# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.023 0.142 0.669 2 K 0.007 0.007 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.023 0.135 0.704 3 C 0.066 0.010 0.017 0.001 0.028 0.006 0.003 0.005 0.004 0.004 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.106 0.071 0.147 0.517 4 P 0.274 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.094 0.044 0.089 0.477 5 I 0.179 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.047 0.039 0.081 0.630 6 C 0.020 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.021 0.128 0.727 7 G 0.068 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.020 0.069 0.760 8 S 0.251 0.193 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.045 0.067 0.361 9 P 0.067 0.271 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.038 0.078 0.514 10 L 0.030 0.416 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.053 0.048 0.063 0.372 11 K 0.033 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.009 0.046 12 W 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.010 13 E 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.012 14 E 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.003 0.015 15 L 0.011 0.936 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.003 0.010 16 I 0.033 0.924 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.012 17 E 0.025 0.827 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.010 0.088 18 E 0.053 0.795 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.014 0.085 19 M 0.097 0.588 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.107 0.037 0.146 20 L 0.061 0.210 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.277 0.058 0.348 21 I 0.104 0.231 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.087 0.067 0.489 22 I 0.092 0.197 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.041 0.098 0.542 23 E 0.028 0.282 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.031 0.094 0.539 24 N 0.056 0.630 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.042 0.231 25 F 0.103 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.021 0.077 26 E 0.119 0.594 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.074 0.025 0.160 27 E 0.111 0.416 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.074 0.034 0.303 28 I 0.140 0.332 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.057 0.071 0.351 29 V 0.054 0.271 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.105 0.078 0.418 30 K 0.008 0.444 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.062 0.441 31 D 0.068 0.865 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.005 0.035 32 R 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 33 E 0.025 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.003 0.027 34 R 0.031 0.737 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.108 0.014 0.092 35 F 0.075 0.773 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 0.013 0.055 36 L 0.145 0.580 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.032 0.130 37 A 0.045 0.441 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.057 0.391 38 Q 0.075 0.350 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.091 0.067 0.369 39 V 0.319 0.189 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.138 0.075 0.235 40 E 0.143 0.102 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.070 0.100 0.525 41 E 0.015 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.039 0.079 0.766 42 F 0.025 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.430 0.075 0.088 0.357 43 V 0.045 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.077 0.096 0.560 44 F 0.006 0.006 0.002 0.001 0.008 0.016 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.035 0.095 0.521 45 K 0.010 0.012 0.007 0.001 0.015 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.044 0.095 0.582 46 C 0.193 0.024 0.017 0.001 0.025 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.088 0.105 0.425 47 P 0.252 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.028 0.092 0.562 48 V 0.076 0.024 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.029 0.079 0.746 49 C 0.052 0.065 0.003 0.001 0.004 0.005 0.005 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.062 0.113 0.582 50 G 0.134 0.118 0.003 0.001 0.005 0.004 0.002 0.003 0.034 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.139 0.062 0.404 51 E 0.153 0.061 0.009 0.002 0.009 0.003 0.003 0.004 0.044 0.048 0.049 0.004 0.012 0.003 0.001 0.001 0.048 0.132 0.062 0.352 52 E 0.132 0.026 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.013 0.007 0.003 0.001 0.051 0.039 0.086 0.624 53 F 0.123 0.021 0.010 0.001 0.013 0.011 0.002 0.014 0.001 0.003 0.008 0.010 0.025 0.033 0.022 0.007 0.060 0.139 0.087 0.410 54 Y 0.063 0.015 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.005 0.091 0.114 0.106 0.580 55 G 0.105 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.049 0.073 0.717 56 K 0.015 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.123 0.053 0.094 0.673 57 T 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.014 0.109 0.784 58 L 0.066 0.111 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.002 0.006 0.007 0.004 0.003 0.066 0.068 0.111 0.529 59 P 0.163 0.488 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.072 0.033 0.218 60 R 0.097 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.017 0.102 61 R 0.063 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.051 0.013 0.088 62 E 0.049 0.681 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.109 0.022 0.115 63 A 0.035 0.821 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.058 0.014 0.057 64 E 0.015 0.744 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.072 0.027 0.099 65 K 0.017 0.831 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.036 0.011 0.070 66 V 0.023 0.795 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.034 0.023 0.072 67 F 0.049 0.347 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.245 0.043 0.152 68 E 0.128 0.229 0.028 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.186 0.064 0.267 69 L 0.090 0.163 0.039 0.003 0.005 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.108 0.103 0.406 70 L 0.217 0.050 0.032 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.125 0.098 0.399 71 N 0.067 0.024 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.079 0.115 0.658 72 D 0.071 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.027 0.109 0.751 73 F 0.112 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.065 0.116 0.599 74 K 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.047 0.118 0.722 75 G 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.120 0.035 0.132 0.663 76 G 0.021 0.013 0.002 0.001 0.004 0.011 0.014 0.004 0.013 0.013 0.009 0.002 0.009 0.005 0.004 0.003 0.126 0.047 0.117 0.581 77 I 0.010 0.013 0.009 0.001 0.024 0.014 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.008 0.007 0.006 0.094 0.059 0.156 0.574 78 D 0.216 0.039 0.018 0.002 0.031 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.007 0.003 0.106 0.171 0.075 0.296 79 W 0.458 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.044 0.064 0.388 80 E 0.085 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.034 0.072 0.710 81 N 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.039 0.091 0.675 82 K 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.054 0.088 0.498 83 R 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 0.021 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.390 0.057 0.061 0.392 84 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.011 0.004 0.002 0.393 0.047 0.063 0.436 85 K 0.018 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.014 0.005 0.439 0.053 0.053 0.369 86 L 0.028 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.215 0.034 0.102 0.604 87 K 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.026 0.108 0.673