# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.285 0.096 0.039 0.096 0.091 0.093 0.113 0.075 0.056 0.034 0.022 2 K 0.259 0.241 0.065 0.198 0.119 0.050 0.032 0.015 0.011 0.006 0.003 3 C 0.026 0.017 0.015 0.039 0.041 0.069 0.151 0.177 0.189 0.151 0.126 4 P 0.237 0.201 0.064 0.198 0.129 0.068 0.052 0.022 0.017 0.009 0.004 5 I 0.042 0.051 0.037 0.066 0.058 0.075 0.123 0.111 0.161 0.170 0.105 6 C 0.056 0.055 0.032 0.116 0.119 0.119 0.175 0.120 0.089 0.070 0.050 7 G 0.162 0.176 0.050 0.142 0.098 0.092 0.091 0.059 0.061 0.045 0.026 8 S 0.249 0.338 0.060 0.125 0.108 0.046 0.035 0.016 0.011 0.008 0.004 9 P 0.334 0.173 0.031 0.192 0.147 0.053 0.040 0.015 0.008 0.004 0.002 10 L 0.085 0.027 0.019 0.051 0.062 0.068 0.130 0.117 0.162 0.137 0.141 11 K 0.043 0.543 0.070 0.210 0.104 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 12 W 0.004 0.010 0.008 0.022 0.027 0.069 0.184 0.201 0.224 0.131 0.119 13 E 0.313 0.088 0.132 0.264 0.113 0.048 0.024 0.009 0.005 0.004 0.001 14 E 0.098 0.116 0.233 0.344 0.119 0.054 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 15 L 0.002 0.005 0.013 0.018 0.022 0.048 0.139 0.162 0.225 0.209 0.158 16 I 0.001 0.003 0.019 0.024 0.041 0.108 0.264 0.183 0.172 0.120 0.065 17 E 0.008 0.017 0.754 0.129 0.057 0.017 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 18 E 0.005 0.014 0.189 0.144 0.190 0.205 0.192 0.035 0.017 0.007 0.002 19 M 0.009 0.009 0.032 0.024 0.024 0.041 0.156 0.146 0.223 0.202 0.133 20 L 0.005 0.010 0.052 0.041 0.058 0.111 0.233 0.181 0.154 0.102 0.053 21 I 0.009 0.050 0.553 0.147 0.109 0.045 0.042 0.020 0.013 0.010 0.003 22 I 0.020 0.025 0.081 0.106 0.155 0.186 0.263 0.087 0.045 0.023 0.009 23 E 0.466 0.110 0.156 0.099 0.061 0.028 0.034 0.018 0.013 0.010 0.004 24 N 0.110 0.228 0.109 0.141 0.104 0.095 0.115 0.044 0.030 0.018 0.007 25 F 0.022 0.046 0.048 0.074 0.086 0.147 0.216 0.147 0.108 0.064 0.042 26 E 0.506 0.100 0.188 0.121 0.044 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 27 E 0.132 0.117 0.243 0.245 0.135 0.070 0.039 0.013 0.005 0.002 0.001 28 I 0.006 0.019 0.022 0.026 0.029 0.057 0.164 0.136 0.219 0.195 0.127 29 V 0.008 0.013 0.047 0.072 0.108 0.202 0.304 0.118 0.072 0.038 0.018 30 K 0.101 0.049 0.740 0.082 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.013 0.056 0.111 0.094 0.083 0.197 0.266 0.084 0.054 0.031 0.011 32 R 0.017 0.037 0.032 0.053 0.076 0.122 0.275 0.164 0.114 0.076 0.033 33 E 0.409 0.055 0.303 0.116 0.043 0.038 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 34 R 0.033 0.034 0.524 0.223 0.116 0.045 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 35 F 0.002 0.011 0.024 0.016 0.018 0.052 0.218 0.162 0.210 0.184 0.103 36 L 0.002 0.006 0.037 0.053 0.100 0.191 0.326 0.148 0.080 0.038 0.019 37 A 0.043 0.019 0.871 0.044 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.015 0.082 0.267 0.210 0.161 0.141 0.101 0.013 0.006 0.003 0.001 39 V 0.003 0.003 0.005 0.006 0.008 0.036 0.135 0.188 0.246 0.189 0.179 40 E 0.204 0.096 0.332 0.191 0.090 0.045 0.025 0.009 0.004 0.003 0.001 41 E 0.029 0.069 0.519 0.234 0.101 0.031 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 42 F 0.009 0.008 0.021 0.020 0.027 0.070 0.197 0.150 0.213 0.159 0.125 43 V 0.027 0.053 0.097 0.167 0.206 0.139 0.160 0.061 0.050 0.028 0.012 44 F 0.010 0.029 0.313 0.092 0.082 0.077 0.098 0.080 0.097 0.078 0.045 45 K 0.032 0.074 0.182 0.241 0.233 0.092 0.090 0.028 0.016 0.008 0.003 46 C 0.023 0.023 0.025 0.037 0.044 0.088 0.211 0.197 0.179 0.109 0.063 47 P 0.344 0.169 0.109 0.168 0.098 0.041 0.030 0.017 0.012 0.009 0.003 48 V 0.223 0.119 0.080 0.113 0.084 0.100 0.115 0.062 0.051 0.035 0.017 49 C 0.123 0.122 0.051 0.134 0.130 0.113 0.113 0.075 0.065 0.044 0.030 50 G 0.377 0.240 0.058 0.103 0.083 0.044 0.042 0.023 0.016 0.009 0.004 51 E 0.286 0.164 0.084 0.146 0.140 0.061 0.052 0.032 0.019 0.011 0.005 52 E 0.138 0.094 0.066 0.164 0.149 0.116 0.118 0.065 0.050 0.027 0.013 53 F 0.032 0.036 0.047 0.087 0.074 0.100 0.180 0.123 0.139 0.115 0.066 54 Y 0.027 0.050 0.055 0.127 0.128 0.143 0.190 0.129 0.081 0.045 0.025 55 G 0.129 0.114 0.118 0.176 0.120 0.097 0.093 0.056 0.048 0.035 0.015 56 K 0.146 0.094 0.082 0.172 0.175 0.113 0.107 0.046 0.033 0.023 0.009 57 T 0.319 0.156 0.067 0.144 0.096 0.062 0.068 0.036 0.027 0.016 0.008 58 L 0.041 0.032 0.029 0.059 0.064 0.090 0.161 0.148 0.160 0.129 0.087 59 P 0.147 0.325 0.121 0.148 0.094 0.051 0.055 0.026 0.017 0.012 0.004 60 R 0.172 0.140 0.079 0.134 0.130 0.120 0.118 0.058 0.028 0.015 0.007 61 R 0.760 0.102 0.061 0.045 0.014 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 62 E 0.140 0.107 0.070 0.149 0.127 0.142 0.142 0.066 0.032 0.018 0.007 63 A 0.055 0.055 0.084 0.103 0.116 0.124 0.175 0.120 0.086 0.058 0.025 64 E 0.075 0.048 0.257 0.176 0.140 0.139 0.097 0.033 0.020 0.012 0.003 65 K 0.032 0.045 0.358 0.181 0.135 0.108 0.083 0.031 0.017 0.008 0.002 66 V 0.010 0.014 0.050 0.040 0.056 0.094 0.227 0.156 0.168 0.120 0.065 67 F 0.009 0.012 0.064 0.056 0.086 0.118 0.210 0.145 0.143 0.104 0.052 68 E 0.020 0.037 0.404 0.186 0.163 0.066 0.060 0.029 0.020 0.012 0.003 69 L 0.007 0.014 0.073 0.049 0.051 0.111 0.252 0.140 0.147 0.098 0.058 70 L 0.013 0.014 0.034 0.047 0.049 0.072 0.177 0.138 0.202 0.143 0.112 71 N 0.043 0.051 0.140 0.153 0.176 0.111 0.143 0.081 0.057 0.031 0.015 72 D 0.041 0.071 0.153 0.184 0.175 0.124 0.121 0.057 0.040 0.024 0.011 73 F 0.031 0.023 0.030 0.044 0.039 0.077 0.173 0.149 0.175 0.148 0.109 74 K 0.137 0.171 0.076 0.201 0.161 0.085 0.074 0.041 0.028 0.018 0.007 75 G 0.288 0.184 0.087 0.107 0.088 0.067 0.071 0.043 0.032 0.022 0.012 76 G 0.149 0.174 0.057 0.213 0.160 0.092 0.075 0.033 0.026 0.015 0.007 77 I 0.047 0.025 0.016 0.029 0.035 0.057 0.140 0.165 0.198 0.153 0.135 78 D 0.100 0.304 0.095 0.235 0.159 0.044 0.034 0.014 0.008 0.005 0.002 79 W 0.024 0.032 0.026 0.059 0.059 0.113 0.160 0.148 0.161 0.120 0.097 80 E 0.391 0.276 0.096 0.152 0.053 0.015 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 81 N 0.194 0.170 0.063 0.217 0.141 0.094 0.066 0.029 0.015 0.008 0.003 82 K 0.081 0.071 0.069 0.121 0.133 0.126 0.139 0.087 0.077 0.061 0.035 83 R 0.067 0.127 0.118 0.327 0.207 0.079 0.050 0.014 0.007 0.003 0.001 84 V 0.014 0.016 0.073 0.049 0.050 0.077 0.152 0.132 0.183 0.151 0.103 85 K 0.066 0.132 0.146 0.295 0.236 0.053 0.042 0.014 0.009 0.005 0.002 86 L 0.014 0.026 0.051 0.059 0.050 0.098 0.163 0.117 0.182 0.139 0.100 87 K 0.122 0.098 0.151 0.252 0.194 0.073 0.056 0.022 0.017 0.011 0.004