# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.154 0.056 0.011 0.005 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.191 0.034 0.073 0.451 2 K 0.123 0.043 0.021 0.004 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.148 0.035 0.115 0.489 3 C 0.077 0.023 0.034 0.005 0.004 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.006 0.003 0.004 0.002 0.162 0.014 0.093 0.554 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 I 0.028 0.005 0.004 0.001 0.005 0.005 0.011 0.002 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.208 0.005 0.118 0.583 6 C 0.104 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.006 0.074 0.677 7 G 0.077 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.011 0.124 0.614 8 S 0.159 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.010 0.221 0.549 9 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.991 10 L 0.055 0.009 0.009 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.006 0.168 0.680 11 K 0.042 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.476 0.451 12 W 0.036 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.065 0.780 13 E 0.021 0.153 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.229 0.583 14 E 0.023 0.254 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.348 0.369 15 L 0.022 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.106 16 I 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 17 E 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 18 E 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 19 M 0.025 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 20 L 0.040 0.916 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.018 21 I 0.116 0.688 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.045 0.007 0.101 22 I 0.181 0.593 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.045 0.007 0.130 23 E 0.096 0.561 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 0.034 0.239 24 N 0.078 0.303 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 0.128 0.438 25 F 0.130 0.244 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.026 0.058 0.448 26 E 0.023 0.166 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.222 0.555 27 E 0.052 0.225 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.445 0.259 28 I 0.067 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.022 0.087 29 V 0.045 0.865 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.017 0.051 30 K 0.074 0.775 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.013 0.110 31 D 0.125 0.726 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.018 0.103 32 R 0.068 0.753 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.014 0.136 33 E 0.015 0.597 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.124 0.248 34 R 0.046 0.506 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.227 0.196 35 F 0.037 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.064 36 L 0.027 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.029 37 A 0.031 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.065 38 Q 0.079 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.066 39 V 0.124 0.810 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.040 40 E 0.065 0.691 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.016 0.025 0.162 41 E 0.091 0.465 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.041 0.036 0.313 42 F 0.280 0.376 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.058 0.009 0.196 43 V 0.178 0.176 0.021 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.032 0.044 0.300 44 F 0.029 0.064 0.066 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.004 0.447 0.010 0.054 0.299 45 K 0.022 0.043 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.513 0.011 0.040 0.344 46 C 0.033 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.010 0.005 0.003 0.002 0.204 0.007 0.066 0.615 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 48 V 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.007 0.133 0.578 49 C 0.141 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.097 0.012 0.084 0.639 50 G 0.067 0.034 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.014 0.124 0.636 51 E 0.163 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 0.025 0.211 0.503 52 E 0.101 0.058 0.006 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.009 0.156 0.579 53 F 0.132 0.099 0.012 0.005 0.030 0.013 0.026 0.005 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.023 0.078 0.407 54 Y 0.113 0.117 0.007 0.002 0.003 0.006 0.009 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.019 0.094 0.412 55 G 0.065 0.082 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.021 0.066 0.605 56 K 0.159 0.040 0.021 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.028 0.147 0.398 57 T 0.080 0.028 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.014 0.079 0.658 58 L 0.083 0.033 0.014 0.006 0.009 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.010 0.104 0.405 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 60 R 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.002 0.029 0.878 61 R 0.041 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.110 0.816 62 E 0.192 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.161 0.588 63 A 0.189 0.305 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.094 0.388 64 E 0.115 0.553 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.006 0.049 0.233 65 K 0.066 0.543 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 0.058 0.286 66 V 0.046 0.692 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.008 0.015 0.195 67 F 0.020 0.825 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.034 0.083 68 E 0.015 0.830 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.005 0.025 0.070 69 L 0.029 0.858 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.010 0.008 0.056 70 L 0.049 0.834 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.015 0.009 0.047 71 N 0.103 0.609 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.065 0.023 0.146 72 D 0.313 0.226 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.139 0.022 0.233 73 F 0.280 0.168 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.063 0.073 0.292 74 K 0.110 0.088 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.045 0.197 0.428 75 G 0.113 0.056 0.026 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.029 0.117 0.573 76 G 0.081 0.011 0.034 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.035 0.009 0.078 0.014 0.069 0.650 77 I 0.035 0.013 0.014 0.005 0.005 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.014 0.003 0.002 0.241 0.004 0.114 0.523 78 D 0.026 0.015 0.002 0.001 0.005 0.006 0.004 0.001 0.013 0.045 0.223 0.005 0.063 0.009 0.002 0.003 0.099 0.005 0.115 0.356 79 W 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.003 0.047 0.659 80 E 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.003 0.561 0.288 81 N 0.492 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.058 0.098 0.292 82 K 0.311 0.117 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.031 0.102 0.340 83 R 0.084 0.010 0.082 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.021 0.178 0.427 84 V 0.020 0.009 0.007 0.004 0.018 0.039 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.470 0.004 0.040 0.376 85 K 0.012 0.006 0.002 0.002 0.082 0.050 0.153 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.371 0.003 0.053 0.239 86 L 0.008 0.006 0.002 0.001 0.002 0.008 0.009 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.006 0.004 0.007 0.373 0.003 0.046 0.503 87 K 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.007 0.005 0.003 0.002 0.713 0.003 0.049 0.193