# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1830 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.564 0.195 0.105 0.052 0.031 0.024 0.018 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.142 0.137 0.124 0.174 0.157 0.130 0.074 0.031 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 3 E 0.237 0.176 0.194 0.129 0.098 0.073 0.039 0.021 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 4 I 0.032 0.042 0.051 0.108 0.155 0.156 0.130 0.118 0.090 0.053 0.034 0.017 0.008 0.004 5 L 0.012 0.016 0.026 0.050 0.089 0.113 0.137 0.157 0.139 0.104 0.083 0.049 0.015 0.008 6 Q 0.009 0.011 0.017 0.034 0.076 0.079 0.102 0.124 0.154 0.137 0.117 0.067 0.036 0.038 7 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 0.022 0.044 0.133 0.215 0.276 0.170 0.096 0.022 8 A 0.005 0.010 0.016 0.032 0.059 0.072 0.132 0.190 0.111 0.113 0.133 0.050 0.029 0.048 9 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.017 0.029 0.061 0.169 0.224 0.177 0.192 0.094 0.022 10 H 0.012 0.027 0.032 0.079 0.087 0.135 0.161 0.183 0.117 0.080 0.049 0.018 0.011 0.008 11 K 0.028 0.060 0.080 0.144 0.141 0.154 0.124 0.112 0.066 0.036 0.036 0.013 0.004 0.004 12 R 0.117 0.170 0.212 0.180 0.121 0.085 0.045 0.033 0.022 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 13 D 0.280 0.219 0.190 0.156 0.077 0.041 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.468 0.189 0.223 0.057 0.028 0.013 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.447 0.211 0.168 0.082 0.041 0.019 0.022 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.308 0.218 0.186 0.115 0.061 0.043 0.047 0.009 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.115 0.146 0.166 0.139 0.152 0.110 0.076 0.034 0.036 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 18 L 0.006 0.009 0.015 0.038 0.079 0.134 0.146 0.195 0.139 0.120 0.048 0.043 0.023 0.005 19 G 0.004 0.006 0.011 0.027 0.068 0.083 0.111 0.138 0.173 0.134 0.117 0.080 0.025 0.022 20 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.026 0.049 0.131 0.197 0.263 0.182 0.103 0.025 21 K 0.004 0.007 0.011 0.021 0.034 0.049 0.080 0.148 0.124 0.129 0.202 0.092 0.050 0.051 22 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.024 0.046 0.083 0.183 0.220 0.147 0.150 0.098 0.029 23 V 0.006 0.016 0.019 0.058 0.080 0.130 0.164 0.206 0.128 0.095 0.052 0.024 0.012 0.009 24 R 0.055 0.110 0.111 0.157 0.136 0.149 0.099 0.079 0.047 0.024 0.023 0.006 0.002 0.002 25 R 0.087 0.154 0.206 0.198 0.140 0.100 0.046 0.035 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 26 T 0.185 0.201 0.237 0.176 0.088 0.055 0.032 0.012 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.383 0.191 0.234 0.092 0.042 0.022 0.022 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.288 0.228 0.248 0.101 0.053 0.035 0.027 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 P 0.040 0.083 0.102 0.176 0.187 0.164 0.114 0.072 0.034 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 30 G 0.018 0.024 0.033 0.079 0.145 0.151 0.173 0.159 0.105 0.065 0.021 0.017 0.007 0.003 31 V 0.019 0.010 0.017 0.024 0.046 0.067 0.112 0.142 0.167 0.145 0.129 0.077 0.036 0.011 32 F 0.011 0.008 0.013 0.021 0.041 0.059 0.086 0.136 0.140 0.138 0.160 0.113 0.048 0.028 33 I 0.004 0.004 0.005 0.010 0.019 0.035 0.057 0.096 0.155 0.160 0.161 0.143 0.105 0.044 34 L 0.017 0.022 0.021 0.044 0.060 0.085 0.116 0.134 0.149 0.143 0.092 0.065 0.034 0.018 35 D 0.041 0.068 0.077 0.107 0.133 0.144 0.134 0.119 0.073 0.043 0.038 0.011 0.005 0.006 36 L 0.014 0.016 0.021 0.043 0.085 0.126 0.141 0.167 0.138 0.098 0.077 0.038 0.028 0.009 37 L 0.035 0.063 0.081 0.147 0.181 0.162 0.124 0.097 0.056 0.031 0.011 0.007 0.003 0.002 38 E 0.176 0.139 0.132 0.144 0.124 0.104 0.070 0.044 0.036 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 39 G 0.128 0.113 0.122 0.132 0.151 0.134 0.090 0.058 0.037 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 40 G 0.155 0.103 0.133 0.126 0.143 0.118 0.090 0.057 0.036 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 41 L 0.120 0.087 0.090 0.125 0.159 0.131 0.109 0.087 0.047 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 42 A 0.161 0.097 0.091 0.131 0.144 0.113 0.087 0.075 0.046 0.027 0.016 0.008 0.003 0.002 43 A 0.250 0.168 0.144 0.148 0.112 0.073 0.047 0.028 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.227 0.132 0.152 0.144 0.125 0.093 0.054 0.032 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 45 D 0.265 0.174 0.163 0.138 0.105 0.071 0.041 0.020 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 46 G 0.384 0.201 0.101 0.103 0.070 0.072 0.038 0.014 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.180 0.164 0.158 0.164 0.130 0.108 0.045 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 48 L 0.086 0.061 0.071 0.116 0.168 0.144 0.128 0.113 0.053 0.030 0.017 0.008 0.004 0.001 49 S 0.117 0.133 0.133 0.178 0.149 0.114 0.068 0.051 0.031 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 50 S 0.092 0.069 0.080 0.123 0.144 0.131 0.117 0.094 0.061 0.042 0.029 0.011 0.004 0.002 51 N 0.044 0.051 0.075 0.110 0.156 0.143 0.132 0.112 0.081 0.044 0.032 0.011 0.004 0.004 52 D 0.041 0.043 0.059 0.076 0.102 0.121 0.113 0.116 0.121 0.094 0.055 0.033 0.019 0.008 53 R 0.023 0.027 0.032 0.068 0.107 0.118 0.156 0.165 0.108 0.093 0.049 0.032 0.014 0.009 54 V 0.005 0.006 0.009 0.016 0.032 0.057 0.092 0.122 0.176 0.141 0.163 0.094 0.061 0.027 55 L 0.015 0.017 0.021 0.034 0.052 0.082 0.109 0.136 0.146 0.132 0.126 0.070 0.041 0.019 56 A 0.066 0.101 0.105 0.130 0.127 0.123 0.096 0.086 0.063 0.039 0.035 0.015 0.007 0.007 57 I 0.015 0.017 0.023 0.047 0.077 0.121 0.128 0.150 0.161 0.103 0.068 0.047 0.034 0.010 58 N 0.026 0.043 0.067 0.126 0.184 0.173 0.146 0.107 0.070 0.033 0.015 0.007 0.002 0.002 59 G 0.186 0.160 0.154 0.129 0.106 0.104 0.064 0.037 0.033 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 60 H 0.180 0.124 0.140 0.138 0.138 0.108 0.073 0.045 0.028 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 61 D 0.152 0.132 0.150 0.163 0.151 0.103 0.067 0.038 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 62 L 0.111 0.073 0.068 0.106 0.143 0.146 0.128 0.107 0.058 0.033 0.015 0.007 0.004 0.001 63 K 0.298 0.152 0.136 0.123 0.102 0.074 0.054 0.029 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.355 0.167 0.133 0.120 0.087 0.056 0.036 0.019 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 65 G 0.289 0.171 0.128 0.134 0.108 0.076 0.042 0.031 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 66 T 0.230 0.124 0.135 0.137 0.129 0.101 0.073 0.028 0.027 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 67 P 0.075 0.077 0.098 0.176 0.194 0.172 0.102 0.061 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 68 E 0.488 0.246 0.150 0.057 0.027 0.017 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.124 0.179 0.208 0.195 0.145 0.082 0.034 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.010 0.014 0.019 0.060 0.108 0.182 0.234 0.215 0.101 0.028 0.021 0.004 0.003 0.001 71 A 0.033 0.079 0.098 0.216 0.231 0.160 0.095 0.052 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.415 0.314 0.163 0.057 0.022 0.021 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.021 0.036 0.069 0.175 0.221 0.211 0.136 0.079 0.033 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 74 I 0.013 0.023 0.035 0.098 0.164 0.214 0.223 0.149 0.052 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 75 Q 0.277 0.265 0.209 0.125 0.069 0.037 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.257 0.228 0.198 0.152 0.085 0.052 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.036 0.048 0.065 0.188 0.240 0.220 0.118 0.049 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 78 G 0.136 0.177 0.256 0.170 0.119 0.081 0.038 0.010 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.364 0.234 0.161 0.098 0.059 0.045 0.020 0.010 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 80 R 0.022 0.052 0.056 0.146 0.211 0.194 0.139 0.087 0.053 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 81 V 0.004 0.004 0.008 0.016 0.039 0.080 0.146 0.171 0.165 0.147 0.118 0.057 0.034 0.011 82 N 0.010 0.012 0.015 0.034 0.074 0.091 0.125 0.164 0.151 0.114 0.100 0.053 0.026 0.031 83 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.018 0.036 0.103 0.196 0.266 0.211 0.113 0.037 84 T 0.003 0.005 0.007 0.019 0.034 0.053 0.089 0.144 0.130 0.145 0.147 0.099 0.056 0.069 85 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.021 0.042 0.073 0.161 0.225 0.191 0.157 0.080 0.031 86 A 0.009 0.019 0.021 0.051 0.084 0.117 0.168 0.189 0.126 0.092 0.072 0.023 0.015 0.013 87 R 0.021 0.043 0.067 0.108 0.136 0.138 0.129 0.122 0.092 0.059 0.051 0.022 0.008 0.006 88 P 0.080 0.125 0.144 0.177 0.148 0.118 0.079 0.055 0.040 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 89 G 0.177 0.170 0.178 0.157 0.117 0.089 0.049 0.028 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 90 K 0.431 0.192 0.181 0.075 0.047 0.028 0.023 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.370 0.185 0.122 0.118 0.082 0.052 0.039 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.363 0.181 0.114 0.111 0.093 0.054 0.049 0.015 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 93 I 0.239 0.139 0.130 0.138 0.130 0.097 0.054 0.038 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 94 E 0.523 0.167 0.100 0.068 0.052 0.035 0.028 0.009 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 95 L 0.201 0.121 0.108 0.145 0.139 0.121 0.068 0.043 0.024 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001