# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.046 0.003 0.002 0.021 0.020 0.022 0.075 0.001 0.001 0.002 0.808 2 M 0.037 0.001 0.002 0.014 0.020 0.030 0.017 0.001 0.001 0.001 0.878 3 E 0.042 0.001 0.002 0.054 0.104 0.093 0.287 0.001 0.001 0.005 0.412 4 I 0.028 0.001 0.001 0.033 0.050 0.075 0.047 0.001 0.001 0.002 0.765 5 L 0.006 0.001 0.001 0.060 0.343 0.524 0.020 0.001 0.001 0.001 0.047 6 Q 0.002 0.001 0.001 0.117 0.099 0.180 0.097 0.001 0.001 0.001 0.505 7 V 0.003 0.001 0.001 0.154 0.343 0.394 0.012 0.001 0.001 0.001 0.093 8 A 0.001 0.001 0.001 0.134 0.290 0.409 0.030 0.001 0.001 0.001 0.134 9 L 0.001 0.001 0.001 0.129 0.295 0.397 0.032 0.001 0.001 0.001 0.143 10 H 0.001 0.001 0.001 0.074 0.344 0.371 0.045 0.001 0.001 0.002 0.161 11 K 0.001 0.001 0.001 0.024 0.130 0.194 0.063 0.001 0.001 0.003 0.583 12 R 0.006 0.001 0.001 0.042 0.094 0.193 0.145 0.001 0.001 0.004 0.513 13 D 0.007 0.001 0.001 0.022 0.027 0.033 0.198 0.001 0.001 0.004 0.706 14 S 0.012 0.002 0.001 0.005 0.004 0.006 0.150 0.001 0.001 0.011 0.810 15 G 0.098 0.003 0.003 0.006 0.008 0.017 0.343 0.001 0.001 0.188 0.333 16 E 0.747 0.009 0.008 0.003 0.009 0.009 0.105 0.001 0.001 0.037 0.071 17 Q 0.088 0.029 0.003 0.022 0.025 0.028 0.146 0.001 0.001 0.004 0.654 18 L 0.048 0.021 0.009 0.064 0.259 0.226 0.085 0.002 0.001 0.006 0.279 19 G 0.052 0.008 0.002 0.066 0.214 0.436 0.055 0.002 0.001 0.006 0.158 20 I 0.019 0.005 0.033 0.458 0.171 0.177 0.039 0.001 0.001 0.003 0.094 21 K 0.001 0.001 0.001 0.175 0.422 0.336 0.012 0.001 0.001 0.001 0.052 22 L 0.001 0.001 0.001 0.114 0.191 0.341 0.015 0.001 0.001 0.001 0.337 23 V 0.003 0.002 0.001 0.316 0.152 0.464 0.016 0.001 0.001 0.001 0.046 24 R 0.005 0.001 0.001 0.175 0.056 0.215 0.071 0.001 0.001 0.003 0.475 25 R 0.033 0.002 0.002 0.295 0.105 0.214 0.079 0.001 0.001 0.005 0.265 26 T 0.023 0.001 0.001 0.050 0.029 0.047 0.213 0.001 0.001 0.007 0.628 27 D 0.053 0.002 0.005 0.018 0.016 0.034 0.126 0.001 0.001 0.017 0.730 28 E 0.155 0.002 0.007 0.014 0.016 0.025 0.224 0.001 0.001 0.012 0.544 29 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.975 30 G 0.038 0.001 0.002 0.050 0.091 0.121 0.122 0.001 0.001 0.004 0.570 31 V 0.176 0.005 0.004 0.113 0.107 0.097 0.129 0.001 0.001 0.008 0.361 32 F 0.008 0.008 0.001 0.220 0.206 0.290 0.078 0.001 0.001 0.001 0.188 33 I 0.003 0.004 0.001 0.139 0.206 0.526 0.022 0.001 0.001 0.001 0.099 34 L 0.004 0.011 0.001 0.367 0.158 0.343 0.023 0.001 0.001 0.001 0.092 35 D 0.014 0.016 0.001 0.264 0.150 0.220 0.061 0.001 0.001 0.003 0.269 36 L 0.047 0.054 0.007 0.176 0.148 0.250 0.053 0.003 0.001 0.003 0.258 37 L 0.028 0.075 0.008 0.100 0.114 0.301 0.109 0.003 0.001 0.003 0.259 38 E 0.029 0.047 0.002 0.031 0.026 0.062 0.086 0.002 0.001 0.003 0.712 39 G 0.118 0.051 0.003 0.017 0.016 0.034 0.117 0.004 0.001 0.006 0.634 40 G 0.348 0.094 0.013 0.011 0.013 0.015 0.091 0.005 0.001 0.007 0.403 41 L 0.026 0.114 0.008 0.014 0.015 0.021 0.177 0.002 0.001 0.003 0.619 42 A 0.037 0.148 0.006 0.016 0.069 0.150 0.128 0.006 0.001 0.006 0.436 43 A 0.115 0.394 0.020 0.024 0.053 0.089 0.046 0.012 0.001 0.006 0.240 44 Q 0.101 0.624 0.008 0.022 0.036 0.045 0.020 0.013 0.001 0.002 0.130 45 D 0.152 0.362 0.019 0.031 0.039 0.058 0.025 0.016 0.001 0.005 0.294 46 G 0.275 0.058 0.014 0.042 0.107 0.155 0.035 0.019 0.001 0.015 0.280 47 R 0.160 0.020 0.062 0.026 0.051 0.045 0.135 0.007 0.001 0.010 0.483 48 L 0.043 0.008 0.015 0.041 0.090 0.188 0.047 0.002 0.001 0.002 0.564 49 S 0.011 0.007 0.008 0.051 0.172 0.164 0.206 0.001 0.001 0.004 0.375 50 S 0.015 0.004 0.002 0.016 0.029 0.057 0.021 0.001 0.001 0.003 0.852 51 N 0.021 0.005 0.003 0.059 0.058 0.164 0.237 0.001 0.001 0.028 0.425 52 D 0.444 0.006 0.004 0.032 0.053 0.052 0.222 0.001 0.001 0.043 0.144 53 R 0.110 0.076 0.004 0.094 0.160 0.153 0.173 0.001 0.001 0.007 0.221 54 V 0.007 0.018 0.002 0.080 0.264 0.533 0.035 0.001 0.001 0.001 0.059 55 L 0.004 0.018 0.001 0.070 0.344 0.495 0.010 0.001 0.001 0.001 0.057 56 A 0.001 0.004 0.001 0.037 0.383 0.535 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 57 I 0.002 0.006 0.001 0.051 0.388 0.493 0.009 0.001 0.001 0.001 0.049 58 N 0.017 0.009 0.003 0.029 0.270 0.551 0.016 0.001 0.001 0.002 0.101 59 G 0.013 0.001 0.002 0.073 0.029 0.104 0.129 0.001 0.001 0.005 0.644 60 H 0.467 0.002 0.016 0.054 0.067 0.047 0.127 0.001 0.001 0.011 0.207 61 D 0.006 0.001 0.001 0.039 0.014 0.015 0.072 0.001 0.001 0.001 0.852 62 L 0.018 0.002 0.004 0.051 0.110 0.266 0.064 0.001 0.001 0.003 0.481 63 K 0.021 0.006 0.001 0.079 0.031 0.105 0.271 0.001 0.001 0.008 0.476 64 Y 0.240 0.006 0.003 0.038 0.036 0.083 0.110 0.001 0.001 0.019 0.465 65 G 0.403 0.027 0.016 0.059 0.021 0.054 0.100 0.003 0.001 0.009 0.309 66 T 0.019 0.013 0.002 0.010 0.013 0.010 0.488 0.001 0.001 0.002 0.442 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.993 68 E 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.012 0.487 0.001 0.001 0.001 0.485 69 L 0.091 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.001 0.001 0.002 0.251 70 A 0.008 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.028 71 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 Q 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 73 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 74 I 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.984 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 76 A 0.017 0.907 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.004 77 S 0.265 0.476 0.034 0.001 0.003 0.003 0.001 0.193 0.001 0.001 0.024 78 G 0.349 0.056 0.246 0.002 0.007 0.011 0.007 0.065 0.001 0.002 0.255 79 E 0.090 0.002 0.347 0.014 0.010 0.011 0.080 0.003 0.001 0.003 0.439 80 R 0.066 0.001 0.026 0.047 0.031 0.023 0.094 0.001 0.001 0.002 0.709 81 V 0.028 0.001 0.007 0.135 0.328 0.249 0.030 0.001 0.001 0.001 0.221 82 N 0.001 0.001 0.001 0.312 0.159 0.335 0.046 0.001 0.001 0.001 0.146 83 L 0.001 0.001 0.001 0.212 0.279 0.447 0.008 0.001 0.001 0.001 0.051 84 T 0.001 0.001 0.001 0.317 0.280 0.342 0.011 0.001 0.001 0.001 0.049 85 I 0.001 0.001 0.001 0.233 0.239 0.434 0.012 0.001 0.001 0.001 0.081 86 A 0.001 0.001 0.001 0.137 0.287 0.480 0.023 0.001 0.001 0.001 0.070 87 R 0.001 0.001 0.001 0.061 0.313 0.233 0.067 0.001 0.001 0.002 0.322 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 89 G 0.006 0.001 0.001 0.030 0.015 0.100 0.128 0.001 0.001 0.001 0.719 90 K 0.171 0.001 0.001 0.008 0.010 0.006 0.098 0.001 0.001 0.012 0.693 91 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 92 E 0.017 0.001 0.001 0.020 0.035 0.101 0.229 0.001 0.001 0.002 0.594 93 I 0.205 0.007 0.001 0.011 0.023 0.040 0.072 0.001 0.001 0.014 0.627 94 E 0.083 0.036 0.002 0.025 0.051 0.079 0.116 0.001 0.001 0.005 0.602 95 L 0.084 0.027 0.005 0.025 0.036 0.076 0.092 0.001 0.001 0.007 0.646