# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.038 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.007 0.079 0.818 2 M 0.069 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.009 0.050 0.757 3 E 0.040 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.004 0.227 0.379 4 I 0.031 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.001 0.053 0.825 5 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.001 0.017 0.045 6 Q 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.001 0.051 0.608 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.001 0.011 0.044 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.777 0.001 0.031 0.176 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.042 0.011 0.751 0.001 0.025 0.142 10 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.059 0.241 0.136 0.012 0.452 0.001 0.027 0.063 11 K 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.092 0.007 0.128 0.075 0.070 0.014 0.186 0.002 0.034 0.364 12 R 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.220 0.056 0.009 0.007 0.004 0.003 0.003 0.273 0.003 0.056 0.313 13 D 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.017 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.267 0.561 14 S 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.137 0.802 15 G 0.171 0.005 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.189 0.195 0.356 16 E 0.196 0.005 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.530 0.184 17 Q 0.053 0.025 0.006 0.007 0.044 0.018 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.218 0.573 18 L 0.027 0.007 0.003 0.003 0.093 0.308 0.110 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.007 0.060 0.134 19 G 0.033 0.002 0.003 0.002 0.012 0.066 0.144 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.135 0.005 0.115 0.437 20 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.522 0.001 0.026 0.391 21 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.841 0.001 0.030 0.106 22 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.029 0.011 0.435 0.001 0.048 0.441 23 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.016 0.017 0.010 0.830 0.001 0.035 0.069 24 R 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.003 0.010 0.012 0.021 0.008 0.280 0.001 0.072 0.559 25 R 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.023 0.006 0.012 0.010 0.006 0.003 0.228 0.002 0.114 0.562 26 T 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.038 0.003 0.018 0.003 0.001 0.002 0.103 0.005 0.154 0.626 27 D 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.015 0.115 0.713 28 E 0.070 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 0.232 0.595 29 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.978 30 G 0.059 0.004 0.003 0.003 0.019 0.022 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.006 0.133 0.473 31 V 0.130 0.002 0.005 0.005 0.018 0.015 0.021 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.003 0.050 0.257 32 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.001 0.017 0.050 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.035 0.043 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.627 0.001 0.040 0.171 34 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.940 0.001 0.015 0.026 35 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.052 0.057 0.028 0.021 0.446 0.001 0.036 0.341 36 L 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.004 0.002 0.664 0.002 0.049 0.239 37 L 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.022 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.484 0.003 0.104 0.253 38 E 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.001 0.022 0.805 39 G 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.005 0.091 0.704 40 G 0.442 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.030 0.047 0.432 41 L 0.035 0.039 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.030 0.002 0.062 0.812 42 A 0.024 0.065 0.006 0.006 0.081 0.013 0.003 0.002 0.001 0.006 0.037 0.002 0.057 0.008 0.002 0.002 0.063 0.005 0.154 0.463 43 A 0.130 0.190 0.001 0.002 0.004 0.011 0.001 0.002 0.019 0.119 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.013 0.037 0.424 44 Q 0.140 0.426 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.017 0.020 0.253 45 D 0.235 0.352 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.114 0.022 0.246 46 G 0.242 0.106 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.112 0.031 0.384 47 R 0.109 0.014 0.467 0.032 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.047 0.012 0.079 0.218 48 L 0.008 0.011 0.004 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.291 0.003 0.045 0.605 49 S 0.011 0.009 0.002 0.005 0.036 0.026 0.010 0.003 0.022 0.017 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.127 0.004 0.254 0.459 50 S 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.043 0.883 51 N 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.427 0.004 0.146 0.395 52 D 0.203 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.037 0.183 0.392 53 R 0.089 0.012 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.534 0.006 0.090 0.255 54 V 0.008 0.006 0.001 0.001 0.015 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.738 0.001 0.083 0.120 55 L 0.005 0.006 0.001 0.001 0.027 0.039 0.008 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.080 0.031 0.016 0.012 0.627 0.002 0.031 0.104 56 A 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.004 0.001 0.012 0.003 0.002 0.009 0.004 0.004 0.005 0.821 0.001 0.017 0.094 57 I 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.011 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.570 0.001 0.042 0.159 58 N 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.557 0.001 0.083 0.326 59 G 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.019 0.084 0.520 60 H 0.230 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.014 0.215 0.359 61 D 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.001 0.108 0.694 62 L 0.013 0.007 0.004 0.002 0.171 0.019 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.227 0.003 0.119 0.418 63 K 0.018 0.019 0.001 0.001 0.006 0.016 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.137 0.004 0.322 0.448 64 Y 0.082 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.005 0.111 0.724 65 G 0.136 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.007 0.177 0.487 66 T 0.052 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.574 0.348 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 68 E 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.467 0.515 69 L 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.070 70 A 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 71 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 Q 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 I 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 I 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 76 A 0.059 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.009 77 S 0.321 0.502 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.001 0.025 78 G 0.281 0.226 0.115 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.082 0.012 0.261 79 E 0.084 0.009 0.317 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.011 0.120 0.371 80 R 0.025 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.001 0.119 0.729 81 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.694 0.001 0.060 0.228 82 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.731 0.001 0.061 0.180 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.886 0.001 0.014 0.092 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.930 0.001 0.011 0.050 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.013 0.007 0.762 0.001 0.027 0.171 86 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.906 0.001 0.023 0.061 87 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.005 0.004 0.004 0.003 0.002 0.003 0.381 0.001 0.082 0.485 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.994 89 G 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.007 0.081 0.735 90 K 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.059 0.782 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 92 E 0.031 0.002 0.001 0.001 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.061 0.840 93 I 0.191 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.004 0.060 0.630 94 E 0.078 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.005 0.092 0.708 95 L 0.095 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.007 0.091 0.679