# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.001 0.003 0.006 0.011 0.010 0.001 0.960 2 M 0.013 0.002 0.010 0.019 0.044 0.020 0.003 0.888 3 E 0.114 0.002 0.023 0.121 0.117 0.223 0.005 0.394 4 I 0.023 0.001 0.015 0.029 0.057 0.017 0.001 0.855 5 L 0.010 0.001 0.049 0.387 0.474 0.014 0.001 0.063 6 Q 0.010 0.001 0.082 0.155 0.248 0.018 0.001 0.485 7 V 0.002 0.001 0.059 0.405 0.488 0.004 0.001 0.041 8 A 0.001 0.001 0.091 0.262 0.560 0.007 0.001 0.079 9 L 0.001 0.001 0.049 0.345 0.485 0.004 0.001 0.115 10 H 0.001 0.001 0.063 0.279 0.565 0.020 0.001 0.071 11 K 0.004 0.001 0.022 0.205 0.430 0.022 0.001 0.316 12 R 0.008 0.001 0.026 0.196 0.447 0.077 0.003 0.241 13 D 0.032 0.002 0.011 0.052 0.091 0.163 0.007 0.643 14 S 0.034 0.002 0.006 0.015 0.028 0.102 0.012 0.801 15 G 0.153 0.005 0.012 0.020 0.034 0.207 0.043 0.526 16 E 0.223 0.007 0.019 0.051 0.043 0.312 0.016 0.329 17 Q 0.042 0.010 0.036 0.035 0.061 0.230 0.006 0.580 18 L 0.052 0.009 0.074 0.182 0.397 0.052 0.008 0.228 19 G 0.079 0.007 0.192 0.161 0.301 0.095 0.009 0.158 20 I 0.015 0.002 0.263 0.353 0.237 0.028 0.001 0.100 21 K 0.002 0.001 0.265 0.251 0.379 0.022 0.001 0.080 22 L 0.002 0.001 0.148 0.178 0.383 0.016 0.001 0.272 23 V 0.004 0.002 0.187 0.247 0.422 0.058 0.001 0.080 24 R 0.012 0.002 0.076 0.169 0.200 0.059 0.003 0.479 25 R 0.023 0.004 0.081 0.137 0.210 0.108 0.007 0.431 26 T 0.031 0.002 0.024 0.033 0.053 0.136 0.006 0.714 27 D 0.031 0.002 0.015 0.018 0.036 0.107 0.011 0.782 28 E 0.128 0.001 0.013 0.009 0.017 0.261 0.011 0.560 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 30 G 0.039 0.002 0.062 0.077 0.263 0.177 0.006 0.373 31 V 0.158 0.002 0.124 0.192 0.151 0.070 0.002 0.302 32 F 0.007 0.005 0.194 0.313 0.326 0.032 0.001 0.122 33 I 0.003 0.004 0.168 0.281 0.455 0.017 0.001 0.072 34 L 0.003 0.011 0.269 0.216 0.420 0.018 0.001 0.062 35 D 0.013 0.009 0.157 0.135 0.356 0.023 0.003 0.303 36 L 0.066 0.023 0.238 0.121 0.245 0.059 0.013 0.234 37 L 0.040 0.029 0.167 0.163 0.299 0.082 0.012 0.209 38 E 0.011 0.010 0.039 0.018 0.049 0.083 0.005 0.784 39 G 0.047 0.016 0.046 0.018 0.059 0.131 0.044 0.639 40 G 0.668 0.005 0.020 0.013 0.012 0.060 0.030 0.192 41 L 0.027 0.015 0.033 0.033 0.024 0.083 0.004 0.782 42 A 0.020 0.022 0.034 0.093 0.235 0.089 0.004 0.502 43 A 0.086 0.076 0.051 0.088 0.167 0.157 0.007 0.368 44 Q 0.123 0.100 0.024 0.058 0.093 0.206 0.017 0.379 45 D 0.121 0.105 0.039 0.042 0.059 0.067 0.061 0.507 46 G 0.334 0.031 0.031 0.035 0.037 0.057 0.104 0.372 47 R 0.182 0.018 0.066 0.080 0.055 0.326 0.018 0.256 48 L 0.029 0.014 0.057 0.127 0.207 0.059 0.006 0.502 49 S 0.032 0.010 0.048 0.176 0.306 0.164 0.004 0.261 50 S 0.003 0.001 0.005 0.006 0.015 0.017 0.001 0.952 51 N 0.028 0.007 0.046 0.088 0.211 0.196 0.012 0.412 52 D 0.299 0.005 0.025 0.104 0.076 0.179 0.019 0.294 53 R 0.093 0.014 0.079 0.245 0.193 0.171 0.012 0.193 54 V 0.013 0.007 0.082 0.292 0.475 0.032 0.003 0.095 55 L 0.004 0.002 0.123 0.386 0.458 0.008 0.001 0.018 56 A 0.003 0.003 0.147 0.265 0.422 0.014 0.001 0.145 57 I 0.003 0.002 0.216 0.300 0.394 0.025 0.001 0.060 58 N 0.003 0.002 0.121 0.234 0.429 0.037 0.002 0.172 59 G 0.010 0.002 0.148 0.121 0.291 0.122 0.008 0.298 60 H 0.107 0.002 0.146 0.066 0.071 0.339 0.011 0.259 61 D 0.021 0.002 0.035 0.043 0.037 0.121 0.006 0.736 62 L 0.013 0.005 0.072 0.065 0.106 0.110 0.003 0.627 63 K 0.014 0.007 0.021 0.018 0.036 0.728 0.003 0.173 64 Y 0.222 0.019 0.034 0.021 0.047 0.204 0.023 0.430 65 G 0.379 0.051 0.101 0.022 0.031 0.103 0.019 0.294 66 T 0.018 0.014 0.021 0.011 0.009 0.244 0.002 0.681 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 68 E 0.002 0.013 0.002 0.001 0.002 0.697 0.001 0.283 69 L 0.025 0.028 0.001 0.001 0.001 0.855 0.001 0.091 70 A 0.024 0.939 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 71 A 0.004 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 72 Q 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 73 I 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.026 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 76 A 0.070 0.869 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 0.021 77 S 0.106 0.643 0.005 0.002 0.002 0.008 0.165 0.069 78 G 0.365 0.139 0.032 0.006 0.004 0.009 0.206 0.239 79 E 0.065 0.027 0.357 0.059 0.018 0.106 0.018 0.350 80 R 0.057 0.011 0.054 0.064 0.038 0.134 0.011 0.631 81 V 0.062 0.011 0.076 0.335 0.314 0.023 0.003 0.175 82 N 0.012 0.010 0.260 0.250 0.305 0.028 0.002 0.132 83 L 0.005 0.002 0.106 0.417 0.406 0.007 0.001 0.057 84 T 0.002 0.001 0.149 0.352 0.460 0.008 0.001 0.028 85 I 0.001 0.001 0.097 0.359 0.420 0.005 0.001 0.117 86 A 0.001 0.001 0.124 0.268 0.532 0.013 0.001 0.061 87 R 0.004 0.001 0.058 0.162 0.307 0.032 0.001 0.435 88 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.983 89 G 0.023 0.001 0.016 0.031 0.130 0.056 0.003 0.739 90 K 0.069 0.001 0.008 0.015 0.028 0.053 0.002 0.825 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 92 E 0.027 0.002 0.016 0.029 0.081 0.134 0.002 0.710 93 I 0.204 0.005 0.017 0.033 0.050 0.081 0.003 0.608 94 E 0.086 0.021 0.023 0.032 0.067 0.100 0.005 0.666 95 L 0.079 0.023 0.028 0.029 0.052 0.076 0.007 0.707