# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.097 0.251 0.291 0.113 0.063 0.038 0.089 0.013 0.032 0.009 0.004 2 M 0.070 0.226 0.404 0.082 0.076 0.038 0.057 0.015 0.021 0.008 0.002 3 E 0.072 0.367 0.340 0.062 0.045 0.045 0.043 0.004 0.020 0.002 0.001 4 I 0.020 0.462 0.421 0.027 0.021 0.036 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 5 L 0.029 0.659 0.168 0.036 0.076 0.017 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 6 Q 0.001 0.751 0.082 0.004 0.140 0.006 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 7 V 0.001 0.880 0.053 0.001 0.049 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 8 A 0.001 0.752 0.151 0.001 0.060 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 9 L 0.002 0.639 0.237 0.003 0.020 0.077 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 10 H 0.009 0.695 0.144 0.006 0.069 0.044 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 11 K 0.045 0.353 0.407 0.023 0.067 0.054 0.008 0.001 0.031 0.006 0.004 12 R 0.079 0.215 0.401 0.069 0.070 0.066 0.028 0.008 0.045 0.014 0.006 13 D 0.281 0.138 0.274 0.085 0.051 0.032 0.032 0.011 0.055 0.032 0.009 14 S 0.242 0.092 0.250 0.246 0.024 0.011 0.093 0.008 0.016 0.010 0.009 15 G 0.013 0.006 0.021 0.012 0.059 0.005 0.054 0.605 0.003 0.221 0.001 16 E 0.136 0.162 0.413 0.174 0.047 0.011 0.018 0.010 0.011 0.010 0.007 17 Q 0.076 0.179 0.342 0.142 0.070 0.084 0.033 0.026 0.027 0.016 0.007 18 L 0.052 0.336 0.306 0.200 0.052 0.009 0.021 0.001 0.019 0.001 0.001 19 G 0.017 0.153 0.131 0.018 0.504 0.010 0.046 0.076 0.010 0.032 0.003 20 I 0.001 0.696 0.121 0.002 0.166 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 21 K 0.001 0.751 0.171 0.001 0.043 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 22 L 0.007 0.536 0.286 0.003 0.007 0.140 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 23 V 0.036 0.690 0.139 0.037 0.046 0.025 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 24 R 0.038 0.105 0.240 0.032 0.181 0.056 0.110 0.066 0.024 0.141 0.007 25 R 0.121 0.294 0.178 0.087 0.114 0.035 0.073 0.034 0.041 0.018 0.005 26 T 0.219 0.289 0.223 0.140 0.053 0.019 0.019 0.003 0.022 0.006 0.008 27 D 0.105 0.110 0.220 0.331 0.063 0.046 0.066 0.019 0.022 0.012 0.008 28 E 0.024 0.208 0.377 0.013 0.060 0.016 0.017 0.002 0.273 0.010 0.002 29 P 0.198 0.012 0.679 0.034 0.004 0.007 0.010 0.001 0.004 0.004 0.049 30 G 0.017 0.013 0.064 0.012 0.062 0.010 0.121 0.655 0.002 0.041 0.001 31 V 0.021 0.483 0.409 0.006 0.033 0.034 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 32 F 0.030 0.353 0.404 0.007 0.016 0.174 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 33 I 0.102 0.394 0.289 0.022 0.015 0.155 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 34 L 0.314 0.342 0.092 0.155 0.045 0.030 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 35 D 0.149 0.423 0.132 0.029 0.163 0.026 0.033 0.003 0.039 0.002 0.001 36 L 0.249 0.355 0.277 0.038 0.012 0.044 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 37 L 0.104 0.313 0.359 0.018 0.037 0.027 0.005 0.001 0.131 0.004 0.001 38 E 0.391 0.016 0.427 0.091 0.007 0.017 0.012 0.001 0.006 0.009 0.024 39 G 0.041 0.005 0.030 0.066 0.049 0.006 0.081 0.614 0.003 0.106 0.001 40 G 0.251 0.053 0.256 0.077 0.102 0.019 0.026 0.097 0.015 0.102 0.002 41 L 0.589 0.097 0.198 0.063 0.009 0.021 0.005 0.001 0.011 0.001 0.004 42 A 0.690 0.112 0.110 0.033 0.022 0.016 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 43 A 0.661 0.085 0.121 0.094 0.012 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 44 Q 0.649 0.112 0.055 0.119 0.027 0.006 0.008 0.002 0.019 0.002 0.001 45 D 0.145 0.057 0.132 0.460 0.014 0.011 0.157 0.004 0.016 0.002 0.003 46 G 0.008 0.002 0.009 0.007 0.037 0.001 0.078 0.729 0.001 0.126 0.001 47 R 0.069 0.254 0.525 0.057 0.027 0.035 0.012 0.002 0.015 0.002 0.003 48 L 0.081 0.323 0.426 0.083 0.010 0.056 0.004 0.001 0.012 0.001 0.003 49 S 0.026 0.474 0.270 0.010 0.091 0.031 0.005 0.001 0.084 0.006 0.001 50 S 0.233 0.045 0.560 0.056 0.016 0.032 0.014 0.001 0.008 0.008 0.028 51 N 0.018 0.012 0.034 0.123 0.070 0.025 0.222 0.442 0.007 0.045 0.001 52 D 0.071 0.131 0.451 0.140 0.049 0.048 0.069 0.019 0.016 0.005 0.001 53 R 0.123 0.402 0.319 0.093 0.016 0.028 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 54 V 0.084 0.623 0.186 0.041 0.026 0.028 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 55 L 0.025 0.750 0.088 0.011 0.097 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 56 A 0.009 0.688 0.177 0.004 0.058 0.037 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 57 I 0.034 0.664 0.170 0.017 0.017 0.046 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 58 N 0.028 0.114 0.258 0.120 0.093 0.058 0.223 0.014 0.052 0.036 0.004 59 G 0.014 0.011 0.043 0.014 0.095 0.009 0.190 0.436 0.003 0.184 0.001 60 H 0.051 0.500 0.278 0.026 0.111 0.015 0.003 0.001 0.011 0.003 0.001 61 D 0.029 0.086 0.515 0.029 0.015 0.288 0.006 0.001 0.023 0.002 0.006 62 L 0.346 0.233 0.235 0.078 0.028 0.048 0.005 0.001 0.023 0.001 0.002 63 K 0.379 0.260 0.120 0.163 0.023 0.019 0.017 0.002 0.013 0.003 0.002 64 Y 0.063 0.070 0.119 0.223 0.144 0.032 0.267 0.045 0.017 0.019 0.002 65 G 0.171 0.073 0.271 0.117 0.136 0.024 0.050 0.084 0.014 0.057 0.004 66 T 0.058 0.144 0.546 0.016 0.038 0.050 0.006 0.001 0.135 0.006 0.001 67 P 0.952 0.001 0.035 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.982 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.954 0.004 0.008 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.842 0.008 0.009 0.120 0.003 0.002 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 77 S 0.268 0.016 0.066 0.537 0.006 0.003 0.088 0.005 0.009 0.002 0.001 78 G 0.010 0.001 0.010 0.008 0.021 0.001 0.097 0.700 0.001 0.150 0.001 79 E 0.095 0.140 0.406 0.227 0.037 0.025 0.047 0.009 0.007 0.004 0.003 80 R 0.021 0.493 0.303 0.073 0.045 0.029 0.020 0.003 0.012 0.001 0.001 81 V 0.003 0.734 0.190 0.004 0.043 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 82 N 0.004 0.652 0.232 0.005 0.049 0.041 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 83 L 0.001 0.777 0.108 0.002 0.085 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 84 T 0.001 0.805 0.107 0.001 0.040 0.033 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 85 I 0.004 0.596 0.263 0.003 0.012 0.095 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 86 A 0.030 0.538 0.268 0.019 0.027 0.075 0.010 0.001 0.028 0.001 0.003 87 R 0.009 0.269 0.385 0.005 0.126 0.022 0.003 0.001 0.165 0.014 0.001 88 P 0.038 0.010 0.805 0.015 0.005 0.024 0.006 0.001 0.006 0.004 0.086 89 G 0.052 0.036 0.303 0.050 0.063 0.048 0.060 0.285 0.015 0.081 0.007 90 K 0.017 0.151 0.661 0.007 0.033 0.019 0.004 0.001 0.098 0.008 0.001 91 P 0.137 0.006 0.753 0.011 0.003 0.027 0.001 0.001 0.002 0.004 0.055 92 E 0.219 0.219 0.368 0.061 0.028 0.056 0.012 0.006 0.027 0.002 0.002 93 I 0.227 0.193 0.432 0.066 0.028 0.026 0.004 0.001 0.019 0.002 0.002 94 E 0.219 0.214 0.359 0.067 0.033 0.053 0.015 0.004 0.029 0.004 0.004 95 L 0.255 0.211 0.320 0.086 0.052 0.032 0.012 0.003 0.023 0.003 0.002