# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.524 0.203 0.134 0.090 0.039 0.008 0.001 2 K 0.460 0.303 0.142 0.067 0.020 0.006 0.001 3 C 0.172 0.156 0.213 0.232 0.168 0.056 0.003 4 P 0.332 0.323 0.191 0.100 0.042 0.012 0.001 5 I 0.225 0.183 0.195 0.199 0.139 0.054 0.004 6 C 0.191 0.221 0.228 0.190 0.121 0.047 0.003 7 G 0.301 0.228 0.219 0.170 0.067 0.015 0.001 8 S 0.585 0.318 0.067 0.022 0.007 0.001 0.001 9 P 0.419 0.389 0.131 0.045 0.012 0.003 0.001 10 L 0.075 0.075 0.225 0.350 0.233 0.040 0.002 11 K 0.228 0.459 0.215 0.074 0.020 0.004 0.001 12 W 0.043 0.082 0.153 0.297 0.271 0.146 0.008 13 E 0.153 0.336 0.263 0.175 0.061 0.012 0.001 14 E 0.207 0.403 0.213 0.133 0.036 0.007 0.001 15 L 0.019 0.045 0.119 0.255 0.362 0.180 0.019 16 I 0.027 0.062 0.114 0.251 0.325 0.201 0.021 17 E 0.155 0.347 0.270 0.144 0.062 0.020 0.002 18 E 0.101 0.238 0.281 0.255 0.095 0.028 0.002 19 M 0.042 0.063 0.102 0.178 0.299 0.284 0.032 20 L 0.061 0.097 0.187 0.287 0.251 0.105 0.012 21 I 0.178 0.292 0.254 0.155 0.081 0.037 0.003 22 I 0.141 0.189 0.243 0.239 0.146 0.040 0.002 23 E 0.466 0.340 0.116 0.053 0.020 0.004 0.001 24 N 0.329 0.315 0.181 0.113 0.048 0.013 0.001 25 F 0.133 0.132 0.222 0.279 0.179 0.052 0.003 26 E 0.443 0.354 0.138 0.049 0.014 0.002 0.001 27 E 0.343 0.431 0.146 0.062 0.016 0.003 0.001 28 I 0.043 0.080 0.148 0.275 0.318 0.133 0.005 29 V 0.046 0.112 0.287 0.330 0.188 0.037 0.001 30 K 0.417 0.419 0.124 0.033 0.007 0.001 0.001 31 D 0.270 0.277 0.227 0.159 0.058 0.009 0.001 32 R 0.235 0.260 0.227 0.191 0.073 0.014 0.001 33 E 0.570 0.342 0.066 0.016 0.005 0.001 0.001 34 R 0.338 0.448 0.150 0.056 0.007 0.001 0.001 35 F 0.033 0.072 0.166 0.262 0.360 0.104 0.003 36 L 0.034 0.104 0.264 0.395 0.171 0.032 0.001 37 A 0.476 0.425 0.078 0.015 0.005 0.001 0.001 38 Q 0.159 0.335 0.282 0.187 0.032 0.005 0.001 39 V 0.046 0.058 0.171 0.317 0.305 0.099 0.004 40 E 0.350 0.410 0.162 0.061 0.014 0.003 0.001 41 E 0.426 0.424 0.110 0.031 0.007 0.002 0.001 42 F 0.041 0.064 0.113 0.287 0.355 0.131 0.009 43 V 0.061 0.190 0.260 0.270 0.156 0.061 0.003 44 F 0.062 0.097 0.187 0.273 0.234 0.133 0.015 45 K 0.205 0.311 0.235 0.151 0.076 0.021 0.002 46 C 0.109 0.128 0.170 0.247 0.230 0.106 0.010 47 P 0.386 0.311 0.152 0.087 0.047 0.016 0.002 48 V 0.431 0.288 0.139 0.090 0.038 0.013 0.002 49 C 0.278 0.190 0.194 0.171 0.112 0.048 0.007 50 G 0.354 0.224 0.151 0.136 0.089 0.040 0.006 51 E 0.423 0.264 0.146 0.092 0.052 0.021 0.003 52 E 0.370 0.304 0.161 0.103 0.045 0.016 0.002 53 F 0.166 0.120 0.173 0.212 0.213 0.103 0.014 54 Y 0.246 0.200 0.186 0.194 0.115 0.052 0.007 55 G 0.477 0.263 0.138 0.073 0.035 0.012 0.001 56 K 0.381 0.275 0.187 0.116 0.031 0.009 0.001 57 T 0.373 0.316 0.175 0.087 0.037 0.012 0.001 58 L 0.156 0.118 0.193 0.293 0.174 0.060 0.005 59 P 0.400 0.257 0.172 0.099 0.055 0.016 0.001 60 R 0.500 0.274 0.130 0.067 0.023 0.006 0.001 61 R 0.645 0.267 0.058 0.021 0.007 0.001 0.001 62 E 0.314 0.281 0.175 0.139 0.069 0.021 0.002 63 A 0.176 0.201 0.202 0.199 0.153 0.062 0.007 64 E 0.186 0.224 0.238 0.195 0.114 0.039 0.004 65 K 0.149 0.244 0.260 0.196 0.104 0.040 0.006 66 V 0.029 0.043 0.073 0.138 0.272 0.362 0.084 67 F 0.032 0.057 0.112 0.222 0.289 0.241 0.048 68 E 0.108 0.211 0.237 0.207 0.148 0.074 0.016 69 L 0.018 0.039 0.072 0.138 0.270 0.354 0.110 70 L 0.030 0.065 0.126 0.216 0.291 0.228 0.043 71 N 0.136 0.290 0.265 0.185 0.089 0.032 0.003 72 D 0.128 0.224 0.240 0.230 0.125 0.047 0.006 73 F 0.049 0.048 0.087 0.207 0.332 0.247 0.029 74 K 0.212 0.297 0.260 0.157 0.054 0.018 0.002 75 G 0.300 0.296 0.185 0.132 0.061 0.023 0.002 76 G 0.247 0.265 0.207 0.170 0.079 0.030 0.003 77 I 0.103 0.089 0.127 0.214 0.267 0.180 0.019 78 D 0.247 0.355 0.216 0.114 0.050 0.017 0.001 79 W 0.141 0.133 0.209 0.262 0.179 0.071 0.006 80 E 0.522 0.323 0.093 0.040 0.017 0.004 0.001 81 N 0.504 0.282 0.127 0.061 0.020 0.006 0.001 82 K 0.425 0.257 0.148 0.107 0.050 0.012 0.001 83 R 0.340 0.356 0.179 0.083 0.030 0.010 0.001 84 V 0.159 0.125 0.209 0.274 0.172 0.057 0.004 85 K 0.417 0.330 0.155 0.064 0.026 0.008 0.001 86 L 0.305 0.167 0.184 0.209 0.097 0.035 0.003 87 K 0.689 0.211 0.062 0.025 0.010 0.003 0.001