# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.006 0.004 0.001 0.031 0.066 0.105 0.158 0.001 0.001 0.016 0.613 2 K 0.017 0.013 0.001 0.035 0.026 0.053 0.092 0.002 0.001 0.023 0.738 3 C 0.078 0.010 0.004 0.043 0.093 0.078 0.117 0.006 0.001 0.061 0.509 4 P 0.160 0.013 0.002 0.054 0.034 0.045 0.095 0.005 0.001 0.049 0.543 5 I 0.079 0.003 0.001 0.048 0.034 0.052 0.099 0.001 0.001 0.041 0.641 6 C 0.006 0.004 0.001 0.069 0.019 0.031 0.116 0.001 0.001 0.016 0.738 7 G 0.094 0.034 0.002 0.017 0.012 0.013 0.072 0.004 0.001 0.023 0.729 8 S 0.215 0.112 0.001 0.010 0.021 0.019 0.091 0.008 0.001 0.044 0.479 9 P 0.021 0.282 0.001 0.006 0.004 0.007 0.068 0.002 0.001 0.039 0.570 10 L 0.010 0.306 0.001 0.015 0.017 0.039 0.090 0.003 0.001 0.061 0.457 11 K 0.019 0.885 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.004 0.001 0.024 0.055 12 W 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.012 13 E 0.006 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.045 0.017 14 E 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.007 15 L 0.016 0.927 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.020 0.013 16 I 0.056 0.867 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.004 0.016 0.014 17 E 0.070 0.787 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.029 0.088 18 E 0.050 0.689 0.007 0.001 0.001 0.002 0.019 0.009 0.003 0.019 0.199 19 M 0.106 0.486 0.021 0.002 0.003 0.005 0.048 0.018 0.012 0.063 0.235 20 L 0.054 0.163 0.031 0.008 0.009 0.010 0.076 0.009 0.009 0.106 0.524 21 I 0.119 0.224 0.004 0.008 0.004 0.007 0.047 0.008 0.002 0.038 0.538 22 I 0.150 0.277 0.005 0.014 0.006 0.005 0.058 0.008 0.002 0.053 0.423 23 E 0.016 0.210 0.008 0.018 0.005 0.010 0.074 0.005 0.002 0.039 0.613 24 N 0.075 0.663 0.002 0.007 0.003 0.006 0.022 0.005 0.001 0.020 0.196 25 F 0.069 0.721 0.001 0.005 0.003 0.003 0.017 0.007 0.001 0.016 0.156 26 E 0.035 0.585 0.005 0.007 0.012 0.020 0.034 0.004 0.001 0.074 0.223 27 E 0.050 0.597 0.005 0.020 0.007 0.025 0.028 0.008 0.002 0.083 0.175 28 I 0.096 0.476 0.007 0.018 0.010 0.013 0.036 0.015 0.003 0.104 0.222 29 V 0.074 0.473 0.012 0.018 0.028 0.023 0.037 0.008 0.002 0.085 0.240 30 K 0.024 0.526 0.004 0.006 0.008 0.016 0.032 0.004 0.001 0.056 0.322 31 D 0.031 0.857 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.006 0.001 0.016 0.075 32 R 0.023 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.007 0.029 33 E 0.034 0.833 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.042 0.069 34 R 0.021 0.817 0.006 0.003 0.002 0.003 0.012 0.004 0.002 0.048 0.082 35 F 0.053 0.780 0.009 0.002 0.002 0.004 0.013 0.019 0.004 0.044 0.072 36 L 0.189 0.591 0.016 0.003 0.004 0.004 0.014 0.012 0.004 0.074 0.090 37 A 0.036 0.344 0.015 0.004 0.007 0.012 0.048 0.004 0.004 0.067 0.460 38 Q 0.054 0.383 0.016 0.008 0.009 0.022 0.054 0.008 0.003 0.059 0.384 39 V 0.260 0.262 0.012 0.006 0.009 0.015 0.065 0.022 0.007 0.042 0.300 40 E 0.115 0.123 0.008 0.014 0.027 0.041 0.076 0.005 0.002 0.057 0.532 41 E 0.032 0.034 0.005 0.033 0.014 0.046 0.075 0.003 0.002 0.050 0.707 42 F 0.053 0.018 0.004 0.166 0.102 0.121 0.093 0.004 0.001 0.064 0.375 43 V 0.034 0.005 0.002 0.162 0.055 0.086 0.082 0.002 0.001 0.068 0.504 44 F 0.004 0.002 0.001 0.132 0.142 0.156 0.098 0.001 0.001 0.022 0.443 45 K 0.014 0.009 0.001 0.127 0.058 0.077 0.064 0.001 0.001 0.024 0.625 46 C 0.086 0.016 0.003 0.060 0.098 0.069 0.108 0.006 0.001 0.068 0.484 47 P 0.128 0.046 0.002 0.027 0.031 0.036 0.096 0.005 0.001 0.043 0.586 48 V 0.087 0.033 0.002 0.030 0.023 0.041 0.089 0.003 0.001 0.035 0.657 49 C 0.034 0.041 0.003 0.023 0.022 0.053 0.107 0.003 0.001 0.030 0.685 50 G 0.259 0.101 0.003 0.013 0.017 0.026 0.065 0.012 0.001 0.039 0.465 51 E 0.138 0.033 0.006 0.009 0.084 0.087 0.072 0.004 0.001 0.097 0.470 52 E 0.029 0.025 0.002 0.017 0.050 0.080 0.084 0.002 0.001 0.037 0.673 53 F 0.105 0.007 0.008 0.018 0.089 0.102 0.076 0.004 0.001 0.080 0.509 54 Y 0.034 0.004 0.001 0.063 0.136 0.131 0.087 0.003 0.001 0.033 0.508 55 G 0.068 0.002 0.001 0.011 0.026 0.030 0.060 0.001 0.001 0.021 0.780 56 K 0.001 0.001 0.001 0.007 0.103 0.111 0.147 0.001 0.001 0.006 0.624 57 T 0.012 0.011 0.001 0.020 0.009 0.020 0.086 0.001 0.001 0.023 0.818 58 L 0.018 0.013 0.001 0.010 0.031 0.023 0.191 0.002 0.001 0.041 0.669 59 P 0.114 0.277 0.002 0.021 0.003 0.006 0.066 0.010 0.001 0.040 0.460 60 R 0.194 0.308 0.004 0.011 0.005 0.007 0.045 0.012 0.002 0.049 0.364 61 R 0.113 0.430 0.006 0.011 0.003 0.007 0.044 0.006 0.001 0.055 0.323 62 E 0.048 0.690 0.002 0.008 0.003 0.006 0.021 0.005 0.001 0.023 0.194 63 A 0.013 0.842 0.003 0.002 0.004 0.007 0.012 0.002 0.001 0.015 0.098 64 E 0.018 0.787 0.002 0.003 0.010 0.020 0.018 0.002 0.001 0.041 0.100 65 K 0.013 0.889 0.001 0.003 0.008 0.019 0.006 0.001 0.001 0.018 0.042 66 V 0.020 0.840 0.002 0.004 0.008 0.019 0.011 0.009 0.001 0.021 0.067 67 F 0.050 0.180 0.026 0.027 0.092 0.079 0.027 0.004 0.002 0.418 0.095 68 E 0.057 0.327 0.011 0.060 0.072 0.111 0.034 0.004 0.003 0.107 0.214 69 L 0.168 0.339 0.009 0.023 0.026 0.036 0.048 0.022 0.003 0.064 0.262 70 L 0.325 0.119 0.029 0.023 0.025 0.038 0.063 0.048 0.022 0.059 0.249 71 N 0.137 0.064 0.016 0.022 0.029 0.046 0.072 0.005 0.004 0.050 0.558 72 D 0.049 0.018 0.005 0.019 0.018 0.028 0.070 0.004 0.001 0.035 0.754 73 F 0.201 0.041 0.005 0.041 0.048 0.038 0.155 0.009 0.001 0.052 0.408 74 K 0.040 0.021 0.003 0.018 0.018 0.033 0.120 0.005 0.001 0.040 0.701 75 G 0.022 0.016 0.001 0.030 0.018 0.042 0.130 0.002 0.001 0.024 0.715 76 G 0.028 0.023 0.002 0.040 0.050 0.072 0.114 0.002 0.001 0.070 0.598 77 I 0.012 0.011 0.006 0.029 0.088 0.100 0.126 0.002 0.002 0.075 0.550 78 D 0.289 0.036 0.005 0.026 0.044 0.065 0.073 0.008 0.002 0.064 0.387 79 W 0.437 0.010 0.003 0.009 0.016 0.021 0.052 0.006 0.001 0.046 0.396 80 E 0.025 0.007 0.002 0.020 0.027 0.063 0.109 0.001 0.001 0.026 0.720 81 N 0.025 0.003 0.002 0.013 0.024 0.050 0.067 0.001 0.001 0.028 0.787 82 K 0.006 0.001 0.001 0.048 0.352 0.204 0.076 0.001 0.001 0.016 0.295 83 R 0.007 0.001 0.001 0.054 0.110 0.242 0.066 0.001 0.001 0.033 0.486 84 V 0.001 0.001 0.001 0.022 0.363 0.291 0.058 0.001 0.001 0.009 0.256 85 K 0.008 0.002 0.001 0.191 0.172 0.283 0.036 0.001 0.001 0.019 0.289 86 L 0.010 0.001 0.001 0.028 0.145 0.108 0.084 0.001 0.001 0.020 0.604 87 K 0.025 0.003 0.001 0.082 0.123 0.141 0.111 0.001 0.001 0.028 0.485