# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.224 0.100 0.119 0.121 0.129 0.114 0.084 0.048 0.029 0.014 0.008 0.006 0.003 0.001 2 K 0.223 0.175 0.140 0.145 0.118 0.075 0.060 0.031 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 3 C 0.134 0.062 0.082 0.111 0.148 0.141 0.107 0.094 0.060 0.029 0.017 0.010 0.004 0.002 4 P 0.201 0.125 0.125 0.144 0.140 0.100 0.071 0.043 0.025 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 5 I 0.106 0.051 0.080 0.115 0.146 0.146 0.104 0.103 0.069 0.039 0.022 0.012 0.005 0.002 6 C 0.109 0.079 0.095 0.140 0.161 0.150 0.108 0.074 0.042 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 7 G 0.255 0.185 0.150 0.127 0.095 0.071 0.054 0.027 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 8 S 0.329 0.208 0.144 0.117 0.078 0.056 0.033 0.015 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 9 P 0.192 0.172 0.154 0.149 0.152 0.078 0.057 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 10 L 0.246 0.088 0.099 0.124 0.164 0.116 0.079 0.049 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 11 K 0.310 0.225 0.169 0.138 0.090 0.032 0.022 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 W 0.043 0.030 0.059 0.131 0.193 0.189 0.129 0.113 0.070 0.034 0.006 0.002 0.001 0.001 13 E 0.174 0.222 0.218 0.239 0.076 0.053 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.556 0.331 0.088 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.025 0.041 0.085 0.168 0.277 0.214 0.088 0.071 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.045 0.037 0.050 0.100 0.225 0.184 0.176 0.118 0.048 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 17 E 0.584 0.220 0.098 0.058 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.387 0.214 0.179 0.118 0.053 0.026 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.078 0.048 0.084 0.151 0.231 0.186 0.120 0.064 0.026 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 20 L 0.133 0.077 0.105 0.156 0.222 0.140 0.076 0.051 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 21 I 0.294 0.141 0.128 0.151 0.117 0.080 0.051 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 22 I 0.152 0.090 0.129 0.205 0.192 0.113 0.063 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.605 0.178 0.104 0.054 0.026 0.016 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.305 0.198 0.162 0.137 0.100 0.052 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.115 0.063 0.079 0.145 0.204 0.173 0.114 0.061 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.412 0.251 0.147 0.104 0.046 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.548 0.236 0.115 0.051 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.031 0.028 0.074 0.169 0.251 0.211 0.121 0.074 0.027 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 29 V 0.067 0.064 0.102 0.167 0.223 0.172 0.117 0.051 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 30 K 0.729 0.167 0.060 0.024 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.395 0.232 0.170 0.109 0.056 0.018 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.075 0.072 0.140 0.220 0.239 0.150 0.063 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.630 0.227 0.080 0.034 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.556 0.325 0.077 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.044 0.040 0.085 0.184 0.271 0.190 0.102 0.055 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.034 0.050 0.103 0.219 0.276 0.165 0.097 0.034 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.800 0.130 0.045 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.191 0.272 0.250 0.153 0.075 0.031 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 V 0.026 0.020 0.047 0.116 0.266 0.228 0.131 0.105 0.045 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 40 E 0.244 0.259 0.196 0.146 0.084 0.046 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.513 0.284 0.104 0.047 0.022 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.041 0.029 0.056 0.125 0.222 0.181 0.131 0.103 0.063 0.023 0.012 0.010 0.003 0.001 43 V 0.060 0.051 0.084 0.153 0.220 0.167 0.108 0.078 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 44 F 0.176 0.088 0.078 0.089 0.103 0.110 0.098 0.094 0.065 0.045 0.029 0.014 0.008 0.003 45 K 0.188 0.137 0.138 0.162 0.128 0.085 0.069 0.044 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 46 C 0.084 0.043 0.058 0.097 0.138 0.144 0.131 0.108 0.085 0.049 0.033 0.020 0.007 0.003 47 P 0.188 0.118 0.119 0.133 0.146 0.110 0.081 0.048 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 48 V 0.162 0.093 0.114 0.137 0.136 0.124 0.083 0.067 0.038 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 49 C 0.120 0.089 0.101 0.133 0.169 0.136 0.101 0.070 0.041 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 50 G 0.290 0.160 0.136 0.133 0.106 0.070 0.048 0.026 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 51 E 0.346 0.147 0.118 0.125 0.104 0.068 0.037 0.023 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 52 E 0.336 0.153 0.123 0.116 0.097 0.071 0.046 0.026 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 53 F 0.140 0.062 0.091 0.124 0.158 0.146 0.105 0.078 0.046 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 54 Y 0.150 0.093 0.114 0.169 0.160 0.126 0.074 0.052 0.031 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 55 G 0.302 0.123 0.114 0.117 0.106 0.086 0.070 0.034 0.023 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 56 K 0.243 0.151 0.143 0.137 0.116 0.088 0.056 0.032 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 57 T 0.301 0.162 0.132 0.118 0.114 0.070 0.043 0.028 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 58 L 0.151 0.089 0.120 0.174 0.182 0.131 0.068 0.044 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 59 P 0.306 0.154 0.133 0.131 0.111 0.072 0.054 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 60 R 0.369 0.170 0.138 0.124 0.088 0.052 0.033 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.642 0.173 0.079 0.049 0.029 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.301 0.162 0.155 0.168 0.104 0.060 0.026 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.219 0.116 0.137 0.188 0.152 0.099 0.049 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 64 E 0.435 0.189 0.128 0.107 0.060 0.040 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.224 0.153 0.165 0.145 0.118 0.087 0.057 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 66 V 0.063 0.032 0.050 0.090 0.152 0.184 0.156 0.136 0.075 0.035 0.017 0.008 0.003 0.001 67 F 0.101 0.074 0.076 0.100 0.160 0.144 0.132 0.087 0.056 0.036 0.020 0.009 0.004 0.002 68 E 0.322 0.167 0.150 0.114 0.075 0.060 0.048 0.030 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 69 L 0.063 0.031 0.046 0.087 0.150 0.156 0.139 0.129 0.087 0.046 0.031 0.025 0.007 0.003 70 L 0.056 0.037 0.052 0.095 0.143 0.177 0.151 0.145 0.076 0.037 0.019 0.007 0.003 0.002 71 N 0.144 0.118 0.118 0.146 0.148 0.113 0.086 0.056 0.032 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 72 D 0.152 0.129 0.156 0.156 0.140 0.106 0.066 0.044 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 73 F 0.086 0.037 0.059 0.086 0.138 0.156 0.167 0.111 0.071 0.042 0.025 0.014 0.006 0.002 74 K 0.163 0.130 0.135 0.157 0.148 0.103 0.066 0.043 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 75 G 0.187 0.079 0.082 0.098 0.127 0.125 0.109 0.085 0.046 0.030 0.017 0.010 0.004 0.002 76 G 0.132 0.128 0.127 0.163 0.155 0.106 0.081 0.054 0.028 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 77 I 0.152 0.067 0.077 0.111 0.154 0.134 0.101 0.092 0.056 0.025 0.017 0.010 0.004 0.001 78 D 0.256 0.140 0.136 0.157 0.127 0.083 0.063 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 79 W 0.103 0.061 0.114 0.170 0.181 0.146 0.101 0.063 0.034 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 80 E 0.555 0.183 0.099 0.085 0.037 0.021 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 N 0.517 0.225 0.127 0.068 0.027 0.017 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.217 0.138 0.154 0.155 0.125 0.095 0.067 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 83 R 0.125 0.143 0.166 0.152 0.184 0.099 0.066 0.037 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 84 V 0.100 0.047 0.062 0.090 0.150 0.149 0.123 0.114 0.076 0.041 0.026 0.013 0.006 0.001 85 K 0.175 0.120 0.134 0.161 0.160 0.092 0.070 0.044 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 86 L 0.069 0.031 0.044 0.074 0.130 0.131 0.124 0.123 0.108 0.079 0.047 0.026 0.010 0.004 87 K 0.300 0.169 0.130 0.141 0.095 0.066 0.048 0.023 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001