# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.637 0.207 0.029 0.058 0.026 0.014 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 2 M 0.246 0.102 0.038 0.093 0.093 0.074 0.111 0.078 0.073 0.052 0.041 3 E 0.325 0.319 0.069 0.151 0.072 0.029 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 4 I 0.063 0.054 0.048 0.131 0.150 0.142 0.146 0.110 0.074 0.052 0.030 5 L 0.032 0.058 0.066 0.112 0.123 0.160 0.202 0.123 0.068 0.040 0.015 6 Q 0.032 0.091 0.134 0.319 0.191 0.102 0.066 0.032 0.019 0.010 0.004 7 V 0.004 0.003 0.011 0.008 0.014 0.037 0.110 0.146 0.235 0.248 0.183 8 A 0.038 0.131 0.134 0.366 0.190 0.068 0.041 0.016 0.009 0.004 0.002 9 L 0.003 0.001 0.009 0.005 0.013 0.017 0.066 0.139 0.191 0.223 0.332 10 H 0.038 0.092 0.177 0.284 0.212 0.089 0.053 0.028 0.015 0.009 0.005 11 K 0.012 0.022 0.037 0.050 0.069 0.101 0.248 0.176 0.137 0.099 0.049 12 R 0.151 0.174 0.137 0.216 0.134 0.078 0.053 0.026 0.016 0.010 0.005 13 D 0.447 0.293 0.077 0.090 0.034 0.022 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 14 S 0.396 0.241 0.044 0.134 0.075 0.039 0.031 0.020 0.011 0.007 0.004 15 G 0.549 0.214 0.021 0.057 0.039 0.031 0.034 0.024 0.015 0.011 0.006 16 E 0.169 0.153 0.063 0.192 0.147 0.106 0.083 0.045 0.023 0.012 0.006 17 Q 0.149 0.153 0.089 0.191 0.147 0.114 0.079 0.042 0.019 0.012 0.006 18 L 0.003 0.005 0.005 0.013 0.022 0.070 0.143 0.154 0.265 0.201 0.119 19 G 0.049 0.081 0.039 0.214 0.191 0.113 0.127 0.083 0.054 0.028 0.020 20 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.029 0.060 0.202 0.293 0.395 21 K 0.020 0.078 0.061 0.288 0.279 0.130 0.078 0.035 0.017 0.008 0.006 22 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.010 0.031 0.088 0.183 0.246 0.423 23 V 0.030 0.038 0.028 0.130 0.175 0.156 0.169 0.115 0.073 0.052 0.036 24 R 0.151 0.150 0.082 0.157 0.097 0.091 0.115 0.056 0.053 0.034 0.015 25 R 0.270 0.174 0.045 0.159 0.105 0.084 0.071 0.038 0.025 0.017 0.011 26 T 0.394 0.269 0.032 0.094 0.053 0.039 0.046 0.027 0.021 0.016 0.010 27 D 0.373 0.201 0.033 0.125 0.088 0.057 0.050 0.032 0.019 0.012 0.009 28 E 0.282 0.214 0.045 0.131 0.098 0.076 0.058 0.041 0.026 0.019 0.011 29 P 0.078 0.084 0.026 0.106 0.110 0.127 0.166 0.121 0.093 0.058 0.031 30 G 0.072 0.065 0.030 0.121 0.127 0.136 0.161 0.103 0.088 0.058 0.040 31 V 0.012 0.011 0.016 0.029 0.038 0.069 0.111 0.128 0.206 0.211 0.168 32 F 0.006 0.019 0.017 0.076 0.113 0.143 0.192 0.156 0.135 0.089 0.054 33 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.015 0.042 0.095 0.203 0.277 0.345 34 L 0.024 0.029 0.050 0.146 0.182 0.163 0.169 0.102 0.069 0.044 0.021 35 D 0.076 0.120 0.129 0.287 0.164 0.091 0.067 0.032 0.020 0.010 0.006 36 L 0.005 0.005 0.005 0.010 0.017 0.030 0.071 0.105 0.189 0.230 0.333 37 L 0.037 0.084 0.027 0.104 0.130 0.137 0.183 0.112 0.086 0.066 0.035 38 E 0.268 0.258 0.140 0.177 0.076 0.035 0.022 0.011 0.007 0.004 0.002 39 G 0.362 0.091 0.038 0.111 0.095 0.088 0.098 0.052 0.032 0.020 0.013 40 G 0.098 0.075 0.027 0.086 0.079 0.092 0.146 0.123 0.123 0.093 0.056 41 L 0.030 0.051 0.035 0.113 0.129 0.146 0.156 0.118 0.104 0.069 0.049 42 A 0.007 0.007 0.016 0.028 0.046 0.072 0.141 0.158 0.191 0.160 0.174 43 A 0.039 0.041 0.075 0.137 0.160 0.116 0.155 0.112 0.078 0.054 0.033 44 Q 0.018 0.063 0.072 0.128 0.122 0.155 0.182 0.097 0.079 0.057 0.027 45 D 0.072 0.082 0.052 0.160 0.160 0.127 0.131 0.086 0.062 0.042 0.027 46 G 0.613 0.096 0.040 0.071 0.045 0.031 0.044 0.028 0.016 0.010 0.004 47 R 0.140 0.177 0.093 0.249 0.138 0.082 0.059 0.027 0.019 0.010 0.006 48 L 0.006 0.006 0.007 0.009 0.017 0.032 0.085 0.116 0.204 0.229 0.289 49 S 0.051 0.230 0.129 0.227 0.170 0.093 0.051 0.023 0.013 0.008 0.005 50 S 0.154 0.160 0.121 0.184 0.140 0.082 0.073 0.045 0.022 0.012 0.007 51 N 0.436 0.098 0.037 0.108 0.075 0.061 0.072 0.047 0.033 0.022 0.011 52 D 0.018 0.017 0.015 0.049 0.053 0.098 0.176 0.151 0.190 0.152 0.082 53 R 0.021 0.102 0.097 0.224 0.199 0.155 0.106 0.049 0.027 0.013 0.007 54 V 0.004 0.004 0.015 0.018 0.031 0.033 0.081 0.134 0.209 0.217 0.253 55 L 0.003 0.003 0.008 0.017 0.029 0.076 0.167 0.166 0.209 0.202 0.121 56 A 0.019 0.054 0.102 0.248 0.190 0.117 0.114 0.062 0.050 0.028 0.015 57 I 0.004 0.004 0.011 0.012 0.022 0.042 0.089 0.128 0.190 0.245 0.252 58 N 0.021 0.053 0.036 0.115 0.124 0.126 0.180 0.125 0.106 0.073 0.040 59 G 0.294 0.133 0.063 0.124 0.086 0.077 0.089 0.051 0.042 0.027 0.014 60 H 0.199 0.082 0.056 0.125 0.114 0.115 0.127 0.076 0.054 0.031 0.022 61 D 0.175 0.236 0.061 0.197 0.111 0.067 0.071 0.039 0.023 0.013 0.008 62 L 0.008 0.007 0.006 0.012 0.021 0.030 0.069 0.107 0.191 0.216 0.333 63 K 0.160 0.239 0.111 0.211 0.143 0.060 0.037 0.019 0.010 0.005 0.003 64 Y 0.155 0.095 0.083 0.179 0.135 0.106 0.108 0.062 0.038 0.025 0.013 65 G 0.176 0.082 0.032 0.088 0.095 0.107 0.134 0.100 0.080 0.062 0.044 66 T 0.075 0.312 0.045 0.131 0.096 0.077 0.101 0.067 0.047 0.033 0.015 67 P 0.067 0.064 0.041 0.124 0.162 0.170 0.170 0.092 0.061 0.033 0.017 68 E 0.804 0.062 0.054 0.048 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 69 L 0.023 0.070 0.053 0.236 0.206 0.171 0.153 0.052 0.022 0.009 0.005 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.021 0.064 0.190 0.254 0.459 71 A 0.002 0.003 0.021 0.054 0.157 0.243 0.299 0.122 0.056 0.031 0.011 72 Q 0.002 0.019 0.785 0.143 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.006 0.012 0.031 0.090 0.253 0.201 0.186 0.131 0.090 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.040 0.190 0.322 0.427 75 Q 0.007 0.017 0.292 0.200 0.224 0.121 0.084 0.030 0.014 0.007 0.003 76 A 0.012 0.045 0.430 0.169 0.129 0.104 0.068 0.023 0.010 0.007 0.003 77 S 0.006 0.020 0.013 0.017 0.028 0.065 0.193 0.176 0.189 0.159 0.133 78 G 0.566 0.129 0.023 0.072 0.059 0.042 0.051 0.029 0.015 0.009 0.005 79 E 0.454 0.190 0.158 0.130 0.038 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 80 R 0.100 0.135 0.067 0.224 0.197 0.120 0.093 0.037 0.015 0.007 0.004 81 V 0.005 0.005 0.004 0.006 0.011 0.023 0.078 0.135 0.232 0.240 0.261 82 N 0.021 0.116 0.141 0.365 0.222 0.086 0.029 0.012 0.006 0.002 0.002 83 L 0.002 0.001 0.007 0.004 0.007 0.014 0.046 0.099 0.200 0.269 0.352 84 T 0.020 0.064 0.051 0.259 0.252 0.133 0.101 0.058 0.033 0.016 0.012 85 I 0.005 0.003 0.008 0.009 0.015 0.018 0.067 0.130 0.219 0.225 0.301 86 A 0.039 0.059 0.088 0.208 0.198 0.138 0.115 0.066 0.042 0.029 0.018 87 R 0.040 0.088 0.060 0.111 0.096 0.124 0.193 0.102 0.098 0.060 0.029 88 P 0.428 0.227 0.047 0.128 0.071 0.036 0.029 0.017 0.010 0.005 0.004 89 G 0.528 0.174 0.033 0.074 0.043 0.035 0.048 0.026 0.019 0.012 0.007 90 K 0.356 0.297 0.053 0.139 0.071 0.034 0.023 0.012 0.007 0.004 0.003 91 P 0.360 0.180 0.038 0.102 0.085 0.069 0.067 0.044 0.028 0.016 0.010 92 E 0.367 0.229 0.051 0.120 0.073 0.049 0.048 0.030 0.017 0.010 0.006 93 I 0.104 0.104 0.052 0.132 0.117 0.125 0.148 0.090 0.066 0.040 0.022 94 E 0.322 0.277 0.094 0.167 0.073 0.031 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 95 L 0.189 0.100 0.057 0.128 0.116 0.096 0.120 0.087 0.055 0.032 0.021