# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.011 0.004 0.027 0.048 0.064 0.137 0.016 0.693 2 K 0.020 0.012 0.038 0.039 0.068 0.095 0.039 0.688 3 C 0.040 0.007 0.070 0.088 0.071 0.130 0.056 0.537 4 P 0.051 0.007 0.127 0.052 0.087 0.098 0.050 0.527 5 I 0.055 0.004 0.074 0.047 0.066 0.110 0.065 0.578 6 C 0.032 0.007 0.104 0.018 0.026 0.125 0.034 0.653 7 G 0.070 0.016 0.041 0.010 0.018 0.121 0.049 0.674 8 S 0.071 0.073 0.049 0.024 0.025 0.131 0.085 0.541 9 P 0.054 0.168 0.030 0.008 0.017 0.116 0.033 0.574 10 L 0.027 0.256 0.025 0.020 0.020 0.106 0.094 0.451 11 K 0.011 0.874 0.004 0.002 0.003 0.017 0.036 0.054 12 W 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 13 E 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.009 14 E 0.006 0.940 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 0.011 15 L 0.016 0.864 0.008 0.001 0.001 0.003 0.094 0.014 16 I 0.039 0.869 0.009 0.001 0.002 0.006 0.051 0.023 17 E 0.070 0.605 0.008 0.002 0.002 0.034 0.058 0.221 18 E 0.033 0.656 0.014 0.002 0.003 0.027 0.060 0.206 19 M 0.038 0.591 0.018 0.004 0.007 0.050 0.096 0.194 20 L 0.049 0.189 0.063 0.009 0.010 0.079 0.314 0.288 21 I 0.083 0.346 0.035 0.006 0.011 0.053 0.088 0.377 22 I 0.131 0.325 0.031 0.007 0.010 0.061 0.051 0.385 23 E 0.031 0.285 0.057 0.009 0.015 0.098 0.048 0.458 24 N 0.068 0.578 0.008 0.003 0.005 0.039 0.072 0.226 25 F 0.111 0.587 0.009 0.002 0.004 0.025 0.136 0.126 26 E 0.052 0.497 0.012 0.006 0.009 0.059 0.111 0.254 27 E 0.042 0.399 0.033 0.011 0.023 0.060 0.127 0.305 28 I 0.099 0.362 0.041 0.012 0.015 0.045 0.160 0.266 29 V 0.078 0.328 0.029 0.015 0.019 0.076 0.086 0.368 30 K 0.014 0.254 0.011 0.003 0.006 0.077 0.034 0.601 31 D 0.035 0.835 0.004 0.001 0.001 0.011 0.056 0.057 32 R 0.031 0.916 0.002 0.001 0.001 0.006 0.019 0.026 33 E 0.028 0.870 0.002 0.001 0.001 0.008 0.034 0.056 34 R 0.027 0.785 0.006 0.001 0.002 0.016 0.099 0.064 35 F 0.044 0.722 0.017 0.003 0.004 0.016 0.131 0.064 36 L 0.119 0.552 0.015 0.005 0.006 0.030 0.125 0.148 37 A 0.047 0.362 0.013 0.006 0.009 0.056 0.040 0.468 38 Q 0.051 0.305 0.028 0.011 0.017 0.069 0.062 0.457 39 V 0.150 0.130 0.036 0.010 0.013 0.100 0.194 0.367 40 E 0.076 0.070 0.030 0.022 0.030 0.117 0.122 0.534 41 E 0.021 0.034 0.044 0.009 0.030 0.083 0.044 0.734 42 F 0.026 0.021 0.178 0.093 0.106 0.096 0.076 0.403 43 V 0.033 0.007 0.169 0.070 0.102 0.093 0.091 0.435 44 F 0.019 0.007 0.146 0.129 0.160 0.074 0.039 0.425 45 K 0.024 0.014 0.106 0.041 0.081 0.092 0.052 0.590 46 C 0.048 0.011 0.113 0.061 0.078 0.134 0.057 0.499 47 P 0.039 0.019 0.124 0.058 0.089 0.105 0.043 0.522 48 V 0.060 0.029 0.052 0.045 0.059 0.118 0.041 0.595 49 C 0.061 0.076 0.041 0.025 0.040 0.133 0.055 0.569 50 G 0.195 0.148 0.020 0.013 0.026 0.098 0.115 0.385 51 E 0.131 0.067 0.047 0.056 0.068 0.099 0.159 0.373 52 E 0.168 0.033 0.038 0.061 0.087 0.107 0.057 0.449 53 F 0.183 0.008 0.040 0.049 0.063 0.091 0.127 0.440 54 Y 0.036 0.006 0.024 0.028 0.069 0.138 0.035 0.665 55 G 0.082 0.009 0.013 0.032 0.055 0.119 0.037 0.654 56 K 0.012 0.008 0.029 0.096 0.098 0.122 0.021 0.614 57 T 0.030 0.037 0.025 0.029 0.052 0.121 0.048 0.658 58 L 0.036 0.080 0.025 0.048 0.056 0.126 0.055 0.573 59 P 0.103 0.459 0.014 0.008 0.011 0.055 0.075 0.274 60 R 0.144 0.465 0.009 0.006 0.009 0.045 0.087 0.235 61 R 0.030 0.674 0.008 0.008 0.009 0.032 0.049 0.191 62 E 0.022 0.790 0.003 0.003 0.005 0.019 0.049 0.108 63 A 0.021 0.827 0.004 0.004 0.006 0.012 0.063 0.063 64 E 0.012 0.871 0.004 0.005 0.009 0.011 0.028 0.060 65 K 0.007 0.898 0.006 0.005 0.009 0.006 0.031 0.038 66 V 0.008 0.891 0.007 0.006 0.012 0.006 0.031 0.040 67 F 0.039 0.509 0.059 0.021 0.024 0.022 0.239 0.088 68 E 0.054 0.503 0.063 0.039 0.040 0.034 0.103 0.165 69 L 0.086 0.299 0.064 0.023 0.043 0.050 0.084 0.352 70 L 0.181 0.135 0.073 0.019 0.023 0.083 0.129 0.358 71 N 0.068 0.035 0.054 0.018 0.028 0.121 0.095 0.581 72 D 0.058 0.021 0.030 0.012 0.015 0.093 0.065 0.707 73 F 0.157 0.024 0.030 0.022 0.027 0.167 0.064 0.508 74 K 0.055 0.011 0.021 0.015 0.045 0.109 0.050 0.693 75 G 0.014 0.010 0.027 0.050 0.080 0.111 0.034 0.674 76 G 0.009 0.015 0.052 0.116 0.177 0.124 0.045 0.463 77 I 0.005 0.007 0.065 0.107 0.091 0.101 0.055 0.569 78 D 0.351 0.071 0.023 0.028 0.031 0.047 0.278 0.171 79 W 0.275 0.051 0.014 0.018 0.019 0.071 0.064 0.488 80 E 0.044 0.020 0.020 0.033 0.064 0.079 0.041 0.698 81 N 0.049 0.012 0.012 0.019 0.062 0.083 0.060 0.703 82 K 0.016 0.013 0.033 0.262 0.181 0.079 0.035 0.381 83 R 0.009 0.008 0.042 0.119 0.246 0.056 0.041 0.480 84 V 0.024 0.004 0.054 0.253 0.137 0.077 0.043 0.407 85 K 0.016 0.002 0.119 0.152 0.347 0.048 0.029 0.287 86 L 0.025 0.002 0.060 0.099 0.124 0.081 0.048 0.562 87 K 0.029 0.004 0.109 0.062 0.096 0.099 0.064 0.538