# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.013 0.010 0.105 0.106 0.069 0.007 0.116 0.011 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.062 0.024 0.090 0.056 0.111 0.200 0.002 2 K 0.006 0.009 0.032 0.032 0.206 0.005 0.082 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.042 0.072 0.090 0.146 0.096 0.149 0.003 3 C 0.006 0.007 0.103 0.050 0.061 0.003 0.021 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.096 0.092 0.061 0.041 0.190 0.238 0.003 4 P 0.006 0.009 0.049 0.046 0.151 0.004 0.024 0.015 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.016 0.104 0.073 0.096 0.063 0.134 0.185 0.005 5 I 0.010 0.009 0.055 0.042 0.112 0.009 0.057 0.016 0.005 0.001 0.011 0.007 0.014 0.039 0.107 0.079 0.099 0.037 0.139 0.148 0.003 6 C 0.002 0.003 0.042 0.063 0.039 0.006 0.077 0.012 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.019 0.122 0.065 0.141 0.060 0.136 0.198 0.002 7 G 0.004 0.006 0.032 0.015 0.135 0.004 0.106 0.011 0.002 0.001 0.006 0.005 0.008 0.015 0.054 0.119 0.095 0.123 0.102 0.155 0.001 8 S 0.001 0.001 0.056 0.037 0.021 0.003 0.022 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.067 0.037 0.101 0.032 0.166 0.431 0.001 9 P 0.001 0.002 0.010 0.012 0.095 0.003 0.067 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.057 0.250 0.106 0.111 0.212 0.001 10 L 0.001 0.001 0.040 0.025 0.012 0.008 0.082 0.171 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.064 0.016 0.251 0.045 0.093 0.182 0.001 11 K 0.001 0.001 0.006 0.008 0.023 0.005 0.057 0.471 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.127 0.031 0.060 0.189 0.001 12 W 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.020 0.491 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.444 0.009 0.007 0.009 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.901 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.002 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.077 0.794 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.016 0.012 0.006 0.001 20 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.010 0.070 0.709 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.104 0.025 0.016 0.017 0.001 21 I 0.001 0.002 0.006 0.004 0.014 0.012 0.100 0.559 0.063 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.091 0.041 0.043 0.042 0.001 22 I 0.001 0.001 0.007 0.007 0.009 0.009 0.073 0.464 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.219 0.041 0.057 0.052 0.001 23 E 0.001 0.001 0.008 0.009 0.008 0.011 0.090 0.477 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.262 0.030 0.027 0.047 0.001 24 N 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 0.012 0.100 0.498 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.064 0.070 0.083 0.120 0.001 25 F 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.002 0.014 0.310 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.578 0.018 0.025 0.022 0.001 26 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.065 0.743 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.158 0.004 0.004 0.008 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.022 0.151 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.040 0.014 0.005 0.001 28 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.008 0.055 0.691 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.131 0.028 0.026 0.018 0.001 29 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.005 0.042 0.590 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.238 0.025 0.043 0.028 0.001 30 K 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.010 0.067 0.611 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.228 0.019 0.012 0.023 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.047 0.676 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.055 0.034 0.068 0.093 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.306 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.666 0.005 0.006 0.007 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.002 0.003 0.002 0.001 36 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.852 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 0.007 0.008 0.003 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.077 0.781 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.002 0.002 0.005 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.022 0.230 0.529 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.066 0.017 0.015 0.001 39 V 0.002 0.003 0.009 0.010 0.016 0.004 0.049 0.388 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.194 0.053 0.185 0.052 0.001 40 E 0.004 0.005 0.053 0.031 0.029 0.011 0.081 0.316 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.007 0.291 0.030 0.025 0.055 0.001 41 E 0.004 0.008 0.014 0.014 0.046 0.022 0.520 0.122 0.007 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.010 0.012 0.094 0.044 0.034 0.032 0.001 42 F 0.011 0.020 0.055 0.071 0.053 0.007 0.134 0.116 0.008 0.006 0.005 0.003 0.010 0.020 0.061 0.050 0.076 0.137 0.100 0.051 0.006 43 V 0.024 0.029 0.096 0.053 0.185 0.004 0.038 0.047 0.009 0.004 0.007 0.006 0.015 0.029 0.088 0.099 0.070 0.065 0.076 0.047 0.008 44 F 0.029 0.035 0.168 0.112 0.084 0.005 0.059 0.012 0.013 0.002 0.010 0.008 0.024 0.069 0.129 0.065 0.040 0.023 0.037 0.067 0.007 45 K 0.026 0.035 0.028 0.040 0.318 0.003 0.072 0.006 0.004 0.001 0.010 0.012 0.026 0.039 0.081 0.064 0.047 0.072 0.049 0.059 0.008 46 C 0.018 0.020 0.114 0.124 0.054 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.012 0.107 0.067 0.045 0.041 0.136 0.225 0.005 47 P 0.013 0.014 0.030 0.043 0.328 0.002 0.013 0.009 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.045 0.121 0.118 0.048 0.069 0.119 0.003 48 V 0.029 0.030 0.083 0.096 0.109 0.006 0.057 0.022 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.012 0.120 0.028 0.112 0.040 0.091 0.143 0.002 49 C 0.016 0.018 0.058 0.114 0.126 0.005 0.074 0.025 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.041 0.030 0.192 0.056 0.095 0.133 0.002 50 G 0.033 0.038 0.053 0.052 0.184 0.005 0.112 0.046 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.006 0.035 0.027 0.145 0.083 0.066 0.093 0.002 51 E 0.027 0.029 0.171 0.122 0.094 0.006 0.072 0.065 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.003 0.044 0.012 0.185 0.028 0.047 0.077 0.002 52 E 0.023 0.040 0.030 0.043 0.219 0.009 0.190 0.098 0.003 0.001 0.004 0.004 0.012 0.005 0.021 0.016 0.153 0.050 0.030 0.044 0.003 53 F 0.040 0.037 0.135 0.105 0.086 0.010 0.132 0.063 0.006 0.003 0.007 0.005 0.012 0.007 0.066 0.012 0.094 0.050 0.067 0.060 0.001 54 Y 0.012 0.020 0.056 0.094 0.129 0.004 0.111 0.036 0.006 0.004 0.003 0.003 0.009 0.006 0.035 0.034 0.183 0.048 0.073 0.132 0.002 55 G 0.029 0.023 0.039 0.023 0.146 0.009 0.273 0.034 0.004 0.002 0.004 0.004 0.009 0.006 0.045 0.016 0.111 0.098 0.051 0.073 0.002 56 K 0.010 0.012 0.126 0.115 0.060 0.014 0.134 0.022 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.004 0.045 0.016 0.106 0.106 0.089 0.123 0.001 57 T 0.005 0.007 0.017 0.012 0.254 0.004 0.148 0.010 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.004 0.019 0.046 0.086 0.148 0.136 0.088 0.001 58 L 0.001 0.001 0.132 0.054 0.010 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.011 0.027 0.037 0.155 0.493 0.001 59 P 0.001 0.001 0.003 0.007 0.089 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.055 0.018 0.133 0.638 0.001 60 R 0.001 0.001 0.006 0.011 0.005 0.001 0.014 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 0.795 0.011 0.024 0.066 0.001 61 R 0.001 0.001 0.009 0.007 0.011 0.011 0.228 0.534 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.117 0.022 0.018 0.027 0.001 62 E 0.002 0.001 0.005 0.005 0.013 0.014 0.137 0.638 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.080 0.042 0.029 0.023 0.001 63 A 0.002 0.001 0.007 0.008 0.010 0.003 0.049 0.654 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.195 0.027 0.019 0.013 0.001 64 E 0.002 0.003 0.005 0.004 0.006 0.005 0.048 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.115 0.007 0.009 0.009 0.001 65 K 0.003 0.003 0.003 0.004 0.006 0.006 0.042 0.832 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.079 0.007 0.005 0.005 0.001 66 V 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.026 0.816 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.105 0.008 0.007 0.004 0.001 67 F 0.004 0.004 0.003 0.003 0.004 0.003 0.013 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.051 0.007 0.009 0.003 0.001 68 E 0.007 0.005 0.003 0.005 0.006 0.010 0.015 0.882 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.036 0.006 0.005 0.004 0.001 69 L 0.015 0.017 0.005 0.010 0.019 0.013 0.052 0.667 0.015 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.004 0.124 0.016 0.015 0.005 0.001 70 L 0.011 0.012 0.013 0.017 0.019 0.011 0.100 0.492 0.019 0.010 0.002 0.001 0.004 0.008 0.023 0.009 0.185 0.020 0.027 0.016 0.001 71 N 0.011 0.011 0.022 0.021 0.023 0.031 0.158 0.262 0.028 0.010 0.002 0.001 0.004 0.008 0.018 0.013 0.236 0.054 0.041 0.046 0.001 72 D 0.004 0.007 0.010 0.010 0.041 0.013 0.278 0.095 0.018 0.007 0.002 0.001 0.005 0.006 0.013 0.016 0.277 0.087 0.057 0.053 0.001 73 F 0.004 0.005 0.033 0.024 0.022 0.006 0.101 0.039 0.024 0.010 0.002 0.001 0.003 0.005 0.031 0.018 0.180 0.118 0.196 0.176 0.001 74 K 0.003 0.003 0.023 0.027 0.055 0.003 0.104 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.022 0.376 0.039 0.089 0.213 0.001 75 G 0.007 0.010 0.028 0.018 0.074 0.011 0.408 0.012 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.020 0.015 0.118 0.150 0.037 0.073 0.001 76 G 0.009 0.009 0.071 0.046 0.093 0.005 0.090 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.026 0.037 0.059 0.170 0.212 0.140 0.002 77 I 0.011 0.016 0.165 0.052 0.178 0.002 0.011 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.059 0.029 0.060 0.040 0.094 0.252 0.003 78 D 0.014 0.012 0.051 0.062 0.153 0.002 0.014 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.025 0.030 0.043 0.022 0.174 0.366 0.004 79 W 0.005 0.008 0.042 0.070 0.079 0.003 0.032 0.027 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.003 0.049 0.009 0.578 0.013 0.022 0.044 0.001 80 E 0.009 0.013 0.074 0.064 0.042 0.004 0.581 0.026 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.020 0.006 0.091 0.017 0.018 0.026 0.001 81 N 0.039 0.033 0.065 0.040 0.144 0.004 0.360 0.015 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.021 0.008 0.028 0.130 0.046 0.049 0.001 82 K 0.041 0.037 0.135 0.160 0.223 0.002 0.061 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.023 0.028 0.090 0.034 0.036 0.099 0.005 83 R 0.069 0.160 0.094 0.087 0.285 0.002 0.066 0.009 0.001 0.001 0.006 0.007 0.019 0.005 0.047 0.027 0.029 0.033 0.020 0.022 0.013 84 V 0.193 0.207 0.117 0.088 0.180 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.015 0.011 0.033 0.012 0.038 0.026 0.005 0.006 0.014 0.010 0.022 85 K 0.114 0.164 0.093 0.130 0.230 0.001 0.005 0.007 0.002 0.001 0.017 0.016 0.048 0.032 0.069 0.018 0.004 0.006 0.009 0.007 0.026 86 L 0.144 0.165 0.052 0.083 0.216 0.001 0.008 0.006 0.004 0.001 0.023 0.027 0.058 0.053 0.047 0.046 0.007 0.007 0.017 0.011 0.023 87 K 0.124 0.111 0.101 0.175 0.127 0.001 0.009 0.006 0.003 0.001 0.012 0.015 0.039 0.043 0.142 0.024 0.011 0.009 0.015 0.024 0.009