# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.012 0.004 0.001 0.063 0.017 0.030 0.120 0.001 0.001 0.032 0.720 2 K 0.008 0.006 0.001 0.059 0.015 0.030 0.091 0.001 0.001 0.030 0.760 3 C 0.025 0.004 0.005 0.056 0.119 0.059 0.105 0.004 0.002 0.084 0.538 4 P 0.082 0.003 0.001 0.144 0.042 0.054 0.099 0.003 0.001 0.059 0.513 5 I 0.127 0.003 0.001 0.093 0.015 0.031 0.107 0.002 0.001 0.060 0.562 6 C 0.005 0.003 0.001 0.115 0.009 0.024 0.148 0.001 0.001 0.010 0.684 7 G 0.021 0.028 0.001 0.025 0.008 0.014 0.127 0.002 0.001 0.022 0.752 8 S 0.109 0.215 0.002 0.030 0.039 0.016 0.107 0.010 0.001 0.048 0.425 9 P 0.086 0.379 0.001 0.022 0.005 0.013 0.074 0.005 0.001 0.029 0.386 10 L 0.022 0.430 0.003 0.033 0.020 0.020 0.087 0.002 0.001 0.019 0.364 11 K 0.010 0.918 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.010 0.046 12 W 0.012 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 13 E 0.013 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.086 0.021 14 E 0.004 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.034 15 L 0.012 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.009 16 I 0.017 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.015 0.008 17 E 0.020 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.028 0.056 18 E 0.029 0.820 0.006 0.005 0.003 0.007 0.021 0.004 0.001 0.029 0.075 19 M 0.057 0.657 0.011 0.014 0.005 0.022 0.051 0.016 0.002 0.069 0.097 20 L 0.030 0.370 0.035 0.040 0.020 0.042 0.086 0.006 0.018 0.120 0.233 21 I 0.099 0.312 0.007 0.015 0.011 0.013 0.049 0.006 0.002 0.044 0.441 22 I 0.166 0.215 0.004 0.012 0.008 0.011 0.063 0.010 0.001 0.026 0.485 23 E 0.032 0.154 0.008 0.019 0.015 0.017 0.094 0.004 0.001 0.022 0.634 24 N 0.032 0.640 0.002 0.003 0.002 0.005 0.026 0.005 0.001 0.017 0.266 25 F 0.086 0.803 0.001 0.002 0.003 0.002 0.014 0.019 0.001 0.010 0.060 26 E 0.064 0.671 0.006 0.008 0.010 0.007 0.024 0.004 0.001 0.042 0.164 27 E 0.086 0.583 0.015 0.013 0.007 0.015 0.036 0.008 0.002 0.050 0.184 28 I 0.218 0.259 0.006 0.020 0.006 0.009 0.069 0.013 0.001 0.052 0.346 29 V 0.087 0.281 0.011 0.031 0.015 0.028 0.089 0.006 0.002 0.028 0.423 30 K 0.010 0.164 0.002 0.013 0.005 0.007 0.068 0.001 0.001 0.006 0.724 31 D 0.031 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.009 0.050 32 R 0.029 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.006 33 E 0.017 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 0.038 34 R 0.019 0.831 0.008 0.002 0.003 0.002 0.009 0.003 0.001 0.037 0.086 35 F 0.064 0.852 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.001 0.018 0.032 36 L 0.067 0.762 0.005 0.002 0.002 0.003 0.015 0.009 0.001 0.050 0.081 37 A 0.026 0.620 0.008 0.004 0.006 0.007 0.026 0.002 0.001 0.026 0.274 38 Q 0.070 0.602 0.015 0.008 0.008 0.015 0.037 0.020 0.002 0.053 0.169 39 V 0.184 0.185 0.029 0.009 0.012 0.015 0.113 0.042 0.007 0.176 0.227 40 E 0.073 0.109 0.011 0.028 0.038 0.058 0.114 0.008 0.003 0.071 0.486 41 E 0.031 0.036 0.004 0.049 0.018 0.095 0.100 0.004 0.001 0.053 0.608 42 F 0.023 0.014 0.007 0.090 0.118 0.198 0.088 0.007 0.002 0.068 0.385 43 V 0.032 0.005 0.002 0.069 0.078 0.131 0.070 0.002 0.001 0.090 0.519 44 F 0.006 0.004 0.001 0.080 0.119 0.129 0.076 0.001 0.001 0.033 0.551 45 K 0.010 0.008 0.001 0.102 0.081 0.157 0.078 0.002 0.001 0.041 0.519 46 C 0.047 0.012 0.004 0.036 0.081 0.089 0.093 0.005 0.003 0.091 0.539 47 P 0.087 0.017 0.001 0.042 0.039 0.052 0.097 0.004 0.001 0.051 0.610 48 V 0.171 0.027 0.001 0.025 0.033 0.045 0.089 0.004 0.001 0.039 0.565 49 C 0.022 0.037 0.001 0.024 0.023 0.035 0.107 0.003 0.001 0.019 0.729 50 G 0.070 0.104 0.001 0.021 0.024 0.056 0.098 0.008 0.001 0.051 0.566 51 E 0.051 0.081 0.005 0.028 0.166 0.128 0.091 0.007 0.002 0.100 0.341 52 E 0.076 0.059 0.004 0.040 0.069 0.129 0.091 0.007 0.001 0.067 0.457 53 F 0.082 0.022 0.008 0.029 0.068 0.106 0.096 0.007 0.003 0.120 0.459 54 Y 0.054 0.014 0.003 0.045 0.070 0.144 0.101 0.004 0.001 0.058 0.505 55 G 0.051 0.008 0.001 0.015 0.034 0.078 0.084 0.002 0.001 0.051 0.676 56 K 0.008 0.004 0.001 0.044 0.100 0.113 0.108 0.001 0.001 0.024 0.597 57 T 0.017 0.016 0.001 0.026 0.038 0.077 0.097 0.001 0.001 0.024 0.703 58 L 0.030 0.047 0.002 0.021 0.072 0.039 0.111 0.004 0.001 0.020 0.654 59 P 0.158 0.391 0.002 0.011 0.014 0.012 0.040 0.014 0.001 0.028 0.329 60 R 0.127 0.635 0.001 0.004 0.003 0.005 0.028 0.009 0.001 0.020 0.166 61 R 0.024 0.735 0.002 0.005 0.007 0.007 0.025 0.002 0.001 0.025 0.169 62 E 0.012 0.871 0.001 0.002 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.036 0.059 63 A 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.024 0.019 64 E 0.006 0.941 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.019 0.019 65 K 0.005 0.954 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.010 0.018 66 V 0.018 0.909 0.002 0.004 0.002 0.006 0.011 0.007 0.001 0.016 0.024 67 F 0.022 0.673 0.010 0.029 0.009 0.029 0.028 0.005 0.004 0.132 0.059 68 E 0.083 0.459 0.029 0.013 0.023 0.020 0.047 0.008 0.009 0.095 0.214 69 L 0.175 0.303 0.015 0.019 0.012 0.014 0.078 0.024 0.003 0.051 0.305 70 L 0.254 0.106 0.023 0.030 0.013 0.022 0.103 0.015 0.007 0.071 0.356 71 N 0.071 0.046 0.004 0.027 0.005 0.018 0.110 0.004 0.003 0.032 0.680 72 D 0.062 0.019 0.005 0.020 0.006 0.012 0.118 0.004 0.002 0.045 0.708 73 F 0.200 0.014 0.004 0.032 0.027 0.026 0.146 0.006 0.001 0.045 0.500 74 K 0.040 0.012 0.001 0.038 0.007 0.020 0.145 0.003 0.001 0.035 0.698 75 G 0.025 0.017 0.001 0.070 0.017 0.039 0.125 0.002 0.001 0.042 0.661 76 G 0.028 0.038 0.002 0.071 0.049 0.081 0.127 0.004 0.001 0.065 0.535 77 I 0.029 0.026 0.002 0.104 0.055 0.058 0.118 0.003 0.002 0.086 0.516 78 D 0.209 0.075 0.028 0.085 0.039 0.060 0.072 0.020 0.017 0.154 0.240 79 W 0.403 0.018 0.002 0.016 0.010 0.019 0.078 0.009 0.001 0.035 0.411 80 E 0.081 0.020 0.003 0.022 0.023 0.062 0.115 0.006 0.001 0.031 0.635 81 N 0.012 0.008 0.001 0.033 0.018 0.065 0.118 0.002 0.001 0.027 0.715 82 K 0.010 0.008 0.001 0.049 0.128 0.343 0.072 0.002 0.001 0.065 0.322 83 R 0.007 0.003 0.001 0.042 0.233 0.214 0.040 0.001 0.001 0.045 0.414 84 V 0.006 0.002 0.001 0.113 0.310 0.222 0.041 0.001 0.001 0.034 0.270 85 K 0.009 0.004 0.001 0.087 0.184 0.311 0.040 0.001 0.001 0.064 0.298 86 L 0.023 0.005 0.001 0.070 0.137 0.124 0.068 0.002 0.001 0.055 0.515 87 K 0.047 0.011 0.002 0.084 0.129 0.118 0.074 0.004 0.001 0.062 0.468