# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.151 0.324 0.268 0.089 0.082 0.026 0.027 0.004 0.021 0.008 0.001 2 K 0.166 0.158 0.414 0.102 0.031 0.070 0.015 0.002 0.031 0.002 0.008 3 C 0.018 0.315 0.460 0.003 0.056 0.015 0.003 0.001 0.126 0.003 0.001 4 P 0.149 0.003 0.784 0.007 0.001 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.031 5 I 0.209 0.355 0.207 0.125 0.037 0.021 0.009 0.005 0.030 0.001 0.001 6 C 0.140 0.176 0.320 0.212 0.066 0.029 0.030 0.002 0.018 0.004 0.002 7 G 0.032 0.018 0.076 0.042 0.114 0.028 0.083 0.348 0.007 0.250 0.001 8 S 0.020 0.281 0.489 0.005 0.096 0.014 0.002 0.001 0.084 0.008 0.001 9 P 0.191 0.007 0.639 0.019 0.002 0.032 0.003 0.001 0.002 0.001 0.103 10 L 0.219 0.151 0.371 0.183 0.022 0.023 0.008 0.005 0.017 0.001 0.001 11 K 0.180 0.174 0.458 0.045 0.066 0.042 0.003 0.001 0.030 0.002 0.001 12 W 0.893 0.006 0.076 0.008 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.969 0.002 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.943 0.006 0.012 0.024 0.001 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 21 I 0.826 0.052 0.025 0.062 0.003 0.026 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 22 I 0.825 0.029 0.028 0.079 0.003 0.027 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 23 E 0.659 0.018 0.021 0.272 0.008 0.008 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 24 N 0.277 0.023 0.047 0.454 0.029 0.027 0.116 0.009 0.014 0.004 0.001 25 F 0.861 0.016 0.042 0.053 0.006 0.008 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 26 E 0.959 0.005 0.014 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.899 0.018 0.025 0.039 0.004 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 28 I 0.790 0.047 0.073 0.056 0.002 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 29 V 0.662 0.100 0.098 0.080 0.008 0.031 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 30 K 0.664 0.057 0.055 0.166 0.022 0.019 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 31 D 0.453 0.045 0.152 0.158 0.028 0.083 0.036 0.004 0.040 0.001 0.001 32 R 0.964 0.003 0.013 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.981 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.963 0.003 0.005 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.939 0.007 0.007 0.036 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 L 0.970 0.005 0.009 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 A 0.957 0.002 0.010 0.024 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.877 0.010 0.013 0.085 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 39 V 0.738 0.042 0.119 0.077 0.003 0.009 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 40 E 0.812 0.019 0.054 0.064 0.008 0.013 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 41 E 0.460 0.183 0.077 0.176 0.046 0.020 0.022 0.004 0.012 0.001 0.001 42 F 0.232 0.352 0.183 0.094 0.044 0.049 0.018 0.002 0.025 0.001 0.001 43 V 0.098 0.663 0.112 0.040 0.032 0.030 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 44 F 0.066 0.579 0.160 0.047 0.066 0.052 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 45 K 0.079 0.417 0.249 0.073 0.061 0.068 0.007 0.001 0.043 0.001 0.001 46 C 0.015 0.242 0.459 0.003 0.063 0.022 0.004 0.001 0.189 0.003 0.001 47 P 0.155 0.005 0.785 0.010 0.002 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.022 48 V 0.196 0.303 0.255 0.140 0.050 0.021 0.008 0.004 0.019 0.002 0.001 49 C 0.144 0.148 0.381 0.170 0.076 0.027 0.024 0.003 0.021 0.005 0.001 50 G 0.147 0.038 0.127 0.046 0.190 0.020 0.097 0.183 0.008 0.144 0.001 51 E 0.363 0.188 0.241 0.087 0.059 0.040 0.007 0.002 0.010 0.003 0.001 52 E 0.378 0.278 0.201 0.056 0.028 0.032 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 53 F 0.352 0.296 0.107 0.096 0.066 0.044 0.012 0.002 0.024 0.001 0.001 54 Y 0.130 0.298 0.126 0.266 0.082 0.028 0.041 0.002 0.026 0.001 0.001 55 G 0.060 0.021 0.068 0.026 0.124 0.013 0.090 0.383 0.007 0.209 0.001 56 K 0.314 0.220 0.261 0.092 0.050 0.032 0.012 0.002 0.012 0.003 0.001 57 T 0.131 0.216 0.237 0.190 0.047 0.096 0.036 0.003 0.037 0.004 0.003 58 L 0.023 0.253 0.457 0.005 0.037 0.021 0.003 0.001 0.199 0.001 0.001 59 P 0.131 0.003 0.809 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 60 R 0.718 0.032 0.146 0.064 0.010 0.016 0.003 0.003 0.005 0.001 0.002 61 R 0.786 0.024 0.067 0.077 0.014 0.014 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 62 E 0.679 0.032 0.050 0.158 0.015 0.030 0.025 0.003 0.005 0.002 0.001 63 A 0.858 0.025 0.035 0.055 0.009 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 64 E 0.955 0.008 0.020 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.956 0.006 0.012 0.015 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.967 0.010 0.007 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.964 0.009 0.007 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 E 0.959 0.008 0.010 0.010 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 L 0.943 0.007 0.008 0.026 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 L 0.756 0.018 0.019 0.189 0.002 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 71 N 0.582 0.011 0.026 0.208 0.015 0.011 0.127 0.013 0.004 0.003 0.001 72 D 0.581 0.026 0.069 0.199 0.013 0.016 0.066 0.016 0.011 0.004 0.001 73 F 0.409 0.051 0.143 0.316 0.012 0.022 0.027 0.004 0.013 0.003 0.001 74 K 0.356 0.077 0.218 0.285 0.020 0.014 0.017 0.001 0.010 0.002 0.001 75 G 0.089 0.014 0.099 0.070 0.111 0.008 0.113 0.239 0.004 0.254 0.001 76 G 0.134 0.073 0.236 0.068 0.216 0.030 0.066 0.071 0.014 0.092 0.001 77 I 0.069 0.499 0.307 0.057 0.027 0.021 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 78 D 0.043 0.211 0.411 0.028 0.058 0.127 0.019 0.002 0.094 0.005 0.002 79 W 0.754 0.033 0.121 0.044 0.012 0.019 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 80 E 0.500 0.056 0.036 0.350 0.014 0.010 0.020 0.004 0.007 0.003 0.001 81 N 0.104 0.060 0.049 0.422 0.040 0.022 0.231 0.046 0.019 0.005 0.001 82 K 0.164 0.293 0.280 0.137 0.037 0.009 0.061 0.007 0.009 0.003 0.001 83 R 0.063 0.345 0.422 0.068 0.026 0.033 0.013 0.002 0.025 0.001 0.002 84 V 0.006 0.829 0.123 0.004 0.023 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 85 K 0.018 0.549 0.305 0.006 0.026 0.067 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 86 L 0.031 0.521 0.325 0.016 0.033 0.045 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 87 K 0.099 0.445 0.237 0.039 0.082 0.047 0.009 0.002 0.037 0.003 0.001