# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.102 0.168 0.074 0.037 0.206 0.032 0.060 0.117 0.079 0.084 0.041 2 K 0.112 0.164 0.100 0.043 0.157 0.034 0.045 0.054 0.055 0.146 0.091 3 C 0.108 0.327 0.142 0.010 0.333 0.007 0.007 0.016 0.013 0.017 0.019 4 P 0.139 0.208 0.050 0.010 0.254 0.017 0.039 0.114 0.092 0.035 0.044 5 I 0.176 0.087 0.046 0.036 0.166 0.056 0.091 0.115 0.070 0.076 0.081 6 C 0.055 0.197 0.086 0.103 0.122 0.087 0.116 0.082 0.052 0.068 0.032 7 G 0.045 0.044 0.065 0.146 0.034 0.043 0.023 0.046 0.057 0.406 0.091 8 S 0.027 0.396 0.264 0.022 0.153 0.010 0.011 0.042 0.032 0.033 0.011 9 P 0.145 0.184 0.040 0.010 0.160 0.015 0.033 0.156 0.091 0.084 0.083 10 L 0.055 0.279 0.087 0.014 0.162 0.024 0.044 0.186 0.072 0.041 0.036 11 K 0.053 0.392 0.148 0.009 0.080 0.009 0.013 0.193 0.022 0.044 0.037 12 W 0.010 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.786 0.161 0.014 0.004 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.086 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.028 0.004 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.016 0.002 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.056 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.951 0.035 0.002 0.001 19 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.909 0.052 0.015 0.005 20 L 0.009 0.011 0.002 0.001 0.013 0.002 0.018 0.815 0.100 0.022 0.007 21 I 0.027 0.038 0.008 0.002 0.035 0.006 0.043 0.677 0.103 0.042 0.019 22 I 0.027 0.047 0.017 0.005 0.052 0.011 0.046 0.596 0.147 0.034 0.018 23 E 0.013 0.032 0.018 0.007 0.025 0.027 0.133 0.588 0.106 0.040 0.010 24 N 0.048 0.058 0.022 0.007 0.043 0.006 0.023 0.367 0.105 0.272 0.047 25 F 0.036 0.021 0.006 0.003 0.043 0.004 0.006 0.545 0.241 0.073 0.022 26 E 0.004 0.009 0.004 0.002 0.008 0.009 0.019 0.699 0.229 0.015 0.002 27 E 0.010 0.012 0.005 0.002 0.021 0.004 0.026 0.688 0.165 0.063 0.005 28 I 0.033 0.020 0.006 0.003 0.035 0.004 0.036 0.619 0.152 0.074 0.017 29 V 0.043 0.075 0.037 0.006 0.090 0.008 0.020 0.486 0.147 0.068 0.020 30 K 0.011 0.141 0.058 0.013 0.032 0.032 0.103 0.481 0.090 0.031 0.009 31 D 0.050 0.230 0.132 0.011 0.122 0.008 0.029 0.248 0.060 0.088 0.024 32 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.668 0.284 0.028 0.003 33 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.862 0.111 0.010 0.002 34 R 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.896 0.059 0.018 0.002 35 F 0.011 0.007 0.002 0.001 0.007 0.002 0.016 0.833 0.072 0.041 0.008 36 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.750 0.208 0.016 0.002 37 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.036 0.849 0.093 0.005 0.001 38 Q 0.009 0.015 0.009 0.002 0.011 0.003 0.058 0.720 0.086 0.081 0.005 39 V 0.063 0.016 0.004 0.005 0.047 0.004 0.010 0.570 0.179 0.073 0.030 40 E 0.009 0.009 0.004 0.005 0.013 0.021 0.038 0.707 0.169 0.020 0.006 41 E 0.056 0.034 0.009 0.005 0.087 0.008 0.065 0.493 0.123 0.098 0.022 42 F 0.204 0.077 0.017 0.004 0.304 0.007 0.036 0.211 0.067 0.034 0.040 43 V 0.161 0.087 0.012 0.004 0.380 0.014 0.033 0.173 0.065 0.032 0.039 44 F 0.218 0.132 0.019 0.006 0.289 0.013 0.046 0.106 0.048 0.045 0.079 45 K 0.081 0.174 0.103 0.038 0.178 0.054 0.115 0.056 0.037 0.104 0.060 46 C 0.116 0.317 0.178 0.009 0.320 0.004 0.005 0.011 0.008 0.013 0.018 47 P 0.091 0.134 0.052 0.018 0.105 0.038 0.082 0.213 0.151 0.064 0.053 48 V 0.086 0.108 0.095 0.073 0.120 0.064 0.121 0.123 0.067 0.097 0.047 49 C 0.046 0.229 0.112 0.135 0.086 0.070 0.056 0.092 0.059 0.077 0.038 50 G 0.044 0.044 0.044 0.071 0.038 0.026 0.017 0.108 0.083 0.421 0.103 51 E 0.062 0.192 0.047 0.008 0.263 0.010 0.017 0.225 0.110 0.048 0.018 52 E 0.119 0.090 0.033 0.007 0.175 0.021 0.047 0.303 0.123 0.048 0.033 53 F 0.152 0.051 0.030 0.025 0.116 0.044 0.087 0.257 0.105 0.083 0.048 54 Y 0.037 0.278 0.094 0.109 0.083 0.062 0.075 0.111 0.072 0.057 0.022 55 G 0.036 0.036 0.070 0.138 0.032 0.034 0.025 0.105 0.113 0.323 0.088 56 K 0.029 0.222 0.091 0.017 0.151 0.012 0.044 0.156 0.158 0.103 0.018 57 T 0.091 0.134 0.057 0.012 0.139 0.017 0.040 0.089 0.117 0.227 0.077 58 L 0.033 0.407 0.280 0.018 0.116 0.011 0.018 0.051 0.028 0.023 0.015 59 P 0.050 0.509 0.138 0.006 0.124 0.004 0.012 0.082 0.033 0.023 0.020 60 R 0.019 0.044 0.014 0.003 0.030 0.006 0.015 0.481 0.331 0.045 0.014 61 R 0.004 0.023 0.012 0.003 0.011 0.008 0.028 0.775 0.118 0.014 0.004 62 E 0.007 0.021 0.007 0.001 0.009 0.002 0.010 0.810 0.066 0.060 0.007 63 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.912 0.061 0.013 0.003 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.001 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.971 0.020 0.002 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.018 0.001 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.053 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.941 0.042 0.002 0.001 69 L 0.008 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.046 0.863 0.054 0.009 0.003 70 L 0.013 0.016 0.007 0.005 0.021 0.010 0.033 0.681 0.170 0.035 0.010 71 N 0.018 0.022 0.009 0.008 0.022 0.016 0.077 0.628 0.131 0.055 0.015 72 D 0.053 0.035 0.022 0.008 0.050 0.010 0.064 0.372 0.150 0.194 0.043 73 F 0.085 0.076 0.048 0.024 0.117 0.044 0.119 0.201 0.096 0.128 0.063 74 K 0.060 0.116 0.068 0.148 0.055 0.100 0.158 0.077 0.062 0.107 0.048 75 G 0.038 0.093 0.157 0.223 0.063 0.046 0.027 0.033 0.042 0.217 0.062 76 G 0.150 0.216 0.058 0.022 0.332 0.007 0.015 0.037 0.032 0.063 0.068 77 I 0.187 0.207 0.030 0.005 0.449 0.008 0.010 0.024 0.017 0.020 0.042 78 D 0.205 0.223 0.067 0.014 0.353 0.017 0.022 0.032 0.013 0.014 0.040 79 W 0.144 0.083 0.070 0.034 0.149 0.041 0.034 0.181 0.148 0.055 0.060 80 E 0.035 0.090 0.054 0.070 0.057 0.101 0.206 0.235 0.089 0.047 0.015 81 N 0.145 0.061 0.035 0.029 0.128 0.015 0.015 0.042 0.039 0.336 0.155 82 K 0.071 0.287 0.080 0.016 0.276 0.028 0.048 0.062 0.044 0.058 0.030 83 R 0.317 0.086 0.009 0.003 0.497 0.006 0.017 0.016 0.011 0.011 0.027 84 V 0.188 0.153 0.016 0.004 0.589 0.007 0.007 0.007 0.004 0.005 0.021 85 K 0.276 0.096 0.010 0.003 0.540 0.005 0.009 0.009 0.003 0.006 0.045 86 L 0.343 0.125 0.021 0.007 0.398 0.005 0.004 0.010 0.006 0.016 0.065 87 K 0.137 0.217 0.087 0.040 0.332 0.049 0.035 0.027 0.012 0.024 0.039