# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.003 0.003 0.045 0.040 0.041 0.005 0.058 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.041 0.030 0.127 0.025 0.220 0.343 0.001 2 K 0.002 0.003 0.028 0.020 0.103 0.005 0.109 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.038 0.033 0.081 0.219 0.114 0.223 0.002 3 C 0.002 0.002 0.057 0.026 0.030 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.041 0.050 0.041 0.022 0.301 0.401 0.002 4 P 0.002 0.003 0.049 0.027 0.088 0.008 0.025 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.091 0.038 0.319 0.060 0.090 0.166 0.001 5 I 0.004 0.006 0.030 0.046 0.046 0.034 0.232 0.026 0.003 0.002 0.004 0.006 0.009 0.024 0.058 0.124 0.095 0.051 0.104 0.092 0.002 6 C 0.004 0.004 0.041 0.050 0.059 0.005 0.071 0.015 0.002 0.001 0.005 0.005 0.010 0.019 0.102 0.069 0.134 0.045 0.173 0.184 0.002 7 G 0.002 0.003 0.021 0.018 0.061 0.003 0.092 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.074 0.108 0.113 0.165 0.123 0.184 0.001 8 S 0.002 0.002 0.046 0.032 0.031 0.006 0.037 0.017 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.052 0.050 0.146 0.042 0.168 0.356 0.001 9 P 0.001 0.002 0.009 0.007 0.076 0.007 0.079 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.051 0.313 0.152 0.075 0.115 0.001 10 L 0.001 0.002 0.043 0.028 0.010 0.008 0.125 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.015 0.201 0.049 0.078 0.259 0.001 11 K 0.001 0.001 0.005 0.007 0.074 0.003 0.040 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.030 0.057 0.187 0.435 0.001 12 W 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.001 0.006 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.790 0.032 0.010 0.007 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 0.001 0.002 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.959 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.910 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.041 0.836 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.065 0.009 0.012 0.011 0.001 20 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.013 0.066 0.699 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.003 0.125 0.025 0.015 0.014 0.001 21 I 0.002 0.003 0.004 0.009 0.015 0.028 0.127 0.553 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.012 0.125 0.027 0.020 0.019 0.001 22 I 0.002 0.002 0.006 0.018 0.009 0.013 0.074 0.468 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.008 0.188 0.029 0.046 0.036 0.001 23 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.009 0.049 0.384 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.405 0.018 0.020 0.060 0.001 24 N 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.007 0.149 0.341 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.086 0.087 0.059 0.191 0.001 25 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.015 0.256 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.587 0.055 0.028 0.028 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 0.843 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.004 0.005 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.052 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.004 0.004 0.005 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.032 0.775 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.130 0.014 0.011 0.009 0.001 29 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.028 0.821 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.090 0.009 0.011 0.017 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.053 0.780 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.121 0.008 0.004 0.016 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.047 0.774 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.069 0.013 0.031 0.043 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.572 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.382 0.010 0.012 0.005 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.002 0.002 0.001 36 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.867 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.098 0.003 0.003 0.002 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.082 0.818 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 0.002 0.001 0.004 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.161 0.668 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.093 0.027 0.008 0.006 0.001 39 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.003 0.053 0.530 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.133 0.063 0.123 0.042 0.001 40 E 0.001 0.001 0.010 0.006 0.007 0.018 0.087 0.502 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 0.247 0.022 0.024 0.029 0.001 41 E 0.004 0.005 0.010 0.018 0.034 0.049 0.248 0.236 0.042 0.014 0.001 0.002 0.003 0.017 0.020 0.030 0.127 0.046 0.050 0.044 0.001 42 F 0.006 0.012 0.029 0.062 0.035 0.015 0.159 0.133 0.012 0.010 0.002 0.004 0.008 0.032 0.067 0.022 0.130 0.069 0.091 0.100 0.003 43 V 0.017 0.015 0.038 0.050 0.095 0.013 0.083 0.093 0.017 0.004 0.010 0.009 0.014 0.044 0.052 0.054 0.133 0.088 0.091 0.073 0.006 44 F 0.014 0.011 0.071 0.064 0.069 0.019 0.061 0.042 0.011 0.002 0.007 0.008 0.018 0.049 0.120 0.067 0.086 0.034 0.119 0.124 0.005 45 K 0.009 0.009 0.026 0.036 0.163 0.005 0.070 0.014 0.007 0.002 0.004 0.004 0.011 0.021 0.073 0.070 0.114 0.105 0.103 0.149 0.003 46 C 0.003 0.003 0.037 0.038 0.034 0.001 0.014 0.009 0.003 0.001 0.004 0.004 0.004 0.006 0.046 0.031 0.047 0.036 0.386 0.290 0.003 47 P 0.001 0.002 0.021 0.017 0.064 0.007 0.018 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.037 0.422 0.066 0.066 0.199 0.001 48 V 0.002 0.004 0.021 0.024 0.049 0.029 0.235 0.065 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 0.036 0.166 0.071 0.086 0.162 0.001 49 C 0.002 0.003 0.034 0.027 0.039 0.003 0.059 0.053 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.033 0.018 0.304 0.052 0.141 0.223 0.001 50 G 0.002 0.005 0.018 0.015 0.098 0.008 0.143 0.160 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.029 0.217 0.111 0.052 0.108 0.001 51 E 0.006 0.009 0.071 0.044 0.039 0.012 0.092 0.266 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.039 0.019 0.257 0.028 0.053 0.048 0.001 52 E 0.012 0.017 0.023 0.032 0.140 0.017 0.132 0.282 0.008 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.033 0.020 0.167 0.033 0.033 0.033 0.001 53 F 0.017 0.022 0.063 0.054 0.056 0.011 0.184 0.176 0.010 0.005 0.004 0.005 0.010 0.011 0.057 0.027 0.146 0.036 0.049 0.055 0.002 54 Y 0.014 0.019 0.036 0.079 0.108 0.006 0.116 0.080 0.010 0.003 0.004 0.004 0.010 0.010 0.043 0.032 0.176 0.070 0.067 0.110 0.002 55 G 0.008 0.014 0.029 0.031 0.123 0.010 0.206 0.041 0.014 0.007 0.003 0.003 0.005 0.005 0.047 0.043 0.107 0.115 0.086 0.099 0.002 56 K 0.010 0.009 0.116 0.090 0.039 0.025 0.074 0.027 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.052 0.015 0.237 0.035 0.083 0.170 0.001 57 T 0.005 0.006 0.009 0.012 0.232 0.005 0.177 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 0.040 0.080 0.144 0.181 0.075 0.001 58 L 0.001 0.001 0.079 0.052 0.004 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.006 0.032 0.027 0.133 0.585 0.001 59 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.054 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.014 0.018 0.167 0.714 0.001 60 R 0.001 0.001 0.040 0.012 0.006 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.649 0.078 0.066 0.096 0.001 61 R 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.024 0.185 0.475 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.153 0.012 0.032 0.081 0.001 62 E 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.006 0.106 0.580 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.149 0.021 0.057 0.048 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.039 0.772 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.124 0.023 0.008 0.010 0.001 64 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.024 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.001 0.004 0.002 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.003 0.002 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 69 L 0.003 0.004 0.003 0.007 0.008 0.005 0.058 0.775 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.086 0.007 0.003 0.004 0.001 70 L 0.011 0.007 0.013 0.018 0.017 0.010 0.133 0.533 0.040 0.006 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 0.006 0.108 0.026 0.023 0.019 0.001 71 N 0.007 0.006 0.013 0.022 0.024 0.020 0.209 0.235 0.060 0.009 0.001 0.002 0.004 0.018 0.014 0.010 0.204 0.058 0.046 0.035 0.002 72 D 0.005 0.006 0.016 0.014 0.035 0.013 0.197 0.123 0.061 0.018 0.002 0.002 0.004 0.016 0.021 0.019 0.212 0.095 0.085 0.055 0.002 73 F 0.003 0.004 0.025 0.018 0.027 0.009 0.106 0.059 0.025 0.015 0.002 0.002 0.002 0.011 0.043 0.027 0.248 0.101 0.110 0.163 0.001 74 K 0.002 0.004 0.018 0.022 0.060 0.011 0.159 0.031 0.010 0.006 0.001 0.002 0.003 0.009 0.033 0.040 0.228 0.079 0.079 0.202 0.001 75 G 0.005 0.008 0.036 0.026 0.115 0.016 0.170 0.024 0.005 0.002 0.004 0.003 0.007 0.016 0.049 0.055 0.074 0.124 0.070 0.187 0.003 76 G 0.015 0.013 0.156 0.070 0.102 0.004 0.041 0.020 0.002 0.001 0.008 0.006 0.011 0.017 0.061 0.039 0.086 0.073 0.139 0.128 0.009 77 I 0.017 0.020 0.042 0.045 0.326 0.002 0.020 0.013 0.002 0.001 0.006 0.006 0.017 0.014 0.051 0.072 0.076 0.064 0.107 0.093 0.006 78 D 0.014 0.014 0.128 0.108 0.118 0.002 0.014 0.026 0.002 0.001 0.006 0.006 0.008 0.009 0.070 0.020 0.031 0.022 0.206 0.190 0.005 79 W 0.007 0.004 0.025 0.019 0.180 0.002 0.010 0.019 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.025 0.017 0.609 0.026 0.018 0.023 0.001 80 E 0.006 0.010 0.028 0.049 0.052 0.014 0.586 0.039 0.003 0.004 0.001 0.002 0.004 0.004 0.030 0.011 0.084 0.012 0.018 0.044 0.001 81 N 0.015 0.028 0.027 0.044 0.251 0.003 0.297 0.016 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.014 0.021 0.039 0.117 0.051 0.057 0.002 82 K 0.041 0.044 0.289 0.165 0.132 0.004 0.030 0.013 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.004 0.050 0.014 0.045 0.035 0.031 0.077 0.004 83 R 0.065 0.064 0.048 0.066 0.497 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.010 0.009 0.018 0.006 0.025 0.026 0.025 0.020 0.051 0.024 0.013 84 V 0.067 0.102 0.134 0.145 0.196 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.011 0.011 0.034 0.012 0.149 0.020 0.008 0.009 0.034 0.046 0.009 85 K 0.066 0.084 0.103 0.227 0.206 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.026 0.015 0.029 0.012 0.051 0.017 0.009 0.010 0.054 0.051 0.029 86 L 0.071 0.055 0.035 0.061 0.492 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.013 0.010 0.025 0.010 0.070 0.048 0.038 0.008 0.025 0.017 0.010 87 K 0.085 0.072 0.142 0.165 0.134 0.002 0.029 0.014 0.001 0.001 0.012 0.011 0.034 0.019 0.168 0.017 0.020 0.008 0.025 0.032 0.010