# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.154 0.355 0.220 0.084 0.100 0.030 0.027 0.004 0.023 0.004 0.001 2 K 0.126 0.319 0.289 0.110 0.045 0.062 0.023 0.003 0.019 0.002 0.003 3 C 0.026 0.356 0.339 0.005 0.050 0.013 0.005 0.001 0.201 0.004 0.001 4 P 0.236 0.009 0.661 0.015 0.005 0.024 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 5 I 0.264 0.278 0.197 0.146 0.046 0.024 0.010 0.004 0.030 0.001 0.001 6 C 0.157 0.117 0.319 0.193 0.073 0.019 0.074 0.013 0.015 0.018 0.001 7 G 0.025 0.012 0.048 0.050 0.098 0.012 0.082 0.467 0.004 0.202 0.001 8 S 0.054 0.243 0.540 0.016 0.056 0.016 0.004 0.001 0.064 0.005 0.001 9 P 0.434 0.011 0.476 0.018 0.003 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 10 L 0.575 0.128 0.138 0.091 0.022 0.030 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 11 K 0.460 0.075 0.183 0.127 0.062 0.059 0.009 0.001 0.020 0.002 0.001 12 W 0.876 0.022 0.048 0.019 0.009 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 13 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.965 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.945 0.007 0.004 0.037 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 20 L 0.911 0.026 0.019 0.027 0.005 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 21 I 0.809 0.062 0.045 0.055 0.005 0.018 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 22 I 0.726 0.082 0.057 0.085 0.012 0.019 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 23 E 0.734 0.030 0.063 0.121 0.014 0.012 0.016 0.001 0.008 0.001 0.001 24 N 0.379 0.054 0.097 0.252 0.037 0.056 0.086 0.008 0.025 0.006 0.001 25 F 0.768 0.027 0.114 0.049 0.008 0.016 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 26 E 0.951 0.006 0.018 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.906 0.013 0.022 0.043 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 28 I 0.854 0.038 0.026 0.061 0.006 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 29 V 0.829 0.048 0.034 0.057 0.008 0.008 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 30 K 0.702 0.043 0.059 0.141 0.017 0.012 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 31 D 0.262 0.051 0.255 0.230 0.029 0.085 0.029 0.002 0.051 0.006 0.001 32 R 0.916 0.004 0.049 0.017 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 33 E 0.985 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.966 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.966 0.007 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.986 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.977 0.002 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.837 0.008 0.014 0.124 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 39 V 0.860 0.020 0.038 0.067 0.002 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 40 E 0.878 0.016 0.024 0.058 0.004 0.005 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 41 E 0.566 0.088 0.053 0.225 0.026 0.012 0.020 0.002 0.007 0.001 0.001 42 F 0.264 0.300 0.181 0.113 0.055 0.033 0.022 0.002 0.029 0.001 0.001 43 V 0.141 0.524 0.216 0.050 0.017 0.031 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 44 F 0.067 0.534 0.172 0.043 0.111 0.034 0.013 0.001 0.023 0.002 0.001 45 K 0.054 0.381 0.358 0.049 0.035 0.089 0.012 0.001 0.017 0.001 0.002 46 C 0.011 0.356 0.337 0.003 0.046 0.017 0.004 0.001 0.224 0.002 0.001 47 P 0.294 0.006 0.596 0.016 0.005 0.029 0.001 0.001 0.004 0.002 0.046 48 V 0.283 0.244 0.181 0.164 0.060 0.023 0.013 0.007 0.022 0.002 0.001 49 C 0.161 0.144 0.293 0.199 0.082 0.028 0.048 0.013 0.017 0.016 0.001 50 G 0.090 0.032 0.114 0.042 0.191 0.026 0.082 0.182 0.012 0.229 0.001 51 E 0.716 0.077 0.135 0.040 0.013 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 52 E 0.717 0.073 0.101 0.060 0.020 0.015 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 53 F 0.565 0.133 0.088 0.103 0.057 0.015 0.008 0.002 0.027 0.002 0.001 54 Y 0.340 0.124 0.214 0.217 0.039 0.012 0.032 0.002 0.016 0.002 0.001 55 G 0.080 0.020 0.065 0.027 0.081 0.008 0.058 0.383 0.004 0.274 0.001 56 K 0.461 0.110 0.239 0.131 0.024 0.014 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 57 T 0.211 0.146 0.233 0.274 0.036 0.043 0.029 0.004 0.020 0.003 0.001 58 L 0.035 0.297 0.440 0.006 0.035 0.015 0.007 0.001 0.160 0.003 0.001 59 P 0.058 0.004 0.840 0.005 0.002 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 60 R 0.721 0.040 0.164 0.040 0.008 0.015 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 61 R 0.890 0.011 0.043 0.033 0.008 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 62 E 0.778 0.017 0.027 0.149 0.008 0.010 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 63 A 0.893 0.025 0.024 0.037 0.006 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 64 E 0.942 0.021 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 K 0.961 0.012 0.009 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.957 0.020 0.005 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 F 0.893 0.058 0.011 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 68 E 0.777 0.092 0.025 0.028 0.052 0.006 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 69 L 0.599 0.136 0.136 0.080 0.008 0.030 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 70 L 0.603 0.126 0.078 0.141 0.013 0.016 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 71 N 0.374 0.055 0.086 0.228 0.044 0.045 0.136 0.006 0.020 0.006 0.001 72 D 0.337 0.053 0.077 0.339 0.035 0.033 0.090 0.010 0.018 0.008 0.001 73 F 0.342 0.162 0.165 0.224 0.017 0.031 0.026 0.004 0.023 0.004 0.001 74 K 0.157 0.141 0.261 0.233 0.039 0.024 0.094 0.009 0.032 0.009 0.003 75 G 0.038 0.031 0.115 0.085 0.087 0.015 0.158 0.298 0.008 0.165 0.001 76 G 0.052 0.147 0.246 0.086 0.193 0.045 0.039 0.106 0.013 0.073 0.001 77 I 0.054 0.555 0.257 0.048 0.035 0.033 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 78 D 0.027 0.151 0.565 0.014 0.027 0.143 0.011 0.001 0.057 0.004 0.001 79 W 0.788 0.018 0.104 0.042 0.011 0.009 0.002 0.001 0.007 0.004 0.013 80 E 0.668 0.024 0.059 0.179 0.013 0.015 0.031 0.004 0.005 0.002 0.001 81 N 0.133 0.051 0.055 0.577 0.021 0.015 0.105 0.024 0.014 0.004 0.001 82 K 0.109 0.295 0.380 0.056 0.031 0.012 0.089 0.005 0.020 0.002 0.001 83 R 0.049 0.436 0.356 0.042 0.036 0.048 0.014 0.001 0.014 0.001 0.003 84 V 0.012 0.739 0.186 0.010 0.022 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 85 K 0.009 0.612 0.294 0.005 0.023 0.041 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 86 L 0.020 0.546 0.312 0.008 0.037 0.047 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 87 K 0.043 0.571 0.230 0.017 0.077 0.022 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001