# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.045 0.109 0.749 2 M 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.034 0.146 0.728 3 E 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.022 0.020 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.354 0.084 0.075 0.388 4 I 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.009 0.003 0.005 0.004 0.002 0.002 0.126 0.037 0.099 0.692 5 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.012 0.008 0.003 0.821 0.019 0.017 0.106 6 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.012 0.009 0.548 0.032 0.048 0.323 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.932 0.007 0.007 0.047 8 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.852 0.041 0.017 0.073 9 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.093 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.616 0.030 0.029 0.188 10 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.272 0.216 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.036 0.035 0.121 11 K 0.016 0.003 0.001 0.001 0.039 0.057 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.057 0.098 0.535 12 R 0.203 0.009 0.005 0.002 0.027 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.091 0.081 0.527 13 D 0.168 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.054 0.076 0.680 14 S 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.045 0.097 0.773 15 G 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.045 0.128 0.725 16 E 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.227 0.128 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.142 0.047 0.061 0.294 17 Q 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.042 0.245 0.018 0.034 0.019 0.008 0.005 0.076 0.035 0.104 0.386 18 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.059 0.165 0.108 0.014 0.341 0.020 0.037 0.230 19 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.051 0.158 0.223 0.082 0.367 0.021 0.021 0.063 20 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.054 0.025 0.625 0.032 0.032 0.186 21 K 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.893 0.034 0.010 0.036 22 L 0.052 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.403 0.075 0.092 0.334 23 V 0.013 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.444 0.072 0.103 0.311 24 R 0.033 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.047 0.135 0.641 25 R 0.132 0.011 0.001 0.001 0.008 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.089 0.134 0.530 26 T 0.010 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.035 0.136 0.750 27 D 0.143 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.066 0.097 0.634 28 E 0.099 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.074 0.088 0.111 0.581 29 P 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.025 0.157 0.677 30 G 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.045 0.006 0.011 0.005 0.006 0.004 0.485 0.038 0.101 0.251 31 V 0.004 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.026 0.009 0.007 0.012 0.025 0.026 0.014 0.460 0.057 0.068 0.256 32 F 0.012 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.038 0.034 0.041 0.015 0.680 0.036 0.022 0.086 33 I 0.037 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.036 0.020 0.012 0.475 0.068 0.032 0.249 34 L 0.012 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.652 0.021 0.042 0.235 35 D 0.060 0.039 0.004 0.001 0.011 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.377 0.049 0.087 0.353 36 L 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.037 0.110 0.526 37 L 0.202 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.076 0.087 0.380 38 E 0.034 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.018 0.097 0.679 39 G 0.025 0.169 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.043 0.096 0.574 40 G 0.078 0.521 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.079 0.048 0.193 41 L 0.079 0.354 0.016 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.133 0.064 0.279 42 A 0.072 0.033 0.244 0.004 0.147 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.003 0.003 0.001 0.043 0.147 0.048 0.240 43 A 0.670 0.003 0.017 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.059 0.022 0.207 44 Q 0.236 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.057 0.054 0.632 45 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.114 0.856 46 G 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.049 0.146 0.627 47 R 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 0.027 0.002 0.001 0.205 0.118 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.066 0.088 0.404 48 L 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.202 0.042 0.087 0.627 49 S 0.265 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.042 0.005 0.001 0.126 0.118 0.060 0.306 50 S 0.065 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.074 0.045 0.192 0.600 51 N 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.022 0.168 0.612 52 D 0.024 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.474 0.105 0.111 0.238 53 R 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.647 0.078 0.047 0.151 54 V 0.014 0.009 0.002 0.001 0.007 0.025 0.008 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.025 0.004 0.007 0.005 0.707 0.063 0.024 0.088 55 L 0.003 0.001 0.015 0.001 0.656 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.003 0.165 0.052 0.011 0.036 56 A 0.077 0.001 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.644 0.035 0.034 0.173 57 I 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.091 0.036 0.161 58 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.012 0.224 0.677 59 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.007 0.152 0.740 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.737 0.064 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.015 0.024 0.088 61 D 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.096 0.024 0.003 0.014 0.003 0.001 0.002 0.135 0.108 0.071 0.437 62 L 0.108 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.314 0.065 0.006 0.001 0.074 0.084 0.043 0.289 63 K 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.039 0.003 0.107 0.050 0.106 0.608 64 Y 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.019 0.126 0.763 65 G 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.020 0.164 0.595 66 T 0.038 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.015 0.058 67 P 0.014 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.010 68 E 0.004 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.016 69 L 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 70 A 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 71 A 0.008 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.009 72 Q 0.026 0.871 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.005 0.035 73 I 0.053 0.450 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.378 0.017 0.067 74 I 0.094 0.080 0.097 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.545 0.027 0.147 75 Q 0.268 0.003 0.017 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 0.643 76 A 0.094 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.058 0.830 77 S 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.043 0.148 0.703 78 G 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.134 0.825 79 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.036 0.121 0.572 80 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.048 0.075 0.447 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.790 0.023 0.022 0.149 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.015 0.013 0.007 0.801 0.026 0.017 0.096 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.890 0.019 0.008 0.068 84 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.892 0.031 0.011 0.055 85 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.616 0.038 0.050 0.254 86 A 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.538 0.032 0.066 0.345 87 R 0.186 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.100 0.088 0.450 88 P 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.024 0.135 0.776 89 G 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.016 0.098 0.826 90 K 0.093 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.069 0.096 0.647 91 P 0.079 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.053 0.104 0.663 92 E 0.127 0.021 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.002 0.008 0.004 0.003 0.001 0.031 0.059 0.096 0.625 93 I 0.055 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.008 0.003 0.072 0.048 0.117 0.652 94 E 0.056 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.059 0.040 0.100 0.706 95 L 0.047 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.093 0.052 0.122 0.635