# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.089 0.041 0.009 0.123 0.095 0.161 0.092 0.004 0.001 0.006 0.380 2 K 0.066 0.018 0.005 0.067 0.040 0.093 0.068 0.009 0.001 0.008 0.625 3 C 0.099 0.020 0.014 0.115 0.125 0.175 0.047 0.001 0.001 0.004 0.401 4 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 5 I 0.012 0.004 0.001 0.094 0.084 0.175 0.092 0.001 0.001 0.006 0.531 6 C 0.111 0.014 0.002 0.189 0.043 0.110 0.064 0.001 0.001 0.004 0.461 7 G 0.095 0.016 0.006 0.098 0.042 0.074 0.121 0.002 0.001 0.010 0.536 8 S 0.121 0.013 0.008 0.058 0.023 0.024 0.274 0.001 0.001 0.006 0.473 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 10 L 0.020 0.010 0.001 0.033 0.020 0.060 0.238 0.001 0.001 0.007 0.611 11 K 0.103 0.020 0.001 0.009 0.003 0.006 0.201 0.001 0.001 0.003 0.653 12 W 0.132 0.185 0.004 0.013 0.007 0.017 0.103 0.001 0.001 0.002 0.537 13 E 0.036 0.375 0.001 0.005 0.006 0.010 0.173 0.001 0.001 0.002 0.392 14 E 0.033 0.473 0.001 0.002 0.002 0.002 0.171 0.001 0.001 0.001 0.313 15 L 0.030 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.062 16 I 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 17 E 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.025 18 E 0.014 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.019 19 M 0.044 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.020 20 L 0.038 0.898 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.028 21 I 0.062 0.692 0.053 0.006 0.004 0.006 0.021 0.021 0.001 0.001 0.135 22 I 0.104 0.695 0.021 0.009 0.007 0.011 0.015 0.012 0.001 0.001 0.126 23 E 0.064 0.522 0.011 0.007 0.005 0.006 0.036 0.017 0.001 0.002 0.331 24 N 0.068 0.343 0.010 0.005 0.003 0.006 0.115 0.021 0.001 0.003 0.426 25 F 0.089 0.433 0.015 0.009 0.004 0.008 0.059 0.009 0.001 0.002 0.372 26 E 0.029 0.330 0.004 0.005 0.005 0.006 0.197 0.005 0.001 0.002 0.417 27 E 0.107 0.327 0.010 0.007 0.004 0.004 0.223 0.005 0.001 0.004 0.308 28 I 0.138 0.750 0.003 0.004 0.005 0.005 0.014 0.002 0.001 0.001 0.078 29 V 0.044 0.888 0.003 0.003 0.004 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.040 30 K 0.072 0.686 0.012 0.006 0.004 0.007 0.032 0.013 0.001 0.001 0.168 31 D 0.092 0.627 0.007 0.003 0.004 0.006 0.036 0.032 0.001 0.003 0.192 32 R 0.078 0.439 0.011 0.003 0.002 0.003 0.033 0.016 0.001 0.002 0.412 33 E 0.010 0.242 0.006 0.002 0.002 0.003 0.339 0.006 0.001 0.001 0.389 34 R 0.107 0.177 0.006 0.003 0.002 0.002 0.477 0.006 0.001 0.004 0.218 35 F 0.086 0.808 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.083 36 L 0.037 0.866 0.006 0.002 0.002 0.003 0.015 0.004 0.001 0.001 0.066 37 A 0.032 0.812 0.004 0.002 0.002 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.123 38 Q 0.101 0.726 0.003 0.002 0.001 0.003 0.015 0.023 0.001 0.001 0.125 39 V 0.117 0.767 0.005 0.002 0.003 0.004 0.007 0.025 0.001 0.001 0.069 40 E 0.048 0.697 0.022 0.007 0.014 0.016 0.023 0.016 0.001 0.001 0.156 41 E 0.060 0.446 0.048 0.013 0.016 0.020 0.070 0.021 0.001 0.003 0.302 42 F 0.243 0.402 0.009 0.035 0.057 0.059 0.021 0.007 0.001 0.003 0.164 43 V 0.095 0.349 0.015 0.049 0.072 0.081 0.031 0.019 0.001 0.006 0.284 44 F 0.054 0.179 0.049 0.106 0.174 0.170 0.020 0.005 0.001 0.002 0.243 45 K 0.040 0.057 0.014 0.100 0.060 0.121 0.058 0.015 0.001 0.005 0.531 46 C 0.083 0.028 0.007 0.063 0.082 0.123 0.057 0.003 0.001 0.003 0.551 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 48 V 0.013 0.005 0.002 0.026 0.032 0.088 0.104 0.001 0.001 0.006 0.722 49 C 0.163 0.024 0.003 0.038 0.020 0.048 0.084 0.001 0.001 0.006 0.613 50 G 0.125 0.037 0.004 0.022 0.024 0.046 0.115 0.002 0.001 0.004 0.621 51 E 0.117 0.066 0.006 0.016 0.027 0.029 0.113 0.001 0.001 0.006 0.620 52 E 0.050 0.117 0.001 0.011 0.016 0.024 0.110 0.002 0.001 0.003 0.665 53 F 0.119 0.299 0.003 0.013 0.032 0.039 0.167 0.006 0.001 0.007 0.315 54 Y 0.152 0.492 0.004 0.013 0.018 0.036 0.053 0.011 0.001 0.004 0.217 55 G 0.193 0.305 0.011 0.016 0.028 0.042 0.050 0.025 0.001 0.006 0.324 56 K 0.378 0.133 0.077 0.020 0.026 0.027 0.047 0.010 0.001 0.006 0.275 57 T 0.077 0.086 0.027 0.021 0.014 0.026 0.049 0.015 0.001 0.007 0.679 58 L 0.121 0.074 0.039 0.048 0.077 0.100 0.113 0.005 0.001 0.005 0.418 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 60 R 0.013 0.012 0.001 0.015 0.021 0.082 0.074 0.001 0.001 0.002 0.780 61 R 0.059 0.043 0.001 0.010 0.019 0.029 0.077 0.001 0.001 0.004 0.758 62 E 0.118 0.103 0.001 0.005 0.008 0.017 0.169 0.001 0.001 0.003 0.574 63 A 0.134 0.355 0.002 0.007 0.010 0.018 0.121 0.002 0.001 0.002 0.347 64 E 0.111 0.503 0.001 0.005 0.016 0.020 0.054 0.003 0.001 0.003 0.284 65 K 0.070 0.561 0.007 0.005 0.008 0.009 0.068 0.003 0.001 0.002 0.265 66 V 0.040 0.705 0.005 0.005 0.011 0.014 0.017 0.001 0.001 0.001 0.201 67 F 0.022 0.806 0.004 0.013 0.028 0.030 0.010 0.003 0.001 0.002 0.082 68 E 0.014 0.818 0.007 0.010 0.025 0.020 0.014 0.002 0.001 0.001 0.089 69 L 0.019 0.858 0.006 0.012 0.038 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 0.031 70 L 0.052 0.813 0.003 0.015 0.018 0.032 0.007 0.007 0.001 0.001 0.051 71 N 0.040 0.687 0.007 0.020 0.031 0.035 0.016 0.019 0.001 0.002 0.142 72 D 0.169 0.308 0.018 0.022 0.016 0.035 0.031 0.055 0.001 0.007 0.339 73 F 0.223 0.177 0.048 0.032 0.027 0.038 0.114 0.051 0.001 0.010 0.279 74 K 0.101 0.060 0.058 0.032 0.037 0.039 0.258 0.010 0.001 0.019 0.386 75 G 0.094 0.043 0.034 0.052 0.042 0.051 0.170 0.007 0.001 0.014 0.493 76 G 0.210 0.033 0.008 0.055 0.036 0.059 0.057 0.002 0.001 0.005 0.534 77 I 0.049 0.037 0.018 0.096 0.084 0.103 0.123 0.002 0.001 0.007 0.480 78 D 0.026 0.020 0.003 0.039 0.131 0.128 0.112 0.003 0.001 0.006 0.533 79 W 0.033 0.033 0.010 0.046 0.048 0.101 0.074 0.001 0.001 0.007 0.648 80 E 0.012 0.017 0.001 0.011 0.015 0.026 0.670 0.002 0.001 0.004 0.244 81 N 0.268 0.021 0.002 0.017 0.019 0.030 0.312 0.004 0.001 0.047 0.278 82 K 0.414 0.114 0.007 0.025 0.034 0.035 0.064 0.003 0.001 0.011 0.293 83 R 0.105 0.066 0.035 0.052 0.061 0.074 0.137 0.004 0.001 0.012 0.453 84 V 0.047 0.034 0.015 0.100 0.165 0.196 0.046 0.002 0.001 0.005 0.390 85 K 0.015 0.022 0.004 0.094 0.215 0.404 0.035 0.002 0.001 0.005 0.205 86 L 0.021 0.020 0.007 0.065 0.169 0.271 0.033 0.001 0.001 0.001 0.412 87 K 0.010 0.014 0.001 0.117 0.180 0.374 0.053 0.001 0.001 0.003 0.247