# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.010 0.002 0.038 0.034 0.056 0.185 0.027 0.647 2 K 0.013 0.002 0.046 0.026 0.068 0.145 0.050 0.648 3 C 0.027 0.005 0.084 0.065 0.079 0.144 0.094 0.503 4 P 0.053 0.006 0.217 0.059 0.091 0.103 0.084 0.387 5 I 0.053 0.007 0.119 0.063 0.077 0.096 0.121 0.465 6 C 0.024 0.009 0.116 0.031 0.054 0.121 0.038 0.608 7 G 0.045 0.017 0.050 0.024 0.041 0.115 0.035 0.674 8 S 0.074 0.154 0.026 0.024 0.026 0.122 0.046 0.528 9 P 0.050 0.470 0.012 0.006 0.009 0.075 0.032 0.347 10 L 0.022 0.512 0.016 0.014 0.011 0.051 0.085 0.290 11 K 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.011 12 W 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 13 E 0.003 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 14 E 0.004 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 0.008 15 L 0.019 0.943 0.003 0.001 0.001 0.002 0.026 0.006 16 I 0.041 0.893 0.004 0.001 0.001 0.004 0.039 0.017 17 E 0.039 0.730 0.004 0.001 0.001 0.011 0.068 0.147 18 E 0.016 0.793 0.004 0.001 0.001 0.013 0.055 0.117 19 M 0.078 0.639 0.020 0.003 0.003 0.036 0.088 0.134 20 L 0.061 0.221 0.039 0.011 0.007 0.069 0.300 0.291 21 I 0.081 0.440 0.017 0.002 0.003 0.046 0.098 0.312 22 I 0.155 0.499 0.016 0.002 0.003 0.046 0.056 0.223 23 E 0.022 0.272 0.021 0.006 0.005 0.088 0.036 0.550 24 N 0.047 0.702 0.005 0.001 0.002 0.022 0.040 0.181 25 F 0.077 0.793 0.006 0.002 0.001 0.013 0.065 0.044 26 E 0.067 0.691 0.015 0.005 0.004 0.023 0.053 0.142 27 E 0.047 0.537 0.026 0.008 0.008 0.040 0.059 0.275 28 I 0.072 0.613 0.022 0.004 0.005 0.054 0.038 0.192 29 V 0.066 0.558 0.031 0.008 0.008 0.047 0.053 0.229 30 K 0.019 0.398 0.007 0.002 0.003 0.047 0.063 0.462 31 D 0.017 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.013 32 R 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.011 33 E 0.018 0.922 0.003 0.001 0.001 0.004 0.020 0.032 34 R 0.047 0.656 0.015 0.004 0.002 0.020 0.176 0.079 35 F 0.104 0.671 0.009 0.002 0.002 0.018 0.119 0.076 36 L 0.189 0.493 0.007 0.001 0.002 0.027 0.089 0.192 37 A 0.014 0.211 0.011 0.006 0.004 0.055 0.071 0.628 38 Q 0.048 0.219 0.016 0.004 0.007 0.071 0.192 0.444 39 V 0.327 0.173 0.026 0.007 0.005 0.068 0.200 0.194 40 E 0.133 0.083 0.027 0.009 0.015 0.087 0.099 0.547 41 E 0.020 0.013 0.039 0.006 0.018 0.086 0.047 0.772 42 F 0.025 0.011 0.153 0.065 0.104 0.153 0.091 0.399 43 V 0.016 0.005 0.138 0.055 0.080 0.104 0.062 0.542 44 F 0.010 0.003 0.143 0.092 0.105 0.106 0.035 0.507 45 K 0.020 0.004 0.096 0.071 0.092 0.131 0.044 0.543 46 C 0.051 0.011 0.074 0.062 0.077 0.141 0.052 0.533 47 P 0.064 0.021 0.058 0.032 0.046 0.132 0.029 0.618 48 V 0.074 0.069 0.049 0.041 0.053 0.123 0.052 0.539 49 C 0.058 0.157 0.045 0.026 0.042 0.089 0.043 0.541 50 G 0.245 0.299 0.027 0.034 0.045 0.056 0.087 0.206 51 E 0.085 0.190 0.055 0.064 0.072 0.079 0.099 0.357 52 E 0.173 0.079 0.030 0.035 0.074 0.100 0.036 0.473 53 F 0.136 0.019 0.055 0.077 0.085 0.099 0.137 0.392 54 Y 0.050 0.018 0.018 0.037 0.092 0.118 0.043 0.623 55 G 0.116 0.011 0.015 0.029 0.065 0.060 0.048 0.656 56 K 0.019 0.011 0.014 0.102 0.095 0.127 0.028 0.605 57 T 0.017 0.010 0.013 0.016 0.036 0.084 0.020 0.804 58 L 0.077 0.046 0.019 0.059 0.038 0.140 0.037 0.583 59 P 0.110 0.178 0.011 0.009 0.011 0.067 0.051 0.562 60 R 0.112 0.565 0.006 0.004 0.005 0.037 0.048 0.222 61 R 0.033 0.624 0.010 0.008 0.009 0.044 0.048 0.225 62 E 0.029 0.828 0.003 0.003 0.004 0.012 0.049 0.072 63 A 0.010 0.906 0.002 0.002 0.003 0.006 0.043 0.028 64 E 0.004 0.912 0.003 0.003 0.006 0.007 0.033 0.032 65 K 0.002 0.931 0.002 0.007 0.008 0.004 0.026 0.019 66 V 0.006 0.892 0.006 0.005 0.008 0.007 0.060 0.015 67 F 0.015 0.557 0.012 0.016 0.016 0.007 0.359 0.017 68 E 0.028 0.553 0.029 0.032 0.034 0.022 0.233 0.070 69 L 0.114 0.377 0.044 0.026 0.038 0.056 0.147 0.199 70 L 0.129 0.133 0.055 0.047 0.043 0.087 0.142 0.364 71 N 0.046 0.039 0.032 0.018 0.027 0.098 0.070 0.669 72 D 0.042 0.016 0.031 0.011 0.017 0.138 0.060 0.684 73 F 0.203 0.012 0.026 0.028 0.023 0.131 0.057 0.521 74 K 0.065 0.006 0.024 0.017 0.026 0.110 0.035 0.716 75 G 0.013 0.009 0.032 0.016 0.041 0.102 0.018 0.769 76 G 0.011 0.014 0.067 0.075 0.116 0.143 0.029 0.545 77 I 0.011 0.007 0.067 0.070 0.049 0.089 0.053 0.655 78 D 0.416 0.071 0.030 0.054 0.049 0.054 0.157 0.168 79 W 0.308 0.046 0.028 0.022 0.029 0.070 0.088 0.409 80 E 0.088 0.021 0.016 0.025 0.072 0.095 0.023 0.661 81 N 0.046 0.011 0.016 0.032 0.088 0.066 0.055 0.686 82 K 0.011 0.006 0.019 0.178 0.260 0.100 0.024 0.402 83 R 0.008 0.002 0.034 0.136 0.368 0.051 0.030 0.371 84 V 0.008 0.002 0.024 0.298 0.253 0.051 0.022 0.342 85 K 0.011 0.002 0.059 0.252 0.368 0.044 0.030 0.235 86 L 0.016 0.003 0.026 0.138 0.181 0.060 0.043 0.533 87 K 0.048 0.010 0.051 0.183 0.186 0.071 0.060 0.393