# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.140 0.184 0.108 0.043 0.228 0.022 0.043 0.046 0.063 0.071 0.052 2 M 0.165 0.164 0.048 0.032 0.236 0.035 0.049 0.045 0.078 0.089 0.058 3 E 0.110 0.249 0.060 0.016 0.364 0.025 0.066 0.018 0.018 0.032 0.040 4 I 0.446 0.045 0.004 0.002 0.435 0.002 0.003 0.002 0.003 0.016 0.043 5 L 0.120 0.210 0.008 0.004 0.625 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.008 6 Q 0.346 0.025 0.004 0.001 0.589 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 7 V 0.267 0.061 0.001 0.001 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 8 A 0.183 0.077 0.018 0.001 0.685 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 9 L 0.368 0.127 0.015 0.001 0.399 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 10 H 0.185 0.253 0.050 0.008 0.363 0.017 0.019 0.010 0.008 0.015 0.072 11 K 0.139 0.241 0.116 0.033 0.261 0.034 0.038 0.025 0.024 0.039 0.050 12 R 0.074 0.164 0.268 0.167 0.097 0.036 0.036 0.049 0.036 0.040 0.033 13 D 0.023 0.060 0.088 0.179 0.040 0.123 0.097 0.183 0.123 0.064 0.021 14 S 0.018 0.264 0.133 0.117 0.043 0.071 0.092 0.081 0.083 0.078 0.020 15 G 0.041 0.036 0.057 0.105 0.030 0.026 0.013 0.034 0.045 0.445 0.168 16 E 0.094 0.180 0.121 0.039 0.158 0.037 0.058 0.087 0.075 0.106 0.045 17 Q 0.298 0.056 0.044 0.033 0.168 0.043 0.038 0.050 0.050 0.125 0.095 18 L 0.070 0.195 0.114 0.123 0.142 0.124 0.096 0.036 0.033 0.044 0.022 19 G 0.194 0.099 0.094 0.074 0.271 0.035 0.026 0.028 0.023 0.093 0.065 20 I 0.186 0.166 0.013 0.002 0.584 0.002 0.004 0.008 0.005 0.008 0.022 21 K 0.132 0.161 0.015 0.001 0.659 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 22 L 0.450 0.070 0.016 0.004 0.319 0.006 0.006 0.008 0.005 0.011 0.107 23 V 0.070 0.091 0.060 0.154 0.115 0.201 0.086 0.039 0.036 0.093 0.054 24 R 0.038 0.076 0.133 0.417 0.050 0.063 0.034 0.027 0.032 0.097 0.033 25 R 0.064 0.091 0.109 0.130 0.087 0.043 0.028 0.062 0.092 0.226 0.070 26 T 0.055 0.179 0.092 0.066 0.119 0.058 0.085 0.085 0.116 0.110 0.036 27 D 0.102 0.064 0.075 0.096 0.082 0.042 0.044 0.064 0.081 0.244 0.107 28 E 0.125 0.130 0.160 0.078 0.168 0.041 0.037 0.066 0.075 0.075 0.046 29 P 0.032 0.114 0.106 0.097 0.053 0.098 0.220 0.116 0.086 0.058 0.018 30 G 0.127 0.098 0.092 0.053 0.152 0.015 0.019 0.025 0.027 0.241 0.151 31 V 0.118 0.216 0.003 0.001 0.637 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.011 32 F 0.130 0.149 0.007 0.001 0.698 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 33 I 0.596 0.020 0.003 0.003 0.319 0.002 0.002 0.008 0.005 0.007 0.036 34 L 0.152 0.170 0.027 0.026 0.413 0.046 0.046 0.046 0.027 0.016 0.031 35 D 0.187 0.126 0.039 0.002 0.504 0.003 0.006 0.014 0.009 0.017 0.093 36 L 0.233 0.209 0.033 0.009 0.282 0.007 0.027 0.048 0.029 0.050 0.073 37 L 0.036 0.249 0.369 0.069 0.122 0.029 0.024 0.035 0.019 0.014 0.034 38 E 0.025 0.282 0.063 0.045 0.044 0.063 0.224 0.138 0.062 0.040 0.014 39 G 0.013 0.054 0.106 0.195 0.019 0.046 0.044 0.056 0.044 0.368 0.058 40 G 0.037 0.232 0.446 0.104 0.056 0.007 0.005 0.031 0.023 0.040 0.018 41 L 0.034 0.161 0.065 0.006 0.098 0.011 0.032 0.352 0.186 0.032 0.022 42 A 0.039 0.126 0.030 0.012 0.118 0.017 0.032 0.449 0.108 0.049 0.020 43 A 0.069 0.054 0.053 0.010 0.073 0.014 0.052 0.508 0.090 0.048 0.029 44 Q 0.030 0.032 0.038 0.025 0.040 0.066 0.094 0.504 0.082 0.069 0.019 45 D 0.020 0.596 0.132 0.050 0.060 0.027 0.035 0.038 0.019 0.014 0.008 46 G 0.033 0.024 0.024 0.057 0.024 0.022 0.010 0.029 0.037 0.460 0.280 47 R 0.157 0.264 0.086 0.008 0.298 0.006 0.018 0.027 0.020 0.060 0.055 48 L 0.222 0.257 0.051 0.010 0.295 0.009 0.015 0.023 0.018 0.033 0.066 49 S 0.038 0.273 0.422 0.087 0.091 0.023 0.011 0.015 0.017 0.008 0.017 50 S 0.011 0.110 0.057 0.041 0.029 0.056 0.402 0.213 0.058 0.017 0.006 51 N 0.032 0.015 0.020 0.012 0.015 0.010 0.010 0.039 0.046 0.668 0.133 52 D 0.043 0.501 0.013 0.003 0.333 0.007 0.008 0.039 0.025 0.015 0.012 53 R 0.223 0.071 0.018 0.006 0.383 0.016 0.029 0.111 0.053 0.050 0.039 54 V 0.304 0.064 0.009 0.006 0.400 0.007 0.011 0.058 0.038 0.051 0.052 55 L 0.105 0.142 0.014 0.004 0.652 0.008 0.013 0.027 0.010 0.008 0.018 56 A 0.489 0.054 0.019 0.002 0.318 0.002 0.010 0.017 0.006 0.014 0.069 57 I 0.084 0.067 0.053 0.153 0.120 0.174 0.061 0.079 0.037 0.093 0.079 58 N 0.006 0.149 0.178 0.437 0.021 0.085 0.070 0.025 0.011 0.011 0.006 59 G 0.024 0.008 0.009 0.024 0.011 0.016 0.011 0.037 0.033 0.681 0.146 60 H 0.041 0.505 0.076 0.009 0.238 0.010 0.017 0.032 0.020 0.033 0.019 61 D 0.294 0.116 0.041 0.007 0.360 0.007 0.009 0.038 0.021 0.024 0.083 62 L 0.180 0.080 0.039 0.029 0.166 0.040 0.057 0.136 0.137 0.077 0.058 63 K 0.039 0.097 0.069 0.059 0.084 0.129 0.176 0.157 0.071 0.085 0.036 64 Y 0.100 0.085 0.041 0.037 0.111 0.018 0.029 0.078 0.039 0.345 0.116 65 G 0.028 0.268 0.170 0.080 0.091 0.047 0.036 0.058 0.034 0.148 0.041 66 T 0.046 0.493 0.291 0.005 0.125 0.001 0.001 0.013 0.004 0.008 0.013 67 P 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.709 0.265 0.006 0.002 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.064 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.038 0.004 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.021 0.005 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.004 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.008 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.919 0.072 0.004 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.805 0.162 0.016 0.001 76 A 0.003 0.007 0.008 0.003 0.005 0.006 0.182 0.691 0.066 0.026 0.002 77 S 0.008 0.607 0.259 0.017 0.032 0.009 0.034 0.012 0.009 0.008 0.005 78 G 0.051 0.009 0.017 0.041 0.010 0.015 0.011 0.009 0.017 0.407 0.412 79 E 0.107 0.321 0.074 0.026 0.216 0.031 0.047 0.021 0.027 0.074 0.057 80 R 0.221 0.121 0.007 0.003 0.563 0.010 0.023 0.005 0.005 0.014 0.029 81 V 0.282 0.080 0.003 0.001 0.612 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 82 N 0.141 0.051 0.002 0.001 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 83 L 0.363 0.026 0.001 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 84 T 0.207 0.094 0.008 0.001 0.649 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 85 I 0.248 0.123 0.021 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.080 86 A 0.219 0.292 0.057 0.019 0.250 0.014 0.016 0.006 0.010 0.032 0.084 87 R 0.018 0.249 0.540 0.084 0.059 0.013 0.010 0.003 0.007 0.005 0.011 88 P 0.039 0.207 0.086 0.073 0.069 0.048 0.239 0.092 0.094 0.041 0.012 89 G 0.018 0.076 0.151 0.197 0.027 0.054 0.104 0.042 0.081 0.215 0.034 90 K 0.029 0.304 0.421 0.062 0.092 0.007 0.008 0.013 0.021 0.025 0.018 91 P 0.060 0.329 0.133 0.021 0.148 0.018 0.059 0.085 0.077 0.042 0.029 92 E 0.080 0.299 0.111 0.014 0.212 0.014 0.030 0.071 0.058 0.057 0.054 93 I 0.097 0.261 0.067 0.017 0.202 0.020 0.041 0.118 0.074 0.062 0.041 94 E 0.120 0.155 0.091 0.018 0.190 0.022 0.039 0.132 0.081 0.095 0.056 95 L 0.108 0.139 0.043 0.014 0.176 0.020 0.037 0.198 0.127 0.095 0.043