# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.077 0.018 0.073 0.051 0.069 0.095 0.014 0.603 2 K 0.052 0.010 0.032 0.019 0.033 0.088 0.014 0.753 3 C 0.122 0.010 0.127 0.055 0.068 0.064 0.010 0.544 4 P 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.006 0.001 0.980 5 I 0.014 0.005 0.067 0.036 0.073 0.096 0.004 0.705 6 C 0.075 0.014 0.113 0.032 0.049 0.085 0.011 0.620 7 G 0.117 0.023 0.107 0.033 0.056 0.080 0.025 0.559 8 S 0.092 0.006 0.058 0.016 0.019 0.168 0.004 0.635 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 L 0.044 0.010 0.023 0.023 0.073 0.283 0.003 0.541 11 K 0.113 0.025 0.010 0.011 0.013 0.279 0.007 0.541 12 W 0.131 0.139 0.015 0.010 0.040 0.052 0.004 0.609 13 E 0.054 0.284 0.013 0.009 0.027 0.152 0.005 0.455 14 E 0.060 0.303 0.005 0.003 0.005 0.141 0.007 0.476 15 L 0.043 0.754 0.001 0.001 0.004 0.025 0.003 0.168 16 I 0.012 0.896 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.080 17 E 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.050 18 E 0.027 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.043 19 M 0.040 0.918 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 20 L 0.022 0.889 0.014 0.006 0.005 0.005 0.009 0.048 21 I 0.044 0.750 0.030 0.009 0.012 0.021 0.014 0.120 22 I 0.049 0.751 0.042 0.010 0.012 0.014 0.012 0.111 23 E 0.032 0.671 0.031 0.010 0.008 0.041 0.013 0.194 24 N 0.073 0.441 0.021 0.009 0.009 0.069 0.023 0.356 25 F 0.121 0.481 0.031 0.009 0.020 0.034 0.014 0.289 26 E 0.034 0.397 0.019 0.007 0.012 0.130 0.011 0.390 27 E 0.064 0.478 0.007 0.005 0.008 0.128 0.012 0.297 28 I 0.056 0.815 0.006 0.003 0.005 0.015 0.005 0.095 29 V 0.015 0.879 0.012 0.006 0.008 0.010 0.004 0.067 30 K 0.033 0.709 0.016 0.008 0.010 0.034 0.013 0.177 31 D 0.062 0.764 0.011 0.005 0.007 0.017 0.013 0.122 32 R 0.100 0.513 0.017 0.004 0.012 0.026 0.022 0.306 33 E 0.043 0.216 0.014 0.003 0.004 0.360 0.016 0.344 34 R 0.092 0.310 0.004 0.002 0.002 0.339 0.011 0.240 35 F 0.035 0.852 0.002 0.001 0.002 0.023 0.003 0.081 36 L 0.007 0.908 0.004 0.001 0.004 0.006 0.002 0.067 37 A 0.017 0.810 0.003 0.003 0.005 0.022 0.006 0.134 38 Q 0.094 0.786 0.002 0.002 0.003 0.014 0.015 0.085 39 V 0.057 0.855 0.004 0.003 0.007 0.004 0.008 0.063 40 E 0.018 0.774 0.008 0.006 0.010 0.022 0.010 0.152 41 E 0.047 0.680 0.011 0.008 0.006 0.019 0.020 0.210 42 F 0.184 0.593 0.029 0.014 0.012 0.014 0.037 0.116 43 V 0.060 0.549 0.080 0.031 0.034 0.026 0.021 0.199 44 F 0.029 0.328 0.200 0.077 0.072 0.028 0.023 0.244 45 K 0.058 0.177 0.088 0.061 0.077 0.058 0.031 0.450 46 C 0.068 0.100 0.125 0.086 0.089 0.046 0.015 0.470 47 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.989 48 V 0.020 0.010 0.029 0.034 0.056 0.152 0.009 0.691 49 C 0.162 0.026 0.031 0.031 0.029 0.078 0.014 0.629 50 G 0.107 0.051 0.049 0.058 0.088 0.098 0.016 0.533 51 E 0.088 0.022 0.037 0.030 0.055 0.134 0.006 0.628 52 E 0.046 0.051 0.031 0.046 0.070 0.122 0.008 0.627 53 F 0.129 0.155 0.037 0.095 0.158 0.109 0.014 0.303 54 Y 0.077 0.214 0.074 0.106 0.141 0.062 0.017 0.309 55 G 0.091 0.179 0.039 0.089 0.131 0.050 0.030 0.392 56 K 0.242 0.110 0.084 0.088 0.120 0.064 0.037 0.256 57 T 0.029 0.048 0.020 0.026 0.034 0.040 0.023 0.780 58 L 0.146 0.029 0.061 0.098 0.127 0.085 0.011 0.442 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 60 R 0.005 0.008 0.009 0.016 0.088 0.089 0.001 0.784 61 R 0.099 0.041 0.007 0.006 0.011 0.126 0.005 0.706 62 E 0.135 0.161 0.003 0.006 0.009 0.157 0.006 0.523 63 A 0.178 0.537 0.007 0.007 0.008 0.038 0.006 0.218 64 E 0.048 0.757 0.012 0.007 0.008 0.029 0.006 0.134 65 K 0.044 0.709 0.006 0.008 0.010 0.031 0.008 0.184 66 V 0.019 0.893 0.009 0.007 0.011 0.008 0.004 0.049 67 F 0.005 0.937 0.006 0.008 0.013 0.004 0.002 0.025 68 E 0.006 0.916 0.011 0.010 0.015 0.006 0.004 0.032 69 L 0.008 0.936 0.006 0.008 0.009 0.004 0.004 0.024 70 L 0.019 0.910 0.013 0.012 0.016 0.004 0.007 0.020 71 N 0.056 0.743 0.015 0.025 0.021 0.016 0.033 0.091 72 D 0.237 0.368 0.045 0.025 0.026 0.025 0.082 0.190 73 F 0.321 0.200 0.047 0.020 0.025 0.098 0.081 0.209 74 K 0.158 0.195 0.084 0.041 0.039 0.137 0.065 0.282 75 G 0.081 0.142 0.118 0.063 0.053 0.076 0.055 0.413 76 G 0.155 0.022 0.103 0.041 0.070 0.116 0.020 0.472 77 I 0.039 0.025 0.129 0.124 0.116 0.081 0.006 0.480 78 D 0.020 0.015 0.034 0.114 0.223 0.116 0.005 0.474 79 W 0.028 0.014 0.037 0.098 0.185 0.053 0.005 0.580 80 E 0.037 0.011 0.018 0.060 0.126 0.459 0.012 0.277 81 N 0.169 0.018 0.015 0.049 0.050 0.236 0.047 0.416 82 K 0.328 0.060 0.054 0.130 0.083 0.114 0.032 0.199 83 R 0.118 0.006 0.057 0.086 0.231 0.222 0.008 0.273 84 V 0.020 0.005 0.047 0.375 0.396 0.032 0.003 0.123 85 K 0.010 0.003 0.077 0.332 0.438 0.015 0.002 0.123 86 L 0.004 0.002 0.055 0.213 0.353 0.017 0.001 0.355 87 K 0.004 0.003 0.097 0.273 0.474 0.025 0.001 0.122