# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.033 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.119 0.035 0.153 0.612 2 K 0.038 0.026 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.076 0.049 0.121 0.669 3 C 0.073 0.021 0.009 0.001 0.008 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.098 0.125 0.130 0.509 4 P 0.095 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.041 0.136 0.627 5 I 0.108 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.065 0.129 0.636 6 C 0.021 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.019 0.123 0.728 7 G 0.061 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.039 0.117 0.695 8 S 0.073 0.214 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.069 0.110 0.403 9 P 0.026 0.368 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.035 0.060 0.469 10 L 0.027 0.659 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.036 0.038 0.200 11 K 0.020 0.860 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.011 0.059 12 W 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 13 E 0.018 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.013 14 E 0.006 0.917 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.004 0.039 15 L 0.013 0.914 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.020 16 I 0.027 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.019 17 E 0.030 0.723 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.088 0.016 0.138 18 E 0.031 0.847 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.007 0.080 19 M 0.090 0.765 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.019 0.075 20 L 0.063 0.375 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.179 0.062 0.279 21 I 0.058 0.421 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.079 0.037 0.349 22 I 0.130 0.629 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.044 0.026 0.136 23 E 0.030 0.579 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.036 0.045 0.260 24 N 0.024 0.852 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.010 0.088 25 F 0.051 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 0.040 26 E 0.038 0.784 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.018 0.109 27 E 0.075 0.579 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.122 0.026 0.163 28 I 0.142 0.490 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.146 0.029 0.158 29 V 0.060 0.539 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.067 0.052 0.231 30 K 0.009 0.352 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.026 0.062 0.521 31 D 0.029 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.018 32 R 0.029 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.012 33 E 0.008 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.047 34 R 0.038 0.799 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.064 0.013 0.078 35 F 0.047 0.785 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.091 0.012 0.044 36 L 0.146 0.648 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.031 0.111 37 A 0.035 0.387 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.039 0.479 38 Q 0.076 0.411 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.072 0.060 0.343 39 V 0.258 0.227 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.159 0.083 0.222 40 E 0.097 0.123 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.083 0.119 0.522 41 E 0.018 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.054 0.066 0.629 42 F 0.029 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.560 0.110 0.052 0.198 43 V 0.030 0.018 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.458 0.088 0.070 0.314 44 F 0.008 0.007 0.002 0.001 0.004 0.006 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.045 0.059 0.265 45 K 0.030 0.020 0.002 0.001 0.003 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.069 0.102 0.521 46 C 0.116 0.040 0.008 0.002 0.013 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.170 0.111 0.399 47 P 0.088 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.036 0.125 0.649 48 V 0.115 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.053 0.127 0.604 49 C 0.039 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.029 0.121 0.663 50 G 0.191 0.214 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.108 0.072 0.359 51 E 0.080 0.066 0.021 0.001 0.008 0.002 0.003 0.002 0.023 0.021 0.033 0.003 0.006 0.004 0.002 0.003 0.107 0.109 0.096 0.411 52 E 0.095 0.033 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.126 0.060 0.102 0.554 53 F 0.254 0.014 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.009 0.004 0.002 0.089 0.141 0.082 0.372 54 Y 0.093 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.165 0.077 0.120 0.515 55 G 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.025 0.131 0.716 56 K 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.023 0.142 0.582 57 T 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.012 0.142 0.768 58 L 0.026 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.120 0.047 0.168 0.585 59 P 0.218 0.341 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.093 0.044 0.286 60 R 0.180 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.026 0.180 61 R 0.042 0.591 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.048 0.036 0.263 62 E 0.035 0.819 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.015 0.086 63 A 0.022 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.009 0.040 64 E 0.019 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.011 0.055 65 K 0.014 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.004 0.030 66 V 0.019 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.004 0.019 67 F 0.045 0.691 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.149 0.018 0.065 68 E 0.073 0.484 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.138 0.038 0.170 69 L 0.183 0.323 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.092 0.058 0.239 70 L 0.169 0.200 0.029 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.142 0.095 0.297 71 N 0.048 0.077 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.090 0.145 0.582 72 D 0.087 0.049 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.100 0.139 0.561 73 F 0.263 0.058 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.100 0.137 0.381 74 K 0.150 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.063 0.161 0.525 75 G 0.043 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.039 0.136 0.588 76 G 0.026 0.027 0.003 0.001 0.018 0.038 0.043 0.005 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.057 0.141 0.487 77 I 0.012 0.014 0.006 0.002 0.028 0.021 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.044 0.127 0.552 78 D 0.361 0.057 0.014 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.240 0.049 0.210 79 W 0.405 0.015 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.092 0.064 0.383 80 E 0.096 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.033 0.077 0.756 81 N 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.018 0.101 0.801 82 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.482 0.039 0.065 0.320 83 R 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.034 0.107 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 0.211 0.036 0.053 0.509 84 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 0.004 0.025 0.073 0.010 0.005 0.483 0.019 0.033 0.316 85 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.032 0.034 0.016 0.445 0.029 0.038 0.365 86 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.022 0.010 0.222 0.026 0.063 0.620 87 K 0.023 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.361 0.045 0.066 0.469