# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.005 0.028 0.576 0.005 0.011 0.013 0.002 0.002 0.027 0.175 0.048 0.087 0.021 2 K 0.003 0.036 0.636 0.005 0.005 0.005 0.002 0.001 0.026 0.160 0.047 0.015 0.058 3 C 0.002 0.022 0.739 0.005 0.007 0.005 0.001 0.001 0.015 0.146 0.022 0.015 0.021 4 P 0.003 0.023 0.633 0.008 0.032 0.017 0.001 0.003 0.023 0.132 0.080 0.018 0.026 5 I 0.010 0.036 0.319 0.008 0.145 0.039 0.007 0.007 0.056 0.122 0.169 0.023 0.058 6 C 0.002 0.022 0.333 0.008 0.060 0.020 0.003 0.006 0.035 0.208 0.262 0.021 0.020 7 G 0.001 0.011 0.384 0.003 0.011 0.004 0.001 0.003 0.008 0.394 0.157 0.010 0.012 8 S 0.001 0.023 0.551 0.002 0.012 0.009 0.001 0.001 0.013 0.299 0.058 0.021 0.009 9 P 0.002 0.077 0.394 0.002 0.048 0.085 0.001 0.001 0.016 0.134 0.194 0.003 0.043 10 L 0.001 0.073 0.476 0.003 0.024 0.173 0.001 0.001 0.016 0.150 0.044 0.030 0.008 11 K 0.001 0.023 0.611 0.002 0.014 0.181 0.001 0.001 0.005 0.098 0.016 0.005 0.044 12 W 0.001 0.001 0.010 0.001 0.027 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 21 I 0.002 0.001 0.024 0.001 0.016 0.820 0.001 0.001 0.001 0.014 0.114 0.002 0.005 22 I 0.001 0.002 0.042 0.001 0.019 0.823 0.001 0.001 0.002 0.029 0.073 0.003 0.005 23 E 0.002 0.005 0.144 0.002 0.020 0.538 0.001 0.001 0.006 0.104 0.157 0.010 0.011 24 N 0.001 0.009 0.250 0.002 0.025 0.478 0.001 0.001 0.004 0.105 0.105 0.005 0.016 25 F 0.001 0.001 0.045 0.001 0.015 0.912 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.062 0.907 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.080 0.873 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.003 28 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.060 0.885 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.004 29 V 0.001 0.003 0.019 0.001 0.032 0.881 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.004 0.002 30 K 0.001 0.006 0.035 0.001 0.024 0.811 0.001 0.001 0.001 0.021 0.090 0.002 0.008 31 D 0.001 0.002 0.069 0.001 0.014 0.801 0.001 0.001 0.001 0.054 0.052 0.001 0.004 32 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 36 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 0.868 0.001 0.001 0.001 0.003 0.087 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.010 0.001 0.036 0.854 0.001 0.001 0.001 0.010 0.083 0.001 0.003 39 V 0.002 0.001 0.068 0.001 0.022 0.843 0.001 0.001 0.001 0.023 0.028 0.003 0.007 40 E 0.004 0.002 0.062 0.020 0.102 0.604 0.001 0.001 0.003 0.034 0.149 0.013 0.007 41 E 0.010 0.002 0.031 0.011 0.100 0.464 0.001 0.002 0.007 0.037 0.309 0.006 0.020 42 F 0.041 0.004 0.079 0.008 0.037 0.471 0.008 0.011 0.042 0.091 0.128 0.033 0.046 43 V 0.129 0.009 0.143 0.019 0.026 0.261 0.026 0.018 0.058 0.046 0.085 0.072 0.107 44 F 0.138 0.022 0.171 0.010 0.013 0.088 0.026 0.020 0.101 0.043 0.047 0.219 0.101 45 K 0.083 0.031 0.306 0.022 0.008 0.048 0.021 0.020 0.076 0.129 0.055 0.058 0.144 46 C 0.010 0.010 0.658 0.004 0.003 0.013 0.002 0.002 0.027 0.136 0.027 0.044 0.064 47 P 0.006 0.012 0.457 0.007 0.016 0.019 0.001 0.001 0.014 0.150 0.239 0.019 0.058 48 V 0.008 0.020 0.316 0.006 0.054 0.038 0.001 0.001 0.010 0.182 0.302 0.034 0.028 49 C 0.004 0.014 0.304 0.008 0.047 0.048 0.001 0.001 0.008 0.304 0.211 0.018 0.032 50 G 0.007 0.014 0.322 0.006 0.044 0.047 0.001 0.001 0.004 0.238 0.255 0.022 0.039 51 E 0.031 0.036 0.294 0.013 0.125 0.167 0.003 0.002 0.007 0.083 0.100 0.071 0.067 52 E 0.079 0.047 0.130 0.014 0.150 0.165 0.010 0.004 0.014 0.045 0.072 0.069 0.202 53 F 0.102 0.029 0.183 0.052 0.098 0.108 0.010 0.003 0.015 0.056 0.081 0.143 0.120 54 Y 0.038 0.017 0.187 0.038 0.062 0.098 0.006 0.001 0.008 0.083 0.291 0.037 0.136 55 G 0.020 0.009 0.244 0.019 0.054 0.045 0.002 0.001 0.003 0.185 0.279 0.072 0.066 56 K 0.028 0.013 0.263 0.006 0.064 0.067 0.003 0.001 0.009 0.154 0.145 0.166 0.083 57 T 0.017 0.047 0.330 0.004 0.054 0.066 0.003 0.001 0.010 0.111 0.165 0.020 0.172 58 L 0.003 0.029 0.545 0.004 0.009 0.032 0.001 0.001 0.010 0.234 0.036 0.087 0.011 59 P 0.001 0.018 0.742 0.002 0.009 0.048 0.001 0.001 0.004 0.096 0.029 0.004 0.046 60 R 0.001 0.010 0.134 0.002 0.081 0.654 0.001 0.001 0.001 0.050 0.055 0.006 0.005 61 R 0.001 0.003 0.035 0.001 0.102 0.778 0.001 0.001 0.001 0.013 0.062 0.002 0.004 62 E 0.001 0.002 0.028 0.001 0.071 0.846 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.001 0.004 63 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.018 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 65 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.003 66 V 0.003 0.001 0.006 0.001 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.007 67 F 0.005 0.001 0.006 0.004 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.004 0.004 68 E 0.013 0.001 0.004 0.003 0.022 0.912 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.006 0.008 69 L 0.014 0.001 0.006 0.002 0.019 0.899 0.001 0.002 0.003 0.006 0.030 0.004 0.013 70 L 0.015 0.002 0.027 0.007 0.024 0.797 0.002 0.002 0.004 0.020 0.081 0.010 0.010 71 N 0.011 0.006 0.093 0.007 0.040 0.459 0.001 0.001 0.006 0.070 0.260 0.021 0.022 72 D 0.006 0.009 0.165 0.007 0.059 0.275 0.001 0.002 0.007 0.131 0.298 0.013 0.027 73 F 0.003 0.009 0.199 0.006 0.033 0.123 0.001 0.002 0.011 0.271 0.311 0.017 0.016 74 K 0.003 0.011 0.264 0.007 0.041 0.061 0.001 0.001 0.011 0.215 0.349 0.012 0.024 75 G 0.005 0.013 0.281 0.007 0.033 0.040 0.001 0.002 0.012 0.303 0.250 0.031 0.022 76 G 0.015 0.048 0.416 0.006 0.027 0.050 0.004 0.003 0.030 0.198 0.091 0.042 0.071 77 I 0.030 0.088 0.404 0.005 0.021 0.046 0.008 0.005 0.033 0.114 0.043 0.069 0.135 78 D 0.013 0.031 0.589 0.009 0.015 0.023 0.003 0.002 0.014 0.090 0.026 0.066 0.119 79 W 0.012 0.013 0.205 0.024 0.145 0.119 0.002 0.001 0.005 0.096 0.290 0.020 0.067 80 E 0.007 0.006 0.073 0.021 0.150 0.054 0.001 0.001 0.002 0.090 0.536 0.044 0.017 81 N 0.016 0.006 0.145 0.019 0.121 0.025 0.002 0.001 0.002 0.126 0.405 0.014 0.118 82 K 0.043 0.011 0.234 0.037 0.028 0.021 0.003 0.001 0.007 0.221 0.108 0.249 0.037 83 R 0.118 0.016 0.222 0.013 0.012 0.015 0.011 0.002 0.013 0.033 0.037 0.057 0.451 84 V 0.176 0.010 0.118 0.017 0.005 0.006 0.017 0.002 0.030 0.012 0.005 0.414 0.188 85 K 0.190 0.013 0.106 0.020 0.002 0.006 0.034 0.003 0.056 0.011 0.005 0.262 0.290 86 L 0.130 0.025 0.202 0.013 0.004 0.006 0.019 0.004 0.048 0.014 0.006 0.151 0.380 87 K 0.029 0.008 0.440 0.041 0.003 0.005 0.005 0.001 0.048 0.042 0.008 0.256 0.114