# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.080 0.038 0.164 0.357 0.016 0.095 0.026 0.015 0.013 0.008 0.034 0.038 0.080 0.008 0.012 0.017 2 K 0.019 0.278 0.227 0.346 0.002 0.019 0.005 0.014 0.011 0.003 0.006 0.008 0.024 0.001 0.006 0.031 3 C 0.026 0.012 0.100 0.410 0.014 0.312 0.019 0.003 0.011 0.010 0.017 0.009 0.045 0.002 0.002 0.009 4 P 0.027 0.112 0.157 0.138 0.081 0.107 0.007 0.028 0.002 0.002 0.234 0.028 0.064 0.004 0.004 0.005 5 I 0.003 0.038 0.008 0.107 0.347 0.033 0.074 0.020 0.005 0.006 0.045 0.086 0.014 0.211 0.003 0.002 6 C 0.008 0.038 0.036 0.054 0.006 0.025 0.015 0.315 0.011 0.003 0.019 0.017 0.038 0.003 0.402 0.008 7 G 0.011 0.036 0.045 0.049 0.006 0.011 0.014 0.004 0.174 0.121 0.023 0.013 0.029 0.002 0.008 0.453 8 S 0.755 0.007 0.043 0.055 0.003 0.036 0.005 0.005 0.003 0.003 0.013 0.033 0.029 0.001 0.002 0.006 9 P 0.027 0.113 0.501 0.109 0.006 0.084 0.011 0.005 0.008 0.002 0.042 0.022 0.043 0.002 0.003 0.022 10 L 0.021 0.119 0.134 0.432 0.002 0.061 0.002 0.010 0.003 0.007 0.045 0.107 0.047 0.001 0.003 0.007 11 K 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.026 0.001 0.001 0.001 12 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.965 0.028 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.001 0.002 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.005 19 M 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.005 0.002 0.012 20 L 0.002 0.003 0.033 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.913 0.004 0.008 0.021 21 I 0.002 0.004 0.021 0.012 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.866 0.023 0.003 0.040 22 I 0.008 0.009 0.032 0.010 0.008 0.034 0.029 0.003 0.001 0.001 0.041 0.008 0.718 0.065 0.016 0.018 23 E 0.004 0.072 0.042 0.023 0.003 0.029 0.015 0.020 0.002 0.003 0.077 0.083 0.491 0.019 0.079 0.039 24 N 0.006 0.015 0.010 0.006 0.001 0.141 0.005 0.004 0.007 0.005 0.047 0.129 0.545 0.007 0.020 0.053 25 F 0.010 0.006 0.010 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.270 0.049 0.619 0.003 0.004 0.013 26 E 0.005 0.021 0.013 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.346 0.583 0.001 0.004 0.003 27 E 0.001 0.006 0.017 0.008 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.920 0.001 0.001 0.021 28 I 0.001 0.002 0.027 0.008 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.928 0.002 0.001 0.007 29 V 0.001 0.004 0.019 0.010 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.919 0.003 0.002 0.003 30 K 0.001 0.015 0.015 0.016 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.020 0.881 0.003 0.005 0.014 31 D 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.861 0.002 0.002 0.012 32 R 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.012 0.784 0.002 0.001 0.003 33 E 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.329 0.640 0.002 0.004 0.001 34 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.977 0.001 0.001 0.007 35 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.987 0.001 0.001 0.004 36 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.006 38 Q 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.007 0.001 0.040 39 V 0.003 0.002 0.049 0.004 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.867 0.012 0.013 0.004 40 E 0.004 0.069 0.030 0.021 0.001 0.012 0.009 0.005 0.001 0.001 0.020 0.036 0.720 0.017 0.025 0.029 41 E 0.031 0.056 0.057 0.135 0.001 0.009 0.011 0.003 0.009 0.002 0.011 0.028 0.475 0.015 0.023 0.134 42 F 0.024 0.010 0.475 0.089 0.003 0.021 0.021 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.275 0.008 0.014 0.047 43 V 0.028 0.030 0.398 0.347 0.008 0.021 0.013 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.094 0.005 0.009 0.026 44 F 0.016 0.039 0.096 0.658 0.021 0.076 0.008 0.007 0.003 0.003 0.005 0.009 0.038 0.008 0.003 0.009 45 K 0.007 0.143 0.129 0.637 0.003 0.022 0.002 0.010 0.004 0.002 0.003 0.002 0.015 0.001 0.003 0.016 46 C 0.005 0.006 0.023 0.099 0.005 0.814 0.003 0.002 0.003 0.004 0.011 0.004 0.018 0.001 0.001 0.003 47 P 0.008 0.106 0.022 0.032 0.020 0.057 0.002 0.006 0.001 0.001 0.694 0.018 0.027 0.001 0.001 0.003 48 V 0.003 0.115 0.010 0.075 0.111 0.023 0.056 0.013 0.003 0.003 0.054 0.415 0.016 0.098 0.003 0.002 49 C 0.006 0.024 0.099 0.034 0.002 0.047 0.012 0.122 0.006 0.002 0.025 0.033 0.132 0.002 0.439 0.013 50 G 0.008 0.024 0.023 0.022 0.006 0.050 0.007 0.004 0.078 0.106 0.127 0.055 0.269 0.005 0.006 0.208 51 E 0.406 0.028 0.019 0.053 0.003 0.009 0.005 0.004 0.002 0.001 0.093 0.185 0.174 0.007 0.006 0.005 52 E 0.007 0.045 0.216 0.050 0.008 0.045 0.014 0.006 0.005 0.002 0.019 0.113 0.438 0.004 0.009 0.020 53 F 0.006 0.012 0.046 0.060 0.117 0.047 0.154 0.005 0.001 0.004 0.033 0.016 0.324 0.159 0.002 0.015 54 Y 0.008 0.032 0.026 0.045 0.003 0.022 0.004 0.240 0.004 0.003 0.042 0.034 0.182 0.003 0.346 0.006 55 G 0.006 0.020 0.022 0.047 0.008 0.027 0.019 0.002 0.148 0.093 0.023 0.061 0.208 0.017 0.004 0.296 56 K 0.460 0.025 0.102 0.079 0.001 0.013 0.007 0.007 0.001 0.001 0.034 0.020 0.214 0.003 0.015 0.019 57 T 0.010 0.107 0.559 0.098 0.001 0.027 0.012 0.001 0.008 0.002 0.004 0.017 0.064 0.002 0.003 0.084 58 L 0.063 0.030 0.325 0.340 0.006 0.061 0.024 0.002 0.001 0.002 0.016 0.008 0.104 0.002 0.003 0.014 59 P 0.004 0.024 0.054 0.082 0.011 0.664 0.005 0.009 0.001 0.001 0.024 0.036 0.076 0.004 0.002 0.003 60 R 0.002 0.031 0.004 0.023 0.005 0.070 0.001 0.008 0.002 0.001 0.717 0.049 0.079 0.001 0.003 0.003 61 R 0.002 0.022 0.004 0.010 0.001 0.017 0.002 0.002 0.002 0.001 0.072 0.776 0.083 0.003 0.002 0.003 62 E 0.005 0.013 0.019 0.008 0.001 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.054 0.116 0.738 0.001 0.014 0.012 63 A 0.001 0.002 0.014 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.042 0.889 0.001 0.001 0.007 64 E 0.004 0.010 0.019 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.910 0.001 0.001 0.002 65 K 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.923 0.001 0.001 0.004 66 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 67 F 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.001 0.004 69 L 0.001 0.004 0.007 0.011 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.864 0.054 0.007 0.025 70 L 0.004 0.005 0.021 0.010 0.002 0.008 0.018 0.003 0.001 0.001 0.005 0.010 0.802 0.040 0.057 0.014 71 N 0.008 0.015 0.024 0.013 0.003 0.015 0.026 0.006 0.002 0.003 0.015 0.009 0.720 0.033 0.037 0.072 72 D 0.052 0.055 0.038 0.027 0.009 0.024 0.059 0.010 0.010 0.005 0.043 0.021 0.363 0.056 0.054 0.174 73 F 0.018 0.014 0.083 0.013 0.067 0.018 0.369 0.008 0.004 0.005 0.032 0.022 0.106 0.198 0.025 0.019 74 K 0.022 0.049 0.100 0.042 0.037 0.017 0.176 0.134 0.005 0.004 0.028 0.020 0.060 0.058 0.231 0.017 75 G 0.036 0.025 0.058 0.132 0.005 0.037 0.019 0.062 0.120 0.086 0.038 0.025 0.081 0.003 0.068 0.205 76 G 0.365 0.045 0.135 0.136 0.006 0.019 0.009 0.003 0.060 0.019 0.020 0.037 0.036 0.004 0.003 0.103 77 I 0.154 0.037 0.297 0.357 0.003 0.027 0.004 0.008 0.003 0.002 0.022 0.047 0.029 0.001 0.005 0.004 78 D 0.002 0.024 0.030 0.048 0.008 0.817 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.021 0.033 0.001 0.001 0.003 79 W 0.004 0.023 0.006 0.032 0.017 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.851 0.006 0.024 0.002 0.001 0.003 80 E 0.004 0.133 0.021 0.038 0.004 0.022 0.006 0.031 0.005 0.002 0.016 0.668 0.022 0.006 0.018 0.004 81 N 0.018 0.062 0.166 0.093 0.006 0.051 0.061 0.011 0.072 0.009 0.032 0.023 0.159 0.016 0.062 0.159 82 K 0.163 0.117 0.301 0.162 0.001 0.014 0.006 0.008 0.011 0.003 0.023 0.019 0.068 0.001 0.020 0.084 83 R 0.065 0.061 0.598 0.205 0.001 0.012 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 0.005 0.012 0.001 0.001 0.026 84 V 0.019 0.005 0.459 0.485 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 85 K 0.002 0.030 0.082 0.771 0.039 0.059 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 86 L 0.003 0.022 0.008 0.715 0.136 0.067 0.006 0.014 0.002 0.001 0.015 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 87 K 0.004 0.098 0.027 0.453 0.083 0.123 0.011 0.123 0.013 0.008 0.024 0.015 0.009 0.002 0.005 0.003