# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.051 0.001 0.007 0.029 0.037 0.094 0.026 0.754 2 M 0.006 0.001 0.008 0.021 0.053 0.109 0.014 0.789 3 E 0.015 0.002 0.089 0.191 0.314 0.090 0.083 0.217 4 I 0.005 0.001 0.008 0.050 0.077 0.089 0.011 0.759 5 L 0.001 0.001 0.230 0.209 0.352 0.055 0.049 0.102 6 Q 0.001 0.001 0.079 0.219 0.342 0.056 0.039 0.264 7 V 0.001 0.001 0.135 0.440 0.250 0.030 0.022 0.121 8 A 0.003 0.003 0.143 0.370 0.354 0.022 0.036 0.069 9 L 0.004 0.001 0.070 0.418 0.270 0.032 0.026 0.179 10 H 0.009 0.001 0.090 0.206 0.488 0.042 0.039 0.125 11 K 0.014 0.001 0.079 0.134 0.213 0.100 0.040 0.420 12 R 0.116 0.005 0.020 0.049 0.061 0.078 0.070 0.602 13 D 0.360 0.005 0.009 0.010 0.018 0.069 0.061 0.468 14 S 0.024 0.002 0.006 0.011 0.016 0.092 0.020 0.829 15 G 0.016 0.001 0.004 0.011 0.025 0.120 0.019 0.805 16 E 0.090 0.005 0.034 0.117 0.182 0.109 0.105 0.358 17 Q 0.024 0.002 0.021 0.046 0.113 0.128 0.034 0.633 18 L 0.002 0.002 0.074 0.131 0.347 0.117 0.033 0.294 19 G 0.001 0.001 0.079 0.234 0.523 0.038 0.027 0.098 20 I 0.001 0.001 0.091 0.449 0.270 0.030 0.015 0.145 21 K 0.002 0.002 0.245 0.318 0.320 0.019 0.035 0.059 22 L 0.012 0.002 0.157 0.260 0.225 0.055 0.042 0.249 23 V 0.024 0.004 0.134 0.163 0.259 0.077 0.059 0.280 24 R 0.053 0.004 0.092 0.077 0.153 0.093 0.051 0.477 25 R 0.079 0.005 0.035 0.040 0.068 0.130 0.078 0.564 26 T 0.031 0.002 0.021 0.025 0.033 0.147 0.041 0.699 27 D 0.091 0.003 0.019 0.019 0.030 0.111 0.030 0.697 28 E 0.144 0.008 0.022 0.017 0.035 0.118 0.084 0.574 29 P 0.002 0.002 0.051 0.031 0.063 0.152 0.032 0.667 30 G 0.002 0.005 0.126 0.162 0.404 0.062 0.050 0.189 31 V 0.001 0.001 0.117 0.293 0.254 0.047 0.019 0.268 32 F 0.004 0.004 0.344 0.300 0.213 0.024 0.037 0.073 33 I 0.046 0.009 0.125 0.180 0.223 0.043 0.091 0.283 34 L 0.037 0.005 0.203 0.129 0.173 0.055 0.033 0.365 35 D 0.029 0.007 0.152 0.079 0.172 0.104 0.055 0.401 36 L 0.062 0.007 0.065 0.046 0.052 0.100 0.048 0.619 37 L 0.567 0.018 0.016 0.012 0.021 0.055 0.077 0.234 38 E 0.021 0.009 0.006 0.008 0.009 0.112 0.011 0.824 39 G 0.014 0.020 0.003 0.007 0.016 0.094 0.013 0.833 40 G 0.053 0.161 0.018 0.146 0.128 0.075 0.118 0.301 41 L 0.169 0.078 0.044 0.074 0.179 0.067 0.085 0.304 42 A 0.049 0.010 0.032 0.163 0.163 0.064 0.159 0.360 43 A 0.173 0.006 0.030 0.114 0.231 0.051 0.037 0.357 44 Q 0.461 0.012 0.014 0.024 0.103 0.040 0.021 0.325 45 D 0.008 0.003 0.006 0.021 0.038 0.102 0.011 0.810 46 G 0.024 0.006 0.019 0.089 0.252 0.123 0.061 0.426 47 R 0.003 0.001 0.012 0.214 0.100 0.121 0.030 0.518 48 L 0.031 0.004 0.047 0.068 0.093 0.092 0.041 0.624 49 S 0.535 0.027 0.015 0.044 0.042 0.045 0.127 0.165 50 S 0.055 0.015 0.016 0.014 0.025 0.116 0.021 0.740 51 N 0.011 0.025 0.039 0.049 0.167 0.158 0.051 0.499 52 D 0.003 0.018 0.025 0.208 0.296 0.074 0.091 0.284 53 R 0.003 0.019 0.069 0.349 0.459 0.014 0.053 0.034 54 V 0.003 0.004 0.067 0.340 0.440 0.022 0.029 0.095 55 L 0.001 0.001 0.233 0.345 0.337 0.011 0.039 0.033 56 A 0.056 0.002 0.095 0.235 0.380 0.033 0.053 0.147 57 I 0.156 0.003 0.092 0.114 0.159 0.071 0.088 0.318 58 N 0.012 0.002 0.034 0.034 0.058 0.111 0.020 0.729 59 G 0.008 0.001 0.005 0.026 0.037 0.098 0.011 0.813 60 H 0.020 0.004 0.048 0.206 0.145 0.105 0.046 0.426 61 D 0.126 0.005 0.050 0.073 0.061 0.096 0.031 0.558 62 L 0.136 0.009 0.064 0.035 0.060 0.074 0.112 0.510 63 K 0.038 0.006 0.106 0.036 0.059 0.096 0.047 0.612 64 Y 0.003 0.004 0.026 0.027 0.051 0.125 0.021 0.744 65 G 0.003 0.027 0.063 0.016 0.022 0.113 0.022 0.733 66 T 0.049 0.893 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.015 67 P 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.007 68 E 0.002 0.918 0.002 0.001 0.001 0.002 0.067 0.009 69 L 0.003 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.007 70 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 71 A 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 72 Q 0.007 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 73 I 0.055 0.580 0.017 0.011 0.010 0.015 0.237 0.076 74 I 0.098 0.068 0.087 0.027 0.014 0.057 0.496 0.152 75 Q 0.210 0.013 0.010 0.005 0.005 0.047 0.052 0.657 76 A 0.077 0.002 0.010 0.002 0.002 0.059 0.013 0.835 77 S 0.069 0.003 0.018 0.003 0.005 0.087 0.019 0.795 78 G 0.010 0.001 0.008 0.002 0.004 0.099 0.012 0.864 79 E 0.005 0.001 0.083 0.025 0.042 0.165 0.042 0.639 80 R 0.004 0.001 0.172 0.060 0.168 0.119 0.057 0.419 81 V 0.002 0.001 0.369 0.138 0.164 0.077 0.054 0.196 82 N 0.001 0.001 0.265 0.204 0.173 0.069 0.043 0.246 83 L 0.001 0.001 0.243 0.304 0.250 0.023 0.037 0.142 84 T 0.003 0.001 0.288 0.258 0.322 0.020 0.035 0.073 85 I 0.004 0.001 0.089 0.386 0.224 0.070 0.042 0.184 86 A 0.025 0.002 0.085 0.163 0.304 0.066 0.050 0.306 87 R 0.287 0.007 0.033 0.054 0.089 0.078 0.072 0.381 88 P 0.013 0.002 0.006 0.016 0.015 0.103 0.016 0.829 89 G 0.017 0.005 0.007 0.012 0.024 0.092 0.018 0.824 90 K 0.146 0.019 0.014 0.063 0.050 0.077 0.096 0.534 91 P 0.057 0.006 0.010 0.025 0.026 0.083 0.031 0.761 92 E 0.103 0.008 0.013 0.027 0.048 0.082 0.046 0.672 93 I 0.142 0.007 0.010 0.032 0.067 0.083 0.048 0.612 94 E 0.046 0.007 0.010 0.037 0.056 0.099 0.028 0.716 95 L 0.047 0.009 0.011 0.034 0.071 0.109 0.036 0.684