# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.033 0.001 0.001 0.018 0.028 0.082 0.105 0.001 0.001 0.024 0.708 2 M 0.007 0.001 0.001 0.017 0.028 0.030 0.184 0.001 0.001 0.020 0.714 3 E 0.006 0.001 0.001 0.072 0.091 0.266 0.091 0.001 0.001 0.032 0.439 4 I 0.002 0.001 0.001 0.028 0.066 0.152 0.105 0.001 0.001 0.046 0.601 5 L 0.001 0.001 0.001 0.227 0.251 0.298 0.041 0.001 0.001 0.027 0.154 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.155 0.158 0.484 0.028 0.001 0.001 0.034 0.142 7 V 0.001 0.001 0.001 0.186 0.323 0.332 0.021 0.001 0.001 0.039 0.098 8 A 0.001 0.001 0.001 0.196 0.246 0.454 0.016 0.001 0.001 0.024 0.062 9 L 0.005 0.002 0.001 0.149 0.207 0.384 0.029 0.001 0.001 0.060 0.163 10 H 0.011 0.001 0.001 0.164 0.175 0.277 0.055 0.001 0.001 0.054 0.261 11 K 0.024 0.006 0.001 0.079 0.084 0.173 0.154 0.001 0.001 0.043 0.436 12 R 0.120 0.011 0.001 0.029 0.034 0.057 0.079 0.004 0.001 0.032 0.634 13 D 0.261 0.011 0.001 0.012 0.019 0.027 0.135 0.003 0.001 0.042 0.488 14 S 0.045 0.013 0.001 0.008 0.011 0.023 0.148 0.001 0.001 0.033 0.718 15 G 0.063 0.005 0.003 0.021 0.041 0.063 0.109 0.002 0.001 0.063 0.630 16 E 0.126 0.004 0.001 0.019 0.073 0.197 0.183 0.002 0.001 0.061 0.334 17 Q 0.017 0.001 0.001 0.017 0.068 0.159 0.075 0.001 0.001 0.019 0.645 18 L 0.006 0.001 0.001 0.119 0.227 0.229 0.118 0.001 0.001 0.014 0.286 19 G 0.001 0.001 0.001 0.047 0.105 0.566 0.046 0.001 0.001 0.019 0.215 20 I 0.001 0.001 0.001 0.091 0.374 0.145 0.106 0.001 0.001 0.022 0.262 21 K 0.003 0.001 0.001 0.294 0.154 0.460 0.021 0.001 0.001 0.027 0.041 22 L 0.005 0.001 0.001 0.138 0.130 0.139 0.049 0.001 0.001 0.064 0.474 23 V 0.015 0.001 0.001 0.405 0.106 0.135 0.060 0.001 0.001 0.035 0.242 24 R 0.036 0.004 0.001 0.149 0.049 0.128 0.063 0.001 0.001 0.030 0.540 25 R 0.090 0.004 0.001 0.049 0.036 0.069 0.078 0.002 0.001 0.052 0.619 26 T 0.028 0.002 0.001 0.014 0.020 0.031 0.110 0.001 0.001 0.022 0.771 27 D 0.040 0.009 0.001 0.008 0.014 0.021 0.105 0.001 0.001 0.027 0.773 28 E 0.078 0.004 0.001 0.011 0.028 0.050 0.168 0.002 0.001 0.094 0.565 29 P 0.004 0.005 0.001 0.026 0.061 0.081 0.209 0.001 0.001 0.036 0.578 30 G 0.002 0.010 0.001 0.124 0.143 0.377 0.083 0.001 0.001 0.030 0.231 31 V 0.001 0.004 0.001 0.087 0.317 0.467 0.028 0.001 0.001 0.022 0.074 32 F 0.008 0.011 0.001 0.122 0.234 0.508 0.022 0.002 0.001 0.036 0.056 33 I 0.047 0.031 0.001 0.187 0.278 0.242 0.029 0.003 0.001 0.045 0.136 34 L 0.019 0.014 0.001 0.229 0.216 0.211 0.051 0.001 0.001 0.057 0.201 35 D 0.008 0.013 0.003 0.109 0.099 0.241 0.109 0.002 0.001 0.072 0.343 36 L 0.059 0.019 0.007 0.052 0.092 0.121 0.087 0.011 0.002 0.074 0.475 37 L 0.474 0.011 0.003 0.040 0.045 0.046 0.048 0.011 0.002 0.067 0.253 38 E 0.017 0.019 0.001 0.021 0.010 0.011 0.099 0.001 0.001 0.010 0.811 39 G 0.014 0.116 0.001 0.019 0.013 0.022 0.126 0.005 0.001 0.018 0.666 40 G 0.209 0.303 0.002 0.022 0.040 0.064 0.060 0.018 0.001 0.067 0.214 41 L 0.114 0.170 0.008 0.034 0.066 0.068 0.084 0.008 0.001 0.118 0.329 42 A 0.092 0.045 0.019 0.029 0.070 0.104 0.103 0.011 0.004 0.112 0.412 43 A 0.508 0.022 0.007 0.016 0.029 0.063 0.044 0.008 0.004 0.041 0.259 44 Q 0.168 0.006 0.001 0.014 0.037 0.047 0.080 0.003 0.001 0.024 0.619 45 D 0.007 0.002 0.001 0.010 0.038 0.059 0.081 0.001 0.001 0.015 0.787 46 G 0.010 0.002 0.001 0.042 0.107 0.164 0.118 0.001 0.001 0.045 0.510 47 R 0.002 0.003 0.001 0.072 0.101 0.120 0.207 0.001 0.001 0.035 0.458 48 L 0.006 0.021 0.002 0.051 0.104 0.089 0.165 0.002 0.001 0.039 0.521 49 S 0.381 0.126 0.002 0.057 0.080 0.087 0.036 0.012 0.001 0.059 0.159 50 S 0.145 0.163 0.001 0.044 0.043 0.063 0.052 0.005 0.001 0.062 0.422 51 N 0.008 0.235 0.002 0.065 0.064 0.127 0.070 0.001 0.001 0.048 0.381 52 D 0.006 0.082 0.003 0.071 0.122 0.440 0.041 0.003 0.001 0.105 0.127 53 R 0.005 0.029 0.001 0.058 0.330 0.426 0.024 0.002 0.001 0.069 0.056 54 V 0.003 0.011 0.001 0.103 0.358 0.334 0.026 0.001 0.001 0.095 0.068 55 L 0.002 0.005 0.006 0.125 0.403 0.329 0.017 0.001 0.001 0.043 0.067 56 A 0.064 0.010 0.005 0.075 0.172 0.363 0.046 0.005 0.003 0.048 0.210 57 I 0.161 0.005 0.004 0.056 0.107 0.123 0.060 0.006 0.001 0.058 0.418 58 N 0.025 0.002 0.001 0.056 0.064 0.102 0.252 0.001 0.001 0.023 0.473 59 G 0.011 0.008 0.001 0.072 0.030 0.104 0.167 0.001 0.001 0.022 0.585 60 H 0.010 0.010 0.002 0.071 0.112 0.076 0.140 0.002 0.001 0.022 0.556 61 D 0.158 0.020 0.002 0.058 0.050 0.155 0.113 0.009 0.001 0.062 0.371 62 L 0.187 0.006 0.001 0.033 0.031 0.035 0.043 0.006 0.001 0.047 0.610 63 K 0.046 0.004 0.001 0.090 0.032 0.028 0.086 0.001 0.001 0.040 0.674 64 Y 0.004 0.010 0.001 0.048 0.012 0.022 0.112 0.001 0.001 0.016 0.775 65 G 0.003 0.088 0.001 0.009 0.009 0.008 0.102 0.002 0.001 0.020 0.759 66 T 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.014 67 P 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 68 E 0.002 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.009 69 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 70 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 71 A 0.005 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.008 72 Q 0.016 0.886 0.006 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.004 0.051 0.024 73 I 0.058 0.204 0.054 0.007 0.014 0.012 0.031 0.010 0.023 0.419 0.169 74 I 0.208 0.045 0.113 0.010 0.008 0.019 0.081 0.012 0.084 0.199 0.221 75 Q 0.259 0.005 0.017 0.007 0.007 0.016 0.057 0.005 0.013 0.032 0.583 76 A 0.094 0.001 0.002 0.005 0.005 0.006 0.095 0.002 0.001 0.015 0.774 77 S 0.058 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.148 0.001 0.001 0.022 0.751 78 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.197 0.001 0.001 0.021 0.763 79 E 0.002 0.001 0.001 0.053 0.028 0.053 0.148 0.001 0.001 0.028 0.688 80 R 0.002 0.001 0.001 0.071 0.040 0.149 0.114 0.001 0.001 0.051 0.573 81 V 0.001 0.001 0.001 0.310 0.189 0.253 0.038 0.001 0.001 0.040 0.169 82 N 0.001 0.001 0.001 0.326 0.145 0.355 0.029 0.001 0.001 0.043 0.101 83 L 0.001 0.001 0.001 0.425 0.216 0.278 0.010 0.001 0.001 0.017 0.053 84 T 0.001 0.001 0.001 0.256 0.195 0.431 0.014 0.001 0.001 0.028 0.074 85 I 0.003 0.001 0.001 0.144 0.208 0.400 0.042 0.001 0.001 0.060 0.142 86 A 0.024 0.001 0.001 0.121 0.114 0.256 0.069 0.001 0.001 0.046 0.369 87 R 0.086 0.002 0.001 0.088 0.075 0.125 0.067 0.001 0.001 0.055 0.502 88 P 0.010 0.001 0.001 0.015 0.017 0.029 0.139 0.001 0.001 0.012 0.776 89 G 0.011 0.006 0.001 0.008 0.011 0.022 0.120 0.001 0.001 0.014 0.808 90 K 0.188 0.015 0.001 0.013 0.028 0.047 0.105 0.002 0.001 0.059 0.542 91 P 0.070 0.015 0.001 0.009 0.023 0.036 0.090 0.001 0.001 0.035 0.721 92 E 0.062 0.011 0.001 0.011 0.018 0.034 0.079 0.001 0.001 0.041 0.742 93 I 0.079 0.014 0.001 0.016 0.030 0.051 0.100 0.001 0.001 0.044 0.665 94 E 0.028 0.009 0.001 0.010 0.026 0.042 0.100 0.001 0.001 0.033 0.750 95 L 0.022 0.013 0.001 0.011 0.038 0.056 0.121 0.001 0.001 0.038 0.700