# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.875 0.087 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 2 M 0.588 0.190 0.151 0.057 0.013 0.002 0.001 3 E 0.744 0.180 0.063 0.011 0.002 0.001 0.001 4 I 0.355 0.298 0.217 0.085 0.037 0.008 0.001 5 L 0.165 0.220 0.176 0.256 0.137 0.044 0.002 6 Q 0.237 0.305 0.254 0.128 0.054 0.019 0.002 7 V 0.055 0.089 0.134 0.261 0.265 0.181 0.015 8 A 0.067 0.201 0.335 0.266 0.102 0.026 0.002 9 L 0.018 0.032 0.060 0.178 0.400 0.294 0.017 10 H 0.083 0.217 0.303 0.226 0.130 0.038 0.002 11 K 0.128 0.262 0.253 0.240 0.094 0.021 0.001 12 R 0.452 0.300 0.161 0.069 0.016 0.002 0.001 13 D 0.779 0.153 0.050 0.015 0.002 0.001 0.001 14 S 0.812 0.130 0.050 0.006 0.001 0.001 0.001 15 G 0.535 0.314 0.115 0.029 0.006 0.001 0.001 16 E 0.372 0.374 0.161 0.070 0.020 0.003 0.001 17 Q 0.184 0.393 0.207 0.145 0.055 0.015 0.001 18 L 0.006 0.020 0.061 0.198 0.449 0.255 0.012 19 G 0.010 0.041 0.140 0.260 0.317 0.181 0.051 20 I 0.003 0.009 0.022 0.038 0.140 0.556 0.233 21 K 0.008 0.064 0.193 0.427 0.228 0.066 0.015 22 L 0.004 0.007 0.018 0.048 0.282 0.531 0.110 23 V 0.018 0.074 0.176 0.280 0.304 0.137 0.012 24 R 0.125 0.339 0.258 0.192 0.065 0.020 0.001 25 R 0.304 0.369 0.188 0.102 0.031 0.005 0.001 26 T 0.505 0.250 0.155 0.068 0.019 0.003 0.001 27 D 0.563 0.287 0.099 0.040 0.009 0.001 0.001 28 E 0.581 0.252 0.129 0.029 0.007 0.002 0.001 29 P 0.259 0.336 0.216 0.114 0.055 0.018 0.001 30 G 0.022 0.138 0.232 0.325 0.222 0.057 0.004 31 V 0.005 0.020 0.077 0.142 0.333 0.380 0.044 32 F 0.002 0.008 0.032 0.094 0.245 0.473 0.146 33 I 0.001 0.003 0.011 0.039 0.231 0.530 0.185 34 L 0.006 0.071 0.157 0.248 0.282 0.181 0.055 35 D 0.008 0.091 0.244 0.378 0.173 0.085 0.020 36 L 0.003 0.007 0.018 0.085 0.394 0.428 0.064 37 L 0.024 0.108 0.193 0.376 0.195 0.091 0.012 38 E 0.390 0.304 0.218 0.056 0.022 0.008 0.001 39 G 0.216 0.332 0.243 0.146 0.047 0.013 0.002 40 G 0.104 0.165 0.168 0.196 0.205 0.146 0.016 41 L 0.099 0.210 0.244 0.212 0.159 0.071 0.005 42 A 0.093 0.100 0.154 0.262 0.255 0.127 0.009 43 A 0.152 0.299 0.255 0.184 0.085 0.023 0.002 44 Q 0.213 0.290 0.205 0.159 0.095 0.035 0.004 45 D 0.285 0.294 0.197 0.149 0.058 0.015 0.002 46 G 0.317 0.387 0.126 0.125 0.035 0.009 0.001 47 R 0.167 0.270 0.302 0.168 0.076 0.016 0.001 48 L 0.034 0.046 0.105 0.267 0.371 0.167 0.009 49 S 0.109 0.324 0.266 0.211 0.071 0.018 0.002 50 S 0.215 0.302 0.204 0.158 0.089 0.029 0.004 51 N 0.170 0.284 0.232 0.192 0.078 0.038 0.006 52 D 0.051 0.106 0.188 0.246 0.255 0.137 0.017 53 R 0.040 0.131 0.215 0.284 0.220 0.094 0.016 54 V 0.025 0.038 0.060 0.118 0.240 0.408 0.111 55 L 0.037 0.085 0.131 0.216 0.249 0.235 0.047 56 A 0.069 0.210 0.273 0.263 0.119 0.054 0.012 57 I 0.043 0.057 0.094 0.203 0.299 0.255 0.048 58 N 0.068 0.138 0.160 0.234 0.228 0.147 0.025 59 G 0.234 0.295 0.235 0.157 0.054 0.022 0.003 60 H 0.337 0.281 0.180 0.132 0.054 0.015 0.001 61 D 0.269 0.304 0.245 0.116 0.048 0.016 0.002 62 L 0.106 0.091 0.123 0.260 0.280 0.130 0.010 63 K 0.365 0.296 0.201 0.101 0.030 0.008 0.001 64 Y 0.379 0.363 0.150 0.071 0.027 0.009 0.001 65 G 0.124 0.174 0.250 0.264 0.133 0.052 0.003 66 T 0.129 0.228 0.204 0.189 0.159 0.079 0.012 67 P 0.047 0.137 0.211 0.332 0.177 0.084 0.012 68 E 0.247 0.312 0.284 0.102 0.040 0.013 0.002 69 L 0.009 0.080 0.262 0.353 0.231 0.059 0.007 70 A 0.001 0.002 0.006 0.027 0.186 0.634 0.143 71 A 0.002 0.015 0.085 0.206 0.391 0.266 0.035 72 Q 0.015 0.191 0.358 0.305 0.095 0.028 0.006 73 I 0.004 0.024 0.086 0.186 0.359 0.309 0.033 74 I 0.002 0.005 0.016 0.081 0.320 0.522 0.054 75 Q 0.056 0.276 0.347 0.236 0.069 0.015 0.001 76 A 0.145 0.460 0.254 0.102 0.033 0.007 0.001 77 S 0.029 0.109 0.231 0.354 0.215 0.060 0.002 78 G 0.323 0.429 0.147 0.086 0.013 0.003 0.001 79 E 0.437 0.408 0.103 0.038 0.013 0.002 0.001 80 R 0.109 0.306 0.320 0.189 0.060 0.014 0.001 81 V 0.005 0.020 0.062 0.229 0.497 0.181 0.006 82 N 0.049 0.255 0.344 0.251 0.078 0.020 0.003 83 L 0.010 0.033 0.054 0.117 0.279 0.454 0.054 84 T 0.017 0.095 0.236 0.386 0.200 0.059 0.006 85 I 0.011 0.021 0.047 0.134 0.392 0.355 0.041 86 A 0.077 0.205 0.298 0.242 0.134 0.041 0.003 87 R 0.162 0.256 0.240 0.227 0.085 0.030 0.001 88 P 0.452 0.299 0.173 0.055 0.017 0.003 0.001 89 G 0.503 0.261 0.156 0.060 0.016 0.003 0.001 90 K 0.750 0.204 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 91 P 0.589 0.262 0.099 0.038 0.010 0.001 0.001 92 E 0.608 0.236 0.111 0.036 0.008 0.001 0.001 93 I 0.552 0.273 0.108 0.055 0.011 0.001 0.001 94 E 0.784 0.179 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 95 L 0.491 0.250 0.151 0.076 0.029 0.003 0.001