# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.012 0.022 0.491 0.011 0.034 0.027 0.005 0.002 0.031 0.122 0.063 0.143 0.038 2 K 0.012 0.028 0.533 0.009 0.021 0.015 0.006 0.001 0.032 0.127 0.054 0.015 0.146 3 C 0.004 0.024 0.543 0.006 0.022 0.014 0.003 0.003 0.029 0.167 0.026 0.124 0.036 4 P 0.002 0.017 0.633 0.004 0.038 0.017 0.003 0.002 0.043 0.080 0.091 0.010 0.061 5 I 0.004 0.022 0.443 0.015 0.089 0.028 0.005 0.003 0.035 0.152 0.135 0.038 0.031 6 C 0.004 0.023 0.322 0.010 0.108 0.020 0.005 0.002 0.031 0.129 0.292 0.029 0.026 7 G 0.002 0.026 0.367 0.005 0.047 0.018 0.002 0.002 0.018 0.275 0.196 0.009 0.032 8 S 0.001 0.011 0.579 0.002 0.013 0.014 0.001 0.001 0.012 0.302 0.029 0.031 0.005 9 P 0.001 0.022 0.640 0.001 0.038 0.048 0.001 0.001 0.014 0.130 0.062 0.005 0.037 10 L 0.001 0.035 0.495 0.003 0.032 0.134 0.001 0.001 0.008 0.202 0.055 0.023 0.011 11 K 0.001 0.017 0.604 0.002 0.039 0.204 0.001 0.001 0.004 0.076 0.032 0.008 0.013 12 W 0.001 0.001 0.029 0.001 0.060 0.894 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.002 13 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.905 0.001 0.001 0.001 0.006 0.061 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.039 0.001 0.011 0.858 0.001 0.001 0.001 0.018 0.067 0.001 0.001 23 E 0.001 0.002 0.093 0.001 0.012 0.774 0.001 0.001 0.002 0.045 0.066 0.002 0.002 24 N 0.001 0.003 0.178 0.001 0.020 0.675 0.001 0.001 0.003 0.037 0.078 0.002 0.003 25 F 0.001 0.001 0.030 0.001 0.037 0.900 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.001 0.002 26 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.099 0.873 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 0.903 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 28 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.022 0.925 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.001 0.002 29 V 0.001 0.002 0.036 0.001 0.015 0.874 0.001 0.001 0.002 0.014 0.051 0.003 0.002 30 K 0.001 0.002 0.033 0.001 0.015 0.846 0.001 0.001 0.001 0.028 0.071 0.001 0.003 31 D 0.001 0.002 0.104 0.001 0.009 0.794 0.001 0.001 0.001 0.035 0.054 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 36 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.027 0.001 0.011 0.917 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.001 0.002 40 E 0.001 0.001 0.031 0.002 0.026 0.875 0.001 0.001 0.002 0.014 0.041 0.004 0.003 41 E 0.004 0.002 0.022 0.002 0.057 0.826 0.001 0.001 0.003 0.012 0.051 0.004 0.015 42 F 0.011 0.003 0.052 0.005 0.046 0.705 0.004 0.004 0.016 0.023 0.077 0.036 0.019 43 V 0.039 0.010 0.128 0.020 0.046 0.403 0.009 0.008 0.057 0.035 0.116 0.034 0.096 44 F 0.049 0.019 0.216 0.011 0.027 0.149 0.013 0.007 0.040 0.072 0.112 0.195 0.090 45 K 0.035 0.030 0.347 0.010 0.019 0.062 0.009 0.003 0.036 0.109 0.108 0.020 0.211 46 C 0.004 0.014 0.519 0.005 0.010 0.026 0.001 0.001 0.013 0.219 0.042 0.124 0.021 47 P 0.001 0.009 0.467 0.003 0.035 0.051 0.001 0.001 0.011 0.150 0.224 0.004 0.044 48 V 0.002 0.011 0.355 0.006 0.053 0.063 0.001 0.001 0.005 0.170 0.304 0.021 0.010 49 C 0.004 0.015 0.215 0.008 0.079 0.123 0.002 0.001 0.006 0.117 0.386 0.011 0.032 50 G 0.008 0.020 0.233 0.011 0.086 0.230 0.002 0.001 0.009 0.138 0.176 0.025 0.062 51 E 0.007 0.018 0.112 0.008 0.103 0.496 0.001 0.002 0.009 0.064 0.058 0.082 0.039 52 E 0.027 0.017 0.097 0.007 0.105 0.415 0.003 0.002 0.018 0.025 0.084 0.030 0.171 53 F 0.077 0.023 0.084 0.024 0.091 0.365 0.011 0.003 0.014 0.026 0.079 0.123 0.080 54 Y 0.060 0.013 0.136 0.030 0.084 0.196 0.006 0.002 0.013 0.047 0.265 0.066 0.084 55 G 0.026 0.014 0.189 0.023 0.065 0.118 0.004 0.001 0.007 0.115 0.328 0.032 0.077 56 K 0.008 0.012 0.334 0.005 0.050 0.073 0.001 0.001 0.008 0.198 0.166 0.112 0.032 57 T 0.009 0.042 0.366 0.003 0.028 0.029 0.001 0.001 0.006 0.225 0.109 0.015 0.164 58 L 0.001 0.012 0.618 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.236 0.009 0.106 0.007 59 P 0.001 0.012 0.767 0.001 0.025 0.027 0.001 0.001 0.004 0.064 0.048 0.002 0.049 60 R 0.001 0.012 0.405 0.005 0.122 0.216 0.001 0.001 0.003 0.149 0.058 0.021 0.007 61 R 0.001 0.004 0.094 0.001 0.226 0.563 0.001 0.001 0.002 0.042 0.052 0.003 0.013 62 E 0.001 0.004 0.043 0.001 0.170 0.693 0.001 0.001 0.002 0.016 0.059 0.005 0.007 63 A 0.001 0.001 0.026 0.001 0.035 0.896 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 0.002 0.004 64 E 0.001 0.001 0.022 0.001 0.022 0.914 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.003 0.006 65 K 0.002 0.001 0.009 0.001 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.006 0.003 66 V 0.003 0.001 0.010 0.001 0.009 0.945 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.001 0.010 67 F 0.010 0.001 0.014 0.005 0.009 0.903 0.001 0.002 0.004 0.005 0.027 0.014 0.004 68 E 0.011 0.002 0.020 0.002 0.017 0.859 0.002 0.001 0.004 0.006 0.044 0.010 0.020 69 L 0.015 0.002 0.035 0.002 0.034 0.773 0.003 0.003 0.008 0.008 0.079 0.009 0.029 70 L 0.010 0.003 0.076 0.009 0.035 0.646 0.001 0.002 0.012 0.033 0.149 0.015 0.010 71 N 0.010 0.006 0.098 0.004 0.056 0.432 0.001 0.001 0.005 0.110 0.236 0.018 0.023 72 D 0.007 0.015 0.212 0.004 0.043 0.243 0.002 0.001 0.006 0.123 0.314 0.008 0.024 73 F 0.003 0.014 0.325 0.008 0.069 0.180 0.001 0.001 0.007 0.184 0.167 0.025 0.016 74 K 0.002 0.006 0.242 0.007 0.103 0.130 0.001 0.001 0.006 0.117 0.364 0.006 0.017 75 G 0.002 0.008 0.203 0.008 0.072 0.065 0.001 0.001 0.009 0.228 0.373 0.015 0.016 76 G 0.012 0.032 0.348 0.005 0.048 0.061 0.004 0.002 0.035 0.201 0.086 0.082 0.082 77 I 0.021 0.162 0.310 0.006 0.018 0.036 0.004 0.003 0.023 0.104 0.025 0.077 0.211 78 D 0.007 0.044 0.595 0.006 0.018 0.029 0.002 0.001 0.014 0.086 0.023 0.104 0.073 79 W 0.003 0.006 0.110 0.010 0.210 0.183 0.001 0.001 0.004 0.034 0.361 0.009 0.068 80 E 0.002 0.002 0.022 0.027 0.118 0.076 0.001 0.001 0.002 0.029 0.709 0.010 0.005 81 N 0.011 0.008 0.156 0.017 0.172 0.058 0.001 0.001 0.006 0.163 0.339 0.016 0.053 82 K 0.021 0.015 0.311 0.031 0.037 0.060 0.002 0.001 0.015 0.146 0.183 0.118 0.059 83 R 0.085 0.033 0.231 0.009 0.023 0.018 0.007 0.002 0.028 0.054 0.050 0.105 0.357 84 V 0.131 0.018 0.201 0.028 0.004 0.009 0.023 0.002 0.038 0.054 0.011 0.242 0.238 85 K 0.132 0.014 0.127 0.012 0.002 0.005 0.022 0.002 0.025 0.020 0.005 0.414 0.220 86 L 0.053 0.031 0.192 0.006 0.005 0.008 0.012 0.004 0.032 0.019 0.011 0.068 0.559 87 K 0.003 0.005 0.778 0.009 0.003 0.004 0.002 0.001 0.023 0.040 0.008 0.096 0.028