# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.141 0.078 0.049 0.085 0.088 0.094 0.141 0.115 0.098 0.068 0.042 2 K 0.212 0.196 0.089 0.194 0.110 0.059 0.058 0.036 0.025 0.014 0.007 3 C 0.030 0.025 0.022 0.045 0.053 0.083 0.149 0.147 0.184 0.150 0.113 4 P 0.157 0.144 0.080 0.206 0.156 0.081 0.070 0.050 0.030 0.016 0.011 5 I 0.044 0.038 0.030 0.063 0.082 0.097 0.153 0.156 0.143 0.115 0.079 6 C 0.043 0.048 0.033 0.102 0.115 0.097 0.152 0.144 0.121 0.087 0.057 7 G 0.225 0.118 0.045 0.111 0.092 0.089 0.118 0.070 0.064 0.048 0.021 8 S 0.181 0.194 0.096 0.209 0.124 0.070 0.060 0.033 0.019 0.009 0.005 9 P 0.244 0.192 0.060 0.156 0.110 0.078 0.081 0.040 0.022 0.012 0.006 10 L 0.081 0.025 0.021 0.052 0.067 0.085 0.166 0.148 0.143 0.111 0.099 11 K 0.138 0.402 0.127 0.196 0.085 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 12 W 0.005 0.009 0.011 0.026 0.048 0.072 0.154 0.156 0.208 0.178 0.135 13 E 0.225 0.098 0.133 0.185 0.148 0.088 0.075 0.028 0.012 0.005 0.002 14 E 0.074 0.095 0.337 0.289 0.114 0.046 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 15 L 0.002 0.005 0.014 0.013 0.024 0.077 0.141 0.120 0.228 0.233 0.143 16 I 0.003 0.006 0.009 0.027 0.054 0.090 0.260 0.180 0.189 0.130 0.052 17 E 0.023 0.053 0.674 0.167 0.050 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 18 E 0.013 0.027 0.217 0.171 0.168 0.164 0.165 0.052 0.014 0.006 0.002 19 M 0.009 0.009 0.026 0.028 0.039 0.056 0.142 0.203 0.196 0.179 0.113 20 L 0.012 0.010 0.031 0.037 0.071 0.138 0.253 0.178 0.133 0.100 0.036 21 I 0.010 0.073 0.511 0.193 0.093 0.047 0.037 0.017 0.010 0.006 0.002 22 I 0.017 0.015 0.067 0.062 0.103 0.153 0.304 0.146 0.073 0.041 0.018 23 E 0.426 0.175 0.189 0.110 0.045 0.022 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 24 N 0.069 0.150 0.113 0.170 0.135 0.108 0.136 0.069 0.029 0.015 0.007 25 F 0.028 0.033 0.036 0.059 0.087 0.119 0.226 0.159 0.120 0.090 0.043 26 E 0.445 0.124 0.216 0.116 0.050 0.022 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 27 E 0.064 0.116 0.350 0.249 0.116 0.056 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 28 I 0.006 0.009 0.015 0.021 0.036 0.057 0.147 0.161 0.220 0.199 0.129 29 V 0.027 0.023 0.041 0.061 0.094 0.157 0.301 0.138 0.087 0.056 0.015 30 K 0.020 0.079 0.696 0.161 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.028 0.101 0.105 0.101 0.123 0.145 0.203 0.114 0.042 0.028 0.010 32 R 0.047 0.061 0.032 0.088 0.109 0.155 0.251 0.139 0.075 0.033 0.010 33 E 0.707 0.059 0.143 0.054 0.018 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 34 R 0.030 0.049 0.359 0.251 0.141 0.103 0.052 0.011 0.003 0.001 0.001 35 F 0.003 0.009 0.020 0.013 0.023 0.037 0.133 0.155 0.234 0.220 0.155 36 L 0.003 0.005 0.026 0.045 0.106 0.194 0.320 0.156 0.082 0.052 0.013 37 A 0.011 0.026 0.877 0.067 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.014 0.067 0.238 0.261 0.188 0.107 0.085 0.031 0.005 0.002 0.001 39 V 0.008 0.007 0.010 0.010 0.018 0.034 0.115 0.169 0.227 0.233 0.167 40 E 0.315 0.139 0.213 0.162 0.085 0.036 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 41 E 0.033 0.063 0.570 0.203 0.078 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 42 F 0.018 0.016 0.031 0.023 0.038 0.104 0.249 0.151 0.170 0.131 0.070 43 V 0.065 0.105 0.093 0.175 0.135 0.121 0.135 0.080 0.053 0.028 0.012 44 F 0.050 0.039 0.141 0.086 0.078 0.114 0.150 0.118 0.103 0.080 0.041 45 K 0.078 0.121 0.140 0.234 0.161 0.079 0.087 0.052 0.027 0.014 0.007 46 C 0.025 0.021 0.019 0.035 0.045 0.068 0.168 0.197 0.182 0.148 0.091 47 P 0.182 0.138 0.111 0.185 0.134 0.081 0.068 0.046 0.028 0.015 0.010 48 V 0.144 0.109 0.080 0.123 0.112 0.090 0.135 0.094 0.056 0.036 0.021 49 C 0.068 0.084 0.047 0.108 0.110 0.090 0.140 0.126 0.104 0.077 0.046 50 G 0.478 0.149 0.042 0.093 0.053 0.040 0.054 0.033 0.031 0.019 0.008 51 E 0.192 0.129 0.088 0.188 0.108 0.084 0.090 0.053 0.037 0.021 0.011 52 E 0.085 0.095 0.076 0.180 0.169 0.121 0.123 0.076 0.040 0.021 0.012 53 F 0.034 0.037 0.033 0.051 0.064 0.092 0.146 0.149 0.153 0.146 0.096 54 Y 0.044 0.071 0.061 0.149 0.141 0.129 0.163 0.107 0.074 0.043 0.017 55 G 0.184 0.105 0.064 0.104 0.074 0.082 0.125 0.081 0.087 0.068 0.028 56 K 0.187 0.158 0.113 0.228 0.131 0.069 0.056 0.029 0.017 0.008 0.004 57 T 0.251 0.192 0.079 0.138 0.095 0.076 0.080 0.043 0.024 0.014 0.007 58 L 0.021 0.019 0.014 0.038 0.065 0.076 0.146 0.179 0.174 0.136 0.131 59 P 0.196 0.322 0.117 0.133 0.080 0.046 0.050 0.026 0.016 0.010 0.004 60 R 0.186 0.102 0.122 0.207 0.141 0.090 0.085 0.034 0.019 0.009 0.005 61 R 0.555 0.203 0.096 0.084 0.031 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 62 E 0.072 0.104 0.065 0.175 0.149 0.113 0.152 0.089 0.048 0.023 0.010 63 A 0.112 0.068 0.086 0.104 0.101 0.105 0.163 0.118 0.072 0.051 0.021 64 E 0.048 0.090 0.348 0.235 0.112 0.075 0.050 0.022 0.011 0.006 0.002 65 K 0.019 0.065 0.228 0.181 0.151 0.122 0.117 0.068 0.029 0.015 0.006 66 V 0.012 0.016 0.034 0.049 0.065 0.079 0.174 0.201 0.174 0.135 0.061 67 F 0.012 0.013 0.042 0.058 0.074 0.131 0.223 0.174 0.136 0.099 0.037 68 E 0.025 0.050 0.303 0.207 0.139 0.091 0.085 0.048 0.028 0.018 0.008 69 L 0.003 0.005 0.021 0.021 0.041 0.074 0.184 0.191 0.190 0.175 0.095 70 L 0.005 0.007 0.015 0.023 0.035 0.067 0.137 0.137 0.230 0.214 0.130 71 N 0.063 0.059 0.123 0.153 0.132 0.119 0.167 0.082 0.056 0.030 0.015 72 D 0.043 0.052 0.115 0.167 0.159 0.127 0.148 0.086 0.051 0.032 0.019 73 F 0.015 0.019 0.018 0.025 0.032 0.062 0.148 0.138 0.201 0.201 0.141 74 K 0.104 0.150 0.072 0.189 0.159 0.107 0.093 0.055 0.036 0.022 0.013 75 G 0.182 0.097 0.067 0.106 0.090 0.093 0.131 0.096 0.067 0.046 0.025 76 G 0.156 0.162 0.062 0.192 0.135 0.095 0.092 0.049 0.030 0.017 0.010 77 I 0.037 0.013 0.011 0.021 0.032 0.045 0.110 0.145 0.204 0.184 0.198 78 D 0.073 0.304 0.120 0.228 0.136 0.063 0.040 0.018 0.010 0.005 0.003 79 W 0.032 0.031 0.031 0.063 0.099 0.099 0.176 0.148 0.140 0.095 0.086 80 E 0.640 0.160 0.048 0.080 0.034 0.014 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 81 N 0.115 0.108 0.105 0.218 0.132 0.099 0.104 0.052 0.036 0.021 0.009 82 K 0.056 0.097 0.093 0.147 0.137 0.142 0.150 0.090 0.047 0.030 0.012 83 R 0.084 0.159 0.161 0.266 0.145 0.078 0.056 0.029 0.013 0.006 0.002 84 V 0.044 0.021 0.060 0.043 0.055 0.098 0.187 0.170 0.140 0.116 0.067 85 K 0.053 0.142 0.202 0.321 0.160 0.054 0.037 0.019 0.008 0.004 0.002 86 L 0.022 0.024 0.043 0.036 0.052 0.081 0.185 0.166 0.159 0.139 0.094 87 K 0.137 0.201 0.196 0.228 0.135 0.046 0.029 0.015 0.007 0.003 0.002