 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.002 0.048 0.006 0.706 0.031 0.147 0.001 0.035 0.003 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.006 0.070 0.013 0.157 0.055 0.563 0.001 0.018 0.015 0.018 0.052 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 13 D 0.010 0.115 0.009 0.037 0.411 0.044 0.040 0.018 0.006 0.004 0.243 0.032 0.004 0.024 0.002 0.001 14 S 0.006 0.092 0.030 0.065 0.013 0.024 0.007 0.390 0.005 0.004 0.028 0.075 0.009 0.002 0.245 0.003 15 G 0.013 0.029 0.101 0.035 0.007 0.018 0.016 0.008 0.246 0.120 0.030 0.025 0.026 0.005 0.008 0.313 16 E 0.644 0.032 0.041 0.043 0.004 0.040 0.005 0.010 0.011 0.003 0.037 0.042 0.053 0.002 0.017 0.017 17 Q 0.030 0.165 0.340 0.075 0.022 0.090 0.059 0.007 0.028 0.008 0.031 0.033 0.022 0.053 0.003 0.034 18 L 0.047 0.211 0.139 0.462 0.001 0.019 0.002 0.055 0.004 0.001 0.004 0.006 0.007 0.001 0.039 0.004 19 G 0.005 0.024 0.322 0.595 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 20 I 0.114 0.002 0.152 0.728 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.001 0.003 0.113 0.853 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.001 0.005 0.002 0.744 0.216 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.001 0.037 0.003 0.452 0.247 0.092 0.002 0.152 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.004 0.070 0.010 0.289 0.022 0.190 0.002 0.164 0.102 0.059 0.062 0.013 0.004 0.001 0.006 0.003 25 R 0.050 0.099 0.022 0.060 0.187 0.145 0.016 0.010 0.091 0.089 0.129 0.080 0.008 0.005 0.001 0.008 26 T 0.130 0.084 0.044 0.070 0.040 0.110 0.010 0.174 0.005 0.004 0.181 0.081 0.020 0.006 0.038 0.003 27 D 0.008 0.308 0.148 0.078 0.007 0.042 0.006 0.021 0.145 0.019 0.027 0.099 0.015 0.002 0.011 0.064 28 E 0.261 0.048 0.069 0.098 0.049 0.047 0.193 0.006 0.040 0.014 0.051 0.032 0.034 0.029 0.006 0.022 29 P 0.031 0.040 0.502 0.106 0.001 0.019 0.003 0.217 0.002 0.001 0.015 0.009 0.011 0.001 0.039 0.003 30 G 0.009 0.046 0.071 0.705 0.001 0.007 0.001 0.001 0.106 0.014 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.024 31 V 0.159 0.004 0.152 0.674 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 32 F 0.001 0.008 0.153 0.723 0.015 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.004 0.004 0.242 0.020 0.720 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.001 0.459 0.004 0.501 0.001 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.005 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 35 D 0.002 0.006 0.011 0.907 0.005 0.023 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.007 0.011 0.001 0.001 0.007 36 L 0.018 0.008 0.747 0.142 0.018 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.033 0.001 0.001 0.002 37 L 0.001 0.006 0.010 0.057 0.738 0.113 0.034 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 38 E 0.001 0.056 0.003 0.054 0.050 0.076 0.014 0.589 0.002 0.002 0.074 0.004 0.006 0.010 0.058 0.001 39 G 0.004 0.094 0.008 0.124 0.001 0.006 0.001 0.055 0.470 0.089 0.027 0.050 0.004 0.001 0.021 0.045 40 G 0.707 0.004 0.020 0.017 0.002 0.033 0.004 0.001 0.023 0.070 0.016 0.033 0.054 0.001 0.001 0.014 41 L 0.058 0.034 0.107 0.041 0.006 0.053 0.003 0.004 0.001 0.001 0.313 0.049 0.321 0.004 0.003 0.003 42 A 0.003 0.185 0.041 0.290 0.004 0.024 0.006 0.005 0.003 0.001 0.025 0.333 0.067 0.005 0.004 0.006 43 A 0.004 0.008 0.046 0.049 0.028 0.190 0.087 0.005 0.004 0.001 0.028 0.050 0.447 0.018 0.022 0.014 44 Q 0.002 0.016 0.015 0.016 0.065 0.005 0.187 0.009 0.004 0.001 0.115 0.009 0.055 0.482 0.003 0.018 45 D 0.008 0.015 0.016 0.020 0.001 0.006 0.007 0.117 0.005 0.003 0.002 0.025 0.026 0.004 0.741 0.005 46 G 0.003 0.005 0.072 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.019 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001 0.799 47 R 0.816 0.015 0.049 0.085 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.018 48 L 0.003 0.006 0.942 0.030 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 S 0.001 0.002 0.003 0.004 0.784 0.174 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 50 S 0.001 0.007 0.001 0.015 0.002 0.007 0.001 0.622 0.001 0.001 0.335 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 51 N 0.001 0.054 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.716 0.030 0.003 0.162 0.001 0.001 0.001 0.015 52 D 0.829 0.006 0.093 0.040 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.004 53 R 0.021 0.063 0.815 0.074 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 54 V 0.023 0.017 0.129 0.715 0.002 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.001 0.033 0.147 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.001 0.002 0.010 0.678 0.269 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.004 0.008 0.046 0.875 0.016 0.010 0.031 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 58 N 0.001 0.004 0.001 0.018 0.006 0.063 0.001 0.870 0.002 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 59 G 0.004 0.065 0.002 0.015 0.004 0.008 0.002 0.004 0.664 0.076 0.116 0.009 0.001 0.001 0.001 0.029 60 H 0.854 0.023 0.029 0.030 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.003 0.035 0.002 0.001 0.009 0.001 61 D 0.010 0.003 0.563 0.012 0.007 0.326 0.005 0.001 0.003 0.018 0.005 0.008 0.023 0.001 0.001 0.015 62 L 0.025 0.049 0.022 0.047 0.089 0.116 0.017 0.011 0.001 0.001 0.540 0.023 0.040 0.014 0.003 0.004 63 K 0.002 0.160 0.007 0.040 0.060 0.016 0.075 0.050 0.007 0.006 0.030 0.435 0.013 0.069 0.024 0.006 64 Y 0.009 0.028 0.117 0.045 0.003 0.034 0.012 0.066 0.044 0.004 0.014 0.016 0.072 0.001 0.314 0.219 65 G 0.054 0.064 0.394 0.061 0.001 0.003 0.001 0.001 0.051 0.036 0.005 0.013 0.016 0.001 0.001 0.299 66 T 0.051 0.001 0.002 0.001 0.001 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.973 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.001 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.937 0.019 0.023 0.007 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.918 0.002 0.016 77 S 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.925 0.006 78 G 0.003 0.008 0.046 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.032 0.025 0.002 0.001 0.015 0.004 0.005 0.844 79 E 0.863 0.067 0.012 0.025 0.001 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.005 0.007 80 R 0.010 0.110 0.774 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 81 V 0.025 0.004 0.411 0.556 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.006 0.058 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.001 0.006 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.928 0.011 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.001 0.113 0.007 0.853 0.011 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.001 0.004 0.001 0.302 0.579 0.105 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.003 0.113 0.016 0.216 0.013 0.074 0.001 0.530 0.002 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 89 G 0.002 0.088 0.005 0.333 0.003 0.036 0.001 0.006 0.326 0.162 0.016 0.016 0.001 0.001 0.001 0.005 90 K 0.395 0.099 0.064 0.260 0.010 0.098 0.002 0.005 0.006 0.003 0.024 0.022 0.007 0.001 0.001 0.003 91 P 0.022 0.073 0.191 0.346 0.009 0.194 0.002 0.016 0.004 0.003 0.087 0.031 0.015 0.001 0.002 0.004 92 E 0.010 0.161 0.087 0.505 0.014 0.076 0.006 0.007 0.008 0.002 0.035 0.061 0.018 0.002 0.002 0.006 93 I 0.012 0.055 0.107 0.519 0.019 0.078 0.015 0.015 0.005 0.002 0.043 0.040 0.072 0.002 0.008 0.010 94 E 0.010 0.054 0.108 0.199 0.103 0.207 0.049 0.020 0.011 0.009 0.050 0.046 0.093 0.019 0.005 0.018 95 L 0.025 0.086 0.064 0.262 0.023 0.095 0.016 0.095 0.012 0.004 0.132 0.052 0.086 0.007 0.028 0.012