# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.099 0.037 0.012 0.056 0.057 0.093 0.106 0.003 0.001 0.007 0.530 2 K 0.064 0.016 0.005 0.075 0.028 0.064 0.099 0.003 0.001 0.009 0.636 3 C 0.066 0.011 0.007 0.083 0.049 0.064 0.073 0.002 0.001 0.003 0.642 4 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.976 5 I 0.011 0.004 0.001 0.088 0.046 0.087 0.098 0.001 0.001 0.002 0.663 6 C 0.102 0.019 0.001 0.124 0.046 0.082 0.063 0.001 0.001 0.008 0.554 7 G 0.090 0.015 0.002 0.062 0.019 0.040 0.071 0.001 0.001 0.010 0.690 8 S 0.088 0.007 0.003 0.057 0.017 0.020 0.156 0.001 0.001 0.003 0.649 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.984 10 L 0.021 0.017 0.002 0.045 0.028 0.058 0.292 0.001 0.001 0.008 0.528 11 K 0.048 0.049 0.002 0.013 0.007 0.010 0.230 0.001 0.001 0.008 0.633 12 W 0.051 0.183 0.002 0.016 0.006 0.027 0.059 0.001 0.001 0.002 0.654 13 E 0.024 0.459 0.001 0.009 0.005 0.012 0.125 0.001 0.001 0.003 0.362 14 E 0.066 0.581 0.001 0.002 0.002 0.002 0.105 0.001 0.001 0.003 0.238 15 L 0.038 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.069 16 I 0.008 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 17 E 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 18 E 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 19 M 0.022 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 20 L 0.010 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 21 I 0.017 0.934 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.023 22 I 0.048 0.885 0.007 0.005 0.002 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.036 23 E 0.037 0.788 0.007 0.004 0.005 0.004 0.015 0.014 0.001 0.001 0.125 24 N 0.051 0.477 0.031 0.008 0.005 0.009 0.076 0.021 0.001 0.001 0.322 25 F 0.105 0.437 0.047 0.034 0.004 0.020 0.029 0.010 0.001 0.002 0.312 26 E 0.043 0.424 0.022 0.010 0.004 0.006 0.093 0.003 0.001 0.004 0.391 27 E 0.080 0.547 0.010 0.005 0.003 0.004 0.087 0.006 0.001 0.004 0.254 28 I 0.108 0.765 0.006 0.004 0.001 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.093 29 V 0.029 0.891 0.010 0.007 0.008 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.040 30 K 0.030 0.764 0.012 0.004 0.004 0.003 0.012 0.011 0.001 0.001 0.160 31 D 0.108 0.692 0.004 0.003 0.002 0.006 0.016 0.025 0.001 0.001 0.141 32 R 0.118 0.462 0.013 0.010 0.001 0.003 0.021 0.012 0.001 0.003 0.356 33 E 0.016 0.167 0.028 0.002 0.001 0.001 0.312 0.002 0.001 0.002 0.470 34 R 0.114 0.325 0.007 0.002 0.001 0.001 0.352 0.003 0.001 0.005 0.190 35 F 0.062 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.045 36 L 0.011 0.936 0.012 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.029 37 A 0.009 0.910 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.064 38 Q 0.062 0.828 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.023 0.001 0.001 0.077 39 V 0.106 0.803 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 0.054 40 E 0.043 0.699 0.015 0.009 0.015 0.015 0.016 0.011 0.001 0.001 0.174 41 E 0.106 0.467 0.036 0.013 0.010 0.008 0.049 0.018 0.001 0.002 0.291 42 F 0.299 0.475 0.010 0.034 0.022 0.021 0.013 0.022 0.001 0.001 0.103 43 V 0.110 0.306 0.034 0.078 0.056 0.059 0.034 0.014 0.001 0.002 0.308 44 F 0.042 0.128 0.034 0.209 0.170 0.169 0.024 0.006 0.001 0.002 0.216 45 K 0.040 0.050 0.007 0.122 0.072 0.172 0.036 0.007 0.001 0.002 0.491 46 C 0.041 0.026 0.005 0.119 0.115 0.141 0.048 0.004 0.001 0.001 0.500 47 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.974 48 V 0.017 0.004 0.002 0.043 0.031 0.067 0.157 0.001 0.001 0.003 0.676 49 C 0.096 0.019 0.002 0.028 0.018 0.032 0.117 0.001 0.001 0.007 0.679 50 G 0.092 0.028 0.002 0.028 0.016 0.051 0.063 0.001 0.001 0.006 0.713 51 E 0.097 0.060 0.003 0.034 0.024 0.040 0.115 0.001 0.001 0.004 0.623 52 E 0.045 0.055 0.001 0.013 0.020 0.023 0.098 0.002 0.001 0.003 0.740 53 F 0.140 0.210 0.006 0.026 0.047 0.102 0.052 0.005 0.001 0.004 0.407 54 Y 0.084 0.335 0.005 0.034 0.053 0.100 0.041 0.006 0.001 0.003 0.337 55 G 0.193 0.165 0.006 0.021 0.037 0.078 0.030 0.012 0.001 0.008 0.451 56 K 0.266 0.190 0.026 0.030 0.042 0.045 0.060 0.010 0.001 0.004 0.327 57 T 0.065 0.056 0.011 0.017 0.015 0.031 0.062 0.008 0.001 0.004 0.732 58 L 0.195 0.042 0.038 0.061 0.067 0.115 0.108 0.002 0.001 0.004 0.369 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.981 60 R 0.011 0.011 0.001 0.014 0.018 0.087 0.096 0.001 0.001 0.001 0.761 61 R 0.043 0.065 0.001 0.006 0.004 0.008 0.105 0.001 0.001 0.004 0.763 62 E 0.123 0.150 0.003 0.005 0.006 0.011 0.163 0.001 0.001 0.006 0.532 63 A 0.114 0.569 0.003 0.004 0.004 0.010 0.033 0.002 0.001 0.002 0.259 64 E 0.039 0.731 0.002 0.002 0.005 0.006 0.027 0.001 0.001 0.001 0.185 65 K 0.041 0.663 0.003 0.002 0.004 0.003 0.016 0.005 0.001 0.001 0.261 66 V 0.031 0.794 0.004 0.002 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.150 67 F 0.019 0.896 0.003 0.003 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.065 68 E 0.015 0.926 0.002 0.005 0.007 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.035 69 L 0.023 0.918 0.002 0.004 0.004 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.037 70 L 0.058 0.860 0.003 0.012 0.004 0.006 0.004 0.011 0.001 0.001 0.040 71 N 0.085 0.665 0.008 0.014 0.010 0.012 0.015 0.037 0.001 0.002 0.152 72 D 0.194 0.337 0.056 0.041 0.014 0.014 0.038 0.056 0.001 0.005 0.244 73 F 0.204 0.277 0.075 0.065 0.016 0.024 0.101 0.042 0.001 0.004 0.193 74 K 0.086 0.175 0.036 0.074 0.022 0.023 0.128 0.020 0.001 0.017 0.419 75 G 0.136 0.074 0.055 0.062 0.028 0.034 0.065 0.024 0.001 0.027 0.493 76 G 0.411 0.023 0.088 0.076 0.027 0.039 0.079 0.007 0.001 0.006 0.244 77 I 0.060 0.017 0.030 0.083 0.070 0.077 0.169 0.003 0.001 0.004 0.487 78 D 0.035 0.010 0.004 0.080 0.120 0.306 0.101 0.001 0.001 0.002 0.341 79 W 0.011 0.013 0.001 0.071 0.052 0.114 0.096 0.001 0.001 0.002 0.639 80 E 0.018 0.031 0.001 0.037 0.088 0.149 0.395 0.001 0.001 0.008 0.273 81 N 0.255 0.042 0.001 0.015 0.028 0.058 0.351 0.002 0.001 0.024 0.223 82 K 0.445 0.093 0.009 0.022 0.061 0.071 0.094 0.006 0.001 0.018 0.181 83 R 0.114 0.032 0.049 0.034 0.070 0.073 0.136 0.005 0.001 0.007 0.479 84 V 0.030 0.019 0.018 0.043 0.274 0.291 0.041 0.002 0.001 0.002 0.280 85 K 0.015 0.010 0.001 0.056 0.188 0.481 0.027 0.001 0.001 0.001 0.221 86 L 0.018 0.013 0.002 0.049 0.179 0.342 0.032 0.001 0.001 0.001 0.362 87 K 0.014 0.010 0.001 0.096 0.236 0.383 0.040 0.001 0.001 0.002 0.218