# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.133 0.066 0.039 0.032 0.051 0.109 0.018 0.553 2 K 0.170 0.048 0.046 0.030 0.050 0.094 0.035 0.526 3 C 0.200 0.045 0.096 0.052 0.061 0.101 0.015 0.429 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 5 I 0.028 0.009 0.062 0.034 0.080 0.122 0.005 0.661 6 C 0.142 0.020 0.115 0.027 0.051 0.067 0.010 0.568 7 G 0.109 0.024 0.070 0.022 0.038 0.063 0.011 0.663 8 S 0.088 0.009 0.052 0.014 0.015 0.064 0.004 0.753 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 10 L 0.067 0.007 0.102 0.023 0.061 0.179 0.006 0.555 11 K 0.069 0.019 0.023 0.004 0.007 0.234 0.005 0.638 12 W 0.075 0.066 0.042 0.004 0.025 0.069 0.004 0.714 13 E 0.022 0.094 0.012 0.003 0.006 0.250 0.002 0.611 14 E 0.037 0.129 0.004 0.001 0.003 0.610 0.004 0.212 15 L 0.020 0.901 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.065 16 I 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 17 E 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.022 18 E 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.016 19 M 0.031 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 20 L 0.024 0.930 0.012 0.002 0.001 0.004 0.008 0.020 21 I 0.075 0.740 0.053 0.008 0.006 0.010 0.032 0.076 22 I 0.106 0.651 0.042 0.015 0.019 0.009 0.027 0.131 23 E 0.068 0.456 0.048 0.021 0.018 0.045 0.029 0.315 24 N 0.075 0.213 0.062 0.019 0.019 0.166 0.030 0.417 25 F 0.121 0.268 0.093 0.017 0.038 0.093 0.018 0.351 26 E 0.026 0.153 0.014 0.009 0.012 0.238 0.009 0.540 27 E 0.114 0.183 0.015 0.011 0.012 0.345 0.021 0.298 28 I 0.076 0.755 0.010 0.005 0.010 0.016 0.004 0.124 29 V 0.027 0.851 0.013 0.007 0.022 0.009 0.003 0.067 30 K 0.039 0.652 0.020 0.009 0.016 0.050 0.013 0.202 31 D 0.077 0.574 0.023 0.008 0.019 0.048 0.024 0.226 32 R 0.064 0.504 0.017 0.004 0.014 0.040 0.015 0.343 33 E 0.028 0.304 0.017 0.002 0.004 0.230 0.014 0.402 34 R 0.090 0.432 0.013 0.002 0.003 0.166 0.011 0.284 35 F 0.043 0.861 0.002 0.001 0.002 0.015 0.003 0.073 36 L 0.022 0.924 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.039 37 A 0.020 0.883 0.002 0.001 0.002 0.011 0.006 0.074 38 Q 0.058 0.808 0.003 0.002 0.003 0.014 0.019 0.093 39 V 0.048 0.891 0.005 0.003 0.004 0.006 0.007 0.037 40 E 0.026 0.716 0.022 0.007 0.005 0.023 0.011 0.191 41 E 0.053 0.651 0.030 0.009 0.012 0.026 0.027 0.192 42 F 0.293 0.522 0.026 0.010 0.013 0.012 0.028 0.095 43 V 0.122 0.419 0.100 0.063 0.049 0.023 0.021 0.203 44 F 0.026 0.079 0.391 0.192 0.128 0.027 0.012 0.146 45 K 0.053 0.065 0.100 0.069 0.096 0.039 0.023 0.555 46 C 0.062 0.031 0.117 0.075 0.124 0.051 0.011 0.529 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 48 V 0.013 0.003 0.035 0.023 0.044 0.166 0.003 0.712 49 C 0.149 0.012 0.024 0.015 0.034 0.084 0.009 0.673 50 G 0.122 0.028 0.022 0.024 0.056 0.085 0.008 0.655 51 E 0.055 0.025 0.019 0.022 0.028 0.138 0.006 0.707 52 E 0.079 0.071 0.018 0.028 0.033 0.082 0.008 0.682 53 F 0.172 0.266 0.024 0.043 0.114 0.038 0.010 0.333 54 Y 0.115 0.282 0.041 0.071 0.112 0.053 0.014 0.313 55 G 0.124 0.157 0.032 0.060 0.075 0.048 0.028 0.477 56 K 0.315 0.069 0.028 0.049 0.054 0.063 0.031 0.390 57 T 0.108 0.040 0.022 0.022 0.031 0.058 0.025 0.693 58 L 0.087 0.027 0.105 0.051 0.078 0.139 0.007 0.506 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 60 R 0.011 0.008 0.013 0.011 0.043 0.096 0.002 0.818 61 R 0.082 0.048 0.008 0.005 0.009 0.089 0.004 0.754 62 E 0.103 0.151 0.007 0.005 0.008 0.170 0.006 0.550 63 A 0.101 0.426 0.009 0.004 0.012 0.124 0.007 0.317 64 E 0.100 0.575 0.012 0.005 0.011 0.050 0.009 0.238 65 K 0.054 0.653 0.006 0.003 0.006 0.044 0.009 0.223 66 V 0.013 0.878 0.004 0.002 0.004 0.012 0.003 0.083 67 F 0.005 0.968 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.017 68 E 0.008 0.949 0.004 0.002 0.003 0.006 0.002 0.027 69 L 0.021 0.912 0.009 0.002 0.003 0.006 0.007 0.039 70 L 0.051 0.905 0.006 0.002 0.005 0.003 0.009 0.020 71 N 0.071 0.760 0.012 0.004 0.004 0.010 0.023 0.116 72 D 0.101 0.455 0.086 0.005 0.008 0.022 0.042 0.281 73 F 0.440 0.230 0.071 0.011 0.012 0.057 0.053 0.126 74 K 0.178 0.186 0.062 0.014 0.013 0.118 0.032 0.397 75 G 0.078 0.082 0.151 0.028 0.031 0.081 0.019 0.531 76 G 0.202 0.038 0.081 0.027 0.039 0.073 0.017 0.522 77 I 0.075 0.027 0.089 0.048 0.041 0.136 0.007 0.576 78 D 0.014 0.019 0.087 0.158 0.171 0.147 0.005 0.400 79 W 0.016 0.029 0.032 0.027 0.070 0.043 0.004 0.780 80 E 0.005 0.007 0.011 0.009 0.009 0.817 0.005 0.137 81 N 0.406 0.016 0.023 0.014 0.017 0.121 0.130 0.273 82 K 0.327 0.276 0.034 0.029 0.035 0.089 0.022 0.188 83 R 0.054 0.020 0.075 0.064 0.067 0.223 0.011 0.485 84 V 0.020 0.010 0.089 0.221 0.320 0.044 0.007 0.289 85 K 0.014 0.004 0.070 0.280 0.404 0.032 0.004 0.192 86 L 0.012 0.009 0.071 0.182 0.262 0.048 0.003 0.414 87 K 0.009 0.009 0.295 0.108 0.195 0.081 0.003 0.300