# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.143 0.164 0.044 0.011 0.258 0.015 0.033 0.145 0.060 0.078 0.050 2 K 0.119 0.141 0.061 0.039 0.189 0.043 0.060 0.116 0.051 0.110 0.071 3 C 0.152 0.191 0.094 0.017 0.288 0.013 0.018 0.076 0.048 0.061 0.040 4 P 0.074 0.126 0.057 0.013 0.146 0.016 0.048 0.250 0.196 0.042 0.031 5 I 0.084 0.074 0.043 0.018 0.096 0.030 0.141 0.222 0.121 0.128 0.044 6 C 0.056 0.248 0.104 0.044 0.111 0.041 0.065 0.095 0.057 0.133 0.047 7 G 0.044 0.068 0.083 0.179 0.056 0.079 0.042 0.081 0.062 0.233 0.072 8 S 0.036 0.300 0.268 0.033 0.120 0.018 0.024 0.069 0.062 0.054 0.014 9 P 0.079 0.116 0.038 0.008 0.154 0.008 0.030 0.241 0.185 0.098 0.042 10 L 0.060 0.260 0.073 0.011 0.164 0.018 0.036 0.225 0.071 0.057 0.025 11 K 0.023 0.404 0.131 0.009 0.074 0.007 0.012 0.235 0.055 0.026 0.023 12 W 0.006 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.797 0.168 0.011 0.005 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.055 0.002 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.019 0.005 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.024 0.008 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.065 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.077 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.934 0.047 0.008 0.001 19 M 0.005 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.818 0.130 0.021 0.003 20 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.882 0.081 0.011 0.001 21 I 0.010 0.009 0.002 0.001 0.011 0.001 0.037 0.797 0.069 0.060 0.004 22 I 0.025 0.061 0.026 0.005 0.043 0.006 0.029 0.618 0.101 0.067 0.018 23 E 0.010 0.050 0.029 0.021 0.022 0.032 0.075 0.623 0.097 0.032 0.010 24 N 0.030 0.050 0.029 0.007 0.042 0.005 0.018 0.423 0.102 0.251 0.044 25 F 0.019 0.017 0.003 0.001 0.022 0.002 0.012 0.565 0.313 0.031 0.014 26 E 0.004 0.007 0.003 0.002 0.007 0.008 0.039 0.744 0.175 0.009 0.003 27 E 0.013 0.016 0.003 0.001 0.016 0.001 0.018 0.792 0.101 0.037 0.003 28 I 0.019 0.030 0.003 0.001 0.032 0.001 0.016 0.743 0.105 0.046 0.006 29 V 0.030 0.016 0.006 0.003 0.034 0.006 0.025 0.710 0.116 0.038 0.016 30 K 0.011 0.031 0.009 0.005 0.018 0.010 0.041 0.743 0.065 0.060 0.007 31 D 0.030 0.131 0.080 0.007 0.073 0.004 0.015 0.472 0.070 0.098 0.019 32 R 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.697 0.272 0.011 0.003 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.896 0.088 0.004 0.001 34 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.927 0.049 0.010 0.001 35 F 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.906 0.049 0.032 0.001 36 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.873 0.104 0.010 0.002 37 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.893 0.086 0.004 0.001 38 Q 0.006 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.030 0.753 0.050 0.134 0.006 39 V 0.065 0.028 0.005 0.001 0.042 0.002 0.018 0.442 0.317 0.037 0.043 40 E 0.005 0.004 0.002 0.003 0.006 0.024 0.092 0.631 0.221 0.008 0.004 41 E 0.040 0.016 0.006 0.002 0.035 0.004 0.092 0.585 0.101 0.109 0.010 42 F 0.093 0.265 0.024 0.001 0.260 0.004 0.043 0.191 0.064 0.034 0.021 43 V 0.230 0.045 0.009 0.007 0.301 0.021 0.051 0.148 0.039 0.052 0.096 44 F 0.236 0.111 0.027 0.008 0.359 0.012 0.019 0.095 0.024 0.056 0.052 45 K 0.088 0.182 0.105 0.045 0.251 0.040 0.073 0.076 0.028 0.067 0.045 46 C 0.157 0.192 0.120 0.013 0.329 0.007 0.012 0.057 0.037 0.044 0.033 47 P 0.050 0.113 0.047 0.012 0.101 0.017 0.054 0.293 0.236 0.048 0.029 48 V 0.054 0.078 0.047 0.026 0.080 0.030 0.108 0.299 0.113 0.125 0.040 49 C 0.056 0.210 0.080 0.043 0.101 0.038 0.053 0.174 0.064 0.135 0.046 50 G 0.048 0.074 0.087 0.095 0.062 0.041 0.025 0.187 0.103 0.202 0.076 51 E 0.056 0.122 0.055 0.012 0.121 0.011 0.025 0.321 0.196 0.063 0.019 52 E 0.067 0.085 0.024 0.005 0.113 0.007 0.045 0.429 0.141 0.062 0.022 53 F 0.088 0.064 0.025 0.011 0.091 0.023 0.071 0.366 0.109 0.109 0.043 54 Y 0.039 0.170 0.068 0.072 0.069 0.088 0.113 0.191 0.076 0.083 0.032 55 G 0.048 0.052 0.074 0.132 0.055 0.052 0.034 0.131 0.100 0.254 0.067 56 K 0.054 0.181 0.105 0.017 0.158 0.016 0.046 0.147 0.147 0.103 0.027 57 T 0.108 0.151 0.065 0.011 0.186 0.013 0.050 0.085 0.090 0.168 0.073 58 L 0.032 0.501 0.243 0.016 0.105 0.011 0.014 0.024 0.013 0.024 0.016 59 P 0.035 0.432 0.241 0.016 0.095 0.010 0.017 0.068 0.049 0.020 0.016 60 R 0.018 0.051 0.024 0.006 0.025 0.005 0.017 0.465 0.317 0.058 0.014 61 R 0.005 0.037 0.019 0.009 0.014 0.012 0.031 0.647 0.178 0.042 0.006 62 E 0.018 0.035 0.012 0.002 0.026 0.003 0.013 0.611 0.162 0.105 0.015 63 A 0.009 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.798 0.130 0.029 0.008 64 E 0.006 0.007 0.002 0.002 0.009 0.005 0.013 0.871 0.077 0.006 0.003 65 K 0.007 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.924 0.027 0.014 0.002 66 V 0.010 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.897 0.051 0.016 0.004 67 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.007 0.876 0.089 0.007 0.002 68 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.916 0.061 0.007 0.001 69 L 0.006 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.049 0.804 0.086 0.038 0.003 70 L 0.022 0.070 0.026 0.009 0.041 0.016 0.047 0.545 0.139 0.071 0.015 71 N 0.038 0.035 0.021 0.013 0.048 0.014 0.045 0.445 0.207 0.107 0.027 72 D 0.048 0.048 0.037 0.006 0.068 0.007 0.067 0.373 0.193 0.132 0.022 73 F 0.063 0.111 0.059 0.009 0.100 0.016 0.103 0.255 0.147 0.101 0.035 74 K 0.069 0.147 0.062 0.053 0.095 0.064 0.109 0.152 0.081 0.117 0.052 75 G 0.044 0.149 0.135 0.129 0.077 0.067 0.048 0.071 0.047 0.174 0.058 76 G 0.114 0.143 0.109 0.032 0.214 0.014 0.022 0.065 0.050 0.161 0.078 77 I 0.102 0.331 0.087 0.015 0.302 0.014 0.020 0.039 0.027 0.043 0.021 78 D 0.122 0.313 0.146 0.011 0.327 0.005 0.009 0.021 0.014 0.012 0.019 79 W 0.088 0.064 0.029 0.011 0.102 0.022 0.036 0.293 0.269 0.049 0.038 80 E 0.046 0.164 0.056 0.028 0.111 0.042 0.124 0.210 0.110 0.085 0.024 81 N 0.110 0.066 0.038 0.029 0.105 0.021 0.028 0.100 0.080 0.306 0.116 82 K 0.070 0.312 0.093 0.015 0.224 0.021 0.029 0.087 0.054 0.063 0.032 83 R 0.312 0.092 0.014 0.004 0.472 0.005 0.012 0.023 0.012 0.023 0.030 84 V 0.180 0.208 0.029 0.004 0.507 0.007 0.010 0.015 0.009 0.009 0.021 85 K 0.220 0.136 0.019 0.004 0.537 0.006 0.009 0.012 0.005 0.010 0.043 86 L 0.393 0.069 0.013 0.003 0.366 0.006 0.010 0.019 0.014 0.030 0.076 87 K 0.085 0.263 0.123 0.059 0.231 0.055 0.051 0.036 0.021 0.030 0.045