# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.097 0.062 0.143 0.389 0.014 0.071 0.023 0.014 0.009 0.005 0.037 0.039 0.066 0.005 0.008 0.019 2 K 0.014 0.147 0.316 0.432 0.003 0.009 0.005 0.006 0.010 0.002 0.004 0.010 0.016 0.001 0.005 0.021 3 C 0.040 0.009 0.124 0.528 0.022 0.182 0.015 0.003 0.008 0.011 0.007 0.009 0.032 0.001 0.002 0.009 4 P 0.035 0.092 0.172 0.328 0.064 0.104 0.011 0.012 0.002 0.003 0.121 0.012 0.034 0.003 0.001 0.006 5 I 0.008 0.046 0.016 0.257 0.366 0.054 0.052 0.015 0.008 0.006 0.027 0.057 0.009 0.073 0.002 0.004 6 C 0.007 0.060 0.054 0.174 0.016 0.065 0.010 0.321 0.015 0.007 0.025 0.021 0.032 0.002 0.184 0.007 7 G 0.019 0.094 0.054 0.138 0.005 0.026 0.013 0.008 0.259 0.128 0.032 0.020 0.029 0.003 0.004 0.168 8 S 0.635 0.022 0.044 0.081 0.002 0.058 0.007 0.007 0.005 0.005 0.034 0.072 0.018 0.001 0.004 0.005 9 P 0.024 0.146 0.456 0.123 0.004 0.066 0.005 0.004 0.009 0.003 0.053 0.027 0.037 0.002 0.004 0.038 10 L 0.025 0.119 0.140 0.606 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.046 0.024 0.001 0.002 0.005 11 K 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.030 0.001 0.001 0.001 12 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.951 0.030 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 19 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.003 0.011 20 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.002 0.003 0.007 21 I 0.002 0.004 0.016 0.004 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.884 0.015 0.006 0.050 22 I 0.004 0.006 0.021 0.004 0.003 0.030 0.056 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.779 0.035 0.019 0.018 23 E 0.008 0.087 0.072 0.016 0.001 0.007 0.005 0.033 0.001 0.001 0.098 0.037 0.490 0.008 0.096 0.040 24 N 0.008 0.009 0.007 0.007 0.001 0.143 0.003 0.001 0.005 0.007 0.016 0.159 0.600 0.003 0.005 0.028 25 F 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.019 0.694 0.001 0.001 0.002 26 E 0.001 0.011 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.453 0.492 0.001 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.964 0.002 0.002 0.004 28 I 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.938 0.006 0.003 0.011 29 V 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.941 0.004 0.005 0.006 30 K 0.002 0.004 0.013 0.009 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.007 0.011 0.875 0.019 0.010 0.033 31 D 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.917 0.002 0.009 0.009 32 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.015 0.846 0.001 0.001 0.004 33 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.245 0.716 0.002 0.002 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.972 0.001 0.002 0.004 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.983 0.001 0.001 0.003 36 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.979 0.001 0.003 0.003 38 Q 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.926 0.008 0.001 0.047 39 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.952 0.003 0.004 0.002 40 E 0.001 0.065 0.010 0.004 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.863 0.003 0.005 0.008 41 E 0.008 0.007 0.011 0.071 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 0.798 0.010 0.019 0.048 42 F 0.011 0.005 0.457 0.021 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.401 0.007 0.008 0.063 43 V 0.017 0.035 0.264 0.278 0.007 0.019 0.030 0.003 0.001 0.001 0.009 0.007 0.279 0.021 0.006 0.024 44 F 0.009 0.039 0.090 0.451 0.023 0.122 0.029 0.008 0.002 0.001 0.008 0.007 0.170 0.010 0.010 0.020 45 K 0.006 0.173 0.095 0.596 0.005 0.010 0.007 0.010 0.007 0.003 0.008 0.003 0.029 0.004 0.006 0.039 46 C 0.030 0.016 0.070 0.284 0.022 0.452 0.015 0.005 0.010 0.012 0.007 0.020 0.041 0.001 0.003 0.010 47 P 0.022 0.150 0.096 0.098 0.033 0.103 0.009 0.012 0.002 0.004 0.396 0.013 0.049 0.003 0.001 0.008 48 V 0.015 0.066 0.022 0.104 0.182 0.082 0.044 0.019 0.008 0.007 0.065 0.277 0.020 0.081 0.004 0.004 49 C 0.004 0.046 0.048 0.064 0.004 0.098 0.005 0.294 0.006 0.007 0.078 0.050 0.098 0.001 0.190 0.006 50 G 0.009 0.044 0.017 0.039 0.002 0.048 0.003 0.009 0.199 0.068 0.154 0.103 0.170 0.002 0.004 0.131 51 E 0.228 0.015 0.023 0.031 0.002 0.027 0.007 0.002 0.004 0.001 0.120 0.239 0.294 0.002 0.003 0.005 52 E 0.006 0.038 0.159 0.042 0.003 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.026 0.124 0.531 0.003 0.007 0.012 53 F 0.005 0.018 0.038 0.065 0.086 0.050 0.163 0.003 0.003 0.001 0.015 0.029 0.307 0.177 0.005 0.034 54 Y 0.005 0.058 0.113 0.090 0.003 0.020 0.011 0.107 0.002 0.001 0.012 0.018 0.264 0.005 0.276 0.012 55 G 0.008 0.007 0.040 0.049 0.007 0.086 0.023 0.007 0.048 0.089 0.048 0.018 0.374 0.019 0.007 0.170 56 K 0.293 0.048 0.037 0.056 0.002 0.013 0.012 0.013 0.004 0.001 0.160 0.066 0.256 0.008 0.015 0.017 57 T 0.020 0.106 0.227 0.139 0.003 0.029 0.020 0.004 0.017 0.003 0.010 0.114 0.162 0.015 0.015 0.117 58 L 0.025 0.035 0.457 0.214 0.004 0.034 0.028 0.002 0.001 0.001 0.007 0.014 0.144 0.002 0.010 0.023 59 P 0.009 0.017 0.061 0.048 0.006 0.642 0.006 0.006 0.001 0.005 0.033 0.018 0.137 0.001 0.002 0.007 60 R 0.006 0.034 0.006 0.023 0.001 0.057 0.001 0.006 0.002 0.002 0.730 0.040 0.088 0.001 0.001 0.002 61 R 0.003 0.027 0.005 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.744 0.146 0.001 0.002 0.002 62 E 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.067 0.833 0.001 0.002 0.005 63 A 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.055 0.881 0.001 0.001 0.002 64 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.105 0.875 0.001 0.001 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.006 0.001 0.003 70 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.002 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.836 0.080 0.030 0.008 71 N 0.001 0.004 0.008 0.005 0.001 0.005 0.012 0.006 0.001 0.001 0.005 0.004 0.811 0.022 0.076 0.038 72 D 0.020 0.015 0.018 0.012 0.002 0.005 0.015 0.002 0.011 0.004 0.011 0.009 0.467 0.032 0.026 0.350 73 F 0.046 0.005 0.050 0.004 0.038 0.011 0.271 0.002 0.001 0.001 0.018 0.014 0.217 0.277 0.018 0.027 74 K 0.012 0.076 0.138 0.015 0.007 0.009 0.071 0.085 0.002 0.001 0.011 0.015 0.076 0.071 0.385 0.026 75 G 0.024 0.030 0.059 0.096 0.001 0.015 0.012 0.027 0.187 0.062 0.016 0.022 0.066 0.004 0.069 0.309 76 G 0.471 0.040 0.180 0.092 0.001 0.007 0.010 0.001 0.022 0.004 0.008 0.008 0.026 0.001 0.002 0.127 77 I 0.086 0.027 0.438 0.417 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 78 D 0.001 0.002 0.009 0.022 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 79 W 0.001 0.012 0.001 0.005 0.008 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.938 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 80 E 0.002 0.106 0.003 0.011 0.002 0.007 0.002 0.011 0.006 0.001 0.019 0.810 0.005 0.004 0.011 0.001 81 N 0.011 0.030 0.182 0.032 0.001 0.012 0.027 0.009 0.032 0.007 0.012 0.024 0.139 0.007 0.225 0.249 82 K 0.142 0.036 0.375 0.049 0.001 0.014 0.014 0.003 0.019 0.004 0.013 0.009 0.050 0.003 0.010 0.257 83 R 0.210 0.082 0.467 0.169 0.001 0.008 0.006 0.001 0.005 0.001 0.003 0.006 0.017 0.001 0.002 0.022 84 V 0.021 0.012 0.396 0.534 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 85 K 0.002 0.012 0.143 0.812 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 86 L 0.002 0.008 0.012 0.462 0.253 0.238 0.006 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 87 K 0.002 0.186 0.014 0.270 0.151 0.110 0.008 0.150 0.004 0.003 0.077 0.011 0.005 0.004 0.004 0.001